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当严复超越“技”、“器”，从哲学的层面向西方寻求实测内籀之学时，他所遇到的首先是以孔德、穆勒、斯宾塞等为主要代表的第一代实证主义。
从认识论与方法论上看，早期实证哲学包括两个方面：
首先是对近代实证科学方法的诠释与引申。孔德将培根以来注重事实的精神，视为实证哲学的基本要求，并把观察、实验、比较及历史等方法，列为自然科学与社会学的主要方法。
穆勒进一步将实证科学方法加以系统化与具体化，创立了完整的科学归纳法。斯宾塞则把科学方法分为三类，即抽象科学的方法（逻辑与数学方法）、抽象—具体科学的方法（物理学与化学等方法），以及具体科学（天文学、地质学、生物学等）的方法，并主张将这些方法同时引入社会学研究。
尽管实证主义者对科学方法的规定存在种种缺陷，如孔德将逻辑学排斥在实证科学之外，穆勒则表现出归纳万能的偏向等等，但是，注重近代实证科学方法，并将其纳入实证哲学之中，确实构成了实证主义的显著特征。
实证哲学的另一重要方面，是现象主义的原则。它首先表现为对实证科学方法适用范围的划界。在实证论看来，科学方法固然是自然科学与社会科学研究必不可少的手段，但它们只适用于现象界；现象之后的本质或本体超越了人的认识能力，科学方法在那里并无用武之地。孔德对此作了如下概述：“人类的精神承认不可能得到绝对的概念，于是不再探索宇宙的起源和目的，不再求知各种现象的内在原因，而只是把推理和观察密切结合起来，从而发现现象的实际规律，也就是发现它们的不变的先后关系和相似关系。”
依此，则科学方法之功能，即仅仅限于描述现象及现象之间的联系。穆勒进而将这种现象主义原则与联想主义心理学结合起来，以为现象之间的恒常联系最终基于意念的前后相继，从而把现象之间的关联还原为感觉的组合。
概而言之，实证科学的方法与现象主义的原则构成了实证哲学的两重内容，前者表现了它与近代实证科学的联系，后者则构成了其本质的特征：从总体上看，实证主义正是以现象主义的原则，作为实证方法的认识论基础。
实证主义的如上思想，对严复产生了多重影响。严复所感兴趣的，首先自然是实证哲学所涉及的近代科学方法。按严复之见，西方科学的昌明，主要根源其实测内籀之学。所谓实测内籀，也就是在即物实测（观察与实验）的基础上，通过归纳（内籀）概括出一般的公例（科学定律及一般原理），最后又将公例放到实验过程中加以验证，使之成为定理。严复特别强调归纳的作用，并将其与分析结合起来：“盖知之晰者始于能析，能析则知其分，知其分则全无所类者，曲有所类……而后有以行其会通，或取大同而遗其小异，常、寓之德既判，而公例立矣。”
与外在的同异比较不同，分析的特点在于深入到对象之内部，把握其稳定的特性（常、寓之德）。严复对西方实测内籀之学的如上阐发，基本上导源于穆勒，而其内容则涉及了近代实验科学方法的各个环节。在爬梳于故纸、求大义于微言的经学之风尚未根除的当时，面向自然、即物实测的主张无疑给人以耳目一新之感，而其严于实证的要求，对不敢越圣训之雷池的经学独断论，则更是有力的冲击，它在中国近代思想界所引起的振荡，已远远超出了实证科学的范围。
然而，以实证主义为接受、引入西方科学方法的媒介，同时亦埋下了向消极方向发展的契机。如上所说，实证哲学一开始便与近代实验科学有着历史联系与理论联系，这种联系使其现象主义的原则也带上了一层“科学”的光环，从而对推崇科学的严复具有同样的吸引力。这样，从西学格致到现象主义原则的过渡，便成为逻辑的必然。后者突出地表现在严复对实测内籀之学的进一步解释之上。在严复看来，科学的公例来自归纳（内籀），而归纳的范围总是不超出“对待之域”。所谓对待之域，也就是现象界；即物实测，主要限于现象界的对象，而公例则无非是现象之间恒常联系（“常、寓之德”）的概括。经验论的进一步推论，往往是现象与感觉的重合：现象总是通过感觉而为主体所感知，离开了感觉，现象对主体来说便是没有意义的，从而现象也就可以还原为感觉。英国的实证主义者赫胥黎曾作过如上推论，严复则重复了这一结论：“心物之接，由官觉相，而所觉相，是‘意’非物。”
