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1916年12月26日，大总统黎元洪正式任命蔡元培为北京大学校长。
此消息一经公布，天津《大公报》便发表了《为大学校前途祝》的评论，认为蔡元培“留法有年，学贯中西”，“定能为教育界放一异彩，不禁拭目俟之”。同时，上海的《时报》也表示，蔡元培就任校长“此诚教育前途之一线曙光”，“秉绩学之奇姿，以刚毅之精神出而任此，我知其必大有造于教育界也”。
蔡元培可谓带着各方期待就任北大校长。
1917年1月4日，蔡元培正式就任北京大学校长。在就职演说中，他向北大学生提了三点要求：“抱定宗旨，为求学而来”“砥砺德行”“敬爱师友”。此后不久，他给老友吴稚晖去信，也谈及了改革北大的初步构想。蔡元培把北大存在的问题归结为两点：一是学制、课程等“学课”的“凌杂”；二是学校“风纪”的“败坏”。应对之法则是延聘“纯粹之学问家”和“学生之模范人物”。
蔡氏的这两次叙述，时间相近，改革北大的思路也颇为一致：选择以传统儒家修身与致知合而为一的思想开始他的改革之路，希望北大在学术和道德上都能“以身作则，力矫颓俗”。
蔡元培改变北大学生的求学观念，是从聘请“积学而热心的教员”开始着手的。
总体来说，学界对此的研究多是从学术史或文学史角度切入，一般列举陈独秀、胡适、梁漱溟等人被聘任的经历，以此证明蔡元培兼容并包的学术气度和知人善用的领导风范。若从教育的实际过程来看，聘任教师的行为本身只是施行改革的最初一步，如何凝聚众多个性迥异的教师，共同实现蔡元培研究高深学问之设想，也是需要考虑的问题。
关于蔡元培选择文科作为改革重点的原因，有学者认为是“文科中顽固守旧的人较多，是北大前进的障碍”；有学者则认为是蔡元培“曾广泛涉猎文科的各门知识”，对文科“如何改革，基本上成竹在胸，而对理科的情况不太熟悉”。
其实，除此之外，北大文科所秉承的学术传统也是需要考虑的问题。学术分科本是西学东渐的产物，而中国传统的科目大多划归文史类学科，所以北大文科得以成为改革中心并非偶然。再加上当时北大文科又聚集了学术界的重量级人物，其所受到的关注自是较其他系科更多。经历过“北大学术风气转变最剧烈的时期”的杨亮功回忆道：“一个大学学术思想之转变，因而推动了全国学术思想之转变，这并非是意外之事。但是北大学术思想转变的中心是在文科，而文科的中国文学系又是新旧文学冲突之聚点。”
从聘任教师到办杂志、组社团、改革学制，这些影响北大今后气象格局的举措，大部分发生在文科各系，所以本书的考察还是多以北大文科为中心。
陈洪捷先生运用韦伯（Max Weber）的“卡里斯玛”（Charisma）概念来诠释蔡元培在北京大学改革中表现出的品质，认为经历、人际关系和学术气度以及和平敦厚的性格造就了蔡元培的“卡里斯玛”资质，由此奠定了北大的基础。
这样的论断大致不差。因蔡元培的提携而入北大的梁漱溟，感触则更为深刻。他认为，蔡先生虽未必能做陈独秀、胡适等人的工作，“然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发抒。聚拢起来，而且使其各得发抒”，这才是“蔡先生独有的伟大”，并进而将蔡元培的成功归结为他的“真好恶”，认为有真好恶，而后“一言一动，不论做什么事，总有一段真意行乎其间。这样，他便能打动人。人或者甘心愿意跟着他走，或随着他，有一段鼓舞于衷而不自知。……他不要笼络天下人，他更不想强制天下人听他的。一切威逼利诱的手段，他都不用，然而天下人却自为他所带动……其伟大在于一面有容，一面率真。他之有容，是率真的有容；他之率真，是有容的率真”。
熟悉蔡元培的人都颇为信服对蔡元培“完人”的赞誉，由人格魅力所散发出来的“真器局、真度量”，正是他得以汇聚人才的关键。
中国古代传统儒家内圣外王之道，追求的是学问与道德人格的完美结合。作为前清翰林的蔡元培，显然也在践行着这一传统信念。他自认是“一个比较的还可以研究学问的人”，一生追求的还是学问本身。这种对待学问的态度，也成了他的人生态度，并由此深刻影响了北大改革的诸多取向。五四后，蔡元培留下一纸启事，毅然返乡。他在回答记者提问时说：“将先回故乡，……并觅一幽僻之处，杜门谢客，温习德、法文，并学英语，以一半日力译最详明之西洋美术史一部，最著名之美学若干部，此即我此后报国之道也。”
这样的研究计划恐怕早已定下，而非五四之时烦乱状态下的突发奇想。蔡元培的书生本色由此可见。蒋梦麟把“蔡先生的精神”归结为“温良恭谦让”“重美感”“平民生活”，谓此种精神源于蔡先生的“学问”，并以此勉励北大学生积极向学。
