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阿德勒早在和弗洛伊德一起做研究的时候，就把会对幼儿生活产生障碍的身体缺陷称作“器官缺陷”，并研究它对于性格形成所造成的影响。
一九○六年，阿德勒在星期三心理学会发表了一篇题为《精神官能症的器官性基础》的文章。这篇文章是阿德勒即将出版的第一本著作的摘要。
事实上，所有的精神官能症都是由器官缺陷，特别是特定的器官功能低下（例如视觉器官或听觉器官的功能障碍）引起的。其次，性功能障碍发生的主要原因，也大多源自身体先天上的缺陷。因为，体质的弱点会对性能力造成影响。第三，有器官缺陷的人为了适应社会，会试着去克服他的障碍。克服障碍的过程就称作“补偿作用”，而且常常会过度补偿，因为不知道要补偿到什么程度才够。听不见声音的贝多芬，或是先天口吃的古希腊演说家狄摩尼西就是最好的例子。这第三个论点，让与会者，特别是弗洛伊德眼前一亮。
阿德勒之所以提出器官缺陷的理论，与他的成长背景有关。他小时候曾罹患佝偻病，无法随心所欲地活动。他的父母为了培养阿德勒的体力，想办法鼓励阿德勒多到户外玩耍。他们在维也纳郊外的住家后面有一片广阔的草地，阿德勒在那里和许多朋友一起玩一些激烈的游戏，不久，他的佝偻病就完全好了。他不仅病痊愈了，而且很会替朋友着想。个性活泼的阿德勒变得人见人爱，不管走到哪里都受人欢迎。
另一个背景则是，阿德勒于一八九七年结婚后没多久，就在有名的游乐园入口处、普拉特地区的彻尔尼巷七号，开业当内科医生，他在那里替一群在游乐园工作的人进行治疗。通过这个经历，阿德勒看见这些靠体力与技能营生的人，都曾为身体先天的孱弱所苦，但后来都靠着自己努力克服这些弱点。
他在这个时候发表的文章，最后都集结在隔年一九○七年出版的《器官缺陷的研究》中。弗洛伊德基本上认同阿德勒对于器官缺陷与补偿作用的想法，但他感觉这个想法会威胁到自己的学说，也就是性冲动（Libido）是人格形成的基础。
阿德勒原先认为身体上先天的孱弱以及因为孱弱产生的自卑感若没有被克服，会使人产生精神官能症，但后来他放弃这样的想法。即使如此，弗洛伊德仍不认同补偿自卑的欲望可以从性冲动以外的形式去理解，而这正是阿德勒的想法。