随着全国纺织工业的迅速发展,纺织品销售市场由长期以来的供不应求转为供需平衡。在这段时间里,喀什棉纺织厂逐步从计划经济向市场经济过渡,调整产品结构,提高产品质量,开拓销售渠道。1992年、1993年是一个适应期,到1994年实现利税3040万元,是喀什棉纺织厂历史上上缴利税最高的年份。由于市场的变化,印染扩建工程在1994年9月开始转产。1995年以后,因原棉价格不断上调、路途远、成本高、产品销售价格不到位等主要因素的影响,企业一直处于低谷之中,从1995年至1999年10月企业累计亏损高达19485.84万元。1998年享受国家减人增效政策,核销当年利息1800万元后,盈利23万元。
从1958年建厂至1999年转轨的41年间,喀什棉纺织厂累计生产棉纱193117吨,棉布92.551万米,实现工业总产值514807.77万元(不变价)。但终因企业老、人员多、负担沉重、设备陈旧、产品单一缺乏竞争力、市场疲软产销量减少、运距远成本高等原因,造成连续多年的巨额亏损,资不抵债现象严重。为了彻底改善企业的经营状况,适应市场经济发展的需要,进一步盘活企业的优良资产,最大程度地减少国家的损失,经国务院批准,喀什地区中级人民法院于1999年10月9日宣告喀什棉纺织厂破产。企业破产后,实行资产重组,通过吸纳多种经济成分,采取规范的公司制改革,建立现代的企业管理制度。