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近代思想变化的起点究竟是什么时候？是鸦片战争吗？讨论近代思想时，可以直接从汉学谈到新学吗？在两者之间是不是有第三种思想力量，也就是宋学的复兴？而宋学的复兴究竟只是一种古代学说单纯的回潮，还是代表一个新时代的动向？
首先必须指出，在鸦片战争之前，中国内部已面临几种挑战。第一是内治的问题，动乱接踵而来，各种制度也出现问题，尤其是风俗道德方面，其中最令人触目惊心的是官僚的贪污腐化。正因为人们对贪污腐化触目惊心，所以会出现像魏源（1794—1856）等人的“挑菜会”以及倭仁（1804—1871）等人的“吃糠会”
。第二种挑战是大家所熟知的鸦片及外夷的问题。
鸦片战争之前传统学问已经起了种种变化。这些变化的原因很复杂，有的是学术内在发展的结果；汉学内部出现了许许多多因内在问题而产生的所谓“典范危机”。但最重要的是知识与现实、知识与人生的关系出现裂痕。当时知识分子有一个疑问：为何考证学如此发达，出版的书这么多，而现实世界如此龌龊混乱？这个现象显然与清初大儒的主张相违背。清初大儒说，研求圣经贤传的最终目的是为了能再返三代之治。但是清季学者开始质疑这个大前提：将三代社会的真相弄得愈清楚，好像也愈不可能把三代的理想付诸实行？是因为人们不肯留心致用，还是因为六经的社会与清代社会已经完全不同，以致不可能将六经原原本本地行诸当代？简言之，这时候产生了一种深刻的“知识与现实世界断裂”的危机感。人们怀疑当时居学术界主流地位的汉学考据，究竟与现实政术及道德风俗有何关联？这一门学问是不是完全失去了现实关照性，以致学术自学术、社会自社会，汗牛充栋的考据学著作非但不能为现实世界带来一尺一寸的进步，反倒有恶劣的影响？
在《书林扬觯》一书中，方东树（1772—1851）便将当时学问与现实世界的巨大断裂说得非常坦白、非常激烈。这本书虽然是在道光十一年（1831）刊行的，但发愿撰写则在道光五年（1825）的春天。他说当阮元（1764—1849）创建学海堂书院的来年，阮氏首先以“学者愿著何书”问堂中学生，方东树听了觉得非常感慨，他认为这个问题大错特错，阮元不应该只问学者想写什么书，而不问所写的书有什么用。故他慨叹后世著书太容易，“殆于有孔子所谓不知而作者”，于是发愤写成十六篇文章，其中有不少直接或间接批评清儒拼命著书而不管现实的风气。他在终篇中说：
藏书满家好而读之，著书满家刊而传之，诚为学士之雅素，然陈编万卷，浩如烟海，苟学不知要，敝精耗神与之，毕世验之身心性命，试之国计民生，无些生益处……此只谓之嗜好，不可谓之学。
这段话必须放在道光朝学术的背景下看。方氏是针对乾嘉学者拼命考证著书，只管在学术社群中树立地位与声望，而不管他们的专业研究与整个社会的福祉是否有任何关系而发的，所以他说那样拼命著述，如果“验之身心性命，试之国计民生，无些生益处”，则只能说是“嗜好”，不能称之为“学”。所谓“学”，照传统儒家的理想，应该是承担天下国家的实政实务。故他说：
君子之学，崇德修慝辨惑，惩忿窒欲，迁善改过，修之于身，以齐家治国平天下，穷则独善，达则兼善，明体达用，以求至善之止而已，不然，虽著述等身，而世不可欺也。
方东树代表道光年间一大批希望转弦易辙的士大夫共同的想法。他们都不满意当时学问的性质以及学问与社会的关系，他们想追求一种理想的人格，简言之，一种整合政事、文章与道德为一的整体观念。
