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2009年5月5日，国家税务总局发布了《大企业税务风险管理指引》（以下简称《指引》）。《指引》中明确，企业可结合生产经营特点和内部税务风险管理的要求设立税务管理机构和岗位，明确岗位的职责和权限。总分机构组织，在分支机构设立税务部门或者税务管理岗位；集团型企业，在地区性总部、产品事业部或下属企业内部分别设立税务部门或者税务管理岗位。
《指引》中还明确，企业税务部门应参与企业战略规划和重大经营决策的制定，并跟踪和监控相关税务风险。企业战略规划包括全局性组织结构规划、产品和市场战略规划、竞争和发展战略规划等。企业重大经营决策包括重大对外投资、重大并购或重组、经营模式的改变以及重要合同或协议的签订等。可见，大企业的税务风险管理在还没有正式亮相企业管理的舞台前就已经被定格在了名角的看板上。
《指引》将企业税务风险管理提到了一个前所未有的高度：企业董事会负责督导并参与决策。董事会和管理层应将防范和控制税务风险作为企业经营的一项重要内容。至此，税务风险管理走出了财务部的房门，登上了董事会的舞台。企业应采取有效措施，形成长效的税务风险防范机制。
建立税务风险防范机制，应主要从以下几个方面做起。
按照《指引》的要求，设立税务管理机构和岗位，明确岗位的职责和权限。设置税务部门，有专人管理企业的税务事项，诸如转移定价、关联交易、收购或处置资产、重大重组项目等的税务规划都涵盖在税务部门的职责范围内。设置专门的团队负责，能较好地防范税务风险。
税务部门除了处理企业的全部涉税事项外，还要建立和完善企业的税务风险防范制度。税务部门要：
（1）持续关注税收征管动态和税收新规。在国家税务总局上年工作总结会上，总局领导都会对下年工作重点进行部署，税务人员要及时了解征管动态信息。另外，税务人员还要充分掌握与自己所在企业相关的重要税收政策，特别是新出台的政策，清楚政策的适用范围，并采取措施，应对新政策给企业带来的不利影响。对于新的税收优惠政策，应及时办理要求的手续，享受新政策给企业带来的实惠。海外投资企业要同时关注中国、受资国和投资架构国的税收征管动态和税收新规。
（2）定期的分析和报告制度，实时跟踪报表项目及各项申报数据的变化情况。税务机关选案重点关注的指标有税收负担率、单位产品原材料（含能耗）耗用率、总资产周转率、关联销售比率及其变动率、关联采购比率及其变动率、融通资金关联交易金额、关联劳务交易额等，企业应定期分析这些指标，看是否有异常变化，并分析变化的原因。
极易触发税务稽查的重要信息包括：营业额大，但长期亏损或微利经营；长期亏损，但生产经营规模不断扩大；营业额大且微利经营，但销售对象或订单来源单一；常规判断有边角料、废品等出售，但无其他业务利润；长期不做盘盈盘亏处理；有直接长期股权投资或其他关联关系，但不进行关联往来申报；税收优惠期间利润高，优惠期满后利润率下降较大；增值税税负波动大或连续3个月零申报，长期税负水平低于同行业；增值税税负高，但所得税税负低；资本公积项目余额大；其他应收等往来项目余额大；预收、预付账款项目余额大；存货项目余额出现负数；企业盈利能力强，但个人所得税申报金额较低；拥有不动产（尤其是土地），但进行股权转让；未分配利润项目的余额大幅度下降；在年度内发生重组并购交易等。企业对以上报表项目或申报数据的变化应加以关注。
企业内部全员税务风险防范意识，主要包括以下几个方面：
（1）财务人员良好的职业习惯。良好的职业习惯包括及时复制并保留有关重大事项的决议和文件等资料，保留一切能够证明企业业务处理符合税法要求的资料和图片，并及时转交给企业税务部门。了解同行业的财税状况和税务规划方法，使企业既不会偏离政策导向以至于错失机会，也不至于发生多缴税款、少缴税款等后果，给企业埋下潜在的税务风险。
（2）企业内部各部门的充分沟通以及业务人员的税务常识。企业经营中的各项合同决定了企业的业务过程，在业务的发生过程中就产生了应税义务，故只有企业内部各部门的业务人员和合同签订人员熟知税法，才能从源头上控制税务风险。所以，第一，税务部门应该与各业务部门及时沟通，引导业务人员考虑税务成本；第二，企业应该定期对业务人员进行税务知识培训，增强全员的纳税意识。
（3）企业业务流程及内部控制的整合与规范。在某种程度上，业务流程决定了税务成本。良好的业务流程，会节约税务成本，如一个白酒加工企业除了缴纳增值税外，还要从量缴纳0.5元/500克和定率缴纳20%的消费税，而一个药酒生产企业只按10%缴纳消费税。若白酒厂与药酒厂合并，则可节省从量缴纳的消费税，而定率缴纳消费税由20%降低到10%。所以，业务流程的整合与优化很重要。
