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秦始皇统一中国后，为加强思想控制而采取“焚书坑儒”措施。公元前213年采纳李斯建议，强令烧毁诸子百家书籍。李斯在焚书议中提出：“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。”（《史记·秦始皇本纪》）据《史记》统计，秦朝博士官中有70%属于儒家学派，如淳于越、伏胜、叔孙通、羊子、李克、圈公等，这些士人收藏的书可以不被焚烧。这一时期孟子与《孟子》的命运，如赵岐所说：“孟子既没之后，大道遂绌，逮至亡秦，焚灭经术，坑戮儒生，孟子徒党尽矣，其书号为诸子，故篇籍得不泯绝。” [4] 这样，《孟子》被幸运地保存下来，但终因大多数儒生被坑杀，儒家中的孟子一派也受到一定打击。
西汉时期，为适应社会政治、经济发展的“大一统”集权需求，汉武帝接受董仲舒的《举贤良对策》，在思想文化界推行“罢黜百家，独尊儒术”政策，确立了儒家思想在思想文化领域的正统地位，儒家思想从此与国家政权和上层建筑结合在一起，成为主流意识形态，同时，经学研究也随之在汉代兴盛起来。赵岐在《孟子题辞》中说：“汉兴，除秦虐禁，开延道德，孝文皇帝欲广游学之路，《论语》《孝经》《孟子》《尔雅》，皆置博士。后罢传记博士，独立《五经》而已。” [5] 宋代王应麟在《玉海》中说：“微哉，汉之尊经乎！儒五十三家，莫非贤传也；而《孟子》首置博士。” [6] 清代焦循在《孟子正义》中云：“按《礼记正义》引卢植云：‘汉文皇帝令博士诸生，作此《王制》之书。’今《王制》篇中，制禄爵关市等文，多取诸《孟子》，则孝文时立《孟子》博士审矣。”传记博士与五经博士的区别是：五经博士指《诗经》《尚书》《礼记》《易经》《春秋》五部经书立博士。每一经中，解经的博士往往有数家，例如：《诗经》有齐、鲁、韩，《尚书》有欧阳、大小夏侯，《易经》有施、孟、梁丘、京氏，《礼记》有大小戴，《公羊春秋》有严、颜二氏，最多14位。而传记博士，是指诸子百家博士，人数比五经博士多，秦始皇时有70人，秦二世时有30人，《汉旧仪》载：“孝文皇帝时博士七十余人”，汉文帝时曾设《孟子》传记博士。
清代梁玉绳在《史记志疑》中提出：“孔墨同称，始于战国；孟荀齐号，起自汉儒，虽韩退之亦不免。” [7] 唐代以前“孟荀并号”，曾一直是思想界的主流观点，但司马迁《史记·孟子荀卿列传》将孟子放在荀子之前，桓宽《盐铁论》亦载，在盐铁会上，论战双方也都大量引用孟子观点作为理论依据。西汉末期著名的文学家、哲学家扬雄，“窃自比于孟子”，并把孟子地位置于荀子之上，具有一定影响力。由上可见，在西汉，儒家学派内部虽然“孟荀并号”，但孟子时有超越荀子的情况。
东汉时期，出现了大量研究《孟子》的专著，如程曾的《孟子章句》、高诱的《正孟子章句》、郑玄的《孟子注》、刘熙的《孟子注》、赵岐的《孟子注》等。此外，在由明帝直接主持的白虎观会议上，曾讨论过能否以《孟子》来说明儒家事理。东汉末年，赵岐更推崇孟子，他认为《孟子》“包罗天地，揆叙万类，仁义道德，性命祸福，粲然靡所不载。……命世亚圣之大才者也”。 [8] 在这里，赵岐把孟子奉为“亚圣”，这是“亚圣”这一称呼的首次出现。
由此可见两汉时期孟子在学术界影响力的崛起。这一时期，孟子地位的上升，是由于儒家学说适应了“罢黜百家，独尊儒术”的政治需要以及两汉经学的繁荣。