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“太极”一词出自《周易·系辞上》，但先秦儒学并不注重对宇宙本体论的阐释。至宋代，周敦颐著《太极图说》，朱熹著《太极图解》，以“太极”为基础建立了一套较为系统的理论学说。至于“理”字，虽在先秦典籍中多次出现，但并未上升到本体论高度，直到二程、朱熹，才以“理”为中心形成了较为圆融的思想体系。在程朱理学家看来，“太极”即“理”，是宇宙的本体、本原，也是宇宙的最高主宰。
利玛窦《天主实义》“解释世人错认天主”篇在批评“后儒”宋明理学家时指出，儒家原始经典未有“尊奉太极者”的记载，“如太极为上帝、万物之祖，古圣何隐其说乎？”而天主道理，在儒家经书中记载完备。若以“太极”为“理”，那么，此理也无非是“无极而太极”，即依赖奇偶之象的道理，是“虚象”、“虚理”，不能是世界的本原，否则便流入佛、老了。因此，以“太极”为“理”，则此理只能依赖于“物”而存在，不能自成为万物本原。
在利玛窦的著述中，程朱理学所言之“理”的本体含义也被完全否定，他依据“物之宗品有二，有自立者，有依赖者”，将“理”判为“或在人心，或在事物”的依赖者，既无灵觉，也不能化生万物。
意大利人龙华民在明末清初继利玛窦任中国耶稣会会长，他虽不赞成利玛窦的“合儒”策略，不同意以“天”、“上帝”来称“陡斯”，但在“太极”问题上的态度则与利玛窦相同。他说：宋明理学中所讲的“太极”、“理”，在中国人看来，都先于并高于“上帝”、“天主”，而且后者与其他受造物一样，有生有灭。他认为，程朱理学中的“太极”即“理”，是指一种“原始物质”，而绝非一种永恒的精神实体，不具本体意义。
显然，利玛窦、龙华民关于“太极”、“理”为“虚理”，为“原始物质”的说法，并不符合理学原意。他们对理学“太极”本体的否定是从西方思维方式、从天主教本位出发的。
顺康之际，杨光先著《不得已》，诋斥西学，攻击天主教。针对杨的论点，利类思从护教立场出发，于康熙四年（1665）著《不得已辩》予以辩解、反驳。杨光先尊从理本论之说，认为理立而气具，气具而数生，数生而象形。利类思驳斥说：“此本宋儒之唾余也。宋儒指天即理，光先因指理为天，故有生气数形象之说。夫理不能生物，亦甚明矣。凡物共有二种：有自立者，亦有倚赖者……夫此自立与倚赖二种，虽相配而行，然必先有自立者，而后有倚赖者。设无其物，即无其理，是理犹物之倚赖者也。”“若无天地人物神鬼，理尚无从依附，又何能自生物乎？”他沿承利玛窦的“自立者”、“倚赖者”之说，认为“理者法度之谓”，“无人则法亦不设，无物则理亦无名”，理必依赖他物而存在，不能自存自立，更不会化生万物。
这里，利类思将程朱理学中内容丰富、具有本体意义的“天理”，仅仅解释为物之“理”。
卫方济（Francois Noёl，1651～1729，比利时人）于康熙二十六年（1687）来华。他对于太极的看法与利玛窦等没有原则性不同，也反对把“道”、“无极”、“太极”、“理”上升为本体。他所著教理书《人罪至重》三卷，对此解释说：
夫儒言理，言道，言天，莫不以此为万物之根本矣。但究其所谓理，所谓道，所谓天，皆归于虚文而已。盖自理而言，或谓之天，或谓之性。自道而言，或谓之无极，或谓之太极，或谓之气化……若夫无极与太极之义，依其论说，要不外理气两端。周子以无极太极，与太虚为一。张子以太虚与理、与天为一。然天也，理也，气也，皆不能自有，则必自他有，则先有其所以然。既先有其所以然，则自不能为万物太初之根本明矣。如此，则俗儒所称万物之大本，虽曰实理，终归于虚理虚文而已矣。
也就是说，程朱理学家所说的“太极”、“道”、“天”、“理”、“气”等不过是“先有其所以然”之“虚理”、“虚文”，而不是本原之“实”。无“实”而名之曰“根本”，不过是认无为有罢了。
另一方面，卫方济又重视对“理”的运用和阐发，把“理”界定为天主教的超性之理。他把“理”分为二：一为“性理”，一为“天理”。“性理”指万物之本质属性，万物皆有“性理”，“性理”相当于理学中的“物理”。“天理”是指天主赋予人的灵魂（即人神）中的无形道理，为人与神所独有。他在重释“天命之谓性”时说：
盖天理乃天主所赋，铭刻于人之灵性，即天命之谓性也。循此灵性之天理，即敬天主而由正道；悖此灵性之天理，即慢天主而陷于迷路之险也。故孔子云“获罪于天”者，非获罪于理，乃获罪于赋理之天主也。