梁漱溟更进一步分析了其中的原因，认为国人对“西洋文化”的注意，“多在有形的实用的一面，而忽于其无形的超实用的地方”，“仍没有探到文化的根本处”。而“唯独蔡先生富于哲学兴趣，恰是游心乎无形的超实用的所在。讲到他的器局、他的识见为人所不及，便从这里可见。因其器局大，识见远，所以对于主张不同、才品不同种种的人物，都能兼容并包，左援右引，盛极一时。后来其一种风气的开出，一大潮流的酿成，亦正孕育在此了”。
1917年1月15日，陈独秀正式受聘为北大文科学长，并于当月进京任职。他主编的《新青年》杂志也随即由上海迁入北大。选择陈独秀担任文科学长，正可体现蔡元培对道德与学问的双重追求。蔡元培曾致函教育部，称陈“品学兼优，堪胜斯任”。
冯友兰回忆当时的情景说：“聘任陈独秀为文科学长，这个布告一出来，在学生中引起了很大的震动，因为陈独秀显然不是一个准备做官的人。在陈独秀身上，人们也逐渐了解文科是做什么的了。”
这段回忆多少有些“后见之明”，不足以尽信。实际上，陈独秀的学问当时曾遭到质疑，理由是他“只会写几篇策论式的时文，并无真才实学；到北大任教，尚嫌不够，更不要说出长文科了”。蔡元培却认为，陈“精通训诂音韵，学有专长，过去连太炎先生也把他视为畏友”。与此同时，另外一些熟悉陈独秀的人也站出来讲话，“说他在文学考据方面有素养、有研究、有著作，高一涵先生甚至说，仲甫先生讲文字学，不在太炎先生之下。这样众口一词，才慢慢堵住了攻击者的嘴”。
北大文科学长初为夏锡祺，但“颇不为学生所欢迎，故文科中常有风潮，因之益畏学生，偶有与教员龃龉者必两面敷衍之”。蔡元培任校长之后，夏氏“自知其位不固，遂辞去文科学长一席”。陈独秀一入北大便有“调和新旧两方面之思想，使‘古代为黄金时代’与‘愈至后世愈近化’两说并存”的主张，“颇不合于旧派文学者之心理”，遂在第一次文科教授会议上生出一些争论，也因此引起外间不少猜测。但据“当时在坐（座）某君”的回忆，此次大学文科争议，“反对最烈者为陈介石、黄季刚二教授”，但各方大部分是出于学术见解的差异，一直僵持不下，“遂不免言语之冲突”，绝非如外间所传闻，“可断为当然之争议，且各出于良心之主张”。
后世论者有时不免夸大新旧两派冲突的程度，其实“新”“旧”本是相对而言，若从另一角度观察，因学术观点和见解的差异而起的争论，正可说明学长陈独秀任职之后带来的不同气象。
之所以想到聘请陈独秀担任学长，是因为汤尔和曾给蔡元培看过“十余本”《新青年》；而陈同意任职，也是因为蔡元培同意他可以在北大继续办杂志。
有研究者分析，聘定陈独秀首要考虑的与其说是其学术专长，不如说是其在当时思想界足以影响青年学子的特殊地位。
围绕着陈独秀主编的《新青年》杂志，北大教授有了一个聚拢的平台和向公众表达思想的媒介。冯友兰后来回忆说：“蔡先生把当时全国的学术权威都尽可能地集中在北大，合大家的权威为北大的权威，于是北大就成为名副其实的最高学府，其权威就是全国最高的权威。在北大出现了百家争鸣、百花齐放的局面，全国也出现了这种局面。”
此段追述虽掺杂了不少后来的观念，不过也颇能证明当时北大在学术界的地位。从清末京师大学堂建立之初桐城派独掌教鞭的盛况，到民国以后桐城派式微、太炎门生崛起，再到《新青年》集团进入北大，北大文科内部学术派别的更替，虽然不免掺杂人事纠葛，但从总体上看，北大所聚集的无疑都是当时学界的重量级人物。“一校一刊”的结合，更使《新青年》有了引领新思潮的可能；与此同时，北大也借助了不少《新青年》引领学界新思潮的力量，重塑了大学的形象和地位。
胡适认为，文学革命的成功，有一个因素也不能忽视，那就是陈独秀担任北大文科学长后，其文学革命主张成了“全国的东西”，成了一个“严重的问题”。
尽管《新青年》第4卷第3号才声明，“本志自第四卷一号起，投稿章程，业已取消，所有撰译，悉由编辑部同人，共同担任，不另购稿”，
但此前各卷不少作者都与北大有着千丝万缕的联系也是不争的事实。1919年2月，《新青年》第6 卷第2 号刊出启事，特意澄清自己与北大的种种关系。“启事”称：“近来外面的人往往把《新青年》和北京大学混为一谈，因此发生种种无谓的谣言。现在我们特别声明：《新青年》编辑和做文章的人虽然有几个在大学做教员，但是这个杂志完全是私人的组织，我们的议论完全归我们自己负责。和北京大学毫不相干。”
这则启事虽有针对保守派攻击、保护北大的考虑，不过却正好反证外间确有将《新青年》与北大相提并论的情况。
在北大任职期间，蔡元培只在《新青年》上发表过屈指可数的文章，并没有特别站出来为《新青年》说话。但在蔡元培心中，作为文科学长的陈独秀和其主编的《新青年》一直都是颇有分量的。1933年4月，汪孟邹为接济入狱的陈独秀，重印了《独秀文存》，并请蔡元培作序。在序言中，蔡元培除了回顾陈当年出任北大学长的来龙去脉，还特别指出，这部文存收录的都是陈独秀在《新青年》上发表过的旧文，“大抵取推翻旧习惯、创造新生命的态度；而文笔廉悍，足药拖沓含糊等病；即到今日，仍没有失掉青年模范文的资格”。
