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《芷园臆草存案》为明代医家卢复的医案选集，不分卷。
卢复，明代钱塘（今杭州）人，字不远，号芷园，早年习儒，后攻医学，著《芷园臆草》，凡五种。撰《本草纲目博议》，内容见其子卢之颐《本草乘雅半偈》中。辑《神农本草经》，为现存《神农本草经》辑本较早者。
《芷园臆草存案》为《芷园臆草》之一种，系卢复“因思二十年作医，其昭著人耳目、真实得意处，颇有限量，因随记数则”而成，因而为精选之案。全书载案20则，每案先案后论，重视治本，重视脉诊，重视议病，篇幅虽短，但多有卓见。清代魏之琇辑《续名医类案》，收入《芷园臆草存案》所载医案。
《芷园臆草存案》现存清乾隆三十年（1765）刻本、清乾隆三十四年（1769）《医林指月》宝笏楼刻本、抄本等。
本次整理以中国中医科学院图书馆所藏清乾隆三十四年（1769）宝笏楼刻《医林指月》本为底本，以浙江省中医研究院图书馆收藏的近代曹炳章所藏抄本（简称“曹抄本”）为主校本，参用《续名医类案》为他校依据。其所引文献以通行本为校勘依据。
具体校注方法如下：
1. 繁体竖排改为简体横排，并予标点。
2. 原书中异体字、古体字、俗写字，径改不出注。
3. 原书中通假字，保留原字，于首见处出注说明。
4. 原书中药物异名予以保留，于首见处出注。
5. 原书中地名、人名、官名、典故相对生疏者，予以简注。
6. 原书中字词疑难或生疏者，予以简注。
7. 原书中引用前代文献，予以说明。
8. 原书无总目，无篇目，今据各案原文拟名置于篇首，并编总目置于书前。