他们也为宋学，乃至整个宋代申冤，认为许多考据学领袖无情地攻击宋学，乃至于“使有宋不得为代，程朱不得为人”
。他们认为宋学不但是中国学术的高峰，而且宋儒对先秦儒家的把握，其实是最高明的，宋儒对现实的关照也远胜于考证学者。这一个将文明发展之注意力由汉转向宋的方向，是清代后期思想史中一个关键性的变化。
以上这些观点基本是鸦片战争以前知识圈中的一个“意见气候”（climate of opinion）。不过毫无疑问的是，鸦片战争的失败，使这一发展变得更加激烈。如果不能掌握上述的“意见气候”，便不能了解方东树的思想倾向，而如果不能掌握方氏的思想倾向，就不能了解他为什么敢冒天下之大不韪，写出了《汉学商兑》这部奇书。
在这里我要先用《仪卫轩文集》中的材料，来说明方东树的思想意趣，然后再谈《汉学商兑》（简称《商兑》）。
方东树尊宋颂宋的态度与桐城文派有关。他的父亲是姚鼐（1732—1815）的学生，而他自己也曾经长期从学于姚氏；他的交游圈基本上也以桐城文派为主，这些人都看重朱学，对于陆王不能没有怀疑
，对于考证学，则常持激烈批判的态度。方氏在许多著作中都透露了他尊朱的热情，如《重刻白鹿洞书院学规序》：
慨然想见朱子当日所以集群儒之大成，使斯道昭明，如日中天，其遗文教泽一字一言，皆如布帛菽粟，后之人日游其天而不能尽察也。……必欲兴起人心风俗，莫如崇讲朱子之学为切。
他说六经都是为了致用的——“六经之为道不同，而其以致用则一也，此周公孔子之教也”，而这个宗旨“唯宋人为大得”。
《仪卫轩文集》中有几篇长文，都是为了辩驳汉学家中相当流行的“理学亡国”论
，譬如在《明季殉难附记序》中说：
世之鄙儒乃犹痛诋道学，力攻程朱，甚且以明之亡归咎于讲程朱之学，是恶知天下古今得失之大数乎？
他又说清儒“毕世治经，无一言几于道，无一念及于用，以为经之事尽于此耳矣，经之意尽于此耳矣。其生也勤，其死也虚，其求在外使人狂，使人昏荡”
。他认为这是因为考据家只为了求在学术社群中的名声，而不顾其他。他鄙薄考据学大师钱大昕（1728—1804），在《书钱辛楣〈养新录〉后》中说：
然则其所作《廿二史考异》亦何用也，不过搜觅细碎眩博以邀名而已。
他痛斥考据大家阎若璩（1636—1704），在《潜邱札记书后》中一再强调，为了名，这些学者可以不要天下国家
，说他们：
虽窃大名，亦徒荣华于一朝，而末由施用而不朽。
他也批评清儒之学有愈走愈窄、愈来愈小、愈来愈琐碎也愈来愈离开现实的趋势，对于宋人之学也愈来愈不能以公平的态度去对待。在《潜邱札记书后》中，他说顾炎武（1613—1682）的书还有“本领根源”，所以其书尚莫能废；到了阎若璩，已经变小了——“其体例不免伧陋，气象矜忿迫隘，悻悻然类小丈夫之所发。”
到了惠栋（1697—1758）、戴震（1724—1777）、臧琳（1650—1713）等，又变得更小，更无是非，而且“专与宋儒为水火”
，他们的学问不过是取汉儒破碎之学加以穿凿而已。他特别点出扬州江藩（1761—1831）等人是使得汉学走入窄小狭仄之局的关键人物，在《复罗月川太守书》中他说：
此其风实自惠氏、戴氏开之，而扬州为尤甚。及其又次者，行义不必检，文理不必通，身心性命未之闻，经济文章不之讲，流宕风气，入主出奴。
引文中的“扬州”指江藩等人。在他们主导下，学问风气“弃本贵末，违戾诋诬，于圣人躬行求仁修齐治平之教，一切抹杀，名为治经，实足乱经，名为卫道，实则畔道”
。所以他要向这些被“扬州佬”所窄化的学问开火。这也是为什么此下我要花费一些篇幅谈方东树与扬州学圈的关系。
