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南怀瑾一生的学术活动，都在致力于将儒、释、道这些传统文化融会贯通。他与佛学结缘很深，第一部学术著作就是关于佛学的作品，名叫《楞严大义今释》。此后，几乎贯穿他的整个学术生涯，又有近二十部涉及佛学的作品问世。他在佛学研究方面的造诣很深，对中国的佛学研究做出了一定的贡献。
南怀瑾认为，“三世因果，六道轮回”是佛学的根基。所谓三世，指的是现在、过去和未来。佛告诉信徒，所有活着的生命，都不过是死生轮回当中的一段生命。人来到这个世上，不论是能活到长命百岁还是刚出生就夭折，都是人世间的一种偶然的现象。这就叫作“分段生死”。为什么这么多说呢？因为人在现世中的生命，都是由前世轮转变化而来的。并且，这辈子身为男人、女人以及为官、过富贵日子或者过叫花子的日子，都是有因果的。今世是前世的果，又是来世的因。这就是佛学上说的“三世因果”。
南怀瑾认为，世界上所以的生命，按出生的方式来分有胎生、卵生、湿生、化生四种基本分类。比如人和大多数的兽类，都是由胞衣中生出来的，就叫胎生；鸡、鸭等家禽是由蛋孵化出来的，就叫卵生；蚊子、蜉蝣是靠水或湿气生的，就叫湿生；而像天人、地狱是由生命的变化作用变出来的，就叫化生。这四种分类间是可以相互转化的，与个体的前世或今生的思想、情绪和行为有关。当各种关系间的因缘成熟时，就变成六道轮回现象了。
“六道”指的是天道、阿修罗道、人道、畜生道、饿鬼道和地狱道。其中的天道、阿修罗道和人道称为上三道。现世的各种生命，因为“三世因果”的关系，就在这六道间轮回。据此，佛把世上的一切都归于虚无，不管是贫富、苦乐，到头来一切都是空幻。所以，南怀瑾依据佛法说：“世间的福报是有穷尽的。每个人的光荣都是短暂的。”
中国历史上，除了普通老百姓外，连皇帝这样的大人物也对佛经上的教义表现出了痴迷。南北朝时梁朝的武帝就是颇具代表的一位。有一天，他问达摩禅师：“我从登基以来，建造寺院，度人为僧，抄写佛经，雕画佛像。我有什么功德吗？”
达摩回答者道：“没有功德。”
“为什么没有？”武帝听了大为不悦。
达摩回答道：“这只是生死轮回场地里的小功课，不过是俗世里的积德行善罢了。但在佛法看来，你所做的都不是真实的，这如同物体的影子一样。”
武帝接着问道：“那怎样做才是真正的功德呢？”
达摩回答道：“清净智慧，让自己的身心归到自然空寂的境地。只是这样的功德，不是俗世人能求得的。”
武帝听了，一时只能以沉默相对。
南怀瑾说：“倒却刹竿回首望，繁华散尽梦如烟。”世上哪怕有了做皇帝的大福报，都是一场梦幻一阵烟，真正的大福报就是悟道成佛。
南怀瑾说：“佛无法可得，住在无相中。因为真正有大成就的人，会绝对的谦和，谦和到非常平实，什么时候都没有躁乏。真正的佛不认为自己是佛，真正的圣人不认为自己是圣人。所以，真正的佛法即非佛法。”如果某一个人懂得一点佛法就自认为了不起，那么可以断定这个人绝对没有什么修行。因为真正的佛都是平常的、平凡的和谦卑的。
所以，要想获得大福报，就得修一切善行。在佛理看来，世上的一切事物都在不断变幻之中，只有愿意舍得下名声、财富、家庭、事业和欲念，才能彻底抛弃烦恼和痛苦。那么，什么才叫善行呢？
