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晋元帝档案：
生卒年：公元276年—公元322年
年号：建武、大兴、永昌
在位时间：公元317年—公元323年
谥号：元皇帝
庙号：中宗
晋元帝名司马睿，字景文。司马懿曾孙，司马觐子。袭父位封为西晋琅琊王，任安东将军，都督扬州江南诸军事。
当西晋皇室正处在动荡险恶的政治环境之中时，司马睿为避杀身之祸，采取恭俭退让的方法来尽量避免卷入斗争。
当时，司马睿在洛阳与出身于北方头等士族的王导交往甚密，而琅琊国又恰好与司马越的东海国相邻。当司马越收兵下邳，准备西迎回惠帝时，司马越起用司马睿为平东将军兼徐州诸军事，留守下邳，为他管理后方。司马睿受命后，请王衍从弟、参东海王司马越军事的王导为司马，委以重任。
公元304年，“八王之乱”进入高潮。东海王司马越挟持晋惠帝司马衷亲征邺城。当时，坐镇邺城的将军是皇太弟成都王司马颖。之后，司马颖击杀了执政的长沙王司马颙，强迫惠帝立他为皇位继承人。在取得了都督中外诸军事、丞相等职务之后，司马颖将皇帝的乘舆服御尽数劫入自己的领地，并以邺城遥制洛阳。司马颖的横暴和专权，也引起了另外一些实力派人物的不满。尚书令司马越趁机以惠帝的名义发布檄书，征召四方军队讨伐司马颖。时任左将军的司马睿奉命参加了讨邺战争，两军在荡阴展开激战。结果司马越兵败，遁回封国东海。惠帝及随军大臣被司马颖劫掠入邺，司马睿也在其中。不久，司马睿的叔父东安王司马繇因得罪司马颖而遭杀害。司马睿害怕祸事殃及自己，潜逃出邺。在奔往洛阳的途中，他路过黄河岸边，曾被津吏捕获，险遭不幸。在司马睿到达洛阳后，马上将家眷接出赶往琅琊。
公元307年，司马睿与王导渡江至建邺，晋室政治中心自此逐渐南移江东。永嘉南渡后，王导始终掌握枢纽之地，王敦则出征讨伐上游，王氏家族位居显位者较多，这使“王氏与司马家共天下”的局面在江左维持了20余年，直到庾氏家族兴起，凌驾于王氏之上为止。
公元311年，晋怀帝被俘遇害，晋愍帝即位，封元帝为丞相和大都督中外军事。同年，晋愍帝也相继被俘，西晋灭亡。司马睿在晋朝贵族与江东大族的支持下，于317年称晋王，次年即帝位，是为晋元帝。改年号为“建武”。定都建康。史称东晋。
司马睿即位后，因为他在皇族中声望不够，势力单薄，本人才能也不高，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了政治家王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政，让王导的堂兄王敦都督江、扬、荆、湘、交、广六州军事，握有重兵，控制军权。其他重要的官职，大多数也由王导家族担任。东晋王朝，实际上是王导和司马睿共同掌握的。司马睿在登基大典上几次请王导和他一起坐上宝座，接受群臣拜贺，王导谢绝。时人曾流传说：“王与马，共天下。”
司马睿在稳定了皇位后，开始不满“王马共天下”的局面，起用刘隗、刁协为心腹，以削弱王导势力，并暗中进行军事部署，试图最终全面排除王导势力。结果王敦先发制人，从武昌起兵击败刘隗，进入建康，杀死刁协。在王导的劝说下，王敦才退兵武昌，政权仍然由王导控制。
司马睿见无法动摇王导势力，自己名为天子，号令却不出官门，渐渐忧愤成病，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。
公元323年，司马睿病死于建康宫中的内殿。遗诏由太子司马绍即位。司马睿死后的庙号为“中宗”，谥号为“元帝”。
趣味链接：土断制
