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我国政治学恢复近四十年来的发展，是与我国社会政治发展紧密联系在一起的。政治体制变革和政治发展为政治学发展提供了研究空间，而政治学的研究也在相当程度上为推进中国政治发展做出了自己的贡献，可以说近四十年来的我国政治学发展是在研究我国政治发展中逐步展开的。因此，在这近四十年的时间里，我国政治学研究所围绕的主题，除了学科发展本身提出的研究主题外，绝大多数研究主题都是来自我国社会变革和发展所提出的各种政治课题。总结这近四十年的研究，我国政治学研究所涉及的当代中国政治主题主要有以下十三项：
（1）国家与社会。这个主题的研究贯穿我国政治学发展始终，但在不同时期，其侧重点有所不同。在20世纪80年代初期，主要是对国家职能再确定的研究，强调在剥削阶级作为阶级被消灭后，社会主义国家应充分发展社会管理职能。到了80年代末，随着改革的发展，尤其是市场经济体制的全面推行，国家全面统制社会的传统局面开始动摇，社会自主性日益增强，于是，研究的焦点转向对国家与社会关系的研究，探讨了市民社会、国家相对自主性、政治管理等理论和现实问题。
（2）民主与法制。民主与法制是我国政治体制改革和政治发展的主题，同样也是政治学研究的主题。在这对关系中，政治学研究主要关注民主的制度化和法律化发展；关注如何通过政治体制改革进一步完善人民代表大会制度，提高其代议功能、立法功能和监督功能；关注宪法在政治生活中作用和地位的提高对民主政治发展的意义。党的十五大提出依法治国，建设社会主义法治国家后，政治学关注的焦点从原来的法制建设扩展到如何在完善法制的基础上建立法治国家的问题，其中涉及的问题有依法治国的政治基础、制度条件、实践机制和政治文化背景等。
（3）一国与两制。国家统一是当代中国政治面临的一个重大问题。邓小平从实现祖国和平统一需要出发，创造性地提出“一个国家，两种制度”的伟大构想。这个构想在香港问题的解决上得到了成功的实践。在这构想从提出到具体实施的过程中，我国政治学界从国家主权理论、国家结构理论、国家制度理论、国家职能理论、国家建设理论等方面，对这个构想及其实施作了理论分析和政策分析。
（4）发展与稳定。在我国，政治和社会稳定至关重要，是保障改革成功的重要前提条件。这种要求从一种简单的政治要求变成社会变革和发展本身的内在要求，是在20世纪80年代末。就是在这个时候，这一问题成为政治学研究的主题。我国政治学主要从政权体系的建设、利益关系的协调、权力结构的调整、政府与社会关系的理顺、政治参与的发展、社会调控体系的健全等角度来研究这个主题。在“八五”和“九五”国家社会科学研究规划中，国家对这方面的研究给予了比较大的重视。
（5）政党与政权。党政关系问题，是我国政治体制改革中的一个核心问题，邓小平在论及中国政治体制改革时，将其置于改革的首位。
因而它成为中国政治学恢复后首先触及的三大现实政治问题（废除领导干部职务终身制、政府机构改革和党政关系）之一。政治学在这方面主要研究了这样一些问题：党政职能分开、党实行政治领导的制度途径、党与国家各权力机构的关系、党的组织建设与党的领导、中国共产党领导的多党合作制度、党的领导与基层政权建设、党政关系与中央政府权威、党的治国方略与中国社会的现代化发展等。
（6）机构与职能。政府机构改革是我国经济体制改革和政治体制改革都面临的重要问题，但同时又是一个比较难解决的问题。这个问题的关键是如何消除政府机构改革中精简—膨胀—再精简—再膨胀的恶性循环，为此，政治学提出了以改变政府职能为核心的机构改革原则。
这个原则后来成为中国政府机构改革的指导性原则。在具体的机构改革上，政治学研究还在政府职能机构的合并与调整、公务员制度的建立、编制管理的科学化以及人事行政的现代化等方面做出了自己的努力和贡献。