有一个老和尚带着一个小和尚游方化缘。一天在河边遇到一位年青女子想过河，却又不敢过河。这时，老和尚便主动上前，背起这位女子？过了河。然后，放下女子，与小和尚继续化缘。小和尚越走越感到不解：“师傅怎么敢背女子过河？这岂不是六根不净吗？”后来，他终于忍不住了，便问师傅：“师傅，你犯戒了。你竟然亲近女人？”老和尚听了感叹道：“我早已放下，你却放不下！你放不下，怎么修得了正果！”
这个故事中，老和尚就如同出污泥而不染的莲花一样，他的行为就是济人的善行。这才是真正的修道之人。南怀瑾说：“学佛修道，只有万缘放下，才能得福报。”要修善行，首先要学会先做人。他曾对学生们说过：“青年学生注意！先学做人，能把儒家四书五经等做人之理通达了、成功了，学佛一定成功。像盖房子一样，先把基础打好。人都没有做好，你要学佛，你成了佛，我成了什么？要注意啊！要先学做人，人成了，就是成佛。佛法告诉你的就是这个道理。”
南怀瑾表达的意思十分清楚，就是让人规规矩矩做人，老老实实做事，诸恶莫作，诸善奉行。只要这样，他离佛的境界就不远了。他说：“真正的佛法能包涵一切，一切贤圣，皆以无为法而有差别。真理只有一个，没有两个，不过他认识真理的一点，认为这一点才是对的，其他错的，其实是他错了。真正到达佛境界的是包容万象，也否定了万象，也建立了万象，这是佛境界。”
南怀瑾对《金刚经》的研究颇深。在讲解《金刚经》时他说：“这本经中记载的佛，同我们一样，照样要吃饭，照样要化缘，照样光着脚走路，脚底心照样踩到泥巴。所以回来还是一样要洗脚，还是要吃饭，还是要打坐，就是那么平常。”为此他强调，人们学佛学道，千万要丢掉那些神奇、不平凡的观念。因为世上最高明的人，通常都是最平凡的人。他认为，在《金刚经》中，佛告诉人们，一切众生都是佛，各个是佛，所以众生平等：悟道了，心即是佛；没有悟道，佛也是凡夫。
有一个年轻和尚，一心求道，希望成佛。但他苦修多年，感觉没什么进步。有一天，当他听说深山中住着一位得道的高僧时，便不辞辛苦寻到这位高僧寺庙。他问高僧：“请问您在得道之前，都做些什么？”
高僧回答道：“砍柴、担水、做饭。”
“那，得道之后又做些什么呢？”
“还是砍柴、担水、做饭。”
“那怎样才算作得道呢？”年轻和尚不解地问道。
“我得道之前，砍柴时想着挑水的事，挑水时想着做饭的事，做饭时又想着砍柴；得道后，砍柴就是砍柴，挑水就是挑水，做饭就是做饭。这就是得道。”
这个故事十分明确地告诉人们，得道就是心无杂念地做好手中的每一件事。所以，南怀瑾指出：“八万四千法门只教我们一件事，就是如何做到让自己真正无我，那就成功了。”
通观南怀瑾有关佛学的著述，一种最深的感触是，现代科学思想对他的佛学研究影响非常深，以致他的论述中，很多都融入了现代科学思维在里面。比方说，在阐述禅宗的原理时，他就运用了现代的科学“实证”原则。正是这些新思维和新方法的运用，才让他的佛学论述成了沟通古今对话以及佛学与其它诸如儒学、道学之间的桥梁。
在抗战时期，南怀瑾曾辞去教职，到一些著名的寺庙寻访过高僧，并在他们的传授和指点下，对佛学有了深入的研究。所以，他对佛学的研究，有别于一般的学术研究，是建立在更为厚实的佛学土壤之上的，也就更具有贴近实际的意味，以致获得了“禅宗大师”的称号。
需要指出的是，尽管南怀瑾有关佛学的著作内容常因不合乎学术标准而引起争议，但他的语言深入浅出、文笔流畅，少了学术上的刻板做法，且有自己的独到见地在里面，因而，他的研究成果，对于推动佛学的深入研究仍有积极的作用和借鉴意义。