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感官并不欺骗人，欺骗人的是判断力。
——约翰·沃尔夫冈·冯·歌德（Johann Wolfgang von Goethe）
闻听法国远征队的保罗·伯希和（Paul Pelliot）即将到达新疆，普鲁士皇家探险队也准备从吐鲁番南下，斯坦因立时变得焦躁不安，一再要求探险队加快东进的步伐。
12月上旬，探险队匆匆抵达荒凉的若羌县城。在这个“只不过是一个小村，物品异常有限”的地方，斯坦因招募了50名民工，准备了五星期的粮食，收集了21头骆驼，在后勤供应上做足了功课，几乎“把本地的物力弄尽”。
12月7日，探险队由阿布都尔猎人穆拉、托克塔阿浑带路，前往罗布荒原。他们首先来到米兰遗址展开了试掘，“知道此地的重要”，只是担心法国、德国探险队抢在前面，才决定先去楼兰，明年1月底再来此地做彻底的发掘。
12月10日，探险队抵达阿布都尔——塔里木河畔最后的小渔村。鉴于蒋师爷不能做长时间旅行，所以被留在此地照看暂时不需要的驮马与行李。
斯坦因参照斯文·赫定手绘的路线图和经纬度，自南向北，终于在12月17日进入了楼兰古城。他在给友人的信中，谈了刚刚进入楼兰古城时的感受：“到处都见不到法国人、德国人的影子，因此，在从和阗出发的1000英里的赛跑中，是我取得了第一名……自从斯文·赫定到这里后，遗址尚未遭到寻宝人的破坏。而斯文·赫定带到此地的仅有6个人，也挖不出多少洞来。”斯坦因的兴奋，预示着楼兰古城的浩劫开始了。
寒风怒号，古城呜咽，在高大的佛塔下安营扎寨的斯坦因得意而繁忙。与较为注重发现的斯文·赫定相比，他更为注重发掘，因此，他步前者后尘所进行的发掘，带有更为明显的破坏性。即便是斯文·赫定发掘过的区域，他也进行了拉网式梳理，连前者发掘时形成的垃圾堆也绝不放过。
从12月18日开始，他组织民工用时11天，把楼兰古城以及周边遗址中所能找到的遗物全部清理出来，发掘出成批的写在木板与纸片上的中国文书、写在木版纸片和绢上的佉卢文书、具有希腊和罗马风格的木刻残片、青铜箭镞、汉代方孔式铜钱、古织品残余物等珍稀文物。仅仅在“三间房”西侧的古代垃圾堆中，他就得到了200多件文物，有汉文、佉卢文、印度语文书，还有一件粟特
文书。这是真正的“流沙坠简”啊，无论抓起哪一本一抖，就有千年的流沙淌下来，发出一种奇怪的近乎枯草在风中抖动的声响。
他所获得的大量汉文纸简文书，时间大多在公元263年至270年间，正当西晋末年与东晋初年。
其中一封书信，出自一位女子之手，全文如下：“羌女白：取别之后，便尔西迈。相见无缘，书问疏简。每念兹对，不舍心怀，情用劳结。仓卒复致消息，不能别有书裁，因数字值信复表。马羌。”透过这封情意绵绵的书信，我们仿佛能看到一位名叫马羌的内地女子，倚门眺望西方，泪眼婆娑地期待着在楼兰戍边的夫君归来。
最晚的一件文书，签署于“建武十四年”。其实，晋元帝司马睿的建武年号只使用了一年多，此时已是东晋第三位皇帝——晋成帝司马衍咸和五年（330）。斯坦因据此判断，“这一小站与帝国中央当局的交通已经完全断绝”，所以改变年号这样的大事也无法及时通达边疆。孤悬塞外的楼兰，作为西域长史府驻地，已经岌岌可危，晋朝经营楼兰的历史已经翻到最后几页。
