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嘉道之后，民变四起，外力交侵，社会局势急转直下，历史亟须有识之士拿出对策，指明出路，摆脱危机。世变引发学变，学术风尚和格局再次发生重大变化。作为清代学术最为主要的两派，汉学式微，宋学“复兴”。盛极一时的汉学由于远离现实，无济世用，颇受时人指责。在此背景下，宋学被作为解危纾困的思想学说，再次受到官方和一部分人士的重视。客观地说，程朱理学对于维护清廷的专制统治秩序起到了一定作用。光绪中叶，曾廉对此总结说：“其在道光时，唐鉴倡学京师，而倭仁、曾国藩、何桂珍之徒相从讲学，历有年数。罗泽南与其弟子王錱、李续宜亦讲学穷庐，孜孜不倦。其后内之赞机务，外之握兵柄，遂以转移天下，至今称之。则不可谓非正学之效也。”
但对此不能夸大。唐鉴、倭仁、曾国藩等人主要是利用理学来教化民众，敦守纲常伦理，加强社会控制，在理论上并无创新。倭仁曾在日记中写道：“孔门大路，经程、朱辨明后，惟有敛心逊志，亦趋亦步，去知一字行一字，知一理行一理，是要务。”
这不仅是倭仁个人的心声，而且反映了当时宗理学者的普遍心态。倭仁等人匍匐于程朱脚下，对于汉学、心学等异己学说，无不顽拒固斥。更为严重的是，他们昧于世界大势，无视社会历史环境的巨变，疾视新思想新学说，盲目排外。清代晚期，在西潮的冲击下，宗理学者的迂腐无能暴露无遗。理学沦为新派人士口诛笔伐的对象，成了“顽固”、“守旧”、“迂腐”、“落后”的代名词。伴随清朝覆灭，作为官方哲学和社会主流意识形态，程朱之道走到了尽头。
也有人致力于寻找一条不同于汉学和宋学的出路。这分为两种类型。一种是“汉宋会通”。清中期汉学兴起后，汉学、宋学争立道统，聚讼不已。一些较为开明的学者痛感汉宋之争有害无益，主张破除门户成见，取长补短。徐世昌《清儒学案》称：“道咸以来儒者多知义理、考据二者不可偏废，于是兼综汉宋学者不乏其人。”
其中，以陈澧、朱次琦、黄式三、黄以周等的“汉宋会通”论最有代表性。陈澧著有《汉儒通义》和《学思录》（后定名为《东塾读书记》），两是郑玄、朱熹，认为汉学含有宋学之义理，宋学未废汉儒训诂考据之传统。朱次琦力主“扫去汉宋之门户，而归宗于孔子”。
黄式三父子则提出“礼学即理学”，
倡导以礼学贯通汉学与宋学。从形式上看，会通论者于汉于宋，兼收并蓄，无所偏倚，好像是拓宽了清儒之道。但究其本质，正如章太炎、刘师培等人所批评，“会通汉宋”实则是“掇引类似之言曲相附和”，有模棱两可之嫌。
因为无论对于汉学还是宋学来说，“折中”于孔子（或礼学）是以减损各学派内涵和特色为代价的。换言之，“汉宋会通”是将儒学返之朴初而非通于当今，其目的在息汉宋之争，而非理论的创新和发展。可见，“汉宋会通”并不是一条新道。
另一种是今文经学“复兴”。一些有识之士不满于汉学、宋学现状，转从西汉今文经学中谋寻经世之道。其始倡者孔广森、庄存与对汉学和宋学的弊病都有较为深刻的认识，对当时汉学饾饤琐碎、脱离现实的学风尤为不满。他们主张师法西汉之学，摆落名物训诂，直接从《春秋》“属辞比事”、书法条例中寻求圣人的微言大义，借以表达对现实政治的关怀。嘉道之际，刘逢禄撰《春秋公羊义例》、宋翔凤撰《论语说义》等，大张其军。尤其是刘逢禄，上承董仲舒、何休之统绪，“由董生《春秋》以窥六艺条贯，由六艺以求圣人统纪”，
使《春秋》大义和公羊家法晦而复明。龚自珍推许说：“本朝别有绝特之士，涵咏白文，创获于经，非汉非宋，亦惟其是而已矣。”
受刘逢禄启发，龚自珍、魏源等人改变治学方向，归宗今文经学。他们把经学与现实直接联系起来，“引《公羊》义讥切时政，诋排专制”，开启了“以经术作政论”的新学风。
梁启超称：“光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。”
康有为、梁启超等人把公羊学说与西学附会在一起，服务于政治改革的需要。“以经术作政论”的学风，在戴望、王闿运、廖平、皮锡瑞等今文经学者身上均有体现，而不限于康有为、梁启超等新学家。从他们的思想主旨看，清代今文经学与汉代今文经学大有不同。清儒面临的局势险恶，急于救世，他们的学术以境遇为转移，“复西汉之古”只是形式而已。在此风气推动下，清代晚期，今文经学家由非议宋学、汉学，进而怀疑古经古史。“凡二千年经说，自魏晋至唐，为刘歆之伪学；自宋至明，为向壁之虚学。”
而且值得注意的是，他们反传统的逻辑和学理依据，并非完全来自对儒家传统的系统探研，而是不同程度地接受自佛学、子学和西学等“异端”学说。换句话说，晚清的今文经学者实际上是打着儒家之名行否定儒家之实，玩的是“缘饰经术”。职是之故，他们受到了众多学者的批评。蒙文通指出，“刘氏（逢禄）、宋氏（翔凤）喜张皇劭公之义，以遍说群经，自夸今文学，不能究洞经旨……暨乎湘之魏氏（源）、浙之龚氏（自珍），益言无检束，不可收拾，而皆自托于今文。凡诸杂书小记，无不采摭，书无汉宋，惟意所便，于汉师家法破坏无余，则又出刘宋下。”
王国维说：“其所陈夫古者，不必尽如古人之真，而其所以切今者，亦未必适中当世之弊。其言可以情感，而不能尽以理究。”
钱穆也认为“道咸诸儒要凭经学权威来指导当前”，他们本应于史学中耐心觅取，现在则依凭春秋公羊学的微言大义和非常异义可怪之论，借题发挥，结果“考据义理，两俱无当。心性身世，内外落空。既不能说是实事求是，亦不能说是经世致用。清儒到道咸以下，学术走入歧途，早无前程”。
他们一致认为，清代今文经学并非儒家的正道。由此也说明，若不借助外来的思想学说，仅仅依靠儒学自身，难以走出中世纪。
“生民之祸，至此已极，无他，圣学不明故也。”
罗泽南的这句话可视作清儒的共同感受。清代学者坚信，“圣贤之道”中蕴含着妙方，能够揆时救世，挽救危机。正是抱着这种信念，一代又一代学者以圣徒般精神，前仆后继，孜孜矻矻，从不同方面对儒家经典予以系统的整理和研究。在此过程中，清儒也裂变成了诸多学派。不过，时人即已感觉到，学派的裂变不仅未能带来思想的创获和世道的改善，反而加剧了社会的衰落。“夫学术至今日而益裂矣。其高焉者空谈心性而不求诸实用，其卑焉者溺于训诂考据，龂龂于一名一物之微，又其下者剽窃词章以图幸进，而皆置身心于不问，故其出而临民也，卤莽灭裂，以利禄为心，而民物不被其泽。”
世道的衰落未必是学术分裂的产物，但裂变出的诸多学派的确未能拿出救世的大智慧，从世界历史的高度促进中国社会的进步。清代学者关于儒家之道的探寻，怎不值得令人深思。