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除饥荒之外，对人类威胁最大的就是传染性疾病。
鼠疫
在历史上，鼠疫有过三次大范围的传播。第一次鼠疫大流行发生在6世纪的东罗马帝国，这场鼠疫快速席卷了欧洲，并在世界范围内造成至少2500万人死亡，这是当时世界人口的13%。第二次鼠疫大流行则是众所周知的黑死病，14世纪，来自亚洲的黑死病造成了约7500万人的死亡，欧洲的人口减少了三分之一以上。1894年，在广东爆发鼠疫，并传至香港，最终波及60多个国家，死亡人数超千万。
流行病在新大陆
1492年哥伦布发现新大陆之后，大批欧洲人来到了美洲。他们身上携带了美洲原住民从未接触过的病毒与细菌。鼠疫、天花、霍乱、黄热病等流行病杀死了新大陆90%以上的人口，造成了原住民文化的崩坏与政治的混乱，欧洲的殖民也因此变得更加轻而易举。
流行病的消亡
随着医疗条件的改善，死于流行病的人越来越少。1720年，法国马赛爆发鼠疫，但是很快得到了控制。这也是近代以后在发达国家中最后一次发生鼠疫。第一次世界大战时，西班牙流感席卷全球，死于此流感的人甚至比第一次世界大战的死亡者还要多。但是在抗生素和疫苗被研发出来以后，人类已经不再畏惧流行病。1980年，世界卫生组织宣布天花已经被消灭。在与疾病斗争的这上千年历史当中，人类似乎即将获得最终的胜利。
在人类尚未认识到病菌存在的时候，流行病往往被认为是天谴。随着科技的进步，人类对疾病逐渐有了清晰的认识。以认识的进展为基础，人类逐渐摆脱了对流行病的恐惧。
鼠疫并不是一种通过老鼠传染的疾病。鼠疫的传播途径是老鼠身上的跳蚤。跳蚤携带鼠疫杆菌，潜伏在老鼠身上，老鼠通过贸易的商船、车马等人类的交通工具逐渐将跳蚤带到世界各地。跳蚤从老鼠身上转移到人类身上，并通过叮咬传染病菌。大规模流行开始的时候，如果不及时处理尸体，使尸体成为老鼠的食物，不仅会令老鼠增加，还会感染更多的老鼠和跳蚤。
黄热病 毒是第一种被发现的病毒，它通过蚊虫叮咬传播，死亡率高达30%—50%，至今依然肆虐在非洲与南美洲。1900年，一个医疗组织进行了实验，证明这种病是通过蚊子传播的。
青霉素是人类发现的第一种抗生素。美国制药企业于1942年开始对青霉素进行大批量生产，最后被广泛运用于救治第二次世界大战中的伤兵，拯救了无数生命。直到今天，它依然是被广泛使用的抗生素之一。
疫苗是一种生物制剂，通过接种可以使人获得对特定疾病的免疫力。第一支疫苗是牛痘病毒，这种病毒是天花的近亲，因此1796年它被接种在人身上以对抗天花，并获得了成功。