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在清朝时期，把统治西藏和蒙古等少数民族的行政机构称为理藩院。1636年，首先在蒙古设立了衙门，目的就是要对其实行统一的管理。不久后，便把衙门改名为理藩院，并被纳入礼部的管辖范围。理藩院从建立之初就对蒙古实行管理。随着时间的发展与清政权在全国的巩固，在其他一些少数民族地区，如新疆和西藏地区也设立了理藩院，对他们进行管理，在管理过程中，加强这些地区和中央之间的联系。中央政府为此还制定了对这些地区统治的条例和措施，并多次修改，逐渐完善。
1644年，扩大了理藩院的人员配置。1662年，中央决定把理藩院提升到与六部同等的地位，并设立了录勋、宾客、柔远、理刑四司。乾隆年间又把徕远列为理藩院中的一司，使理藩院机构组成更加完善。每个司会各尽职责，他们会对这些少数民族地区的经济、文化、人口、教育、医疗、疆域等众多问题进行明确分工。