在楼兰，斯坦因还有两件意外的收获。一是他发现了斯文·赫定1901年遗失的金属卷尺，后来斯坦因在英国皇家地理学会的一次宴会上还给了他；二是在圣诞节前夕，和阗的邮差吐尔迪带来了英属印度驻喀什噶尔代理领事马继业的信和他来自海外的家信。当晚，斯坦因拿出所有的美味宴请了邮差，然后安静地坐在帐篷中，借着摇曳的烛光，读那充满浓浓深情的来信，尽情感受严冬里暖人心胸的情谊之火。夜深了，他仍用几乎冻僵的手给远方的好友阿伦（Perey Stafford Allen）回信：“邮差吐尔迪从被风蚀沟壑包围的迷宫中带着一个大邮包出现了。他于12月15日在安迪尔河（Andir River）
离开我去和阗，我真无法理解他是怎样在这么短的时间里往返1300多英里的。你寄来的这些信使我拥有了一个愉快甜蜜的圣诞节。”
斯坦因和爱犬在发掘文物间隙，斯坦因左边为蒋孝琬
之后，他委派患病的测量员雷兰生，通过探险队用锥形石堆标出的“沙漠道路”，将古物押送回设在阿布都尔的营地仓库，然后自己带领人马，将贪婪的目光对准了此前试掘过的米兰遗址。
大漠的冬季，寒风刺骨，滴水成冰。兴奋而急切的斯坦因哪管什么严寒？光绪三十三年（1907）一月二十三日，斯坦因率领大批雇佣民工闯入米兰遗址。
米兰，是一片长满苇草、绵延十里的古建筑群遗址，这里城堡巍然，寺院众多，佛塔林立，古墓处处，水渠纵横。他先是进入了一座吐蕃（Tibet）
人的古戍堡，从中获取了上千件吐蕃文书，证实此地曾被吐蕃长期占领过。然后，他进入古堡附近一座坍塌的佛寺，挖掘出几尊泥塑的佛头，许多梵文贝叶书。在古堡西方1.6公里的土堆群中，挖掘出一座圆顶佛寺——米兰大寺。当清理到离地面4英尺左右时，一面绘着有翼神像的护墙板显现出来，他“不禁大吃一惊，在亚洲腹地中部荒凉寂寞的罗布淖尔岸上，我怎样能够看到这种古典式的天使呢？”
大量描写佛教故事的精美壁画被他挖下，连同泥塑佛头一起仔细装箱。斯坦因在书中不无骄傲地说：“我十分满意的是，两年后打开这些箱子的时候，因为装箱时的十分谨慎，所有绘画的泥版遗物竟能安全到达不列颠博物院。于是我的忠实的朋友助手安德鲁斯先生能够用混有膨胀性铝的石膏粉很巧妙地托在壁画残片后面，把原物好好地保存下来。”
被斯坦因盗走的有翼神像，现存大英博物馆
斯坦因从这里盗走的有翼神像，后来被他认定是希腊神话中的爱神阿弗洛狄忒（Aphrodite），并错误地将其冠名为“有翼天使”，其实那是佛教有翅人物迦陵频迦。他在书中毫不掩饰自己的激动：“这种天使像一共存有七尊，都很安全地运了回去，现在分存于不列颠博物院和新德里我的收藏品处。”
为了剥离和运走这些壁画，他可谓费尽心机。因为整个墙体都已酥软，稍一碰，壁画就会碎裂。为此，斯坦因将产自和阗的一种十分柔韧的桑皮纸贴在壁画表面，用锡片插到绘画层和墙壁之间，小心而缓慢地将壁画从墙体上剥离下来，画面向下装入特制的填有棉絮的大木框之中，木框又被装入塞满芦苇的木箱，然后由驼队、火车、轮船接力，经喜马拉雅山
山口、克什米尔、孟买
，在三年后运抵大英博物馆。
他原计划在米兰挖掘4到5天，实际上却不分昼夜地劳作了18天，出土品之丰富，令人叹为观止。他从阿布都尔送往喀什的文物装满了6峰骆驼，写在木片上的手稿则由他随身携带。他清楚，这些手稿的价值，足以值得他生死与共。如此巨大的收获，令他不止一次地想起玛雅传承已久的说法：“人类的秘密藏在塔克拉玛干沙漠里”。他清楚，这里的确隐藏着人类的许多秘密，其中部分秘密正由自己解开。他不清楚的是，这里到底还藏有哪些秘密，玛雅人为什么蒙得这么准？
在楼兰收获颇丰的他，仍意犹未尽。他带上休息够了的蒋师爷，继续向东奔赴600公里外的敦煌，去收买那位外表猥琐的莫高窟
道士王圆箓。
关于斯坦因、蒋师爷、王道士在敦煌联袂上演的见不得人的历史丑剧，请看余秋雨先生的历史散文《道士塔》。