陈独秀此时已在狱中，蔡元培选择以此种方式回溯历史，有替其脱罪的考虑。不过，他特意再次强调陈独秀“创造”的“态度”和犀利的文风一直都是青年的模范，足见陈独秀在蔡元培心目中的重要地位。后来上海亚东图书馆和求益书社又联合推出了重印本《新青年》。蔡元培亦为其题词，称《新青年》是“五四运动时代之急先锋”，可看作研讨“吾国人最近思想变迁”的依据。
对于陈独秀任北大文科学长，此后人们一般都习惯于把聘任陈独秀看作蔡元培“兼容”新派教员的明证，但如果从陈的黯然辞职来看，蔡氏的“兼容”显然有不少变数在内，落实于现实的“兼容并包”多少都会打些折扣。
到了1919年4月，这位新文化运动的“闯将”（梁漱溟语）还是在压力之下被迫去职，其原因正是陈作为进德会评议员私德不俭，违反会约，以致遭受社会舆论及同事的攻击。关于陈独秀的去职，曾有传闻说是因其“言论思想多有过于激烈浮躁者，于学界前途大有影响”，所以被辞退。
对此，蔡元培曾专门致函报道此事“最详细的”《神州日报》，为陈独秀“辞职”等事辟谣，称“陈学长并无辞职之事”，“文理合并，不设学举长，而设一教务长以统辖教务。曾由学长及教授会、主任会议定（陈学长亦在座），经评议会通过，定于暑假后实行”，非“下学期之说”。
但不管蔡元培如何为陈独秀辩解，陈不再担任北大文科学长之事已是定局。事后多年，由胡适与汤尔和的通信可以窥见，陈的去职并非仅是学校内部职位变动那么简单，人事纠葛恐怕是更为决定性的因素。胡适回忆说：“蔡先生颇不愿于那时去独秀，先生（指汤尔和——引者注）力言其私德太坏，彼时蔡先生还是进德会的提倡者，故颇为尊议所动。”
蔡元培作为一校之长不得已的苦衷，不易被人理解。就连与蔡氏私交甚好的胡适也怪罪蔡元培“因‘头巾见解’和‘小报流言’而放逐一个有主张的‘不羁之才’”，认为蔡元培是被沈尹默“几个反复小人”利用，才会“造成一个攻击独秀的局面”。
被胡适称为“反复小人”的沈尹默对此倒也坦白，承认“蔡先生的书生气很重，一生受人包围，……北大初期受我们包围（我们，包括马幼渔、叔平兄弟，周树人、作人兄弟，沈尹默、兼士兄弟，钱玄同、刘半农等，亦即鲁迅先生作品中引所谓正人君子口中的某籍某系）”。
可见，蔡元培所倡的“兼容并包”真正可“兼容”的范围远非人们想象的那样广阔，人事上的争斗有时往往成为蔡元培推行改革中不可逾越的鸿沟。
1919年3月18日，《公言报》刊登了《请看北京学界思潮变迁之近状》，描述了北京大学的基本思想状况：
国立北京大学，自蔡孑民任校长后，气象为之一变，尤以文科为甚。文科学长陈独秀氏，以新派首领自居，平昔主张新文学甚力。教员中与陈氏沆瀣一气者，有胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默等。……顾同时与之对峙者，有旧文学一派。旧派中以刘师培氏为之首，其他如黄侃、马叙伦等，则与刘氏结合，互为声援者也。加以国史馆之耆老先生，如屠敬山、张相文之流，亦复而深表同情于刘、黄。……顷者刘、黄诸氏以陈、胡等与学生结合，有种种印刷物发行也，乃亦组织一种杂志，曰《国故》。组织之名义，出于学生，而主笔政之健将，教员实居其多数。盖学生中固亦分旧新两派，而各主其师说者也。二派杂志，旗鼓相当，互相争辩，当然有裨于文化；第不言忘其辩论之范围，纯任意气，各以恶声相报复耳。
若暂不考虑此文的政治背景，其以“新”“旧”为标准划分北大文科虽过于绝对，但也足以说明北大内部学术派别的争斗早已是不争的事实。直到1921年，入北大不久的吴虞，观察到的仍是“北大学生中主选派及申叔、季刚一派者居多数，其主桐城派者亦有，然不盛也。大别北大党派则为新旧二派，细别之，则多矣”。
1924年，刚刚在柏林大学获得博士学位的陈翰笙应蔡元培之邀，回北大历史系教授欧美通史和史学史。他很快发现：“北大的教师当时分为两派，一派是英、美、德留学生，以胡适为首；另一派是日、法留学生，领头的是李石曾。这两派明争暗斗，互不相容。”
此后不久，由“女师大事件”而引发的“语丝派”与“现代评论派”的论战，也正是因为“北大内部欲借女师大学潮为党争之具”
。这虽是后话，但可以肯定的是，在蔡元培长校的1920年代初期前后，北京大学的党派之争不可能无声无息。曾经在政界学海浮沉多年的蔡元培自然也不可能没有丝毫察觉。但行事未脱书生本色的蔡元培，判断教员优劣的标准仍尽量控制在“以学诣为主”，即使是“偶有过激之论，苟于校课无涉”都在“兼容”之列。
蔡元培曾言：“一种思想之产生，一种学说之成立，断非偶然之奇迹。吾人如能基于纯正研究学术之立场，则无论为符合或反对，但于此种思想、学说，都应切实研究，唯研究乃能附和，亦惟研究乃能反对，盖真理惟研究乃能愈益接近也。”