西晋灭亡，大量北方的世家大族流亡到江南地区，建立起了东晋政权。由于战乱，除了世家大族，很多普通百姓也迁移到了江南，成为流民。东晋政府为了安置流民，就在各地设置了侨郡、侨县。因为很多从北方迁移过来的侨民只在侨郡、侨县登记，却不在南方定居，所以政府对侨人是不征收赋税的。随着时间越来越久，北方渐渐被少数民族霸占，这些侨民已经不可能再回到以前的家，他们也就渐渐在当地定居，与当地人混居，但是仍然不缴纳赋税。这一点引起了南方居民的不满，晋政府为了缓和南北居民之间的矛盾，同时也为了增加国库的收入，便实行土断制。
所谓的土断制，就是整理户籍，居民不再区分是否侨民，一律都编入正式户籍，侨民的优待特权也被取消。在郡县的划分上，乔郡、乔县也被取消。由于社会的动荡，北人为了躲避战乱，不断地南迁，所以这一制度也一直沿用到了南朝。
晋明帝档案：
生卒年：公元299年—公元325年
年号：永昌、太宁
在位时间：公元323年—公元325年
谥号：明帝
庙号：肃宗
公元318年，司马睿即位为帝，司马绍被立为皇太子。司马绍极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻，当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都对其极其亲近、看重。司马绍曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人虽位高权重，但才智过人的司马绍丝毫不为异议所动。
此外，司马绍自幼好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。王敦之乱时，王室六军溃败，司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发时，中庶子温峤坚决谏阻，司马绍抽剑斩断马套绳，表现得非常决绝。王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人士所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。
晋元帝去世后司马绍即皇帝位，是为晋明帝。王敦虽于永昌元年（公元322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（公元323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父王舒，王舒于是与王导一同报告晋明帝，得以早做防备。及后，司马绍积极准备京师建康的防护。最终，于当年七月成功击败王敦派来进攻的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱被平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以王氏宗族各领诸州凌弱帝室的失衡情形。
太宁三年闰八月十九日（公元325年10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年26岁。谥号“明皇帝”，庙号“肃宗”，葬于武平陵。
晋成帝档案：
生卒年：公元321年—公元342年
年号：咸和、咸康
在位时间：公元326年—公元342年
谥号：成帝
庙号：显宗
晋成帝司马衍，字世根，明帝长子，母为庾文君。他自幼聪明伶俐，父亲明帝对其喜爱有加，并将其封为太子。明帝死后，司马衍即位，是为晋成帝，即东晋第三代皇帝。
