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程朱理学是清代的官方哲学和主流意识形态，在学术界具有广泛影响。一些汉学家在从事考据的过程中，却提出了一系列不同于程朱理学的义理学说。有些内容与程朱理学明显抵牾，反宋学色彩浓厚。其中以戴震、凌廷堪的言辞最为激烈。
戴震《原善》、《孟子字义疏证》等论著借助疏证理学“理”、“性”、“道”、“仁”等基本范畴，以阐发个人思想。如在“理”的理解上，他一反程朱理学理本论的说法，认为“气”才是宇宙的本体：“气化流行，生生不息，是故谓之道。”
由气本论出发，他反对朱熹的理先气后之说，主张气先理后。在道德领域，他明确反对程朱理学的“存理去欲”说，提出“理存乎欲”，主张“体民之情，遂民之欲”。他还尖锐地指出，程朱理学以理为本体，是“借阶于老、庄、释氏”：“《六经》、孔孟之言以及传记群籍，‘理’字多不见”，宋儒“不过就老、庄、释氏所谓‘真宰’、‘真空’者转之以言夫理”。
戴震的说法博得了洪榜、凌廷堪、焦循、阮元等人的赞同，后者亦多有发挥。如凌廷堪说：“考《论语》及《大学》皆未尝有‘理’字，徒因释氏以理事为法界，遂援之而成此新义。是以宋儒论学，往往理事并称……宋儒最喜言《学》、《庸》，乃置好恶不论，而归心释氏，脱口即理事并称，体用对举。不知先王制礼，皆所以节民之性，好恶其大焉者也，何必舍圣人之言而他求异学乎？”
他否认“四书”含有“理”学体系，认为“圣人之道，一礼而已矣”，
主张“以礼代理”。这些观点危及程朱理学的根本，严重削弱了程朱理学的理论基础。下面以“理”为例，阐释宗宋学者对汉学家义理学说的批判。
唐鉴是晚清“理学复兴”的宗主，其《国朝学案小识》扬宋黜汉，对戴震、凌廷堪的反宋学思想横加批评。他以《孟子》为据驳斥戴震说：“先生（指戴震）故训之学也，而欲讳其不知义理，特著《孟子字义疏证》，乃至诋程、朱为老为佛，谓理为我所本无，程、朱言性言理也，其视性如人心中有一物，此即老氏之所谓无，佛氏之所谓空，稍变之而为此说，《孟子》无之。然《孟子》有曰：仁义礼智根于心。先生有意匿之乎？抑并此句而忘之乎？大抵考据训诂，可以明典章制度，不可以穷义理。典章制度，非全无义理，特其外迹耳，特其末节耳。圣贤工夫，全在明善复性，以不失乎天之所以予我者。而谓理为我所本无，是何言哉！”唐鉴同时指出，凌廷堪《复礼》篇以“穷理”二字出于宋儒，“则并夫子《说卦传》而忘之，亦大可异矣”。
夏炘《读〈孟子〉》、《与友人论〈孟子字义疏证〉书》等文对戴震的反宋学观点进行了批驳。他从维护程朱理学的立场出发，认为孔、孟、程、朱一脉相承，理学为嫡传正宗：“夫孟子传孔子之道，而程、朱又传孟子之道者也。程、朱言性言理言敬言诚，言《大学》、《中庸》、《孟子》，言《太极》、《通书》、《西铭》，其有功于儒门与孟子等……近世记丑而博、言伪而辨之徒，忽变门局，倡为实事求是之言，祖汉祢唐，以集矢洛、闽，而悍然不知其非，亦足悲矣。”
夏炘指出，评定是非，“但当论理之质诸往圣者或合或否，不当论字之见于载籍者名多或寡”。他分析说：“‘理’字萌芽于《系辞》、《孟子》，而实天下之恒言，民间之传语”，“理也者，万事万物当然之则，孔子所谓有物必有则是也”，“《疏证》以自然者为欲，必然者为理，而不肯言当然。夫欲任自然，则无所不至矣；理曰必然，则鲜不以意见当之者；惟求其当然，则知之明而处之当”。所谓“理之当然”，实际上就是儒家的人伦法则。他认为，戴震言“理之必然”而不言“理之当然”，是为了便于逞其个人之私。经多方面剖析，夏炘总结说：“总之，《疏证》一书，专与程、朱为仇。知名物制度不足以难程、朱也，遂进而难以性命；知道德崇隆不能以毁程、朱也，遂进而毁其学术。程、朱之学术，莫大于辨理、辨欲、辨气质之当变化。一切皆不便于己，于是扫而空之。以理责我者，以为是乃程、朱意见之理也；以欲责我者，以为欲乃人生所不可无，圣人无无欲之说也；以变化气质绳我者，以为气质即天命之性，主敬存理皆宋儒之认本来面目也。”
陕西士人贺瑞麟专门讲求程朱理学，他在与友人的书信中也表达了类似看法：“考据家不喜宋儒言理，谓‘理’字从玉，只是玉之纹理，‘六经’无言理者，不知《易》之‘穷理尽性至命’，《孟子》‘理义之悦我心’，‘理’字又只作玉之纹理解乎？私意锢蔽眼前，常读之书亦竟不知，可叹也。”