就此而言，认识不越对待之域，也就意味着认识不越感觉，用严复的话来表述，也即是：“可知者止于感觉。”
不难看出，在实测内籀之学这一范畴中，既包容了近代实证科学的方法，又融入了现象主义的原则。二者的纠缠，构成了严复引入西学格致的显著特点，而这一特点又根源于实证主义本身的二重性：从斯宾塞的实证哲学中，严复既吸取了科学方法具有普遍性的观点，也接受了其认识不能超出表象的结论；从穆勒那里，严复既比较系统地了解了科学的归纳法，也输入了认识不越感觉的看法。当然，尽管孔德、穆勒、斯宾塞的实证哲学亦包含了近代科学方法的某些内容，但其注重之点，主要在于为近代科学方法规定实证主义的认识论基础。相形之下，严复则更多地注目于科学方法本身。对他来说，重要的首先是西学格致（科学）；实证论的现象主义原则之所以为他所接受，在很大程度上是因为它具有某种科学的外观。同时，严复对西方实测内籀之学的介绍阐发，乃是以近代中西哲学的会通交融为总的历史背景，西学的引入与传统的楔入，往往彼此交错，这一背景决定了严复在走向实证主义的同时，又常常逸出了实证论。
如前所述，严复认为，认识只能限于对待之域。不过，在他看来，这并不意味着不能探索现象的原因，相反，如果不求其故，则知识往往具有模糊混沌的缺陷。以因果关系为科学研究的任务，当然并非创见，英国实证论者穆勒即已把揭示因果关系列为实证科学的目标，并制定了探求因果关系的基本方法。但是，因果关系的本质究竟是什么？在这一问题上，严复与西方的实证主义产生了重要的分歧。按穆勒的看法，自然现象中存在着齐一性，而在所有的齐一性中，前后相继的齐一性最为重要；所谓因果律，无非是现象前后相继的齐一性，而因果观念则建立在关于现象前后相继关系的联想之中。这种观点实质上对因果关系作了现象主义—心理联想主义的解释。与之相异，依严复之见，知其所以然（求故）同时也就是一个由显而入隐的过程：“第不知即物穷理，则由之而不知其道；不求至乎其极，则知矣而不得其通……今夫学之为言，探赜索隐，合异离同，道通为一之事也。”
探赜索隐具体表现为“由粗以入精，由显以至奥”
，亦即由外在的现象（显）深入到内在的规定（奥）。也正是在同一意义上，严复认为在社会政治的研究中不能停留于“形表”：“夫考政治而欲得其真，则勿荧于形表。”
总起来，从“由之而不知其道”，到知其所以然之故的进展，便表现为一个从形表（外部现象）到内在之理的过程。严复的如上看法，明显地渗入了注重考察必然之理、普遍之道的传统哲学，在“即物穷理”、“道通为一”等命题中，我们便可看到这一点。不妨说，正是传统哲学的内在制约，使严复在接受实证主义原则的同时，又偏离了实证论之辙。
这种偏离，同样表现在对科学知识的理解之上。实证主义将科学法则规定为现象及现象间联系的描述，这同时也就意味着强调知识的相对性、不确定性，因为现象间的联系不管如何恒常，总是不可避免地带有相对的、不稳定的一面，而对它的描述，则往往受到主体的主观条件的制约。正是基于这一前提，实证主义强调必须把知识视为依赖于主体的“相对的东西”。在这一问题上，严复所持的是另一种看法。对严复来说，科学知识是普遍有效的，因而总有其绝对性的一面：“格致之事，一公例既立，必无往而不融涣消释。”
一旦把握了道，则可学穷千古：“夫道无不在，苟得其术，虽近取诸身，岂有穷哉？而行彻五洲，学穷千古，亦将但见其会通而统于一而已矣。”
对科学知识普遍有效的这种确信，可以看作是肯定由显而至奥的逻辑引申，它在本质上不同于实证主义的知识论。在严复与实证主义的如上分歧背后，我们既可以看到传统哲学的投影：公例无往而不适，在逻辑上即以道的普遍涵盖性为依据，而后者正是传统哲学根深蒂固的观念；又可以看到历史的内在制约：在严复那里，西学格致乃是中国走向近代化的必由之路，这种历史意识使严复对科学充满了近乎天真的信赖，并相应地疏离了实证论对科学知识的相对主义看法。
要而言之，严复对实测内籀之学的阐发，一开始便经过了实证主义的洗礼，这一历史特点决定了严复在引入西方近代实证科学方法的同时，也输入了实证论的原则，而以西学格致推进中国的近代化这一历史要求，又必然使前者居于更为主导的地位。这种主导地位与传统哲学的制约相融合，使严复在融入实证哲学的同时，又对实证论作了某种限制。