由于成帝尚且年幼，遂明帝死前曾让王导等三位江南的世家大臣一起辅政司马衍，让他们给予年幼的司马炎支持。琅琊郡王导的家族非常强大，在朝政上的影响力和地位比当时的皇帝还要大。而且，假如没有王导的辅佐，无论是司马睿还是司马绍，都别想安稳地坐住自己的皇帝位置。也是因为如此，明帝虽然明知王导权势滔天，却还是不拿王导开刀，重用王导。
这也是明帝让王导辅佐幼帝的原因，可惜司马衍没能领会父亲的意图。他上台后不仅没有拿正眼瞧过王导，还无时无刻不想扳倒王导，但是由于年幼，没有实力，只得把自己的计划通过外戚庾亮等人来执行，企图依靠外戚的力量来抽空王导的势力，以振作自己的威风，却因为找错了人而失败。
成帝通过这次行动不仅没能扳倒王导，反而因为偏心、宠信于自己的舅舅们，放权给庾亮等人。但是庾亮胡乱疑忌大臣，任意杀逐重要官员，引起统治集团内部冲突。于是在公元327年的时候，将领苏峻和祖约以诛杀庾亮为名，起兵叛乱。由于叛乱得太突然，晋军几乎没有准备，马上就被敌军攻入建康。就在司马衍控制不住朝局的时候，陶侃和温峤起兵平定了叛乱。此后群臣恳请王导出山执政，才使处于溃乱边缘的东晋朝转危为安。可是，权力也因此而重新回到王氏家族手中。
在司马衍当权的16年间，国家也还算安定，但是这并不是因为当时的社会中没有战争，而是因为晋军的野战能力太弱，步兵和北方军队没有可比性，军事武装也不对门路，晋军一直奉行“打不过人家就跑”的战略，导致晋军和后赵军没有过多的正面冲突，仗自然也打不起来。
公元342年正月，司马衍感染重病。六月，病情加重，太医宣布救治无望后，司马衍接受群臣的建议，立自己的同母胞弟琅琊王司马岳为太子。几日后，成帝去世，司马岳即位。
司马衍在位16年，年号为“咸和”，死时年仅21岁，死后尊庙号“显宗”，谥号“成帝”，葬于兴平陵。
晋康帝档案：
生卒年：公元322年—公元344年
年号：建元
在位时间：公元343年—公元344年
谥号：康帝
庙号：无
成帝司马衍在病情加重时，需要立一个新的皇位继承人，但是成帝的两个儿子司马丕和司马奕尚在襁褓之中，而外戚庾冰为了自己家族的利益，为了自己掌权，请求成帝立同母兄弟琅琊王司马岳为皇位继承人，成帝最后同意了。成帝临终前，任命庾冰与中书令何充、武陵王司马晞、会稽王司马昱和尚书令诸葛恢为顾命大臣辅政，庾冰进号左将军。交代完后事，成帝逝世，司马岳即位，是为晋康帝。
司马岳，字世同，本是成帝的同母胞弟，自小性格平庸懦弱，在公元326年被封为吴王，后封琅琊王，喜欢研究书法，留有《女郎帖》于世。司马岳即位后大赦天下，封成帝的儿子司马奕为东海王，司马丕为琅琊王。
但司马岳在位期间，一直重用自己舅家的庾泳、庾翼等人，因为庾泳等人和康帝一样是主战派，主张主动进攻。为此，康帝封庾氏等人为大将军，让他们负责防范北方后赵国君石虎的南下入侵。但是，何充却不主张这样做，而且为了保全自己的势力范围，何充和弟子桓温致力于打击庾氏家族。
晋康帝像他的哥哥一样短命，只活了22岁。公元344年9月，司马岳得病，病情日益沉重，没过多久就死于建康宫中，谥号为“康帝”，葬于崇平陵。
晋穆帝档案：
生卒年：公元343年—公元361年
年号：永和、升平
在位时间：公元344年—公元361年
谥号：穆帝
庙号：孝宗
康帝死后却没有指定谁是嗣君，所以大臣们遥问带兵在外的庾泳、庾翼两人，两庾都认为在国有强敌的情况下，应当立年龄较大的皇室成员为嗣君，主张司马奕为君。