他在辨析天主、天理、人神的关系时说：
夫天理在人神如何？天理在人神，如令在臣民。何也？天主以天理内治人神，犹国君以命令外使臣民，人神一禀天理，即知所自当避，所自当趋。盖正理迪乎人神，若日照乎天，灯燃乎夜，眼引乎身。此正理也，非人神也，乃人神之则。神者体也，理者力也，又非天主也，乃天主之事。天主者君也，理者令也。故朱子亦曰：天理，理之所自出也是也。夫理既在天主所出，则为天理，为主命；其在人神所禀，则为正理，为圣光，为絜矩。盖人之灵神，既用所禀正理之矩，即明于圣恶，辨于邪正，察于淑慝，禽兽潜植，力所不及，故人为万物之灵，此之谓也。
简单地说，这里的“天理”即天主赋予人的灵魂的道理，它源于天主，为天主所创造，显然不是世界的本原，而是第二位的。
葡萄牙传教士郭纳爵（Ignatius da Costa，1599～1666，字德旗）也以“理”来指称天主教的超性教义。其《烛俗迷篇》专以批驳中国习俗为事，而其立论的根据就是“理”。他说：世人难免为俗习所迷，只有“理”，才能使人免于迷陷，认清道俗的正邪。他认为，对待各种道俗，不应当以其源自中国还是西方来判其正邪，而是“特推之以理，而纳其正，绝其邪”。这一超越民族特性、具有普遍性的“理”，不是程朱理学所说的“物理”、“事理”、“伦理”、“义理”，而是指天主教的超性之理。在该文中，他把道俗分为“人俗”、“神俗”两类，认为人俗以礼义为规矩，神俗以天理为规矩。这里的“天理”便是指天主教的超性之理：
人俗既因礼义而关系于人之主张矣，各方之人民依己俗而行，自然之道也。神俗既以天理为本，夫天理既止一，四方之神俗不协于此天理，非善神俗也。
康熙年间，以白晋为代表的索隐派为缓和礼仪纷争，他们以前人的“合儒”策略为基础又有所前进。利玛窦等早期耶稣会士沟通天主教与儒学，主要以先秦儒学为同构点，而对“后儒”的理学命题则据天主教义予以批驳。索隐派成员较之更为大胆，他们从天主教立场来阐释理学与天主教的同一性，凡不同之处则对理学予以曲解、附会。如，白晋以康熙《日讲》中对“易有太极，是生两极”的解释为例论证说，“太极”即“主宰之理”，也就是“造物主”、天主。
《日讲》：太极，谓至极无上。以主宰万化之理言，易固生生不已，变化无端矣。然必有至一不变之理主宰于中，以为生生之本，太极是也。
显然，《日讲》以“太极”、“理”为宇宙的本原，这是程朱理学宗奉者对于宇宙本体的一贯解释。然而在白晋看来，“太极”“不变之理”至灵、至一、至能、至明、至神，无所不能，无所不在，与天主没有不同。
考天主《圣经》，造物主所化之类无数，然尽于有灵、无灵。能明理不能明理，乃万物万灵二等而已。万物万形之妙，一一皆合于造物主，所怀至灵至一不变当然之理，而明显其造者之无极而太极之能、至明至神之德……而由此可见之形像，至于明通所无形像无可见造物主自为无极而太极之能。万灵所属至神至灵至一不变之理，真为万物万灵根本主宰。
实际上，经此诠释，“太极”、“理”已发生了根本性变化。在利玛窦等人看来，不能与天主教义沟通的“理”是“后儒”之“理”，也就是程朱理学本来意义上的“理”。而白晋所言之“理”，已是被他赋予至灵、至一、至能等属性的“理”，也就是天主。
白晋将至神、至灵、至一、不变等天主的属性加诸“理”的身上，使“理”具有了相当于天主的身份。这是他的阐释不同于郭纳爵、卫方济的地方。但与此同时，他的“理”又具有多重含义。如他在《古今敬天鉴》中说：
人生之初，原秉天理。后因自染于欲，乃仁不仁，善不善，公私二道分焉。
天理、天命、天道，上主原畀之于人，以成其性，须臾不可离忽。
上主所闻之道乃自然率性之天理，至此惟一。
这里的“天理”又是天主的教义，与郭、卫所指没有大的差别。
从天主教方面说，清代前期，郭纳爵、卫方济、白晋等对程朱理学的核心范畴“太极”、“天理”的阐释虽与利玛窦不同，但其本质仍没有超出利玛窦的“合儒”策略。利玛窦从先秦古籍中找出“上帝”、“天”等概念，按照天主教的要求加以改造，使其与天主对应；白晋等则对程朱理学中的“理”重加阐释，使之具有天主教义的内涵，甚至直接赋予天主的意义。
从程朱理学方面说，来华传教士对“太极”、“理”无论是拒斥，还是附会，都没有从理论根源上给予清楚说明。或者说，他们既不能把握理学的本体理论，也不能很好地认识理学的伦理本质，更不能较准确地理解理学家天人合一的思维模式和理想境界，而是只能从天主教出发作想当然地阐释，妄图强行把中国文化纳入西方文化之中。