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到了清朝末年，清政府在第一次鸦片战争中败给了列强，清廷自己没有多深刻的反省，却给日本人带来了巨大的震撼。不久，列强的军舰也来到了日本，在枪炮的威胁和大清的前车之鉴下，幕府被迫签订了和清朝类似的不平等条约，也答应了开放港口，给予对方最惠国待遇、领事裁判权等条件。
古代日本同古代中国一样，它的世界观也是“儒家文明最伟大、越往周边越蛮夷”。现在这些夷人来到我们的土地上肆虐，日本同清政府的第一反应一样：必须干回去！
幕府作为全国的领导者，抵御外敌是它的职责——幕府将军的全称是“征夷大将军”嘛，征讨众夷是他的本职工作。可是幕府看到清朝的前车之鉴，知道这些外国人太厉害，无论国内呼声多高，就是不肯跟外国人开战。
这时候，有两个叫做“萨摩”和“长州”的藩国不干了。这两个藩国位于日本的西南角，在列强的入侵中处于第一线，受外国人的欺负最厉害。这两个藩国一看幕府不去打外国人，行，那我们不用你了，我们自己打。两藩主动跟列强开战，突然袭击了美国、荷兰、英国的商船。
结果我们都能猜到：列强遇袭后，立刻用大炮朝着这两藩的港口一顿乱轰。然后就没有然后了，两藩只能投降。
这里，日本同清政府有了一个重要的区别。
太平天国运动前，清朝的权力都集中在朝廷手里，地方督抚的权力很小。尤其是改变政治制度这种大事，就算是在太平天国运动后，地方督抚也不可能自己说了算。然而日本的地方领主相当于一个小国国王，在自己的领土内有极大的权力。而且在分封制下，各个藩国之间是互相竞争的关系，谁的实力强大谁就能压过别人，所以各个藩国为了自强都会不惜一切代价。
在这个背景下，当萨、长两藩被西方列强的武力洗礼后，他们改变了主意，决定同列强全面合作，用西方的先进武器来强大自己。
萨、长两藩同列强合作，军事实力猛涨。在成长的过程里，他们既恨外国人倚强凌弱，也恨幕府白白占据着统治者的位置，却不担负抵御外敌的责任。而且两藩原本就和幕府有矛盾，于是两藩就公开提出要幕府下台，把权力还给天皇。
当时天皇虽然没有实权，但是日本传统观念认为天皇是神不是人，天皇在日本人心目中拥有相当大的声望。二藩的主张是，幕府丧权辱国、不思自强，已经没有资格再统治日本了。我们这些藩国应该重新辅佐日本天皇，在天皇的领导下把日本统一起来，一同对抗西方列强。
于是二藩和幕府之间发生了一系列战争。幕府和当时的清政府一样，因为统治太久已经是江河日下，再加上其他一些强藩也不支持幕府。于是经过一系列战争，幕府将军决定投降，把权力让给了二藩和天皇。
这样一来，萨、长两藩就掌握了国家的权力。两藩在同列强合作的过程中，已经在自己的领地内进行了初步的经济、军事改革，国力突飞猛进。两藩中的很多人因此认识到，要想让日本强大，打败列强，最好的办法是在全国范围内学习西方的文化和制度，进行全面改革。新上台的明治天皇只有16岁，年纪轻轻的他也希望能来一次猛烈的改革，让国家立刻崛起。
于是在两藩实权派的主导下，明治政府打算在国内实行西式改革。
前面曾说过，进入工业时代的关键是建立成熟的商业市场，建立市场的关键是取消特权阶层。当时的日本还是分封制，各地还有很多藩国，藩国的国主都属于特权阶层。另外日本还存在武士制度，武士在日本也属于特权阶层，不事生产还能得到百姓的供养，甚至可以随意砍杀下层百姓。
日本要进行维新改革，就要消灭掉这两个特权阶层。可是现在的中央政府是在两藩扶植下建立起来的，连自己的军队都没有，如何能打击这些特权阶层呢？
为此，萨、长两藩中支持维新的政治家们促成了两件事，第一是萨、长和另外两藩率先带头，把本国的政权交还给政府，同时要求全国各个藩国都也都这么做，让国家统一起来。由于是最强大的藩国带头，其他各藩只能同意。
第二，萨、长和另外一藩，主动交出一部分军队给政府，帮助政府建立自己的军队。
在这些努力下，国家权力逐渐集中到中央政府的手里，维新派的政策才能推广下去。中下层武士是旧制度的既得利益者，也是维新运动里损失最大的人，他们不满意维新，也反对新政府同外国人合作，因此他们爆发了一些叛乱，这些叛乱都被新建立的中央军镇压下去。随着新制度的展开，人们发现国家的确富强起来，政府的实力越来越强，维新也就逐渐畅通无阻了。