在考证学初兴时，人们并不将自己局限于汉学。把汉儒之学与孔学等同起来的新典范基本上由惠栋所确立。在《九经古义》的序中，惠栋认为，由于经书的意义唯有通过汉儒的注解才能被正确地把握，所以后人不应该作有别于汉儒的解释。
苏州与扬州是惠栋阵营的主要根据地，他的学生江声（1721—1799）、余萧客（1729—1777）等人都活跃于这些地方。扬州是清代中期最繁华的城市。只要一览当时全国交通图，便可知它是水陆交通辐辏之地，提供了一个极便利的交通网；而只要一查清代藏书家的资料，也知道扬州同时也是藏书极富之地，在官方藏书方面，《四库》的七份抄本中，便有一份在扬州，再加上当地盐商大贾对学术文化的赞助，吸引了全国各地的文人学者。扬州的学风也深深影响过往的学者，戴震在扬州停留三年之久后，思想便很受惠氏之影响，尤其是反宋学的态度。
扬州也孕育了阮元及江藩两位汉学领袖，他们都是余萧客的学生，算是惠栋的再传弟子。阮元是一位极成功的学术官僚，曾任浙江巡抚、两广总督，并成为考证学的重要支持者；比起阮元，江藩便寒微得多了，他不曾获得任何功名，但这并不影响他成为一位学术领袖。江藩也曾试着通过相应渠道获得仕进机会，并曾在1786年详注乾隆的诗进呈皇帝，但是，当时北京正因林爽文事件而一片混乱，故乾隆无暇分神应付江藩。
失去这次机会后，江藩来往于北京、扬州、杭州等地。在这段日子里，他的名著《国朝汉学师承记》（简称《师承记》）逐步成形。1811年，这部稿子已大致完成，并在江南学者手上流通，1817年，二十六岁的龚自珍（1792—1841）也看到这份稿子，并写信反对江氏以“汉学”二字称呼清代考证学。不过，江藩并未为其所动。江藩在1818年受阮元之邀到广东参与《广东通志》的编纂工作，同时刊印《师承记》。
在《师承记》中，江藩对汉学与宋学作了非常清楚的划分。他很不情愿地把两位清代考证学开山大师顾炎武、黄宗羲（1610—1695）放入《师承记》的附录部分，主要是因为他们仍与理学的传统有关，并曾参与抗清的活动。
他把不是完全符合汉儒训诂之学的摒弃不录
，与宋学有一点牵连的也概被拒绝
。故恒慕义（Arthur Hummel）形容江藩的这部书是第一次系统建立清代经学系谱的尝试。
《师承记》得到阮元的大力支持。阮元在该书的《序》中强调说，因为汉儒接近儒家先圣的时代，而且是在道家与佛学被大量吸收之前，他们对儒经的训诂比后来的人更为可靠。
阮元表示他完全同意江藩的去取标准。从1825年起，阮元开始编刊《皇清经解》，他在选目时所立的标准也大致与《师承记》相近。
方东树比江藩还落魄。方东树数度参加科考，但直到五十岁仍未能博得一第，他在江南各地转逐，过着相当贫困的生活。从后人为他作的年谱中我们可以看出：他一生大部分时间都在寻求职位糊口
，尤其是漂泊扬州那几年更是难堪
。因为家贫，以致一家数口死去多年迟迟未能下葬。他的妻子贫病将死之际，方氏却为了糊口，不得不辞家远行，而且为了保住馆职，即使听到祖母病危也不能即刻赶回。像这类例子，在苏悖元（1801—1857）为他编的年谱中真是随处可见。在《答姚石甫书》中，他这样说：“仆孤穷于世，匪独无见收之人，乃至无一人可共语。”
他的孤立是两方面的，经济上的窘促，学问上的孤立，而这些都与他是宋学的鼓吹者而不是当令的考证学家有关。其实这并不奇怪，在汉学极盛的时代，理学家不易得到学术主流的青睐。以方东树的老师姚鼐为例。姚氏虽然在朱筠（1729—1781）的推荐下，于1771年进入四库馆撰写提要，但是因为他的理学背景，所撰提要经常被其他馆臣抵制，逼得姚氏最后辞职离开。