可是大臣何充和桓温却建议立只有两岁的长子司马聃为太子。晋康帝的皇后褚氏为了让自己的儿子即位，与何氏家族结成联盟，抱着年幼的司马聃开始垂帘听政，而晋穆帝日后娶的皇后就是何氏。对此，庾氏兄弟虽然对何充感到非常不满，却因为在外，鞭长莫及而束手无策。随着穆帝的即位，庾氏家族也就此分崩离析了。
何充过世后，改由蔡谟与司马昱辅政。司马聃初登大位，便以时任徐州刺史的桓温为安西将军、持节、都督荆司雍益梁宁六州诸军事、荆州刺史，居于东晋的长江中上游重地，权重无比。
桓温娶明帝司马绍之女南康公主为妻，为东晋姻亲。此人既有雄才，又有野心。他有意于收复失地，想借北伐建功立业，提高声威，以便代晋称帝。这时，占据蜀地的李氏成汉政权日趋衰乱。桓温把握战机，一举灭蜀，李氏战败投降。朝廷加封桓温为征西大将军、开府仪同三司。桓温灭蜀，名声大振，朝廷为之忌惮。会稽王司马昱于是用当时享有盛名的扬州刺史殷浩参执朝政，以对抗桓温。
此时，北方各国混乱不堪，桓温瞅准机会，几次上表北伐，但朝廷害怕他北伐成功后扩大权威，无法控制，遂故意拖延，搁置不议。直至永和十年（公元354年）二月，东晋政权才不得不同意由桓温率军北伐。桓温统率步骑四万，在蓝田大败秦兵。永和十二年（公元356年）三月，羌族酋长姚襄入据许昌，然后进攻洛阳。桓温再次从江陵北伐。八月，击溃姚襄，收复洛阳。虽然不久就因为粮运不继而撤退，但东晋的版图仍然有所扩大。
升平五年（公元361年）五月丁巳日，司马聃病死于建康宫中的显阳殿。两岁即位，在位17年，终年18岁。葬于永平陵（今江苏省江宁县西北幕府山南）。
晋哀帝档案：
生卒年：公元341年—公元361年
年号：隆和、兴宁
在位时间：公元361年—公元365年
谥号：哀帝
庙号：无
公元361年，穆帝司马聃病死，由于其没有子嗣，于是成帝司马衍的儿子司马丕即位，是为晋哀帝。这个说起来倒有点儿蹊跷，当初成帝死时，庾冰出于私心，没有立司马丕，现在穆帝无子，禇太后反过来立了司马丕。
哀帝即位后，无心政事和春花秋月，也不管冬去春来，只专心于寻访巫术、仙道。这似乎给寄托希望于他身上的当权者当头一棒。
蓬莱山远在天边，哀帝求不老之丹没有求到，服了两年的仙药，仙境难去而瘦骨嶙峋地躺在了病榻上，一个个噩梦，一次次惊恐，让他觉得自己离蓬莱仙山的路太遥远了。正因为哀帝是一个无心帝业的人，所以他没管燕国人、秦国人、凉州人、匈奴人、代国人和桓温。桓温也不客气，他毫不留情地清除异己，继续扩展自己的势力，成为东晋最有实权的人物。
侍中高崧劝谏说他投入政事，可哀帝就是不听劝谏。后来，哀帝因为药性发作，不能亲临政事，褚太后又临朝摄政。
兴宁三年（公元365年），司马丕也因中丹药之毒而死于建康官西堂，终年24岁。哀帝死后无庙号，谥号“哀帝”。由于哀帝没有后嗣，皇太后下达诏令，让琅琊王司马奕继承帝位。
海西公档案：
生卒年：公元342年—公元386年
年号：太和
在位时间：公元365年—公元371年
谥号：无
庙号：无
司马奕，字延龄，东晋第七代皇帝，成帝司马衍之子。公元365年，哀帝司马丕死，其弟司马奕即位，史称废帝，又称海西公。
司马奕即位时，东晋王朝正处于皇权旁落的风口浪尖。桓温身兼数职，从部队到后勤，从中央到地方，东晋几乎所有的重要职位都在他的掌控之中。司马奕只能战战兢兢地看人脸色。为了树立威望，捞取资本，桓温迫切需要一场更精彩的军事大捷。
太和四年（公元369年）四月至九月（前燕建熙九年），桓温发动了第三次北伐，讨伐前燕政权。桓温因为决策失误，他在枋头（今河南浚县西南）被前燕击败，“损失三万余人，大败而归”。途中，桓温所部又因“行役既久，又兼疾疠，死者十四五，百姓嗟怨”。桓温败归后，所收复的土地重又丧失。