从考据求真的角度，宗宋学者认为汉学家的观点并不可信。
曾国藩、朱一新等虽“一宗宋儒，兼采汉学”，却也认为戴震等人的说法太过偏激，不合道理。曾国藩说：“自乾隆中叶以来，世有所谓汉学云者，起自一二博闻之士，稽核名物，颇拾先贤之遗而补其阙。久之，风气日敝，学者渐以非毁宋儒为能，至取孔、孟书中心、性、仁、义之字，一切变更旧训，以与朱子相攻难。”
朱一新《无邪堂答问》对《孟子字义疏证》作了较为深刻的批判。他指出：“夫心之所同然者何也？谓理也，义也。天以五常之理赋人，故《乐记》谓之天理。义之用多端，而莫大于君臣。故天泽之分，必不可逾义理之学。宋儒以之为教，孔、孟曷尝不以为教？汉学家惟恶言理，故与宋儒为仇。”
“存理去欲”之说可上溯至《礼记》的《乐记》篇，朱一新以此立论，在一定程度上道出了对方的空疏之处。他还在按语中较为详细地就戴震、凌廷堪等人的理欲之辨、“以礼代理”等说法的弊病进行了针砭，认为他们虽以“复礼”相标榜，实际上并不明礼之本原，也没有弄清理与礼的关系：“先王本理以制礼，以禁慝也。有礼斯有乐，以导和也。古乐既亡，礼亦为文饰之具。宋儒因亟以理明之，又恐人矜持拘苦，而屡以从容乐易导之。今读其遗书，以理为教，实多以礼为教。所不同于三代者，特其沿革耳。此与圣门教人之方有何不合？而戴东原则曰程、朱凭在己之意见，而执之曰理，以祸斯民，且谓圣人以体民情、遂民欲为得理。夫圣贤正恐人之误于意见，故有穷理之功。东原乃认意见为理，何其言理之粗？体民情固也。遂民欲而亦谓之理，何其言理之悖？欲仁，欲也；欲利，亦欲也。使徒求遂其欲而不以理义为闲，将人皆纵其欲而滔滔不返，不几于率兽食人乎！乃谓宋儒以理杀人，死矣！更无可救矣！疾首蹙额，若不可一朝居而必求自放于礼法之外者。苟以此为教，恐五季之祸，其不复见于今者几希。诚不意儒者日治三《礼》，而竟不求诸制礼之本原也。”
他在回答弟子的“礼学”即“理学”、“知执礼者，涵养之方也”等问题时又进一步评论说：“执礼多著于事物，宋儒之所谓‘主敬’，则多指‘存心’而言……理实一贯，未有心存抑畏而威仪不摄者，故言礼可，言理亦可，特微显之别耳。近儒遽执此以攻宋儒，谓‘主敬’非圣学之旨，误矣。”
夏炯早年研习汉学，30岁后转宗程朱理学，对汉学家抨击理学的做法不以为然。他的《书〈礼经释例〉后》运用考据手法驳斥凌廷堪所云《论语》言礼不言理之说，指出：
夫“天理”二字，虽始见于《乐记》，《乐记》亦古经之遗。《论语》虽无“理”字，然所谓复礼者，即复其天理也。所谓非礼勿视、听、言、动者，即非理勿视、听、言、动也。礼为理之节文，故言礼即是言理，其言博文约礼，亦即此理。惟《诗》、《书》执礼及兴诗立礼则专指礼仪之礼，一取其义，一指其名，各有所当也。若谓‘理’字为《论语》所未言，至宋儒始详言之，遂持为援儒入释之左券，则言性始见于《汤诰》，言学始见于《说命》，言仁始见于《虺诰》，将谓仁与性与学，尧、舜、禹相承不闻有此，则其所谓危微精一执中之理，亦与仁、性、学绝不相干涉，可乎？
他认为，“理”乃孔学本有之义，《论语》中“礼为理之节文，故言礼即是言理”，复礼就是复其天理，凌氏“复礼”之论“牵强附会，于道茫然无得也”，《复礼》三篇诋毁宋儒，实是欺人自欺之作。
程朱理学因其代表人物曾出入释、老而备受汉学家的指责，晚清理学家为驳斥阳儒阴释的说法，努力从学理上予以说明。桐城儒生方宗诚明确指出，程、朱之“理”与佛、老之“理”有根本不同：“盖尧、舜、孔、孟、程、朱之所谓性与心，二而一者也；佛、老之所谓心与性，离而去之者也。尧、舜、孔、孟、程、朱之所谓性，即天理之具于吾心者是也；所谓心，即存此理明此理者是也。佛氏以理为障，而必空之以识，心以觉为心体，以灵为心用……所具之天理则顽然无知。”
程朱理学又称新儒学，尽管它在理论思辨、修养功夫等方面接受了佛、老之学的相关内容，但就其性质而言依然属于儒家。应当说，宗理学者的辩护有其合理之处。
从中国思想发展的长河看，戴震等人所提出的新义理学说是对程朱理学的反动，利于人的个性解放，有其积极意义。但应注意的是，晚清宗宋学者对汉学家的批判，尤其是对“理”字来源的辨证，确也在某种程度上指出了汉学家义理学说的缺陷，这对后人处理思想创新与学术求真的关系不乏启示。