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无神论根本上是否定性信仰系统的这一形象还带来了另外一个问题：很多人认为无神论者就是物理主义者（有时也称为唯物主义者）。初步的物理主义认为只存在物质对象。稍微进一步的版本是，只存在物理科学（物理学、化学和生物学）研究的对象。这个表述的重要性在于，有些物理学的基本力似乎并不是我们平常所说的“物质对象”，但物理主义者不会否定它们的存在。
只有在一个十分宽泛的意义上，多数无神论者才能称为物理主义者。也就是说，他们信仰的无神论至少部分上由自然主义决定，这种观点认为只存在自然世界，超自然世界并不存在。我们应该把这种观点称为“小写的自然主义”（naturalism），以便与某些哲学上的自然主义（Naturalism）相区分，后者可能有更为严格、更为具体的论断。我认为，这种小写形式的自然主义是无神论的核心。
这种自然主义能够与某种物理主义充分相合，这种物理主义结合了自然主义的世界观，同时进一步认为这个世界在本质上是物质性的。然而，由于物理主义本身并不要求后面这种观点，所以就不能说自然主义无神论者一定也是物理主义者。即便他们是物理主义者时，我们也须清楚，“在本质上是物质性的”这个说法可以有多种理解，它们各自的含义非常不同。
对这个观点的一种理解是认为它谈论的是实质，即所有事物赖以构成的“东西”。这种物理主义认为，“东西”只能是物质性的：不存在非物质性的灵魂、鬼神或观念。很多无神论者（很可能是大多数）都会认同这种物理主义。
不过还有一种被称为取消物理主义的更极端的观点。根据这种观点，不仅“东西”只能是物质性的，而且任何非物质性的东西都不会真正存在。例如，不存在诸如思想或观念这类东西。取消物理主义不太容易理解，因为它需要我们否定很多东西的存在，而这些东西又似乎是我们必须相信的。比如，我们自己拥有心灵似乎是我们整个存在的核心属性，我们又如何否定心灵的存在呢？
很多无神论批判者似乎认定无神论者就是物理主义者（事实上，这在大多数情况下是对的），认为物理主义就等同于取消物理主义（这个判断在逻辑上是错误的）。因此，取消物理主义明显的荒谬性就成了他们反证无神论信仰的证据。大致上说，无神论者会被塑造成虚无主义者，他们不仅不相信上帝的存在，而且否定除物理对象以外的任何事物的存在。如此贫乏的存在也就几乎无可取之处。
然而，物理主义并不必然意味着取消物理主义。所有物理主义都认为“东西”只能是物质性的。但这并不意味着（比如说）心灵不存在。它的意思是，不管心灵是什么，它不会是几块“东西”。如果认为心灵是几块“东西”，那就犯了吉尔伯特·赖尔所说的“范畴错误”。这个错误是把心灵和物质当作同一个范畴“东西”的不同种类。这是错误的。我的脑袋里并不存在以某种方式一起工作的两种不同东西——精神的（即心灵）和物质的（即大脑）。相反，对于物理主义者来说，我的脑袋里只有一块东西，即我的大脑。在很重要的意义上，我拥有心灵这个说法是正确的，因为我可以思考，拥有意识。然而，如果认为“我拥有心灵”这个命题蕴含了“我部分由精神的、非物质的实质构成”这个命题，这就错了。
如果这有点难以理解，那么我们以爱为例进行说明。没有人会认为爱是一种特殊的实质，即除了物理的“东西”，还有一种爱的“东西”。也没有人会认为爱是某种物理对象。然而，很多人相信爱，感受爱，给予爱，等等。爱是真实的，但它并不是实质。如果我们认同了这个看法，那么我们有什么理由不认同心灵是真实的，但它不是一种特殊的精神实质这个看法呢？很多真实的东西都不是几块“东西”那种意义上的事物，这里并没有什么高深的形而上学难题。
这些属于哲学的深水区，我们这里只能浅尝辄止。目前，我只想强调，无神论者并非大而化之地否定所有非物质性的东西，如果“物质性”意味着一种物理实质的话。多数无神论者的看法是，虽然宇宙中只存在一种“东西”，即物质性的东西，但从这种东西中衍生出了心灵、美、情感、道德价值等，简言之，衍生出了所有使我们人生丰富多彩的现象。
应该记住，大部分无神论观点并非植根于物理主义的种种论断，而是来自更为广泛的自然主义的观点。我们只需要记住，自然世界不仅是原子和各种基本物理力的家园，同样是意识、情感和美的家园。再次强调，无神论者否认上帝的存在，但他们不是天生的否定论者，这是上述讨论的全部要旨。