这次惨败，对于桓温来说，无疑是政治上的致命打击。为了确保自己的权威力，他竟然想到废掉皇帝、另立新君的手段。
太和六年（公元371年）正月，桓温攻下了寿春，擒获了袁瑾及朱辅，连同他们的宗族亲属一起送往建康，并将他们杀掉。桓温问郗超：“此足以雪枋头之耻乎？”郗超说：“没有。”过了许久，郗超到桓温的住所留宿，半夜时分对桓温说：“明公在这里没有考虑什么吗？”桓温说：“有话对我说吗？”郗超说：“明公承担着天下的重任，如今已六十高龄，却在一次大规模的行动中失败，如果不建立非常的功勋，就不足以镇服臣民、满足百姓的愿望！”桓温说：“明公不干伊尹放逐太甲、翟光废黜昌邑王那样的事情，就无法建立大的威势与权力，镇压四海。”
桓温素来怀有篡位之心，对郗超所说的深以为然。
由于司马奕十分谨慎，没有什么把柄可抓。于是，桓温诬称：“皇帝当年做琅琊王时，就不能生育。他的嬖宠相龙、计好、朱灵宝等人，守侍内寝，竟与他的妃子梦氏、田氏生了三个儿子。听说那年长者还要立为储君，这不是倾移晋朝皇家基业吗？”然后，桓温秘密派人将这番话在民间传播。一时间宫内宫外谣言四起，民间的议论对于东晋朝廷的政治态势带来了影响。
太和六年（公元371年）十一月，认为时机成熟的桓温，急不可待地从镇所直奔建康，并上奏皇太后，请废黜当今皇帝司马奕，另立会稽王司马昱为新君，把早已按褚蒜子口吻写好的诏草也呈上，把已经以皇太后名义写好的诏书底稿送呈褚氏。
当时，褚太后正在佛堂拜佛，见人送上大司马“急奏”，连忙起身，倚着佛堂门随便看了几眼，对来人表示：“我本来就怀疑有此事。”这位太后深知晋室不兴，权臣势重，面对此情此景无可奈何，褚蒜子太后提笔在诏草上写下数字：“未亡人（褚蒜子自称）不幸，又遭此忧患，感念存没，心如刀割。社稷大计，岂可儿戏，当此情景，怎可心软！桓温所奏，宜即敕准。临纸悲塞，如何可言。”意即表示赞同废立之举。
废立皇帝是天下的大事情，恒温权力再大，也要走太后这道“手续”。送呈诏草之前，桓温还怕褚太后有异议：“悚动流汗，见于颜色。”看见诏书被褚太后签字批准，桓温大喜。
公元371年，桓温集百官于朝堂，宣示太后的废立之诏。有晋一代，先前还没有经历过这样的事情。大事决定下来，废立程序没一个知道。倒是尚书左仆射王彪之知道其事不可逆转，就建议按照《汉书》中霍光废昌邑王立汉宣帝的故事，现取《汉书》现“取经”，宣太后诏令。
桓温派散骑侍郎刘亨进宫收缴了国玺，逼司马奕离宫。时值仲秋，天气还比较暖和，司马奕着单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门。群臣哭着拜别。桓温命令部下带领数百兵士押送他回到原东海王府，废司马奕为东海王（过了一年又降为海西公）。
皇帝患有“痿疾”，皇子“莫知谁子”，这是一件事关国家尊严、皇室血统和政治稳定的头等大事。这一年，司马奕刚刚29岁。桓温为了谋图废立、揽权夺势，出此卑鄙下流的阴招，使司马奕名誉扫地，政治生命也随之告终。在一片唏嘘声中，司马奕灰溜溜地结束了6年的傀儡生涯。
晋简文帝档案：
生卒年：公元320年—公元372年
年号：咸安
在位时间：公元371年—公元372年
谥号：简文帝
庙号：太宗
东晋简文帝司马昱，初封琅琊王，后封会稽王。桓温于公元371年废司马奕后立他为帝，改年号为“咸安”。
司马昱即位后，一切听命于桓温，形同傀儡。桓温对好习武事的太宰、陵王司马唏一向反感，又有所猜忌。于是诬陷司马唏及其子司马综等谋反，使廷尉问罪。司马昱对着这些人泪流满面，但又不敢有异言。桓温上表请诛武陵王，言辞强硬，立逼照准。司马昱忍无可忍，手诏桓温“晋可延续，请奉前诏（不杀）；如天命已改，退位让贤”。桓温见状，只好不再坚持诛杀，只将司马唏废为庶人，全家流徙到新安郡。
