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第三卷
5月，“文化大革命”开始。林彪、江青反党集团在档案战线批判杨尚昆、曾三等，诬蔑国家档案局、中央档案馆、中国人民大学历史档案系为“三家村黑店”。先生被批斗为“反动学术权威”“推行修正主义教育路线的黑干将”。
先生自述：“1966年6月，‘文化大革命’开始，备受迫害与折磨。1969年8月1日才宣布解放。”
6月13日，中共中央办公厅发出《关于揭发档案工作中的反党反社会主义黑线的通知》，全国档案系统遭到严重冲击，工作几乎全部停止。中国人民大学历史档案系停止招生，实际上处于停办状态。
上半年，国家档案局被撤销。
8月1日，先生受“文化大革命”三年迫害与折磨后“宣布解放”。
11月，先生被恢复党组织生活，并在北京市郊区农村和工厂劳动锻炼。
3月27日，先生下江西余江县中国人民大学“五七”学校劳动。先生母亲同往。先生夫人程桂芬在江西进贤县中共中央办公厅“五七”学校劳动。大女儿吴稼平、小女儿吴稼青在山西忻县插队。先生自述：
我去江西时，仍将《马克思恩格斯全集》、《斯大林全集》、《毛泽东选集》、《鲁迅全集》以及档案专业的一套铅印出版的各科教材和译著作品，还有《辞源》、《辞海》等工具书，全部带到余江。我坚信马克思主义、毛泽东思想以及档案事业必将复兴。
“文化大革命”期间吴宝康（右一）在江西省
10月，北京市革命委员会通知中国人民大学停办。
7月30日，先生从“五七”学校返回原中国人民大学“铁一号”，母亲同回北京。先生两位女儿也从山西忻县回到北京。
6月，中国人民大学正式停办。一些系带建制划归北京大学、北京师范大学或北京师范学院等。唯独历史档案系没有学校愿意收留，决定解散。先生以一个党员的名义和原历史档案系主任的身份，写了一封人民来信，分送周恩来总理、中央办公厅、中共北京市委，说明停办容易恢复难，建议暂缓撤销。最后历史档案系被保留，交由北京师范大学按原建制代管。先生随历史档案系一起到北京师范大学。
6月，北京市革命委员会科教组和国务院科教组以及中央有关部门商量后决定停办历史档案系，先生“恼怒、愤惋、沮丧”
。历史档案系教师或重新分配工作，或改行留任北京师范大学，或调往其他单位。资料大多送造纸厂，图书转送中央档案馆明清部，实验设备由有关中学领取。
先生留在北京师范大学。
3月31日，先生夫人程桂芬从江西进贤县中共中央办公厅“五七”学校返京。
5月7日，北京师范大学成立顾问室，校长高沂宣布先生任顾问。
10月，“四人帮”被打倒，“文化大革命”结束。原中国人民大学教师干部掀起复校活动，先生也积极主张复校复系。