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（一）税款征收方式与追缴税款方式
根据《税收征收管理法实施细则》第38条第2款规定：“税务机关根据保证国家税款及时足额入库、方便纳税人、降低税收成本的原则，确定税款征收的方式。”确定税款征收的常用方式有：查账征收，核定征收，代扣代缴、代收代缴征收，自核自缴，委托代征。一般征收方式的确定应在纳税人发生义务时。若纳税人存在《税收征收管理法》第35条所规定情形之一的，税务机关有权核定纳税人应纳税额，即有权对纳税人以前实行查账方式征收的纳税额进行调整。税务机关依据《税收征收管理法实施细则》第47条规定的核定方法进行核定，这种核定调整是对纳税人以前税款的追缴，并不必然决定后期的征收方式。本税案中“在认定事实方面，核定该公司应税所得率为7%，进而计算2011年度应纳税所得额应补缴企业所得税41704.62元，2012年应调增应纳税所得额74721.4元，应补缴企业所得税18680.35元，亦不违反法律的规定”。纳税人已申报事项是查账征收，未申报收入按核定方式确认所得，追缴少缴税款，即对部分涉税事项进行核定应纳税所得。同一纳税人同一纳税年度追缴企业所得税查账核定两种方式并存，这也充分说明，核定征收方式与核定方法追缴税款的本质区别。本税案有助于突破对征收方式认识的局限性，依法追缴税款，减少国家税款流失。
（二）对核定税款能否进行处罚以及处罚的情形判定
对核定税款能否进行处罚？由于核定税款是计算出来的，核定出来的所得可能事实不清，事实不清是不能处罚的。在本税案中“根据《税收征收管理法》第63条第1款的规定，该公司作为纳税人，应申报而未申报、不缴或少缴应缴纳税款的行为属于偷税，该国税局据此以其2011年少缴增值税59703.86元、企业所得税41704.62元、2012年少缴增值税181466.27元、企业所得税18680.35元为基数，依法追缴301555.10元，决定对该公司处以罚款150778元（偷税数额301555.10元的0.5倍），不违反法律的规定”。显然，本税案中人民法院认定国税局税务行政处罚合法的事实是圣达公司应申报而未申报、不缴或少缴应缴纳税款的偷税行为。对应纳税所得额的确定，不论是依据《企业所得税法》第5条的规定：“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额”，还是依据《企业所得税核定征收办法（试行）》第6条规定：“应纳税所得额=应税收入额×应税所得率”，这两者确定应纳税所得额的方法都是法定的，只是适用的情形不同，与违法事实是两回事。
（三）诉讼案件中税务处罚决定涉及纳税争议事项的情形，人民法院该如何处理
诉讼案件中税务处罚决定涉及纳税争议事项的情形，税务机关应对的情形有：
1. 税务机关直接就纳税争议进行答辩，那么对税务行政处罚决定应诉就变成了对税务处理、处罚决定一起应诉的窘境，且是不合法的。
2. 税务机关对纳税争议以直接起诉不合法为由，不进行答辩，但又会疑虑对有关联的税务行政处罚决定不利。本税案中“上述事实由国税局（国税局）一审提供的证据予以证实，而圣达公司（公司）并未提供充分的证据予以反驳。故国税局作出的行政处罚有事实依据。圣达公司诉称的涉案行政处罚认定的实际收入和其他应税收入数额错误的观点，本院不予支持”。可见人民法院认为税务处罚决定中涉及纳税争议事项，需要有事实证据，简单以《税务处理决定书》为依据或以纳税争议直接起诉不合法为由，可能面临执法风险。