他一向颇为大度，这与他对学问持有的开放态度是一致的。在传统读书人的观念里，学问与生活并不是完全割裂，讲求的是学问与人生的互相滋养，对学问的一丝不苟，贯穿于日常生活的方方面面，成为一种人生态度；同样，日常待人接物处事方式也正是学问内在涵养之表象。蔡元培曾表示素来信仰学术上的派别都是相对而非绝对，
也更多是出于学术上而非只从人事上的考量，所以才会有“兼容”。正如毛子水指出，有人误解蔡元培的“兼容并包”只是“勉强混合”，其实，他是经过了“是非的择别”。“譬如，他请刘申叔讲六朝文学，决不会允许他提倡‘帝制’；他请辜汤生教英诗，决不会允许他提倡‘复辟’。”
蔡元培首次明确把“兼容并包”与北大改革相联系，可追溯至1918年11月10日的《〈北京大学月刊〉发刊词》。《北京大学月刊》创刊的目的之一即为“释校外学者之怀疑”，以《北京大学月刊》“宣布各方面之意见，则校外读者，当亦能知吾校兼容并收之主义，而不至以一道同风之旧见相绳矣”。此处，蔡元培提出大学是“囊括大典，网罗众家”之学府，并引用《礼记·中庸》中“万物并育而不相害，道并行而不相悖”一句来形容。
次年3月，在与林纾的论战中，蔡元培再次解释了“兼容并包”，即“对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”，“无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”。
在晚年的回忆录中，蔡元培也曾表示：“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的是胡适之君与钱玄同君等绝对的提倡白话文学，而刘申叔、黄季刚诸君仍极端维护文言的文学；那时候就让他们并存。”
从中不难发现，蔡元培对“兼容并包”的理解是基于“兼收并蓄”的本义。此后他对大学的体认也是由此而来。他认为，“大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵掣。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨同时并行，而一任学生之比较而选择，此大学之所以为大也。大学自然为教授、学生而设，然演讲既深，已成为教员与学生共同研究之机关。所以一种讲义，听者或数百人以至千余人；而别有一种讲义，听者或仅数人。在学术上之价值，初不以是为轩轾也。如讲座及研究所之设备，既已成立，则虽无一学生，而教员自行研究，以其所得，贡献于世界，不必以学生之有无为作辍也”。
从上述蔡元培的种种诠释可知，“兼容并包”的重点在于通过容纳不同学术派别对高深学问的追求来营造北大学风，由此带给北大学术自由争鸣的学院氛围。
梁漱溟后来回忆说：“关于蔡先生兼容并包之量，时下论者多能言之，但我愿指出说明的：蔡先生除了他意识到办大学需要如此之外，更要紧的乃在他天性上具有多方面的爱好，极广博的兴趣。意识到此一需要，而后兼容并包，不免是人为的（伪的）；天性上喜欢如此，方是自然的（真的）。有意的兼容并包是可学的，出于性情之自然是不可学的。有意兼容并包，不一定兼容并包的了；唯出于真爱好，而后人家乃乐于为他所包容，而后尽管复杂却维系得住。——这方是真器局、真度量。”
论者对蔡元培“兼容并包”的理解，可谓汗牛充栋，但梁漱溟能从性格入手，以“天性上喜欢如此”作为“兼容并包”的注脚可以说抓住了根本。蔡元培自认“性近于学术而不宜于政治”，“是一个比较的还可以研究学问的人，我的兴趣也完全在这一方面”，
尽管他一生亦学亦政，最终也未能真正如愿以偿，归于学术，但学术无疑仍是他心灵的最终归宿。
不过，蔡元培有此等学术气度和修养，固然可以做到接纳不同学术偏好的教师，但并不表示在北大的实际运行中教师聘任问题没有受到任何质疑。1917年8月13日的《晨钟报》就以《蔡元培辞职之内幕》为题，公开谈论北大的教师聘任问题。报道说：
北京大学校长蔡元培君自客岁任事以来与该校学生感情颇欠融洽，加以主张变更校制，同校管教各员除由蔡援引者外，亦多不以蔡为然。因此校中反对蔡氏之暗潮无时或已近乃愈闹愈大。探闻前日该校学生暨反对蔡氏之诸职员联名上书于段总理，历叙蔡不克胜任并喜任用私人多方弊端，请另简贤员以重校务等语。段总理接禀后即请蔡到，将原禀交阅。蔡阅毕向段总理云，外间既谓我任用私人，我只好辞职不干，由我敦请之职员亦当随我而去，云云。段总理当下未置可否，闻已有允意，曾托人邀严范孙出而担任。严辞不就。以故继任人物刻下政治物色中，大约物色定后蔡当去职。惟闻蔡亏欠该校款项有三万元之多，将来不知何以了结也。
