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1628年后，尽管温体仁的权势盛极一时，但朝廷在许多问题（包括东北战略问题）上仍存在严重分歧。1626年宁远大捷后，辽东经略袁崇焕向天启皇帝保证，五年内收复明朝全部失地。然而，此时明朝又遇到了新的麻烦，即努尔哈赤1621年占领辽阳后，当地汉人纷纷逃往鸭绿江西岸，寻求军阀毛文龙的保护，从而使毛文龙的势力迅速膨胀起来。
毛文龙是杭州籍军人，曾为王化贞部将。1621年，他一度攻占了鸭绿江畔的镇江，在明军连连惨败的这一年，这也算是辉煌战绩了。
尽管努尔哈赤的侄子阿敏很快又夺回了镇江，毛文龙仍然以功升任副将，镇守朝鲜边境的铁山——位于鸭绿江东一个半岛之上，距海仅几公里。辽阳陷落后，明军的残兵败将纷纷投入毛文龙帐下。1624年，他又在朝鲜军队协助下，深入长白山，袭击了后金的老巢，从而在朝廷中赢得了有力支持。
尽管镇守登州的山东经略表示反对，毛文龙还是得到了朝廷拨给的军饷，甚至还于1625年得到了天启皇帝御赐的礼品。
1627年2月，后金出兵朝鲜，攻破了毛文龙的铁山营寨，迫使其退入鸭绿江口附近的一个海岛。
该岛名为皮岛，原是岩石裸露、荒凉不毛之地，此后却成了山东——辽东贸易线上重要的货物集散地，并且是辽东将领及所属雇佣兵投奔毛文龙旗下的一条“门径”。
毛文龙多次以皮岛为基地袭击大陆的金军，但朝中大臣对此评价不一。温体仁赞同毛文龙的做法，其他大臣，包括袁崇焕，则将其视为无谓的冒险，并指出毛文龙占据皮岛将耗尽朝廷有限的军饷。
此外，毛文龙又逐渐表现出欲独霸一方的企图。他一面同后金暗中勾结，一面吸收、利用登、莱二州的财货，并拉拢那里的将领。
1627年后，当袁崇焕着手整顿东北防务之时，毛文龙之所为明显损害和危及了他的边帅统一指挥权，从而为皇太极及其后金政权离间前线明军将帅提供了机会。
1629年夏，袁崇焕为了重申自己的权威，也为了直接同后金谈判，决定对毛文龙采取行动。他先同自己在朝中的保护人钱龙锡交换了意见，然后宣布要亲往辽阳前线视察。抵达宁远后，他又率领一支由水兵和布卒组成的小分队，包括一队甲士，渡海前往毛文龙的双岛营寨。7月24日，袁崇焕到达双岛，向毛文龙手下部分将士发放了10万两饷银和一些黄金。
然后，他以检阅将士为名，令甲士在毛文龙帐外四面围住，将毛文龙和其部众隔开。袁崇焕先向毛文龙的部将慷慨陈词，使其感泣顿首；既而语气一变，突然转向毛文龙，诘责他滥用军饷，专制一方。袁崇焕一一列举了毛文龙所犯下的12项斩罪，并且声称已在皇上面前对毛文龙提出了弹劾。毛文龙一时魂飞魄散，无言以对。袁崇焕遂又转向毛文龙的部将，大胆提出自己情愿以身试剑，令其或杀毛文龙，或杀袁崇焕。毛文龙的部将们顿时不知所措，趁此机会，袁崇焕立即命令手下一员将领把毛文龙斩于帐前。毛文龙死后，袁崇焕便将其军队分为四翼，令毛文龙的养子毛承禄统领其中的一翼，而将全军收归自己麾下。
毛文龙之死使皮岛陷入了混乱，袁崇焕只得将毛文龙手下的许多海盗遣散，任其劫掠为生；此事还使袁崇焕极易受到朝中流传的这样一种谣言的攻击，即毛文龙对袁崇焕与后金私下谈判之事有所了解。不久，当袁崇焕正向朝廷解释诛杀毛文龙的理由时，战事又起。1629年11月，皇太极出兵围攻宁远，并借道蒙古土默特和喀喇沁部，由喜峰口入关。
金军的这次行动极为迅速，袁崇焕措手不及，急忙调总兵祖大寿率军2万自山海关入援京师。祖大寿赶到北京城下，奋力拼杀，终于将金军击退。
尽管打了胜仗，但金军此次入关毕竟使明朝大为丢脸，因此袁崇焕还是没能逃脱罪责。崇祯皇帝以部将不和、玩忽职守致使东线明军混乱无力为由诏责袁崇焕。
于是，关于袁崇焕与后金暗中勾结的谣言便流传开来了。甚至有人说，他为了强调自己是朝中不可缺少的人物，便故意引狼入室，邀请金兵前来攻打京师。
1630年1月13日，袁崇焕被因越权与后金议和，被劾通敌，定为死罪。
结果，袁崇焕被磔于市，家人也遭到了株连，或被杀，或没为奴婢，或充军流放。其后台钱龙锡、成基命也因此被牵连入狱。
