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与蠡湖相连的小河道众多，是周边污染源的主要纳污水体，因而水质污染严重。2002年的水质监测表明，主要污染指标总氮年均值远超出地表水环境质量标准（GB 3838—2002）的Ⅴ类标准值，总磷处于Ⅴ类标准水平。
由于20世纪70年代在蠡湖开展围湖造塘运动，沿湖岸鱼塘密布，不但湖面积大为减少，同时每年养殖污水的排入，也对湖水的水质造成了较大的负面影响。其次，因防洪需要，蠡湖湖岸被浆砌石包围，几乎全部为直立岸带，岸边水较深，由于透明度低与风浪的拍击，岸边很难觅到沉水植物的影子。总的来说，蠡湖沿岸水陆交错带十分单一，已基本失去陆地与湖体物质和能量交流缓冲带的功能，使部分水生动物和植物失去了繁殖与栖息地。再者，多年的沉积致使蠡湖的底泥淤积严重，这些底泥中污染因子的释放对蠡湖又形成了再污染，因此生态修复的核心是要高强度消减营养负荷。
