金门炮战硝烟已经散去，海峡的波涛渐渐平息，那片杏叶一样的宝岛上发生一切事情依然跌宕起伏引人注意。

1959年8月7日，台湾发生八七水灾，八七水灾灾区范围广及13个县市，受灾居民达30余万人，死亡人数达667人，失踪者近千人，受伤者数千余人，灾区的交通通讯几乎全部中断，受损的农田13余万公顷，总损失估计在新台币37亿元，占前一年国民所得总值约12%。

中华民国政府除根据国民义务劳动法动员民众前往救灾，台湾省政府也以《台湾省人民因灾死伤及住屋倒塌救济办法》拨发救济金给灾民；另外蒋介石也发布紧急处份令，开征水灾复兴建设捐以募集重建资金。

由于在救灾过程中部分政府人员办事不利贪污腐败，进一步激化了台湾本土势力和国民党政权的矛盾。

1959年9月14日，毛泽东代表中共中央向全国人大常委会建议：中国共产党中央委员会认为，在庆祝伟大的中华人民共和国成立十周年的时候，对于一批确实已经改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯，宣布实行特赦是适宜的。

1959年12月4日首批特赦战犯共33名，其中国民党战犯30名，在功德林一号战犯管理所的有10名，他们是：杜聿明、王耀武、曾扩情、宋希濂、陈长捷、杨伯涛、郑庭笈、邱行湘、周振强、卢浚泉。

此次特赦进一步表明了中共中央愿意和国民党方面和解的态度，也用事实打破了一些关于中共迫害国民党战俘的谣言，同时对在台湾的国民党文臣宿将造成了一定的心理冲击。

1960年，著名政论家、出版家雷震与台港在野人士共同连署反对蒋介石违背宪法三连任总统，雷震等人密拟《中国民主党创立宣言草案（稿）》，宣布将在9月底成立新党。5月4日雷震发表了《我们为什么迫切需要一个强有力的反对党》，极力主张成立反对党参与选举以制衡执政党。5月18日非中国国民党籍人士举行选举改进检讨会，主张成立新党，要求公正选举，实现真正的民主。决议即日起组织“地方选举改进座谈会”，随即筹备组织中国民主党。9月4日，中国国民党先发制人，将雷震、傅正、马之骕、刘子英抓捕，震惊海内外的“雷震案”爆发。10月8日，台湾政府以“知匪不报、为匪宣传”两项罪名，判处雷震有期徒刑十年。 在美国的胡适返台找蒋介石求情，蒋介石不予理睬。

雷震案再一次表明了国民党独裁政权在台湾舆论界的失败。

1960年底，信奉极端右翼思想反攻排外的麦卡锡主义的约翰肯尼迪当选第35任美国总统。

1961年约翰肯尼迪正式上任，他做的第一件事就是向南越派出特种部队，直接将越南战争升级。此举在客观上刺激了台湾反攻大陆的决心，同时美军带来的大量采购也刺激了台湾经济的发展。

1961年，台湾云林县民众张茂钟联合詹益仁、林东铿密议组织反对国民党的组织，图谋“台湾独立”。他们为实现这一目标，乃决定积极争取在云林地区有声望的苏东启加入，并担任领导，以扩大影响力。1961年1月，张茂钟等人聚集在云林虎尾詹益仁所开的“国际照相馆”，商议有关事项，决定成立武装行动队，推举张茂钟、詹益仁为正副队长，还草拟了行动计划。

3月9日晚，武装行动队欲趁国民党第一〇四七部队换防之机，袭击兵营，夺取武器。但因人力单薄，加上国民党兵营戒备森严而未果。消息外露后，“台湾警务司令部”以“叛乱罪嫌”，于19日凌晨逮捕了苏东启夫妇，并沿线追踪，陆续逮捕300余人。1962年5月17日，“台湾警备司令”以“阴谋叛乱、推翻政府”罪，将苏东启、张茂钟、陈庚判处死刑；詹益仁等47人分别判处无期徒刑及15年、12年不等有期徒刑。此事乃是台湾当年著名的苏东启事件。

此事件判决后，引起台内部各方注目，许多人对审判所引证的事实有怀疑，认为判处不公平，云林县“议员”全体联名提出抗议，海外人士也纷纷召开记者会表示不满。为此，台军事当局不得不在1962年7月23日发表声明，承认“原判事实欠明”，“用法量刑失当”，决定予以发回重审。1963年9月25日，台湾“警备总部”公布复审结果，苏东启等4人改判无期徒刑，其它47人则分别改判为15年以下有期徒刑。

苏东启事件是台湾本土势力对台湾独立一次幼稚的尝试，而国民党当局的处理明显投鼠忌器，在打击台独势力方面并没有使用坚决的手段。

1962年1月，胡适心脏病猝发病逝于台湾省台北市南港区，胡适去世获得哀荣 3月1日蒋介石前往祭吊，并亲书挽联一副：适之先生千古，新文化旧道德的楷模，旧伦理新思想的师表。然后蒋在胡适去世当天的日记中写道，闻胡适心脏病暴卒，对革命事业确实去除了一个障碍。

胡适的陨落标志着亲美势力对台湾影响日益落寞。

1962年，一方面受美国出兵越南影响，另一方面考虑到大陆遭受了三年自然灾害，国民党由台湾“中羹联合情报中心”、“国防部情报局”等第划，制定了代号为珥海威”、“班超”的袭扰计划，决定派小股特务武装采取偷渡、空降等方式，袭扰大陆沿海地区，进行破坏活动，建立游击走廊。

6月10日，中共中央发出《准备粉碎蒋军窜犯东南沿海地区的指示》。中国人民解放军驻广东省海防部队在公安干警和民兵的配合下，对袭扰广东省沿海地区的台湾国民党军9股特务武装进行的搜剿作战。共击毙台湾国民党军武装特务63人，俘虏109人，缴获电台6部、橡皮舟5只、各种枪135支（挺），击沉输送船3艘。这一胜利，给台湾国民党军的骚扰破坏活动以沉重打击。

1963年，蒋经国升任台湾国民党政府国防部副部长。

早在1955年保密局改组为不再肃谍与保安的情报局，隶属中华民国国防部。毛人凤仍为首任中华民国国防部情报局局长，官拜二级上将，基本上已无实权。从美国治病归来的毛人凤，整日惴惴不安，癌细胞扩散。1956年10月14日，毛人凤因病去世，时年58岁。

而前任保密局局长郑介民来台后曾担任国防部常务次长、参谋次长德等职，1954年任中华民国国家安全局局长，中国国民党中央委员。1959年12月11日，因心脏病复发在家中去世。时年62岁。

1964年6月，从香港回台担任6年情报局副局长时年45岁的于声正式升任台湾情报界最高机构调查局少将局长。 zHYxeIDNj5lX/w96w6j2k5b46b4/lKt3LZD2hzORFRVEgvSj2niM7XwbKdC2whMN