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关于合作为什么能改善个人基因的最简单理论，是汉密尔顿（W. D. Hamilton）提出的“内含适应性”（inclusive fitness）理论，后来被人们称为“亲缘选择”。这种观点认为，个体将会帮助那些与他们有相同基因的人，因为这些人至少会将他们的部分基因传给后代。
假设我3岁的弟弟被困在水很浅的池塘里，快要死了，而我身体很棒，将他救上来导致我死去的风险非常低。由于我们有一半的基因是相同的，因此，如果我救了他，对于我的基因来说是非常有益的。所以，我会毫不犹豫地去救他。但是，如果他在大海里溺水了，我又不怎么会游泳，那会怎么样呢？把他救活对我的基因的好处与刚才是一样的，但现在的风险却要大很多。或者，更糟糕的是，如果我知道他将来不会有孩子，那会怎么样呢？如果他是抱养的，而我与他根本没有相同的基因，那会怎么样呢？如果他不是我弟弟，而是堂弟，又会怎么样呢？按照亲缘选择理论，他传递我们相同的基因的可能性越大，我冒着生命危险去救他的可能性也越大。霍尔丹（J. B. S. Haldane）不带感情色彩地说道：“我会跳进河里去救两个弟弟或者八个堂弟。”这种利他行为——救我弟弟的命，与道金斯严格定义的、基因水平上的“自私”最吻合，因为这增加了将我的基因保留下来的可能性。
但是，人们为那些跟自己没有基因关系的个体提供帮助，又该做何解释呢？这怎么能改善我们的基因适应性呢？事实上，这可以从互惠的角度做出解释。这一观点认为，合作行为终将得到回报。最简单的例子是直接互惠，这一观点是罗伯特·特里弗斯（Robert Trivers）提出的，他的研究成果让道金斯、史蒂芬·平克等人深受鼓舞。这一观点认为，如果某一个体对我们给予他的帮助，能通过反过来帮助我们的形式直接回报我们，那么，我们双方就会达成共识：合作比不合作要好。这个基本动力学特性并不局限于人类，在对动物进行的众多研究中，人们也发现了类似的现象。弗朗斯·德瓦尔（Frans de Waal）在其引人入胜的著作《黑猩猩的政治》（ Chimpanzee Politics ）中，对此进行了有趣的研究。
德瓦尔研究了耶罗恩、鲁伊特和尼基三只黑猩猩，它们为争夺权力而不断灵活组成各种各样的联盟。在三只黑猩猩中，耶罗恩最年长，鲁伊特次之，尼基年龄最小。实际上，尼基相当聪明。他帮助鲁伊特将耶罗恩赶下台，然后又与耶罗恩建立联盟推翻了鲁伊特，成了新首领，这听起来有点儿像电视真人秀。但这样做的回报是丰厚的。在黑猩猩的等级社会中，地位代表着交配机会。耶罗恩、鲁伊特和尼基三只黑猩猩既不是亲兄弟也不是堂兄弟。不过，它们还是找到了合作方式，以改善它们的适应性。
还有一个来自动物世界的例子，听起来不像是《幸存者》（ Survivor ）里的情节，倒更像是伊索寓言里的故事，我们就称其为《美洲獾和郊狼》寓言吧。
在怀俄明州的国家大角鹿保护区，很多科学家都观察到了美洲獾与郊狼协作捕猎地松鼠的情景。郊狼跑得快，活动范围广，负责侦查地松鼠的行迹，一旦有所发现，它们会立刻向美洲獾发信号。美洲獾是地下捕猎高手，主要通过将猎物诱惑至断头穴而将其捕获。美洲獾知道在哪里挖洞穴并等待猎物上钩。这样，地松鼠就处于两面夹击的不利局面。即便它们有幸逃过美洲獾的埋伏而回到地面，也将成为郊狼的囊中之物。如果它们为躲避郊狼的追杀而藏在地下不出来，美洲獾就会把它们逼入绝境。
如果你是地松鼠，目睹两类捕食者这种不可思议的伙伴关系，肯定会被吓傻。但如果你是一位研究自然界的合作关系的科学家，你一定会认为自己找到了不同物种协同作战的难得案例。那么，科学家会怎样解释耶罗恩和尼基，或是美洲獾和郊狼这样的联盟关系呢？在这两种情况下，尽管合作的开始有些偶然，但都是动物的天性导致了这些合作行为。合作让这些动物有更多的交配机会，或是更高的捕猎效率，于是它们生存下来并繁衍后代的可能性也就更大，因此可以将导致这种行为的所有遗传物质传给下一代。实际上，这种直接互惠是再平常不过的交易行为了：以牙还牙。如果你为我挠背，帮助我成为新首领或者捉到地松鼠，我也将为你挠背，提供力所能及的帮助。