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凭借着自己欧洲航海中心的地位和掌握的海上霸权，葡萄牙成了欧洲最富有的国家；而第一个海外殖民、贸易帝国的位置也让西班牙逐渐显露出他的扩张野心。由于欧洲国家争抢着前往亚洲运回昂贵的香料，海洋和海上航线变得格外重要。因此，谁能控制海洋，谁就控制了世界上的财富。
故事还得从“香料之争”的年代说起。在达·迦马返航6个月之后，葡萄牙又组织了一个“追踪探险队”，这个探险队以佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔为主帅，因此这支探险队也得名“卡布拉尔舰队”。卡布拉尔率领着他的舰队再次驶出了里斯本的港口，远征印度洋。但是，让人捉摸不透的是卡布拉尔舰队的性质和使命。卡布拉尔舰队的性质有些模糊，它的装备具有贸易舰队和战斗舰队的双重特点，因此它的使命既包括贸易往来，也隐含了掠夺的意义。他的成员大多数都是商人，因为商人是除王室贵族之外的、卡布拉尔舰队的唯一经费来源。
卡布拉尔舰队的最大收获是发现了马达加斯加岛。然而，从马达加斯加岛驶向印度南部的卡利卡特时，卡布拉尔舰队只剩下6艘船。卡利卡特国王和善而健忘，他与卡布拉尔定下了通商条约，但是却无法履行，这激起了卡布拉尔的愤怒。于是，卡布拉尔下达了“烧船、抢劫、杀人、炮轰没有设防的卡利卡特港”的命令。然而，卡布拉尔仅余6艘船，力量薄弱。这时，一个消息也传到了卡布拉尔的耳朵里：80艘阿拉伯快帆船将在卡利卡特国王率领下，对卡布拉尔舰队发起进攻。于是，卡布拉尔在月色的掩护下仓皇起锚，逃离了卡利卡特。但是，他的几个船员仍然被愤怒的印度人杀死了。仓促逃离的卡布拉尔把一大批香料带回了葡萄牙，这成为卡布拉尔远征印度的最大收获。
在葡萄牙人看来，卡布拉尔所带回来的香料当然是商业利益，但是，在卡利卡特国王的强势进攻下仓皇而逃也是政治耻辱，而这一切都无法令葡萄牙甘愿罢休。于是，葡萄牙利用10个月的时间磨炼出一支更庞大的葡萄牙舰队。当这支舰队准备妥当后，国王曼努埃尔任命达·迦马为舰队司令，出征印度。
1502年，达·迦马遵照国王的意愿，率领一支由20条航船组成的舰队征战印度。这是他第二次率领船队漂洋过海前往印度。但是，与上一次寻找连通葡萄牙与印度的航线以便于运输香料的意义不同，这次前往印度的目的，就是要为葡萄牙夺取印度洋的海上霸权和印度的财富。
为了向印度展示葡萄牙卓越的海上实力，达·迦马刚刚靠近印度海岸，就拦截了一艘途经印度前往别处的阿拉伯商船。达·迦马将船上的货物据为己有，接着在海上烧毁了这艘船和船上所有的人，包括妇女和孩子在内的几百人和他们的商船一起葬身火海。
达·迦马到达卡利卡特之后，对卡利卡特国王扎莫林提出了一个蛮横的要求：驱逐卡利卡特市的所有伊斯兰教徒，让他们远离这里。是否答应达·迦马的这个要求，扎莫林举棋不定。此时，达·迦马又残害了38名印度渔夫，接着，达·迦马做出了和卡布拉尔一样的决定：炮轰卡利卡特。这让扎莫林愤怒到了极点。
尽管扎莫林极其愤怒，但是他却不得不承认这样的事实：印度没有任何的海洋霸权，因此对葡萄牙人的暴行毫无反抗能力。他只好答应了达·迦马的要求。至此，达·迦马此行宣告胜利。在离开卡利卡特、返回葡萄牙之前，达·迦马不忘在东非设立了一些葡萄牙的殖民地。
