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《本草发明》作者为皇甫嵩、皇甫相父子。皇甫嵩号灵石山人，明代武林人。他搜辑方书，推本《内经》，爰及诸家本草及李东垣、朱丹溪之论，参阅考订，求其旨要，著为《本草发明》六卷。
关于皇甫嵩生卒年及生平，史料不详，仅从其自序题曰“万历戊寅”，即万历六年（1578）可做些推测。万历之前的皇帝为隆庆及嘉靖。隆庆皇帝在位仅六年，嘉靖皇帝在位四十五年，万历皇帝在位四十八年。皇甫氏能著书，当在三十岁以后，可以推知他生活在嘉靖至万历年间的可能性较大。从其自序“承祖、父业”可知，其家世业医，从其祖父、父亲学医。从其“于儒暇究心于医”可知，其为儒而兼医者。
本书卷一总论药性及制方之义：卷二至卷六按草、木、果、菜等部，分论各药。皇甫氏对药物功效之原理进行了解释，写作风格简明扼要，易于理解。其中不乏经验之谈，如某药专治某病，某药监其药，以某药为君，其药佐之为引，各有所宜。
《本草发明》存世版本不多，今存中国中医科学院图书馆藏明刊四卷本、上海图书馆藏明刊六卷本、日本抄本。经考察，发现《本草发明》仅刊刻过一次。上海图书馆藏明刊六卷本为足本，中国中医科学院图书馆藏明刊为四卷本，缺第五、第六卷，为残本，日本抄本为据明刊本抄写而成。本次整理以上海图书馆藏明刊为底本，以日本抄本为对校本，以2003年中医古籍出版社影印清光绪十年甲申京口文成堂摹刻宋本《黄帝内经》、1982年人民卫生出版社影印张存惠晦明轩刻《重修政和经史证类备用本草》、明刊《古今医统正脉全书》本《汤液本草》、明万历元年周氏仁寿堂本《本草蒙筌》、金陵本《本草纲目》为他校本整理而成。本次整理所采用的处理方法如下：
1. 采用简体横排形式，用新式标点，对原文重新加以句读。
2. 凡底本中繁体字、俗字、书刊匠字、异体字，予以径改，不出注。对底本中的古今字、通假字，原文不改，于初见处出注说明。底本中避讳字，不影响文义者不改，影响文义者改正，并出校说明。
3. 凡底本中有明显脱误衍倒之处，信而有征者，予以改正，并出校记。无明显证据者，出校存疑。本书引《黄帝内经》之文，明显有误者，据《黄帝内经》改。又本书撰写于明代，其中引《神农本草经》等书之内容，显系引自《证类本草》，故有些误字据《证类本草》改。此外，本书撰写过程中，暗引《本草蒙筌》多处，故有些误字亦据《本草蒙筌》改。若非明显脱误衍倒，则不作改动，仅于注中出注说明。
4. 对于“已”“巳”等易混字予以径改，不出注。
5. 书中药物字形不规范者，除药物异名外，均以药物规范字律齐。
6. 凡底本与校本文字有异，义皆可通者，原文不改，出注说明。而校本明显有误者，不再出校注。
7. 中医历史源远流长，许多病名常有多种写法及称谓，本书不做改动。如天花，因伏波将军马援率军南征交趾击虏所得，故呼为虏疮。隋朝称为宛豆疮，唐朝称为天行发斑疮，宋称为豆疮，宋代庞安时又不再称“疮”，而改豆作痘，明清以后，又称天痘、痘疹、天花。本书称天花为豌豆疮、踠豆疮、痘疮等。为保留原貌，不做统一。
8. 古人引书多用简称，有简称同而实非一书者，于注中一一注明。如本书引《液》之内容，有些出自《汤液经法》，有些出自《汤液本草》，故于书中出现之处均注明所出书籍。
9. 将原文中的方位词“左”“右”，改为“下”“上”。
10. 底本每卷卷首均有本卷所载药物目录，今均删去，统一移至本书卷首目录处。