（7）政府与市场。这是推行社会主义市场经济体制后提出的问题，其核心是在社会主义市场经济条件下政府的职能以及管理经济和社会的方式。其中涉及的主要问题有政府与企业的关系、政府与社会的关系、政府管理与市场调节的关系。在这些问题中，目前政治学研究的课题有产权问题、政府职能转化问题、政府职能实现方式问题、政府提供公共政策问题、市场经济条件下政府管理和指导经济的途径与手段问题、经济和社会现代化过程中的政府推动问题、市场经济条件下的公平与正义问题等。由于这些问题多与经济有关，所以政治学在这些课题研究中大量借鉴了经济学的理论和研究方法，从而丰富了政治思维、扩展了政治学研究的理论视野。
（8）中央与地方。我国的改革是以放权为其逻辑起点的。放权包括多方面，其中一个重要方面是中央对地方的放权。对于中国这样的超大型社会来说，中央与地方关系的处理对国家的发展和社会的安定具有至关重要的意义，但由于其中涉及权力与利益、集中与民主等重要问题，所以对这个问题的处理一向十分困难。改革初期的放权，是针对改革前的高度集权，但由于缺乏有效的调控机制，到20世纪80年代中期，地方主义膨胀所导致的“地方割据”、中央权威弱化，使地方分权陷入危机。直到90年代初，实行分税制后，我国的中央与地方关系才进入比较正常的发展轨道。在中央与地方关系变化的过程中，政治学研究在总体上一直坚持这样的观点：中央集权是必要的；财税是调节中央与地方关系的重要手段；应用法律的形式规范中央与地方关系，保障地方自主权力；地方政府应尊重中央权威，服从国家总体发展战略；中央应在提供地方必要的自主发展空间的同时，通过发展社会大市场和对地方政策的有效调控，消除“地方割据”。
（9）决策与行政。决策问题是在改革开放全面展开后提出来的。它一方面是针对改革开放前形成的以长官意志为特征的非理性决策的严重弊害，另一方面是为了适应变革发展对提高政府决策水平的要求，其核心是如何实现决策的民主化和科学化。政治学在改革开放的初期就开始关注这个问题，并从推进中国政治民主化和政府管理现代化的高度来研究这个问题。
在这方面，政治学研究涉及了这样几个问题：干部“四化”与科学决策、政治民主与决策、政治过程程序化与决策、政府智囊机构与决策科学化、政治参与与决策民主、法制建设与科学决策等。对决策民主化和科学化的追求，在一定程度上推进了中国政治民主的发展，因为它在很大程度上克服了政治生活中的家长制作风和长官意志，扩大了知识、人才以及社会舆论在政府政策形成中的影响作用。
（10）权力与腐败。随着改革所带来的体制转轨、资源分配方式变化、利益重新组合和价值观念变化，以权力为核心的腐败开始滋长和蔓延，并逐步演化为严重的政治问题。为此，邓小平强调在整个改革开放过程中都要反对腐败。
政治学对腐败问题关注比较早，比较系统的研究始于20世纪80年代末，并很快形成热潮。
政治学的研究主要从权力制约、法律约束、体制完善和政府职能转化等角度探讨防止和约束腐败的途径和方法，提出了许多有价值的理论观点。其中，对如何通过权力制约来限制腐败的研究最为活跃。在反腐败的研究中，政治学者还把腐败作为一种在各种政治体系中都不同程度存在的政治现象进行比较研究和理论分析。
（11）自治与民主。随着改革开放的深入和社会管理方式的变化，以村民委员会和居民委员会（包括各种社区管理组织）为代表的基层群众自治问题凸显出来。这个问题表现为两个极端：一个极端是这些基层自治组织由于没有必要的政治力量或经济力量支持，严重涣散，不起作用，以至于政府在一定程度上失去了调控最基层社会的机制和基础，这种情况主要出现在部分农村；一个极端是由于有比较好的政治力量、经济力量和社会文化力量的支撑，这些基层群众自治不论在民主的形式还是在自我管理的功能上都得到了良好发展，展现出获得自主性的社会和社会主体的新的发展趋向。这两个极端对我国政治发展都具有十分深刻的政治内涵，前者关系到中国社会调控和政治稳定问题，后者关系到中国民主发展基础和前途问题。这样，基层群众自治问题很自然地成为20世纪90年代我国政治学关注的重点问题。虽然这方面的研究已有一些成果，但从总体上讲，还仅仅是个开始，方兴未艾。