事件缘起于8月1日蔡元培在《新青年》上发表的《大学改制之事实及理由》。据8月17日、22日《申报》接连刊登的《北京大学改制与蔡元培》一文称，北大师生对改制的具体方案颇为不满。蔡元培遂将议案提交教育部，经部批准照办。但是“学生反对蔡之声浪乃愈高”，且以全体名义在院部两处控诉蔡元培。段祺瑞不得不将学生呈文交予教育部处理。所以，外间才会传出蔡元培意欲辞职的谣言。
不过，这期间确有被裁汰之失职人员广为联络尚未定资格之职员，鼓动起反对蔡元培的风潮。若再联想到此前蔡元培曾因辞退不合格的教员，与外籍教习对簿公堂之事，
《晨钟报》的报道本身不妨视为“虚中有实”，即报道描述的具体事件可能存在不实之处，但是事件背后所反映出的学校内外对蔡元培用人的质疑却是一直都存在的。此段报道提供的可说是蔡元培北大改革社会语境之一面。
蔡元培后来曾不断地提及“旧教员中如沈尹默、沈兼士、钱玄同诸君，本已启革新的端绪；自陈独秀君来任学长，胡适之、刘半农、周豫才、周岂明诸君来任教员，而文学革命、思想自由的风气，遂大流行。理科自李仲揆、丁巽甫、王抚五、颜任光、李书华诸君来任教授后，内容始以渐充实”。
此段话一般被认为是蔡元培的自谦之词，但若与当时社会环境的种种状态相联系，不妨视作他对自己充分而深刻的体认，因为他深知北大的改革是不可能仅靠一己之力而可为的。所以，胡适认为，这正是蔡元培“做领袖的绝大本领”：“能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全权，不再过问；遇有困难时，他却挺身负其全责；若有成功，他每啧啧归功于主任的人，然而外人每归功于他老人家。因此，人每乐为之用，又乐为尽力。迹近于无为，而实则尽人之才。”
周作人曾评价蔡元培在教育文化上的施为“多以思想主张为本”，因此“他一生的价值亦着重在思想，至少当较施为更重”。
其实，若从五四前蔡元培改革北大的实践来看，这样的论断恐怕失之笼统。此段时间，蔡元培对大学的体认，重在实际行动而非文字建构。蔡元培借助创设各类刊物和举办各种社团，一方面引导了北大内部学术风气的转变，另一方面也重新塑造了北大在社会上的形象与地位，其思想意义的彰显是与他在北大的具体改革实践相关联的。
蔡元培对北大的革新是从重塑北大学风入手，而所谓“学风”，是不可简单量化的，既可看作一种“态度”，也可看作一种“氛围”。1919年1月，《教育杂志》刊出主编朱元善的《改造学风》一文。作者认为，学术“纯为精神上之产物，萌于人心而系乎风习”。而所谓“学风”，最开始“恒由一二人心意之所向倡之于前”，然后逐渐“誊为口说，布为声气，群众共趋，锲而不舍，遂独自成为一种好尚”。所以要想改造学风，可以从学校与社会两方面努力。其中，学校方面，首先就是要求校长教师联结一心，以忠实恳挚之精神研究各种学术或组织学会，事事躬行实践，以身作则；其次则是鼓励学生组织学会，“时时以学为生命，而不以学为借径”。如果各个学校皆能如此，“则学校之学风自得而良善矣”。
朱元善所言将“学风”解释为学术风气，认为改造学风的关键在于营造众人虚心向学之风气，此点也与蔡元培所设想的改善北大校风相一致，也可视为时人对此的普遍观念。
蒋梦麟将蔡元培出长北大比喻为“在静水中投下知识革命之石”，“一圈又一圈的微波就会从中荡漾开来，而且愈漾愈远，愈漾愈大”。
以校长的身份，蔡元培曾多次在开学典礼、学校庆典等公开场合强调学术风气的重要，不过问题往往是，校长如何说是一事，教员学生于此种舆论环境下如何想、如何做则是另一事。只有当向学之风成了北大师生普遍关注、参与讨论的话题之时，蔡元培在北大投下的石子才能真正荡起涟漪。
蔡元培理想中的大学是研究高深学问的学府。这与他对德国大学的基本认识是相一致的。他一入北大即提出：“大学者，研究高深学问者也。……所以诸君须抱定宗旨，为求学而来。”
此后每年开学典礼，他亦不时强调大学研究的学理取向。蔡元培在北大的诸项革新中，无论是制度建构，如教授治校、建立评议会制度，还是延聘教师时所持“持之有故、言之成理”之原则，抑或是组织各种社团、研究会，无疑都是基于“大学为纯粹研究学问之机关”的理念。蔡元培认为，“学”与“术”虽然“关系至为密切”，但因为“习之者兴趣不同”，要区别对待。“文、理，学也。虽亦有间接之应用，而治此者以研究真理为的，终身以之。所兼营者，不过教授著述之业，不出学理范围。法、商、医、工，术也。直接应用，治此者虽可有永久研究之兴趣，而及一程度，不可不服务于社会；转以服务时之经验，促其术之进步，与治学者之极深研，几不相侔也。……学为基本，术为支干，不可不求其相应。”
在他看来，德国大学教育之所以成功，正是因为其强调“以科学的教育为主”，并不只是简单的“职业上实地之训练”，“而在授以科学的知识与科学的研究之径途也”。
蔡元培希望通过强调学问和研究本身扭转北大学风。到了1918年初，蔡元培在“国立高等学校校务讨论会”上提出“大学改制之议”，不久也在北大评议会的讨论之下得以通过实行，北大开始了一系列学制改革，如将文理两科扩张、预备法科独立、归并商科于法科、停办工科、缩短预科学时等。
