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使用程序化交易要注意6个问题，具体如下。
（1）没有任何一个交易系统既能在趋势行情中获利，又能够在振荡走势中获利，只有在恰当的时间使用了适合的交易系统才会获取最大收益。
（2）任何交易系统都是人设计的，不同的人对技术分析的理解、解读和使用不同，设计出的交易系统是完全不一样的。因此，只有适合自己交易风格的交易系统才是最有效的。
（3）把人为的主观分析编成理性的计算机程序，需要我们舍去很多以往交易中的经验，而这些宝贵经验往往是无法通过计算机语言所能描绘的。
（4）时间周期不同（5分钟、30分钟、60分钟，日图、周图、月图），交易系统给出的交易信号可能会完全不同，投资者应当根据交易品种的特性选择不同的时间周期，并且应当严格按照交易系统选择的时间周期进行交易。
（5）参数调整是决定交易系统成败的关键，因为没有任何一组参数适合所有交易品种。交易者要根据交易品种的特性不断地磨合、测试，找到适合该交易品种的参数，并且还要在今后交易过程中根据市场变化不断加以修正。
（6）程序化交易系统体现了交易者的交易思路和交易风格，但它只是交易的辅助手段，人才是交易的主体，不能本末倒置。只有将交易系统与风险管理和资金管理相互结合，才能发挥其最大功效。