离开四库馆后，姚开始公开表示他对汉学的强烈不满。
姚鼐早年也曾想接近考证阵营。他曾希望成为戴震的学生，但被戴氏婉拒了。即使是离开四库馆并公开批评汉学，但他对汉学的长处仍有充分的认识。他所不同于当时考证学者的，是希望合义理、考证、辞章为一，而且他认为这对考证学的发展有利。在他的学生中，也有不少人娴于考证，方东树便是其中一个。在《汉学商兑》中，方东树便公开承认清儒在音韵训诂之学上的成就古今无双。他不断提醒学生，朱子并不曾轻视训诂音韵之学，并强调自己对它们的重视也不减于并世的考证学者。
方东树颇能欣赏清儒的某些作风。在《汉学商兑》的《序例》中，他称赞余萧客的《古经解钩沉》详注所引材料之出处。
引书注出处虽起源更早，但是到清学才形成一个特色，《引书考》一文的出现即一例证。
方东树在《商兑》一书中便刻意模仿这种体裁。他很明显地是想吸收汉学的长处，并摆脱宋学玄想无根之病。
1819年春天，方东树在《广东通志》局中成了江藩的助手。没有任何资料显示二人相处的情况。我们所知道的是方东树在完成所负责的工作之后便离开广东了。方东树曾于五年后重返广东，在阮元的家中教馆。当时《皇清经解》的刊刻工作正如火如荼地展开着，而在这套大书中，凡是牵涉理学的作品多被排摈，即使是那些被尊为清学开山之作的名著也不例外。
这可能使得一旁的方东树感触良深，一般相信，就在1824这一年，《汉学商兑》的稿子已大致写成，不过它是在1831年，也就是《国朝汉学师承记》出版十三年后才刊行。江藩就在《商兑》出版的这一年去世。有趣的是，针锋相对的两本书都由阮元所刊行，这或许象征着阮元后来逐渐显露出的一种同时包容汉宋之学的趋向。
《商兑》一书主要是为宋学辩护，同时攻击汉学的缺失。在撰写的过程中，方氏时时不忘以子之矛攻子之盾。他不断地展示自己的考证学素养，然后从内面来攻击它。为了擒贼擒王，考证学大师惠栋、戴震、钱大昕、阮元都成了攻击目标，尤其是那些反对讨论宋明理学的人。
方东树批判他们的方式通常是先引用一段考证学者最具代表性的话，然后施以尖刻的批评。我们可以清楚地感觉到，《商兑》的第三部分明显是针对江藩的《国朝汉学师承记》与《国朝经师经义目录》而发的。
当汉学考证达到高峰时，几乎无人敢撄其锋。章学诚（1738—1801）《文史通义》中因有大量批评考证学者的文字，所以整部刊行是在他死后的事。清季陈澧（1810—1882）有一大批未刊稿在20世纪初被发现，它们之所以未刊，也是因为其中有太多攻击考证学的文字。这说明在“狐狸”当道时，极少“刺猬”敢公开挑战。
因此，像《汉学商兑》这样一本系统而大胆地攻击考证学之书在1831年出现时，不能不说是石破天惊之举了。
首先，方东树指出汉学考证所面临的一个典范危机。由于清儒大多认为六经是一个系统，所以这个体系内的矛盾并未被严肃地考虑过。而清代的考证学者心中也大多假设：通过客观严谨的考证，可以恢复古代各种历史制度之真貌。而且因为这是客观的研究，而不是理学家的玄思，故可以避免缴绕不休的争论。
这种乐观的自信，在凌廷堪（1755—1809）《校礼堂文集》中的《戴东原先生事略状》里表现得最清楚：
昔河间献王实事求是，夫实事在前，吾所谓是者，人不能强辞而非之。吾所谓非者，人不能强辞而是之也。如六书九数及典章制度之学是也。虚理在前，吾所谓是者，人既可别持一说以为非，吾所谓非者，人亦可别持一说以为是也，如理义之学是也。