很多企业都有完善的内部控制制度，但税务检查时还有大量的税务风险存在，究其原因，是其内部控制制度中对税务问题考虑较少，甚至没有涉及税务问题。有一个外商投资的商业零售企业，被税务机关查出补税200多万元，老总非常生气地跟税务专家说，我这里财务总监、财务经理，还有20几个财务人员，竟然没有人知道这200多万元到底违反了哪条税法，税务机关让我们补税有没有道理。这说明，在实务中，懂会计的人员很多，可是，既懂会计，又懂税的人却少之又少。所以，进一步完善内部控制制度是企业的当务之急。
（4）定期进行税务风险自查。很多大型企业都有内部审计部门，内部审计的主要内容很少涉及企业是否依法纳税了，是否少缴税款了，或是否多缴税款了。设立了税务部门后，一定要定期进行税务风险自查。因为，自查后补缴的税款，最多交点滞纳金，而等到税务稽查查处后，则还要承担至少一倍的罚款，外加企业声誉损失。
防范税务风险，建立良好的外部关系，主要包括以下几点：
（1）关联企业间的定期沟通。利用关联交易避税是集团公司常用的手段，因此，关联企业之间的业务往来一直是税务检查的重点。新《企业所得税法》第六章“特别纳税调整”中强调：企业向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表时，应当就其与关联方之间的业务往来，附送年度关联业务往来报告表。税务机关在进行关联业务调查时，企业及其关联方，以及与关联业务调查有关的其他企业，应当按照规定提供相关资料。企业不提供与其关联方之间业务往来资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，税务机关有权依法核定其应纳税所得额。因此，企业应该定期与关联企业沟通，防止由于关联交易处理不当而发生税务风险。
（2）企业与税务机关的实时沟通。与税务机关的实时沟通是指寻求与税务机关的正当协调。这里的“正当协调”是就具体的事项咨询主管税务机关，就特殊的、宏观上影响较大的业务要上面的批文和文件。
另外，在与税务机关沟通过程中，要了解所在地税务主管机关管理企业的一些流程和方法规定，了解企业直接被稽查的原因：①举报导致。本企业业务人员、财务人员、股东、合作伙伴或家庭成员及其他高层管理人员等举报导致，企业的客户举报导致，竞争对手举报导致。②企业纳税申报的信息异常导致。③税务机关的纳税评估、随机抽查等导致。④国家税务总局对行业及地区的信息监管分析导致。⑤征管税务机关或其他机构移交、转办，上级部门交办等导致。⑥取得问题发票导致。⑦业务关联企业被稽查导致。⑧企业涉及的其他经济案件导致。⑨国际税收情报交换导致。⑩其他原因导致，如专项检查行动、政治原因、与税务机关产生矛盾等。
（3）向咨询机构或专业人士咨询。企业重大对外投资、重大并购、重大重组协议的签订等，一定要向专业人士咨询相关税务问题，尤其是海外投资的企业，专业咨询非常重要。但并不是靠外部咨询就能解决一切税务问题，企业还应该培养自己的专业人员。因为，企业经营中遇到的情况千差万别，自己的专业人员不仅能第一时间了解和解决实际问题，而且能够对企业的长期经营考虑更多。
防范税务风险，具体方法很多，这里主要谈以下四个方面。
第一，预先采取措施。在制定企业发展战略时，不要忘记考虑税务问题，在企业初建期就考虑到以后的税务成本。如某企业因城市规划需要而搬到郊区，取得了1000亩
地作为新的生产加工区，会计入账时应注意些什么？按照新会计准则的规定，土地使用权可以单独列为“无形资产——土地使用权”；按照旧会计准则的规定，土地使用权应列为厂区房屋的成本。如果列为房屋的成本，以后每年都要缴纳1.2%的房产税，虽然每年可以按期折旧，但同时造成每年大量的现金流出；如果列为“无形资产——土地使用权”，每年只需要分期摊销。
财税﹝2010﹞121号规定，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。
在厂区建设过程中，厂房、道路、假山、大门等也需要分别签合同，分别列为固定资产，以减少以后缴纳房产税的基数。还有，需要挖地基安装的固定资产，其安装地基部分的成本最好与设备分别入账，以防以后在集团内部低价转让设备，而税务要求按照固定资产账面价值计算销项税额时的税基较大。