可以说，此时的学制改革是以制度化的形式确定了蔡元培改革北大为“高深学问研究之所”的初衷。1922年成立的北大研究所国学门更是将自觉之学术研究落到实践中。
蔡元培重塑学风的提议一经提出，即引发不少北大教师的回应。文科学长陈独秀在1918年北大开学典礼上也提出，大学学生应以研究学理为目的，为此，他提出三条具体办法：一是要“注重外国语”，因为“最新学理，均非中国书所有”，所以要求学生必须精通外国语；二是“废讲义”，因为“讲义本不足以尽学理，而学者恃有讲义，或且惰于听讲也”；三是“能节不急之费以购参考书”。
他还以文科学长的名义通知文科各门任课教员，“将所授科目至不可少之参考书（汉文或洋文）约需若干部，开单赐下，以备采要购置”。
此外，理科教授俞同奎也曾专门写信，回应理科学长夏元瑮提出的“若何引起研究所趣味之问题”，认为在理科仪器药品不足的情况下，可从筹备实验室开始，“有实验而后研究之问题可解决，研究之问题有解决之希望，则研究方有兴味”。
北大立校之基础的文、理两科，可谓皆呈现出一种全新气象。
1918年10月，教育部召开全国专门以上学校校长会议，讨论专门以上学校的教育问题。北大特意将“大学应如何注重学理研究，使学生确能潜心研究”以及如何“奖励大学毕业生入大学院研究之办法”列入提案，提交大会讨论。
11月19日、20日，《北京大学日刊》不惜篇幅，连载了南京河海工程专门学校校长许肇南的议案《人才教育之方针与办法》，看中的正是此项意见书与北大所提出的大学改革议案可“互相发明”。
1919年2月，教育部则依照北大提交专门以上学校校长会议讨论的原案发布训令，要求各校“遵照办理”。
整顿学风之议获得了制度的肯定。
与此同时，蔡元培发起成立的进德会，则是将风气的转换付诸道德修养的提升。1918年1月19日，蔡元培在《北京大学日刊》上刊出了《北京大学进德会旨趣书》，将他早年与吴稚晖、李石曾和汪精卫等人一起创建的进德会引入北大。其实，蔡元培早有此类计划，只是“一年来鞅掌于大体之改革，未遑及此”。1918年初，亦即蔡元培接任校长的第二年初，北大“改组之议，业已实行。而内部各方面之组织，若研究所、若教授会之属，体育会、书画研究会之属，银行、消费公社之属，皆次第进行”，北大进德会则“应时势之要求，而不能不从事矣”。蔡元培希望进德会能起到“东汉之党人、南宋之道学、明季之东林”的“清流”作用，与“敝俗奋斗”。入会之效用，要达到既“可以绳己”，也“可以谢人”，以期实现“苟人人能守会约，则谤因既灭，不弭谤而自弭。其或未灭，则造因至范围愈狭”之目的。
自蔡元培发起组织进德会开始，《北京大学日刊》几乎每天都会刊发入会名单，至5月底教员已入会者76人，职员已入会者92人，学生已入会者301人。
而这一年，北大在册登记的正式教员有149人，职员44人，学生1695人
，参与人数可谓相当可观。更有学生致函《北京大学日刊》表示赞成，认为进德会规定中尤以“戒嫖”一项最为切中北大时弊，建议“作一剀切详明之告诫，连登日刊上一二星期，稍作鼓钟之警”。
文本科国文门的学生陶明浚在《北京大学日刊》上发表《进德五箴》一文，分别从戒游冶、戒博塞、戒饮食、戒作官吏、戒作议员五个方面讨论了他对进德会的理解。
周作人译自日本油谷治郎七所著的《废娼问题之中心人物》，特意表明“进德会译著”，在《北京大学日刊》上连载一周。
5月28日，北大进德会召开了成立大会。蔡元培致辞说：“进德之名，非谓能守会规即为有德。德者，积极进行之事；而本会条件，皆消极之事，非即以是为德，乃谓入德者当有此戒律，即孟子人有不为而后可以有为之义。”
可以说，自蔡元培发起进德会起，高悬的德性与学问双重立意，使北大校园内外师生重新找到了久违的道德归属与学术热情。《北京大学日刊》上刊出的持续增长的入会数字、各种进德会的通知布告和不断寄往北大要求入会的各式信笺，都昭示出积极进取的态势。不过，其中也有例外。据北大档案记载，行事狂放的北大教授黄侃就曾在回复进德会入会邀请时表示，他对进德会的宗旨“本极赞成”，但是“入会与否系个人自由。此时信向不出本心，则时守之不力，万不敢自欺复欺”，最终退回了进德会入会志愿书。
如果说黄侃拒绝入会只是特例，那么，进德会在具体运行中受到的质疑则是不少人共同的困惑了。进德会成立不久，北大学生朱一鹗在进德会大会上针对“外间毁誉”有感而发，着意说明了入会会员要抱有“责任心”与“自信心”，号召大家“勿为内欲所克制，勿为外力所牵动”。
10月17日，《北京大学日刊》又刊发了北大学生梁绍文写给蔡元培的信，说明了自己“狠怀疑的事”：他曾听到过不少与进德会旨趣相悖的负面传闻，所以“好几回，想写信来与先生商量一个好方法，来止止他人的谤，又因谤的事情太多，所以到今日，始能把这封信作出来”。如此境况让他觉得“进德会的条文，不过一种欺人之具罢了”。