这种乐观的自信也时常为出土文物所证佐。譬如戴震对古代的钟所做的历史重建工作，在乾隆中期被一个在陕西出土的实物所印证。
但方东树敏锐地指出，清儒对同一个名物器数的研究却常常得出互相冲突的结论。讲求客观的考证学家却无法保证其客观性。方东树因为熟知考证学的成果，所以他很快发现这一个各人研究成果不能互洽的现象。他非常敏锐地指出：
又按汉学诸人，坚称义理，存乎训诂典章制度，而如考工车制，江氏有考，戴氏有图，阮氏、金氏、程氏、钱氏皆言车制，同时著述，言人人殊，迄不知谁为定论。他如蔡氏赋役，沈氏禄田，任氏、江氏、盛氏、张氏宫室，黄氏、江氏、任氏、戴氏方服冕弁，各自专门，亦互相驳斥，不知谁为真知定见。
方东树说，过去在王阳明良知说的影响下，因为每人皆以一己之心作为依据，各执一是，争端百出。而清儒正是以客观考据来取得确定答案。何以声称确定而客观的汉学，竟然言人人殊，莫衷一是，就好比不同的人做同一组实验，却又得出不同的结论来。方东树认为这一现象本身即蕴含着汉学内在的危机。
接着，方东树认为清学有一种从“实学”到“虚学”的现象。考证学有一个共喻的前提：当儒家经典的原义以及制度器数的原貌被重构后，圣人的理想便可以付诸实行。至少在清代的初期，名物度数研究的最终目的是要治国平天下。即使到了清代中期，考证大师们如戴震、钱大昕等仍然奉行这个主张。
但是，考证学的发展却逐渐遗弃了这个前提。在现实中，因为文字狱的压力，使得士大夫不太敢在经世或现实批判上用心。但最出人意料的是，学者们发现，即使车制、明堂、冠冕之制皆能一一恢复三代之旧，而且没有内在的矛盾与争论，它们也未必能在当代社会中实行。讽刺的是，当这些车制、宫室没有考证清楚之前，彻底复返三代之旧的热情，是无法浇熄的，一旦把它们弄清楚后，反而觉悟到原来它们无法付诸实行。在考证学的先驱们身上，这个困境已经出现了。顾炎武要以三代声音改换今音，可是有一次他做客于朋友之家，清晨晏起，朋友对他大喊“汀茫久矣”时，顾氏竟大惑不解。后来经过朋友点明才知道，“汀茫久矣”是“天明久矣”的古音，足见以三代之旧施之于当世的困难了。既然三代之旧不能在当世实行，而且也没有什么人积极想推动它们，那么所谓“实学”又在何处落实呢？方氏说：清儒夸称他们所治的学问是言必有据，证必多端。相对于理学家而言，他们引证丰繁，也确是至“实”之学，但是到头来却在现实致用上成了至“虚”之学。《周礼》难读，而戴震有解；名物难知，而程瑶田（1725—1814）《通艺录》中有图。
可是，考古的热情虽在，将“古”实施于“今”的可能性没有了，愿望也逐渐褪色了，方东树在《汉学商兑》中便引了一节段玉裁（1735—1815）描述其师戴震学术精神的话，并施以激烈的批评。段玉裁是这样说的：
由考核以通乎性与天道，既通乎性与天道矣，而考核益精，文章益盛，用则施政利民，舍则垂世立教而无弊。
方东树批评说：
汉学诸人，言言有据，字字有考，只向纸上与古人争训诂形声，传注驳杂，援据群籍，证佐数百千条，反之身己心行，推之民人家国，了无益处，徒使人狂惑失守，不得所用，然则虽实事求是，而乃虚之至者也。
方氏同时也指斥汉学的两大问题：第一，他说“由考核以通乎性与天道”之说是荒谬的，因为考据工作虽“证佐数百千条”，但与“反之身己心行”却毫不相干；第二，他说考据工作“推之民人家国”，亦了无益处，不得所用。故不管从道德或政治上看都没有价值。方东树抱怨说，考证学承诺要将所考的名物施之于用，可是他们花了极大力气去考证，却花最小的力气讨论如何将它们付诸实行。