辽东战事的失利，很容易被温体仁之流用作扩大一己势力的机会。结果，许多大臣莫名其妙地变得目光短浅了。虽有人在真诚、积极地寻求北边问题的解决办法，但也有人将每次辽东战事危机仅仅看作党争磨盘下的谷米。例如，1630年后，温体仁和周延儒共同执政，而名义上，周延儒的地位又在温体仁之上。于是，温体仁为了独揽朝纲，决意排挤周延儒。他巧妙地利用了原毛文龙手下的海盗袭扰登州的机会，攻击周延儒软弱无能。稍后，当宦官王昆指责周延儒受贿之时，温体仁竟无一句辩护之辞。皇上怕引起朝廷内讧，只得抛弃了这位宠臣。1633年7月25日，周延儒被迫辞职，温体仁遂独揽了内阁大权。
复社成员密切注视着温体仁的崛起。随着他的权势一天天扩大，张溥逐渐意识到，必须在朝廷以外寻求更多的支持。于是，他辞官离京，返回江南去主持1632年在苏州虎丘召开的复社第三届年会。
当时，许多复社成员希望得到周延儒的庇护，因为他是吴伟业父亲的挚友。但第二年周延儒辞职后，这一希望便破灭了。1634年，复社又为争取任命郑三俊为吏部尚书而四出游说，但最后皇上却将这一职位给了温体仁推荐的南京吏部尚书谢升，将其从南京召回，1634年10月22日拜为北京的吏部尚书。
然而就在这一年，温体仁也因西部地区发生叛乱而有所失宠。皇上又令礼部考官文震孟入阁办事。
文震孟是宋朝爱国将领文天祥和明代画家文征明的后代，也是复社的好友。那年会试选定头名状元前，他曾私下征求过张溥的意见。此人是个敢作敢为的政治家，入阁后立即着手策划，再给温体仁一次沉重打击。争取外朝大臣的支持毫无问题，九个月来，已不断有人疏劾温体仁收受贿赂，败坏吏治。
困难在于，必须在阁臣当中找到既受崇祯帝信任又支持弹劾温体仁的第三派人物。正如钱谦益事件所表明的那样，除非皇上能被一个完全中立的人说服，从而相信问题是真实的，否则他会将众人齐声弹劾看作群臣非法串通的证据。文震孟选中了嘉善名士钱士升。因为此人入阁后，完全置身于党争之外，而对东林党人及其宗旨又颇有赞同之意。
于是，文震孟入阁仅四个月，便在皇上面前公然指责温体仁与谢升串通一气，操纵选举，既而转向钱士升，希望得到他的支持。但钱士升却一言不发，拒绝证实文震孟的指控。结果，皇上以煽动党争为罪名，将文震孟革职。
然而，此事并未结束。文震孟被革职后，原东林党领袖郑曼公开批评朝廷清洗敢于直言的大臣。在崇祯皇帝看来，这正是党争猖獗的又一证明。于是他决定杀一儆百，令锦衣卫将郑曼逮捕入狱，严刑拷打至死。郑曼的同窗理学家黄道周为此辞官还乡，以示抗议。
钱士升把文震孟对温体仁的攻击，看作与己无关的政治争吵，因而不愿支持文震孟。但当此事发展为保护南方士大夫经济利益的问题时，他便主动充当了积极角色。文震孟事件过去六个月后，武生李进奏陈朝廷，建议向江南富户加征赋税，以供对内平定李自成和张献忠、对外抵御后金之用。
1636年5月7日，朝廷大臣就此展开了激烈辩论。最后，钱士升终于说服了崇祯帝，使之相信向江南加税势必在这一仍保持着安定的地区激起叛乱，并使朝廷失去江南士人的拥戴。
李进的建议被否决了，此项搜刮落到了山东、河南富户的头上。结果，北方地主替南方士绅承受了这一额外的经济负担。
在1637年3月钱谦益及复社领袖张溥、张采被劾事件中，负担过重的北方地主对生活奢侈的南方士绅的忌恨可能起了一定作用，但主要幕后操纵者是温体仁。他决意破坏钱谦益等人刚正清廉的政治声誉，以削弱他们在朝中的势力，遂暗中怂恿苏州士人张汉儒、陆文声疏劾钱谦益为官不廉，家臣在常熟依权仗势、横行乡里；又指控二张贪污腐败，并图谋削弱朝廷对江南的控制，“以复社乱天下”。
这些指控或许触到了一些实质性问题，但温体仁有一次也超越了他向来恪守的谨慎界线。当时，他得知钱谦益拜访了宦官曹化淳，因担心于己不利，便一面装作漠不关心，一面警告皇上：钱、曹二人正在暗中勾结。
1637年6月16日，崇祯皇帝命令钱谦益辞职，同时又暗遣心腹宦官向他透露，背后捣鬼者就是首辅温体仁。
曹化淳闻讯后立即做出了反应，揭露温体仁一直在破坏钱谦益的声誉，并暗中指使张汉儒等人带头奏劾。皇上闻知此事后大吃一惊，既而又大发雷霆：这位经常向他告发朝中阴谋的大臣，眼下却在筹划自己的阴谋。于是，张汉儒被打入死牢，温体仁则被迫辞职。1637年8月1日，温体仁在作了近10年宠臣之后，灰溜溜地致仕还乡了，并且直到第二年命归黄泉之时，也未能挽回皇上对他的信任。