（12）毛泽东与邓小平。在当代中国社会、经济和政治发展中，毛泽东和邓小平是两个决定性的领袖人物。所以要研究当代中国政治，不能不研究他们的政治思想、政策主张和政治实践。与传统的研究不同，现在对毛泽东、邓小平思想的研究，已在很大程度上对象化为一种学术研究，从而跳出了思想注释性的研究，从中国社会、历史、文化以及现代化的具体实践来把握、分析和比较他们的思想，以及他们的思想对中国社会、经济和政治发展所带来的具体影响。
（13）历史与发展。这实际上主要研究两大领域的问题：一是研究改革开放前的中国政治历史与政治实践，主要研究反右、“大跃进”、人民公社运动、“文化大革命”等，其中以研究反右和“文革”最为集中；二是研究改革开放后的中国政治发展与政治民主化问题，这种研究除了具体的政策研究外，主要是一种政治发展战略的研究。在近二十年中，形成了三次相互之间有内在联系的大讨论：一是关于中国政治体制改革的目标与任务大讨论，主要是在20世纪80年代的前期和中期；二是围绕着“新权威主义”的争论形成了关于中国政治民主化道路选择的大讨论；三是围绕着“市民社会”的争论形成了关于中国政治民主化的主体与现实基础的大讨论。
上述主题显示，我国当代中国政治研究所涉及的领域已相当广泛，而且其中不少主题的研究已有相当的深度。由于我国学者研究当代中国政治的背景条件、现实条件、价值取向与西方的，尤其是美国的学者有很大的不同，因此我国的当代中国政治更强调整体性和现实性的研究，不太重视研究模式的开发。当然，我们不重视研究模式开发并不完全是我们主观上否定这种研究方法，而是在一定程度上它与我们研究的学术规范性发展不够的客观现实有关。尽管如此，我国当代中国政治研究在研究主题开发的同时，在坚持马克思主义的历史唯物主义和辩证唯物主义这个指导思想下，在对当代中国政治进行整体性和现实性的研究中也形成了多种研究方法，概括起来主要有：
第一，理论分析方法。这主要用政治学和相关学科，如社会学、经济学的基本理论或前沿理论来分析和研究当代中国政治的内在运动逻辑与发展规律。如用威权理论、国家与社会理论研究中国政治民主，用经济学中的制度变迁理论考察和分析中国的政治发展，用社会学中的社区理论考察和研究中国的基层民主政治的建设与发展等。目前这种研究方法存在的最大问题有两个：一是主要用西方理论来解释中国政治和社会，缺乏自己的理论创造，拿来主义比较严重；二是政治学的自身理论比较贫乏，主要借用其他学科的理论，而且这种借用往往缺乏有效的转化。
第二，政策分析方法。这主要从研究党和国家的路线、方针、政策来研究当代中国政治：如通过研究党的文件和邓小平思想与政策主张来研究改革、民主与政治发展；通过党的政策和国家的法律研究具体的政治问题，如对我国人权发展的研究、对我国外交政策的研究等。应该说，这种研究路径是值得肯定的，在一定程度上是我们的优势，但是我们用这种研究方法时，存在两种致命弱点：一是诠释性研究强于学术化研究，二是共时性研究强于历时性研究。这两个弱点使我们的研究往往是主题很好，但内容无法深入和充实。
第三，实证分析方法。这是20世纪80年代末开始得到全面重视的一种研究方法，目前已得到比较大的推广。这个研究方法被广泛采用，表明我国当代中国政治研究开始朝规范化研究方向发展。目前，这种研究已在政治文化研究、基层民主政治研究、政府体制改革研究等方面取得实际成效。当然，从总体上讲，我们对这种研究方法的运用还是比较初步的，也不熟练。
第四，比较分析方法。这主要有两种：一种是通过与相关的参照系比较来研究当代中国政治问题。最典型的研究有“新权威主义”关于中国民主化道路的研究，这是用“国家能力”概念所进行的中央与地方关系的研究。一种是通过对中国政治中的有关要素的比较来研究当代中国政治，最典型的研究有毛泽东思想与邓小平思想的比较研究、不同经济体制对中国政治生活和政治发展影响的比较研究等。
第五，历史分析方法。这种研究把现实的政治看作是历史运动的结果，所以强调要从对历史发展规律的把握来透视当代中国政治。由于各种原因，这种方法的研究还比较薄弱，目前已经运用这种研究方法的主要研究领域有党政关系研究、政府体制改革研究、政府与社会关系研究、党和国家具体政策的研究、“文化大革命”研究、中国现代化与政治发展研究等。