稍后魏源也说过，他并不反对考证可以得先圣之道，但即使这样，考证工作仍无益于后人，因为先圣之道在现世已用不上了。
方东树更进一步说明性和天道何以不需“考核”也可以了解。他说，人们不必查《说文解字》才懂得什么是忠、孝、仁、义
，说得相当尖刻而深入。此外，方东树还从五个方面瓦解汉学研究的基础。第一，汉学家认为“经”与“道”可以画上等号，而“诂经”是通往“道”的快捷方式。阮元的一段话说明了这一点：
圣贤之道存于经，经非诂不明。
阮元为考据学者的工作寻找根据说：古经典因长久传衍而大幅残缺，它们的意义也难为后人所把握。而汉儒因年辈接近孔子及其弟子，所以他们对经书的训解是掌握经书原意的快捷方式。
但是，方东树将这条大锁链的第一环解开了，“经”不等于孔子的“道”，所以通“经”不一定即掌握了“道”，而通汉儒的训诂更不能说是掌握了“道”。方东树说许慎与郑玄这两位清代考证学者最为推崇的大师都犯了一大堆错
，后人何能借由他们及他们同时代人的训解去掌握经书之原意。
第二，清儒有一种相当普遍的态度，认为要懂得先圣的义理得从考据入手，因为后人对古圣贤的语言文字与典章制度有所隔膜，必须通过考据的功夫才能通古人的“心志”。戴震曾抱怨说：
今人读书，尚未识字，辄薄训诂之学。夫文字之未能通，妄谓通其语言，语言之未能通，妄谓通其心志，此惑之大者也。论者又谓：有汉儒之经学，有宋儒之经学，一主训诂，一主义理，夫使义理可以舍经而求，将人人凿空得之，奚取于经乎？惟空任胸臆之无当于义理，然后求之古经，而古今悬隔，遗文垂绝，然后求之训诂，训诂明则古经明，古经明而我心同然之义理，乃因之以明。古圣贤之义理，非他，存乎典章制度者是也。昧者乃歧训诂、义理而二之，是训诂非以明义理，而训诂何为？义理不存乎典章制度，势必流入于异端曲说，而不自知矣。
方东树批评这段话说，这是戴震最有代表性、影响最大，而所犯的错误也最大的一段话。方东树说，经书的意义不一定非通过训诂与文献考证才能把握。他说：
若谓义理即在古经训诂，不当歧而为二，本训诂以求古经，古经明，而我心同然之义理以明，此确论也。然训诂不得义理之真，致误解古经，实多有之。若不以义理为之主，则彼所谓训诂者，安可恃以无差谬也？
他并非决绝地认为考证训诂完全无用，但他认为在了解古圣的过程中，“义理”应该是优先的，而且没有“义理”，训诂会出现差错：
总而言之，主义理者，断无有舍经废训诂之事，主训诂者，实不能皆当于义理，何以明之？盖义理有时实有在语言文字之外者。
方氏认为主义理者——主要是指以当时桐城派为代表的宋学家们，必定不废训诂，而且义理时常存在于语言文字之外。方东树是在提倡一种新的诠释态度。他认为圣人的道理是比六经更广泛的东西，其中还有一部分不在文字中，属于人的义理心性，不是文字训诂之学所能穷尽的。所以，如果以为经典考证能尽圣人之道理，则是将圣人看小了。
乾嘉考证有一种类似“诠释学循环”的方法，要人先知字之诂，而后治句之义，然后通全篇之义，进而窥全书之旨。复须通全篇之义或全书之旨，庶得以定某句之意，解全句之意，庶得以定某字之诂。
方东树则要求超出由部分到整体，再由整体到部分的诠释风格。他说当学者从事考据工作时，对事物的“理”的了解应时时在其心中，所以他特别反对阎若璩所说的“治经不必拘理”，认为这句话如果用来说天文历算之学还可以，但不可以说治一切经文都可不拘理而专求之于训诂。