咸安二年（公元372年）七月，司马昱病危，宣布立子昌明为太子，并在一天一夜之内，连发四道诏书，请以大司马镇姑孰（今安徽省当涂县）的桓温入京辅政。桓温不理睬，司马昱只好写下遗诏，授权桓温可以依据周公辅助成王的故例摄政；如果太子不值得辅助，可以取而代之，自行称帝。郎中王坦之拿着诏书，极力劝谏，并当着司马昱的面将诏书撕成碎片。司马昱自我宽慰地说：“天下本是取来之物，卿何必如此着急呢？”王坦之反驳说：“天下是宣帝、元帝的天下，陛下怎能私自授予他人！”司马昱沉吟良久，无话可答，命令王坦之重新起草遗诏，改成：“家国大事都要一一禀告大司马（桓温），要像刘禅对待诸葛亮一样，敬重桓温。”
第二天，司马昱死于建康宫中。司马昱死后的庙号为“太宗”，谥号为简“文帝”。
晋孝武帝档案：
生卒年：公元361年—公元396年
年号：宁康、太元
在位时间：公元371年—公元396年
谥号：孝武帝
庙号：烈宗
司马曜的母亲是一个极丑的宫女，名叫昆仑。简文帝本来生有好几个儿子，但是都相继夭折，而后宫嫔妃又都变得不能生育。有官员就此算了一卦，说只有一个地位卑微的宫女才能为皇室生下三子一女。于是简文帝将宫中所有洗衣做饭扫地的宫女都弄出来，最后一个皮肤黝黑的纺织宫女昆仑脱颖而出。虽然她长得极其丑陋，但简文帝为了顺应天命，不得已而纳她为妃。后来，这个宫女便生下了孝武帝司马曜。
司马曜4岁时曾被封为会稽王，公元372年被立为太子。在被立为太子后不久，晋简文帝病逝。同年，年仅11岁的司马曜即位，是为孝武帝，改年号为宁康。由褚太后听政。但简文帝丧事刚办完，忽然有卢悚率领的几百人，杀入云龙门，声称奉海西公司马奕回宫复位，直冲入朝堂、内宫，抢取武器，大砍大杀。后被禁卫军镇压，卢悚被捕杀。不久，桓温率军入都，全朝震惊，怕他前来夺帝位，但没过多久，桓温就病死，使东晋王渡过了一个危机。
宁康三年（公元375年），14岁的司马曜加元服，正式临朝亲政，以谢安为辅政。亲政的头三年，他改革收税的方法，放弃以田地多少来收税的方法，改为王公以下每人收米三斛，在役的人不变税，被称为东晋末年的复兴。后来，孝武帝受其皇后王氏的不良影响，也逐渐嗜酒成性，又加上他优柔寡断的性格，导致东晋政局再度陷入混乱。
然而，在他称帝的25年里，晋王朝多少出现了一些振兴之象，还曾经创造了军事史上的奇迹“淝水之战”。公元383年，前秦苻坚下诏，大举攻晋，试图灭之，于是淝水大战爆发。当时秦军前锋苻坚之弟苻融率兵30万首先到达颍口，秦军初战告捷。为此，东晋太守朱序来到前锋谢玄营中，并建议趁秦军未完全集结，迅速出击。都督谢石本来是打算坚守不战，听了朱序的话后，便改变了作战方针，决定主动出击。这场战役下来，秦军有十多个将领被杀。
公元396年9月，司马曜在宫内清暑殿中与宠爱的张贵人一起饮酒，司马曜已有七分醉意，还要张贵人陪他对饮。张贵人已经酒足，极力辞谢。司马曜面露愠色，半真半假地发起了酒疯，辱骂张贵人，后又大口呕吐，喷得张贵人满身都是。这让恃宠生娇，从来没有受过如此训斥的张贵人恼羞成怒，顿时起了杀心，便伙同宫女将孝武帝杀死。孝武帝死后，司马德宗即位。
晋安帝档案：
生卒年：公元382年—公元419年
年号：隆安、元兴、义熙
在位时间：公元397年—公元419年
谥号：安皇帝
庙号：无