若以现在的眼光来看，有质疑的声音存在反而可以看作受到关注的另一种表现。进德会的创办是欲借助于外力对每个人的道德进行监督，约束力自然相对薄弱。但蔡元培选择从道德入手，显然并不是希冀获得短时的效用，更多是着眼于施行后的影响。当时就有人赞誉进德会是“现代道德及政治上自觉之一机运，且由北京大学校长所发起，其意义自更深长”，看到的正是其超越现实的表率作用。
从提升学问和道德修养入手重塑学风，蔡元培是着眼于北大发展的根本性问题的，但是总体来说收效甚缓。而且，施行中往往多有曲折，引起外间许多不必要的怀疑。为此，蔡元培选择了“主动出击”的方式，由校方出面创办《北京大学日刊》，旨在强化北大积极向上的一面，故也可看作重塑学风的一种努力。
作为北大校方出面办理的刊物，《北京大学日刊》主要设有命令、法规、校长布告、各科通告、公牍、纪事等专栏，同时也刊登师生对改进教学及管理工作的建议，并发表学术论文、演讲实录等。初期只有两版，后扩展为四版，又因增加“杂录”“通信”等栏而扩展至八版。自1917年11月创刊，至1932年9月10日因改作周刊而终刊，共出版2885期，其间由于政治环境及学校风潮曾有短暂停刊。以初期改版变动最大，如1918年2月，《北京大学日刊》发行不久即进行改组，扩大了机构规模，下设编辑、经理二部。由蔡元培请徐宝璜教授为主任，总理一切。
编辑部主要负责编辑各类稿件、审定各种规则、决定办刊方针；而经理部则负责招登广告、发送稿件、发卖日刊等工作。
后因“销数日广”，已有“与中西各大日报交换”的考虑，为此《北京大学日刊》还特别向中华邮政总局申领执照，被认定为新闻纸类，准许公开发行。
至此，经过改组的《北京大学日刊》不再只是北大普通的校内刊物，而是担负起向校外主动发布北大动态的责任。10月初，全国专门以上学校校长会议召开之时，《北京大学日刊》就曾特意在头版刊发启事，给来京参会的各位专门以上学校的校长免费发放《北京大学日刊》三天，以便交流。
主要面向大众的《晨报副镌》也曾为《北京大学日刊》做过介绍。其中有“足供全国教育界及志愿升学者之参考”一句，颇能显示出北大对自己处于学界领导地位的自信。
由北大参与筹办的《新教育》杂志，也在第1卷第2期上刊出《北京大学日刊》详细广告，称“本日刊乃北京大学之出版物，纪载校内近事极详而校内教员学生之著作亦日有登载。诚为研究学问或欲知本校情形不可不看之报”。
到了《新教育》第3卷第1期，与北大相关的刊物有《北京大学日刊》、《北大月刊》、《北大学生周刊》、《新潮》、北大音乐研究会编《音乐杂志》、北大第二院画法研究所编《绘学杂志》，等等。以北京大学名义编辑出版或与北大有关的期刊、书籍逐渐成为社会瞩目的焦点。此时陷于危机中的上海亚东图书馆正是得益于代销北京大学出版的期刊、书籍，才逐渐走出经营困境。
可见“北京大学”这四个字在时人眼中还是颇有些号召力的。
作为沟通校方、教职员与学生之间的“桥梁”，《北京大学日刊》主要承担的是传递信息的沟通和交流作用。这种交流是以多方互动的形式展开：一方面，与学校及各系所有关的各种消息和规章除去临时发生或系紧急事件外，均由《北京大学日刊》发布；
另一方面，教职员、学生也可以借此对校内各项事务表达意见，公开讨论。北大校方提供了一个交流的平台和媒介，师生间的关系日渐融洽。法科学长王建祖在北大二十周年纪念会的演说中表示：“半年来教员与学生及学生与学生相互之关系，因有日刊及其他各种集会之机关，日渐融洽，深为可喜。”
蔡元培也观察到，《北京大学日刊》创办之后，“全校同人始有联络感情，交换意见之机关”，而且也可借此将北大现状告知全国教育界，可谓一举多得。
对于学生来说，《北京大学日刊》起到了加强学校与学生联系的作用，让“学生对于学校就一点不觉得隔膜，而向来喜欢对学生摆架子的职员也摆不成他的架子了”。
作为北大内部公共信息传达的渠道，与改良北大校风有关的问题经常出现在《北京大学日刊》的版面上，构建出一个平等的舆论空间。比如，当时还是本科二年级的顾颉刚，观察到图书馆存在呆滞停顿的现象，就撰文《上北京大学图书馆书》，并在《北京大学日刊》上连载十多天。顾颉刚对图书馆的建议主要涉及图书定购类别、编目及归类方法、借阅规则、阅览环境等二十一条。其中，他特别提到希望图书馆能够及时公布新购图书目录、捐赠图书目录、出版图书目录、代售图书目录以及分类阅书统计、分日阅书统计等项，务使读者能够了解图书馆的最新情况。