他认为只有机械性的文字训诂并不能真正通经之义，从事考证工作时必须有义理贯穿其间才能深入，这也是为什么他与其师姚鼐一样，极力反对将考证、义理、辞章三分，而坚决主张三者应该形成有机的结合。他说一段经文的意思常需从“语气”上加以把握，而这种精微的技巧不是窄狭的考证学者所能欣赏的。
在《汉学商兑》中，他不但举例说明何以当义理与考据结合时，可以比纯限于文字训诂的方法了解得更为透彻
；他甚至挑战时人：究竟是宋儒还是清儒对古圣贤的“心志”把握得更贴切？
方东树进一步反驳戴东原以义理存乎典章制度之说法。他说道，义理并非都能从历史事实上推导出来。譬如，人们并不能从三代制度中推出“钦”、“明”、“安”、“恭”、“让”、“慎”、“诚”、“忠”、“恕”等道理。
他说：
若夫颇通于训诂，而实不识字，详于制度，而实昧于义理，如戴圣、马融、扬雄，或不识节义字，及进退守身义理，又何说也？盖忠孝信义，进退取予廉耻等字，不特读《苍》《雅》《说文》，而世无不明者，古今学人，或不识得，岂为不晓训诂之故与？
义理也不必通过精研训诂文字，或精通古代的礼仪或典章制度才能获得。而且，要紧的不只是是否明白古圣先贤之道理，而是如何付诸实行的问题。方东树扼要地说：
盖不患不明，第患不行耳。
在这里，他将知识与道德实践之间脱节的问题又重新提出来。
方东树除了攻击清代汉学方法论的典范，对清代中期以来兴起的一股新哲学思潮也感到十分不满，这股新哲学是通过考证对宋明理学的一些概念作新诠释，以戴震、阮元、焦循（1763—1820）、凌廷堪等人为主将，希望以回复经书中这些概念的原义来取代已经被佛道思想沾染的宋明儒的概念。
戴震是这一股新诠释风潮的重要开启者，而阮元及其他一批考证学者是热心的追随者。他们的目标是将理气心性等道德名词的诠释权从宋明儒手中抢过来，以考证训诂复其“本义”——通常是较少理气心性的成分，比较朴素的意义，而汉儒的注释常被引用来支持这一派新哲学，最足以代表这派新哲学的是戴震的《孟子字义疏证》。当该书出现时，只有洪榜（1745—1780）真正支持他
，但是到了阮元的时代，戴氏的风格与方法已经有了大量的模仿者及追随者。方东树感受到这股学风的压力，几十年后，曾国藩（1811—1872）也不约而同地表达他对此“入室操戈”之风的忧虑。
在这股新哲学思潮中，最令方东树忧虑的是扬州学者凌廷堪、阮元的“以礼代理”思想。阮说“理必出于礼也”
，并强调这是摆脱人人皆坚持自己的“理”以致纷纷相争，而获得一种确定性的办法：
以非礼折之，则人不能争；以非理折之，则不能无争矣。故理必附于礼以行；空言理，则可彼可此之邪说起矣。
阮元这段话多少提示我们：清代学问，尤其是礼学的兴起，与理学内部对人人皆“理”、人人皆“良知”之间的纷争与相持不下有密切的关联。
方东树反驳说：“理”是万事万物的“所以然”，所以，“理是礼之所以然”，“礼”只是“理”所涵括的一个部分，故绝不能“以礼代理”。他说：“凡事凡物之所以然处，皆有理，不尽属礼也”
，而且行礼时也不能无“理”在胸中：
夫谓理附于礼而行，是也；谓但当读礼，不当穷理，非也。理斡是非，礼是节文，若不穷理，何以能隆礼？
由此可见，方东树坚持不管是作考据功夫，或是讲礼，都必须有“理”、“义理”在心中。否则所得或为皮相，或为形式，或为枝节。照方东树的意思，如果真要深入汉学，必须融会宋学，否则无法真正深入。这个说法已为清季汉宋融合之风启其先端。
《汉学商兑》一方面批判汉学，从各个方面攻击它行之逾百年的典范，同时也处处指出它内在的技术危机，而最终目的是要恢复宋学，并挽救知识与道德、知识与社会断裂的危机。