某民营老板要做一个3亿元的项目，问税务专家注册资金为多少合适。现实中，很多民营企业注册资金很少，后来企业需要钱时，老板就以借款形式一点点地投入，因此，账面上的负债很高。后来，老板自己实在没有资金注入，需要银行贷款时，银行发现企业资产负债率太高，根本不符合贷款条件，不给贷款。老板说那都是借我自己的钱，根本不需要还。但企业账面审核结论是贷款的主要依据。民营企业贷款难，有一部分就是因为当初的注册资本金太少。企业自己没有为以后的发展铺平道路，没有考虑税务成本。
A公司取得了开发临街商铺的许可，经过将近一年的时间将商铺开发完毕，开发成本3000元/平方米，对外出售价格1.2万元/平方米。在销售商铺的过程中，需要缴纳5%的营业税、7%的城建税、3%的教育费附加、2%的地方教育费附加、0.05%的印花税，还有30%～60%的土地增值税、25%的企业所得税，企业感觉税负太重。因此，店铺出售1/4后，另注册一个中介公司，A公司以6000元/平方米的价格将店铺卖给中介公司，中介公司再按照12000元/平方米对外出售。A公司这样操作后在营业税没有增加的情况下，大大降低了土地增值税税负。当然，企业报税后，税务机关当即发现问题，认为A公司与中介公司是关联关系，A公司的行为是逃避纳税行为，让其补缴少缴的土地增值税，并予以处罚。试想一下，如果A公司能够预先采取措施，在开发商铺奠基时就签订意向书，并预付一部分款给中介公司作为其营运资金，并且以水电、消防、装修等都没有做的毛坯房转让给中介公司，在时间上和实物上给予商铺增值的空间，就不会遭到补税、罚款的处理。所以，预先采取措施非常重要。
第二，充分了解税收法规。每年国家税务总局下发的“国税函”“国税发”及财政部和国家税务总局联合下发的“财税”等文件千余份，这些文件中，有的明确了普遍性的业务处理办法，有的明确了特殊业务处理办法，还有的明确了近期税务机关要重点检查的内容。企业应有专人充分了解这些文件的内容，防止税务风险的发生。
案例1-4
某医药企业2016年度实现营业收入5亿元，实发工资总额为3000万元。2016年度企业所得税申报时，自行归集的职工福利费发生额为390万元，自行计算的职工福利费税前扣除限额为420万元，职工福利费实际发生额未超过扣除限额，职工福利费未做纳税调整。
经查，2016年度企业为员工年终一次性支付住房补贴50万元和交通补贴20万元，均未计入职工福利费发生额内。按照规定，上述支出均需计入职工福利费核算范围。因此，审计后的当年职工福利费实际发生额为460万元，职工福利费超标准列支40万元，应调增应纳税所得额40万元。
解析：
国家税务总局公告2015年第34号《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》第一条明确：列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，符合《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》第一条规定的，可作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。不能同时符合上述条件的福利性补贴，应作为职工福利费，按规定计算限额税前扣除。
该企业年终一次性发放住房补贴和交通补贴，属于职工福利费，应限额扣除。如果该企业在工资薪金制度中明确住房补贴和交通补贴有关内容，并且固定与工资薪金一起按月发放，则可以据实扣除。
实务中，借款问题也是容易发生税务风险的问题。
首先是股东借款问题。财税﹝2003﹞158号《财政部、国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》中明确指出：纳税年度内，个人投资者从其投资企业（个人独资企业、合伙企业除外）借款，在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，其未归还的借款视为企业对个人投资者的红利分配，依照“利息、股息、红利所得”项目，计征个人所得税。
其次是员工借款问题。财税﹝2003﹞83号明确指出：企业员工向企业借款，且借款年度终了后未归还借款按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。但实务中，建筑业项目经理借款用于工程，由于项目没有完工，一直没有取得发票，经常会出现跨年度不能归还的情况。对于这种真实情况，不属于财税﹝2003﹞83号文中的借款，应举证说明。