此后不久，法科经济学门的学生周君南也以《本校图书馆改良刍议》为题致函日刊，讨论了图书馆的开放时间、阅览规则、硬件设施等问题。他从应对学生施以“自动主义”教育入手，认为改良图书馆正是解决蔡校长提出的防制学生沾染赌博恶习的方法。之所以学生会有赌博恶习，是因为“校课过宽，无事可为而为此者，实占大半”。如果一面减少课堂讲授时间，令学生自习，各班主课每月作一文，详列参考之书，记作平时成绩；另一面尽力改良图书馆，诱发学生研究精神，“既有专注赌念自可潜消感化，自然固非徒具形式之责罚可比”。由此，图书馆的改良，实际上便是“不仅关乎智育已也”。
对于这些建议，北大图书馆早已开始积极寻求改良方法，并经由《北京大学日刊》将图书馆的变化传递给北大师生。
自《北京大学日刊》第6号开始，图书馆便已不定期列出馆藏西文书目、新到国文书目等。顾文全部刊载完成两日后，图书馆又在《北京大学日刊》刊出馆藏中国英文书籍目录，并附有各册图书简要介绍。
图书馆后又在春假开始前发布通告，要求教职员和学生归还所借图书，以便利用假期对中西文书籍改编书目。
行动也可说相当快速。不久，图书馆便延长了开放时间，每日自上午八时至十二时，下午一时至五时半，晚七时至九时，星期日仍照常开馆。
此外，从1918年5月3日开始，图书馆开始在《北京大学日刊》刊出上月借出及阅览情况月报，分别对教职员、文理工法四科学生、校内外各机关人员借阅情况做出详细统计。同时，《修正图书馆借阅规则》也在《北京大学日刊》予以公布，严格规定了图书借阅制度。比如，重新规定教职员及学生借书册数，并表示无论教职员学生借书，逾期不缴，就立即停止其借书权。过期一日便惩罚一星期不得借书。
此后，北大图书馆亦不时在《北京大学日刊》上刊出各类馆藏目录、新到杂志书籍介绍，及时将各种相关信息广而告之。
力图做到沟通各方的《北京大学日刊》记录了北大师生的改变，也呈现出北大新校风。无论是以提升个人修养为目的的进德会，还是种种改良图书馆的努力，其初衷无疑都是与蔡元培所倡导的北大应为研究高深学问之所的设想相一致的。不同于以往官僚养成所以升迁进阶为目的，北大师生借此共同参与到创建全新北大的过程中，并在此基础上逐渐形成了对北大所负担的学术和道德重任的新认同。
由北大教授共同编撰的《新青年》更是北大风气转换的一个标志。当《新青年》以“坚硬的争论与柔和的诗文”形象公之于世之时，北大所开启的由文学而至思想的新风气也已逐渐传播开来。
1919年1月，被看作《新青年》“助手”的《新潮》杂志在北大校方的资助下得以创刊，这种思想的力量已然由北大教师一辈影响到了学生一辈。《新潮》办刊之旨趣在于希望养成“自别于一般社会”的学校风气，最终达到通过大学的思潮来影响社会的目的。“本此精神，循此途径，期之以十年，则今日之大学，固来日中国一切新学术之策源地；而大学之思潮，未必不可普遍国中，影响无量。”
定位为“学生刊物”的《新潮》的发行，在思想改造、文学革命上，也将以往《新青年》在大青年、高级知识分子中间产生的影响，扩大到了小青年、中学生之中。
从一定程度上看，蔡元培苦心营造扭转学风的努力也确实达到了预期的效果。亲历此一变化的罗家伦，曾描述过五四前夕充满学术自由风气的北大：
当时我们除了读书以外实在有一种自由讨论的空气，在那时我们几个人读外国书的气很盛，其中以傅斯年、汪敬熙和我三个人，尤其喜欢买外国书。大学的图书馆，对于新书的设备比以前也好些，大家见面时候，便讨论着自己所读的书籍，而回去的时候便去看书或写信给日本凡善书社去订买外国书。除了早晚在宿舍里常常争一个不平以外，还有两个地方是我们聚合的场所，一个是汉花园北大一院二层楼上国文教员休息室，如钱玄同等人，是时常在这个地方的。另外一个地方是一层楼的图书馆主任室（即李大钊的房子），这是一个另外的聚合场所。在这两个地方，无师生之别，也没有客气及礼节等一套，大家到来大家就辩，大家提出问题来大家互相问难。大约每天到了下午三时以后，这两个房间人是满的……这两个房子里面，当时确是充满学术自由的空气。大家都是持一种处士横议的态度。谈天的时候，也没有时间的观念……总以讨论尽兴为止……当时的文学革命可以说是从这两个地方讨论出来的，对于旧社会制度和旧思想的掊击也产生于这两个地方。
1918年，在秋季开学典礼上，蔡元培对北大一年的情况做了总结：“本校一年以来，设研究所，增参考书，均为提起研究学问兴趣起见。又如设进德会，书法、画法、乐理研究会，开校役夜班，助成学生银行、消费公社等，均为养成学生人格起见。……一年以来，于英语外，兼提倡法、德、俄、意等国语，及世界语；于旧文学外，兼提倡本国近世文学，及世界新文学；于数、理、化等学外，兼征集全国生物标本，并与法京‘巴斯德生物学院’协商设立分院。近并鉴于文科学生轻忽自然科学、理科学生轻忽文学、哲学之弊，为沟通文、理两科之计画。望诸生亦心知其意，毋涉专己守残之习也。”
尽管蔡元培仍不忘提醒北大师生“当有研究学问之兴趣”，“尤当养成学问家之人格”，但还是无法掩盖他在语气之中表露出的自得之意。