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第二段落是在南京和日本仙台的学校里的那一时期。计算起来是戊戌（一八九八年）离家往南京，由水师学堂转入陆军学堂内附设的矿路学堂，三年毕业，即是辛丑（一九〇一年）的冬季，次年派往日本留学。在弘文学院两年后，往仙台进医学专门学校，目的是在学了医术来救治像父亲似的被误的病人的疾苦，一面又促进了国人关于维新的信仰。可是学了两年，“前期”刚完了的时候，他就退学走到东京来了。他在弘文学院的时候，便有感于留学生之不高明，不愿意进离东京不远有些留学生的千叶医学校，却远远的跑到东北方面的仙台去，可是在那里虽然寂静，不意在电影片上又会见了“久违的许多中国人”，给了他极大的刺激，把学医的志愿又打断了。这两段事情在《朝华夕拾》里后来有专篇叙述，前者的题目是“琐事”，后者是“藤野先生”。他那时以为国民如愚弱，虽生犹死，所以医学并非一件紧要事，重要的是在改变他们的精神，叫他们聪明强盛起来，于是想来提倡文艺运动，因为他相信善于改变精神的要推文艺最有力量。这个意见并不错，虽然那还在四十五年以前，大家所知道的政治上不过是法国革命，文艺上也只是拜伦的恶魔派，但是对于权威表示反抗，这种精神总是可贵的，与当时民族革命的空气相配合，也正是很有意义的事。