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清代学者在“五经”等古文献整理、校勘方面取得了辉煌成绩，但他们对《古文尚书》、古本《大学》、《易经》图说等的考订却直接冲击了程朱理学的理论基础。宗宋学者要想守住门户，就需要对汉学家所提出的这些棘手问题做出解释。
晚清时期，宗理学者对这些问题没有回避，为维护理学道统，据理力争。兹举伪《古文尚书》为例。伪《古文尚书》对于程朱理学思想体系具有重要意义，例如，被程朱理学奉为道统心传的十六字经文“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”就出于该书《大禹谟》篇。而经清儒阎若璩、惠栋、孙星衍等考证，此书为东晋伪书。有人进而就题发挥，对理学权威提出质疑。孙星衍说：“尧、舜、禹、汤、文、武之言，可任其以伪乱真乎？……且圣人之学具在‘九经’，何言不足垂教？而藉伪晋人之言以为木铎，则盗亦有道，释典亦有劝善之言，岂儒者所宜择善服膺哉？若知其伪而不疑，反附于阙疑之义，是见义不为，非慎言其余也。”
宗宋学者明确表示，《古文尚书》事关道统，汉学家排斥伪古文的做法不足取。方宗诚指出：“后儒以《古文尚书》为伪，而《禹谟》‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’四语……皆于道体、治本、学术之要极有关系，人生所不可一日昧者，去之则皆泯没矣。”
他认为，十六字经文含有恒常之道，关系世道人心，万不可因其是伪书而否定其学说的价值。
夏炯也从维护圣学道统出发，批评阎若璩的做法失当。他说：阎若璩“攻诘《大禹谟》‘人心惟危’一十六字，以为无一字不从剿袭而来，则肆妄未免太甚。夫自尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔子、孟子，以逮有宋濂、洛、关、闽诸儒复生，道统相继，不能外‘危微精一执中’数句。穷而在下，守此数言则为天德；达而在上，守此数言则为王道。其著为成效，昭然可睹……谓《古文尚书》未可尽信则可，谓《古文尚书》无一字可信则断不可。古文之真伪未能遽必，即使真系伪撰，其文辞古朴，义蕴宏深，古先圣王之遗训微言亦深赖以不坠，历代以来朝廷颁置学宫，儒者奉为圭臬，阎氏试自问所学能窥见此中之万一乎？”
在他看来，《尚书》版本的真伪与义理的是非并无必然联系，读经贵通大义，不能因噎废食。
夏炘专作《〈古文尚书〉不可废说》陈述不可废的理由，并贬斥汉学家阎若璩等胶柱鼓瑟，知其一不知其二，不过是拾朱子余唾而已。他说：
疑古文者自朱子始。黄勉斋作行状特载疑古文之词，其意盖亦深以古文为不然也。然朱子《中庸章句叙》发明《大禹谟》十六字为历圣传心之要，而文集杂著中《大禹谟》一篇字笺句释，虽于“曰若稽古”三句颇致其疑，而其余阐明精训无余蕴，以为能备二典之所未备……然则古文虽伪，而其言之足以垂世立教。其见取于朱子如此。继朱子而攻古文者，自宋、元迄明，代不乏人。至我朝阎百诗、惠定宇诸先生出，穿穴抵衅，搜瑕索瘢，耳食之徒，众喙一词，莫不唾而弃之矣。然古文之伪在乎来历之暗昧，筋脉之缓迟，文气之散漫，而非谓古昔之格言正论不藉是以存之也……彼阎、惠诸君子其尚知其一而不知其二，未免胶柱而鼓瑟矣。
他还指出，汉学家攻击《尚书》为伪，不过是炫耀淹博之资而已，古籍之重于世者，首在其“名言至理”，而不在成书早晚：“今人攻梅赜伪古文，莫不以壁中十六篇为真古文，而深惜其书之不存。窃以为逸十六篇即全在，其书亦无足轻重也。凡古籍之重于世者，为其名言至理足以垂世立教耳。苟言之，不足以垂世立教，则虽上古之书亦不过供学人之记诵，夸奥古竞该博而已。”
他认为，十六字心传为“名言至理”，《古文尚书》有利于“垂世立教”，理学的合法性毋庸置疑。
山阳潘德舆以诗文名世，思想上以理学为宗，他通过分析经文含义来说明这十六字符合圣人原意：“‘人心惟危，道心惟微’，诋《古文尚书》者谓其出于道书，而以心岐［歧］为二为有流弊，然此二语不可驳也。性也有命焉，命也有性焉。前一性字即人心也，后一性字即道心也。孟子剖性为二，而后儒不能驳也，故一心也而有人心焉有道心焉，一性也而有义理焉有气质焉，一身也而有大体焉有小体焉，皆《中庸》明辨之义。明辨居致知之终，学矣问矣思矣，复加以明辨者，知不厌其详也。”
这里，他从理学基本范畴入手，论证“人心”、“道心”与《孟子》、《中庸》切合，以证明《古文尚书》可据。
宗宋学者对汉学家经学辨伪的反驳，实际上仍旧没离开对训诂与义理二者关系的辨析。汉学家遵循“训诂明则义理明”的原则，由字通经，由经通道，他们首先看重“五经”，而以文字为“五经”之基石；而理学家讲究穷理，重大义，首在“四书”（实际上是《四书章句集注》），“五经”以“四书”为权舆，经文真伪尚属其次。宗宋学者则反之，认为“解经者，解其义也。义苟寻矣，则言语文字之有舛讹，可姑置也”。
双方的辩论一定程度上显示了他们对待知识与道德的不同态度，也体现了他们在诠释方法和思维模式方面的差异。