达·迦马的航海胜利向全世界昭示：葡萄牙人开辟了从欧洲途经好望角直达印度的新航线。从此，越来越多的船只载着大量的香料和金块源源不断地驶离卡利卡特港口，把这些珍贵的物品送到了他们的新主人——葡萄牙人的手中；庞大的舰队载着越来越多的大炮和近乎痴狂的士兵与商人离开了葡萄牙，驶向东方。1504年，葡萄牙远征军攻陷了卡利卡特，几千名阿拉伯人没有逃过被屠杀的命运。1507年，葡萄牙第一任驻印度总督弗朗西斯科·德·阿尔梅达指挥19艘船和1800多人，打败了由2000多艘航船、20000多人组成的穆斯林武装舰队。至此，葡萄牙终结了印度洋的伊斯兰时代，葡萄牙的舰队可以在印度洋的海面上横冲直撞、为所欲为。
此后，葡萄牙凭借强大的海上力量作为自己扩张的资本，开始向海外扩张殖民。1509年，葡萄牙在印度洋战胜了阿拉伯人，封锁了红海航路，使阿拉伯人控制印度洋、红海、地中海的事实成为历史；1510年，葡萄牙第二任驻印度总督阿丰索·德·阿尔克不克占领果阿，果阿由此成为葡萄牙帝国东方殖民地的首都。此时，印度洋的霸权和印度的财富已经毫无争议地落入了葡萄牙人的手中。
尽管葡萄牙已经控制了印度洋的霸权，也控制了卡利卡特，但是卡利卡特并不是东方向西方出口香料的唯一一个重要港口。与卡利卡特一样，马六甲也承担着把香料从东方运输到西方的重要任务。而此时，葡萄牙人虽然控制了卡利卡特，但是马六甲的香料贸易仍然在阿拉伯人的控制之下。这就意味着，葡萄牙人仍然要向阿拉伯商人购买香料，因此阿拉伯人仍然可以从葡萄牙人手中获取高额利润。
虽然葡萄牙人已经控制了印度洋，但是阿拉伯商人仍然有办法将香料运往欧洲：他们可以通过锡兰以南的海域驶进红海，而这片海域并不在葡萄牙人的控制中。所以，葡萄牙人仅控制印度洋，还不能满足他们掌控世界香料贸易、掌握世界财富的愿望。因此，葡萄牙必须向东扩张，占领生产香料的地方，征服马六甲。
1508年，葡萄牙提出了一个与马六甲建立商业联系的计划。同时派出一只船队，在洛佩斯·德·塞克伊拉的率领下远赴马六甲。他们的任务是，争取同马六甲的苏丹建立贸易联系。1509年，塞克伊拉来到了马六甲，并且向苏丹国王传达了葡萄牙国王想建立贸易关系的美意。开始，苏丹国王答应了这个请求，但是阿拉伯商人出于保护他们仅有的重要“领地”的目的，说服了苏丹国王，使苏丹拒绝了葡萄牙建立贸易关系的要求，并且对葡萄牙采取了一种敌对态度。因此，这支葡萄牙的舰队面临着一个严峻且危急的形势。塞克伊拉见形势不妙，及时逃脱，但是，他的一些部下却被苏丹抓捕或杀害。
1511年，在葡萄牙人阿尔科·布尔克的带领下，一支由18艘船只组成的舰队登陆马六甲。当时，马六甲的苏丹与中国、暹罗（现在的泰国）的关系都不令人乐观，因此，马六甲在政治上是一个比较孤立的地方。针对这种情况，葡萄牙人实行了“分化策略”，当时马六甲的穆斯林商人和非穆斯林商人在葡萄牙人这里受到了不一样的待遇。所以，一些非穆斯林商人成了葡萄牙征服马六甲的暗中支持者。但是，葡萄牙的一些船长认为，没有必要与苏丹敌对。所以，在进攻之前，阿尔科·布尔克对属下做了一番演讲来说明这座城市对葡萄牙的重要意义。他认为只要攻占了马六甲，那么全世界的香料都将成为葡萄牙人的私有财产。这番慷慨激昂的演讲激起了葡萄牙人的斗志，很快，这座城市也被划进了葡萄牙人的版图。
阿尔科·布尔克是一个有政治头脑的将领，他有谋略、有远见，懂得通过缩小打击面和分化异己力量的方式增加自己胜利的希望。因此，他一面按当时的习惯怂恿士兵在马来人的居住区域肆意掠夺、屠杀。另一方面，他禁止属下骚扰印度人、缅甸人和爪哇人。正是在这些策略的辅助下，葡萄牙人才能在1511年成功控制马六甲。
至此，印度洋和西太平洋的海上贸易霸权都被葡萄牙牢牢握住。虽然西班牙仍然有足够的实力与葡萄牙争夺香料贸易，但是葡萄牙已经控制了整个世界的香料贸易，而世界的财富也落入了葡萄牙的手中。