公元396年9月，晋孝武帝驾崩，太子司马德宗即位，改年号为“隆安”。安帝即位时，东晋皇帝的权势已经大大下降，朝外许多将军实际上自立，不受君命，朝内的权力也大多落在大臣手中。安帝愚笨，不擅长说话。据《晋书·帝纪第十》记载他连冬夏的区别都认不出来，因此朝廷的权力实际上完全由当朝大臣掌握。
安帝初期，朝廷政策主要由会稽王司马道子主持。公元398年，兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷因对尚书左仆射王国宝等不满而领兵造反，安帝不得不杀王国宝来平息这场叛乱。次年，王恭、庾楷协同荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等再次谋反，叛军一直攻到建康附近才被抵御，王恭被杀。与此同时，在浙江、江苏一带孙恩的叛军众多。
公元400年，孙恩攻会稽，次年，攻浃口、临海、广陵，晋军多次战败。公元402年，孙恩的叛军甚至直接威胁建康，建康被围困，城内爆发饥荒。
数次战败后，桓玄自封为丞相、太尉。同年孙恩战败身亡。公元404年1月29日（十二月庚申），桓玄杀司马道子，从此成为东晋的统治者。他于同年秋又自号楚王、大将军。最后于同年12月31日，桓玄篡位，改国号为楚，史称桓楚，贬安帝为平固王。
公元405年1月19日，安帝被逐出建康赴浔阳。3月24日，刘裕举兵攻桓玄，桓玄军队大败。桓玄挟安帝逃往江陵。6月19日，桓玄被杀，安帝被恢复为皇帝。但好景不长，6月26日桓玄的将军桓振又攻陷江陵，安帝被俘。直到公元406年3月2日（正月戍戎）安帝才再脱叛军之手。桓玄的叛变终于摧毁了东晋的皇权，刘裕成为东晋举足轻重的人物，为南朝宋的建立奠定了基础。
公元419年1月28日，晋安帝驾崩于东堂，时年37岁。死后其弟司马德文即位，是为晋恭帝。
晋恭帝档案：
生卒年：公元386年—公元421年
年号：元熙
在位时间：公元419年—公元420年
谥号：恭帝
庙号：无
公元419年6月，刘裕见时机成熟，于壬戌日命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼司马德文誊抄。司马德文强作欢颜地对左右说：“桓玄篡位，晋朝那时已经失国，多亏刘公（刘裕）出兵讨平，恢复晋朝，才得以再延续了近20年。今日禅位，我心甘情愿，没有什么怨恨。”说完，提笔誊抄诏书，交给了傅亮。然后，携同后妃等眷属凄伤出宫，被刘裕降封为零陵王，迁居秣陵（今湖北省荆门县），由冠军将军刘遵考带兵监管。东晋至此灭亡。
司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中，见皇帝、皇后落难，他们就背叛求荣，甘当刘裕的走狗，协助监视帝后。褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
公元420年9月，刘裕命令琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，自叹道：“要毒杀主君去让自己活下去，不如死了！”竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于丁丑日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵趁机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说：“佛教说：人凡自杀，转世不能再投人胎。”兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀后，谥号为“恭帝”。