方东树是这个思想复兴运动的前驱。在他之后，逐渐地有一批人活跃起来，敢于明白地发掘原先掩盖在汉学考证之下的一片天地。有关这一段历史的讨论已相当多，在此不赘。此处想强调的是：这个新的思想方向，带来一种面向当世社会的学风，也带来一种用心整顿社会风俗与道德秩序并积极塑造自我人格的风气。
《汉学商兑》一书在19世纪30年代的影响还不算大。方东树的学生苏悖元曾宣称《商兑》出版之后，考证之学随之渐熄
，这自然是个夸张的说法。汉学到晚清仍未衰歇，而且在民国学术史中仍占一关键地位。不过，我们可以说它打破了汉学一元垄断的局面。此后汉学并未马上衰微，但是它的独占性渐成过去。有一群关心时政的学者马上被反汉学与兴宋学的风气所吸引，像陶澍（1779—1839）、李兆洛（1769—1841）、陆继辂（1772—1834）、毛岳生（1791—1841），都对方氏表示支持之意。《商兑》一书说服了人们在汉学独霸之局下，宋学仍有值得注意之价值。不过，在讨论《汉学商兑》对学界的说服力时，必须注意到时代背景。事实上有许多人是因为拿它与时局相对照，才逐渐明白书中对汉学的反省与攻击有其现实性。在《商兑》出版之后，清朝便面临了巨大的困局，对照现实的变局，汉学的无用性愈发明显，而宋学虽不一定是理想的选择，但当时复兴宋学的人大多尝试着把学问与现实互相扣联，而且产生过相当的效果，道光以后许许多多在经世致用上有重大本领的人，都与宋学复兴有关，二者之间的消长之势遂逐渐形成。李兆洛说，他原是反对宋学的，可是《商兑》一书使他变得同情宋学。而《商兑》大胆攻击汉学，清楚而系统地说出许多久蓄于人们心中，但不知如何说或不敢说的不满汉学的话
，也为它吸引了一大批有志经世的士大夫。
方东树曾寄望阮元来改变当时学术主流的弊病，在《上阮芸台宫保书》中说：“今日之汉学亦稍过中矣，私心以为于今之时，必得一非常之大儒以正其极、扶其倾，庶乎有以挽太过之运于未蔽之先，使不致倾而过其极。……当今之世，能正八柱而扫秕糠者，舍阁下其谁与归？”
有一种说法认为阮元晚年颇为欣赏方东树的书。
但是这个传言是方东树的学生郑福照所留传下来的，使得它的可靠性减低不少。
汉学阵营当然很快地群起围攻。李慈铭（1830—1894）批评方东树愚而无用。
张之洞（1837—1909）、缪荃孙（1844—1919）、汪之昌（1895—？）、黄清宪也都做过猛烈的批评。他们的攻击与李慈铭相当不同，他们认为方东树并不愚，他对汉学的神髓有相当深入的掌握。但他们污辱说方氏是因为无法成为一流的考证学家，故转而以攻击汉学为生。
清末章太炎（1869—1936）提醒时人：方东树对声音训诂之学很有素养，而且他对汉学的攻击并非全无根据。
太炎这位清学最后的大师对他所继承的学术传统也有相当深刻的反省，他批评清学“琐碎识小”
，在某种程度上这也正是方氏的见解。
《汉学商兑》一书也标志着汉宋相融的新发展。一般相信：曾国藩曾受方东树的影响，而主张汉儒“实事求是”之学无异于朱熹的“格物穷理”。
主张汉宋相融最力的陈澧在《东塾读书记》中则指出，朱熹也极力强调“学”的重要性。
依钱穆（1895—1990）的研究，他们两人都曾受方东树之影响。当清季一位学者林国赓为他的老师金均龄（1811—1890）——一位主张汉宋相融的学者——所写的《理学庸言》作序时，林氏说有了这一部书，《汉学商兑》就可以不作了。
这段话也曲折地点出，在《商兑》出版半世纪后，人们还是把它当作是要求汉宋融合的嚆矢。