最后是关联方资金融通问题，国税函﹝1995﹞156号明确指出：不论金融机构还是其他单位，只要是发生将资金贷与他人使用的行为，均应视为发生贷款行为，按“金融保险业”税目征收营业税。财税﹝2008﹞121号明确指出：企业接受关联方债权性投资与股权性投资比例，即债务/股本比率为金融企业5∶1，其他企业2∶1。企业提供的相关资料能证明符合独立交易原则，或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。例如境内企业B公司从母公司借款8000万元，协议规定为免息借款，期限5年。在税务检查中被查出此业务，税务机关认为不符合独立交易原则，因此，母公司应按照同期银行贷款利率计算利息收入，补缴营业税和所得税。而且，母公司已经纳税的利息，由于子公司并没有实际支付，故子公司不得在所得税前扣除。如果该业务是付息业务，应按税法规定计算利息，那么，母公司收到利息时给子公司开具增值税普通发票（利息支出不得抵扣进项税额，故无须开具增值税专用发票），作为子公司税前抵扣的依据。
如果是境外关联方借款，除满足财税﹝2008﹞121号的规定外，还要满足国税发﹝2009﹞2号《特别纳税调整实施办法（试行）》的规定和有关外汇管理规定。
第三，充分考虑商业规则和商业目的。
实务中，不符合商业目的的行为很多。例如2000年，王先生以自己在中国境内注册的空壳独资有限责任公司A的名义，与外商张某在中国境内合资开办一个合资企业B，外商张某出资8000万元，王先生出资2000万元。经营10年后，2010年，外商张某欲收购王先生的股份，出价2亿元，王先生可获得1.8亿元的转让利润。按照中国税法规定，王先生应就其转让利润先缴纳25%的企业所得税，就税后利润还要缴纳20%的个人所得税。考虑到税务问题，王先生在开曼群岛注册了一个离岸公司E，他首先将A公司以3000万元的价格转让给E公司，只就1000万元的转让所得申报纳税，E公司因此拥有B公司20%的股权。而后，又将E公司对B公司的控股权以2亿元全部转让给外商张某，因E公司是离岸公司，只就转让利得1.7亿元在境内申报缴纳了预提所得税10%。
后来，税务机关调查此股权转让交易，不符合商业目的，要求王先生就转让利得1.8亿元，计算缴纳所有税款。
第四，注意发票问题。我国实行的是以票管税制度，发票的管理和使用就显得尤其重要。企业所得税税前可以扣除的项目，要求“实际发生”而且具有“合法凭证”。
对于境内发生的交易，凭税务机关认可的发票，在所得税前扣除。如果没有正规发票，也可以用在所得税前扣除的成本费用票据，包括银行手续费凭证、铁路货票、邮寄包裹票据、航空运输票据、行政事业收据、进口货票、工资表（注：不交社保，不承认长期雇用）、买地付给农民的青苗补偿费、旧城改造支付的拆迁费（通过城市专户支付）、矿难等事故补偿费等。
对于境外的票据，一般不得作为税前抵扣依据。但实际税务执法中，境外单张票据金额折合人民币在1万元以内的，允许在所得税前抵扣，但要有翔实的证据。如在国外出差的差旅费，要有换汇证明、与国外签订合同的证明，以及国外工作拍照等。但财税﹝2003﹞16号规定，营业额支付给境外的，可以凭外汇付汇凭证、外方公司的签收单据或出具的公证证明作为营业额的扣减凭证。
对于已经接受劳务，并且已经付款的费用，年终结账前没有取得发票，只要在次年5月31日汇算清缴前取得合法的发票，就可以作为当年成本费用，在税前扣除。否则，应调增应纳税所得额。
另外，企业接受劳务后取得了合法的发票，但没有付款的各项费用，能否作为成本费用扣除呢？如已经在媒体做了广告，发生广告费10万元，已经取得广告业合法的发票，但因资金紧张并没有付款，此时，会计处理为：
借：营业费用 10万元
贷：其他应付款 10万元
遵循谨慎原则，如果在年终仍未付款，应做如下会计处理：
借：递延所得税资产 2.5万元
贷：应交税费——应交所得税 2.5（=10×25%）万元
未付款的费用，不得在当年所得税前扣除。如果2016年广告费未付，在2017年支付了上年的广告费，则在2017年也不得在所得税前扣除。对于其他应付款、应付账款等挂账的未付款，如果超过3年仍未支付，税务检查时要求提供有效的证据，证明企业仍负有偿还义务，如果企业拿不出有效证据，则需要调增应纳税所得额。
根据税法规定，企业在生产经营过程中所发生的各项费用，都应以实际发生额计入成本、费用，不得把预提的费用或准备金直接列为成本、费用开支。企业的财务人员多数都知道上述税法规定，在预提各项成本、费用时将其计入应付账款、其他应付款等往来科目，为企业留下很大隐患。