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在工作中，方向是最为重要的。飞扬失败后，周鸿祎的计划更是得不到实现，方正成了周鸿祎大展身手的阻石。想到在方正也没有什么东西可以学，周鸿祎开始酝酿自己的再次创业。
当时方正在新疆有个项目，公司提高了项目的提成。新疆自然条件艰苦，公司很多人都不乐意去。不过周鸿祎的风格向来就是别人不想干的事，他才喜欢做。但是针对新疆之行，周鸿祎有两个打算：第一为方正做最后一件事，第二为自己的创业争取启动资金。为此，周鸿祎带着四个人组成的团队去了新疆，他们的主要任务是帮助新疆建行在不升级硬件的基础上，提升服务器处理效率，当时这也是建行在全国范围内将营业所的业务系统升级为市级系统的第一批项目。期间，周鸿祎和他的团队进行了数以万次的测试，最后终于成功地完成了这个项目，使建行的服务器即使在有海量的数据访问时，依然能够保持处理速度。
项目圆满结束后，周鸿祎赢得了3000万的大单子，并帮助建行解决了很多问题。建行的领导直接打电话给方正，对周鸿祎赞不绝口。
对于自己负责的每一件事，周鸿祎都会认真去做，而不管结果是成功还是失败，他总能收到意想不到的回报。新疆之行，让周鸿祎学会了大型服务器的编程，也让他坐上了方正研发部经理的位置，还为周鸿祎创办3721高效搜索引擎打下了基础。
在新疆，周鸿祎和他的团队已经着手探讨3721的起步阶段。回到北京后，他先跟方正的直接领导提议3721项目，如果公司看重这个项目，只要提供平台，周鸿祎就不会离开方正。然而，领导的态度让周鸿祎大失所望。他注入了满腔热血的计划，却得不到一点施展空间，这促使周鸿祎选择离职，方正因此失去了一员大将。
周鸿祎在方正用短短三年半的时间，从一个小职员做到了项目主管，再到部门经理、事业部经理，最后到方正研发中心副主任。周鸿祎在工作上的认真和能力，从他职位的上升上就能看到。周鸿祎曾经骄傲地说：“如果说方正只有一个高级程序员，那就是我周鸿祎。”在方正的日子里，周鸿祎的收获颇多，而周鸿祎也给方正创造了不菲财富。