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明清鼎革，改变了中国传统学术的路向。“神州荡覆，宗社丘墟”，令士大夫痛彻心骨。受此绝大刺激，气节之士在政治上拒绝与清廷合作，在学术上反省明朝灭亡的原因，努力寻求解决问题之道。清初学风，由晚明王学末流之空疏，丕变为讲究经世致用之实学。王国维将清初学术的特征概括为“经世为体，经史为用”，堪称言简意赅。从学派的角度分梳，清初主要有阳明学派和程朱学派。阳明学派势力犹在，如孙奇逢、李颙、黄宗羲被时人称为“三大儒”。孙奇逢等人未染王学末流“游谈无根”等陋习，注重经世致用，并汲取其他学派之长。程朱学派在继承明代学术传统基础上，做了较为深刻的反思和改进。顾炎武、陆世仪、张履祥、王夫之、陆陇其等程朱理学尊奉者，惩于晚明学术“空谈误国”，主张正本清源，明辨程朱与陆王学术异同。整体上看，清初学界，王学后劲多兼采程朱，尊程朱者多贬黜王学，从而呈现阳明学派衰落而程朱学派壮大之势。
历经丧乱，清初诸儒对儒家之道的理解明显分化。如陆世仪、张履祥、陆陇其、吕留良等恪守程朱之道和纲常名教，以程朱之是非为是非。黄宗羲、唐甄、傅山等则质疑儒家纲常学说，对君主专政提出了极其尖锐的批评。颜元既反对陆王，又反对程朱，主张“必破一分程朱，始入一分孔孟”，
致力于实体实行之学。钱谦益、费密等对程朱理学深致不满，主张“圣人之经即圣人之道”，“圣人之道，惟经存之，舍经无所谓圣人之道”，推崇汉唐经学。
顾炎武鉴于理学空疏之弊，特强调道问学，提出“经学即理学”，客观上开启了清代考证学一路。值得肯定的是，清初诸儒对“道”的理解虽然不同，但一般能做到身体力行。他们无论居位高低，皆有“天下兴亡，匹夫有责”的担当精神，鞠躬尽瘁，为民族为国家谋出路。黄宗羲说：“道非一家之私，圣贤之血路，散殊于百家，求之愈艰，则得之愈真。虽其得之有至有不至，要不可谓无与于道者也。”
这段话可作为清初士人精神的写照。诸儒各弘其道，显示了变乱时期儒家之道的分散，又蕴含着未来之道的可能走向。
至康熙朝，清廷提倡“崇儒重道”的文化政策，定理学为一尊，清代学术格局渐次分明。康熙帝尊崇儒学，尤推崇程朱理学。他把程朱理学列为官方哲学，理学获得了“正学”地位。两相比较，陆王心学受到冷落，逐渐式微。
理学跃居官学，产生了两方面效果。从正面讲，通过科举考试等方式，魏裔介、魏象枢、熊赐履、李光地、张伯行、汤斌、陆陇其等一大批理学人士得到提拔重用，他们以名儒兼名臣，壮大了理学的声势。当时，无论官方、民间，均不乏理学的笃信者。另一方面，又导致了理学人士的分化，埋下了理学衰落的种子。康熙帝提倡理学，看中的是“御用之术”。他用理学来笼络人心，宣扬纲常名教，而明确反对学理上的探讨。他周围的所谓理学名臣，诸如魏裔介、熊赐履、李光地、张伯行等，讲的也是政治儒学。这批人把理学作为服务君主统治（而且是外族）的工具，与清初大儒的理学精神有很大不同。而且，程朱理学在政治上的独尊，强化了理学人士固有的宗派意识和保守性格。他们指斥佛、老、陆、王为“异端”、“外学”，要求完全遵从程朱学说。他们声称，“圣人之道”经程朱阐发已无遗韵，后人只需学习和接受程朱的结论。如张伯行多次说：“内圣外王之道，灿然著于六经，折中于四子，而发挥阐绎于周、程、张、朱五夫子之绪言，至矣，尽矣，不可复加矣……有志圣贤之学者，惟取六经、四子与夫周、程、张、朱五夫子之绪言，虚心学问，俯焉日有孳孳，而著书立说，不惟不可，亦不必也。”
理学与权势结合，科举以理学选才，导致理学队伍中增加了大批趋炎附势之徒。与此相对，一些不屑与清廷为伍的理学人士，选择了远离政治，埋头著述，推动了考据学风的兴起。一些坚持反抗清廷的学者，限于政治高压，转而激烈批判理学。他们反理学，实则是反清廷，通过反对为清廷张目之理学来发泄不满。还有一些学者，虽与清廷合作，但对理学持鄙夷态度，他们通过经籍的考辨等方式来揭露理学空疏篡伪的“真面目”。如阎若璩《古文尚书疏证》、胡渭《易图明辨》、毛奇龄《四书改错》等，无不严重损伤了理学的学理基础。