研究生毕业以后，当我的同学刘吉祥介绍我到第四军医大学工作时，我第一句话就是：“行，就是当个教体育的教员也行。”（现在看来这话有问题，体育也是一门学问）报到以后，我看到先来的人领的军装夜不能寐，可是当我领军装的时候，却因为改文职，开始只发服装费而不发军装了。我还不如那些穿了一两天军装又不让穿了的人。我只得买了一身没有领章帽徽的军装穿上。可当天晚上就被我四岁的女儿一语揭穿：“你的帽子呢？”好在三年以后，国家又让文职干部穿军装了，圆了我当兵这个少年梦的一半。另一半梦，是在我买了电脑以后在CS的射击游戏中圆的，既不要掏钱买武器子弹，打死人又不偿命，真痛快！难怪好多年轻人在网吧通宵达旦。研究生毕业前，我的理想是回到西安工作，所以陕西省中医药研究院的召唤已令我相当满足。而渭南中医学校的校友、陕西中医学院伤寒专业研究生刘吉祥的热情推荐，却使我来到以前想也不敢想的第四军医大学。在我从事医学史教学工作的同时，眼界大为开阔，涉猎范围增大，渐有心得，发表了“西方医学传入中国后《伤寒论》研究的进展”“试论社会因素对古代医家的影响”“社会因素对中药文献的影响”“中国古代医学教育思想及其对医学发展的影响”“地理环境因素对中医学的影响”“试论军医崔氏及其学术成就”“李时珍对金疮治疗方法的继承和发展”“古代名医悲剧的伦理学反思”等文章。还继续就伤寒有关问题进行了研讨，发表了“孙一奎对伤寒学说的贡献”“伤寒注家研究的历史现状与未来”等论文。在1989年成都召开的“医学与社会”的学术会议上，我认识了西安医学院的李恩昌老师，这对我参与编写《社会医学》和作为副主编出版《大学医学伦理学》带来了契机。

光从事教学研究，还是与我当初成为好医生救死扶伤的理想有很大差距。我总觉得我之所学，百分之八十都用不上。这一阶段，我的理想是做一个教学临床两不误的中医。也许是在任教务处长对我的经历和所学有所了解的缘故，1989年刚到西京医院医教部上任的苏元福主任（后升任西京医院院长、301医院副院长、少将）主动邀我到西京医院中医科参加门诊，还得到了王宗仁主任（也是多年以后我的博士导师）等中医科领导的热情支持，从此开始了我理论与实践结合、医史为现实服务的新路。1988年我研究生毕业后进入第四军医大学，在教学科研的同时，西京医院中医科的门诊才真正意义上开始了我的应用经方阶段，也使我有了用经方这个锐利武器大干一场的梦想。“经方治疗疑难杂症的探讨”“麻子仁丸治遗尿”“中药治疗带状疱疹后遗神经痛30例”“阳痿从湿热论治四法”“寒热并用方治疗内科杂病之验”“半夏泻心汤治疗萎缩性胃炎”“大黄牡丹皮汤治疗结肠曲综合征12例”等论文就是在这一时期产生的。1992年科学技术文献出版社出版了我的第一本书《经方各科临床新用与探索》，其中就有不少为我临床所悟。此外，我还参与多个新兴学科的研究，参加了《社会医学》《医学伦理学》等著作的编写。由于教学科研成绩突出，1992年我被破格晋升为副教授，比正常晋升至少提前了2年，这在当时就是新闻了。《中国中医药报》1993年曾以“青年中医王三虎被破格晋升副教授”为题，对我“坚持医史为现实服务的方针，坚持理论与实践结合，继承与创新并重，定期上中医门诊，取得了比较好的成绩”晋升副教授之事进行了报道。在社会上食疗热兴起之前，2000年上海科学技术出版社出版了我编著的《中医1000问·食疗篇》，本书介绍了食疗的起源，药食两用的谷、肉、菜、果等，以及一些常见病、慢性病的日常食疗方法。本书曾多次印刷，其在北大方正的电子版长时间稳居北大方正销售榜首位，多年后才被英语教材替代。