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大家都知道，所有生物种类根据相像程度按层次进行排列——界、门、纲、目、科、属、种，相似的种归入一个属，相似的属归入一个科……以此类推，从最小的分类阶元（种）一直到最大的分类阶元（界）。但是为什么生物会有这么多层次，生物学家又是按照什么规则对生物进行分类的呢？
在这一章中，达尔文指出，当时人们对最小的分类阶元——（物）种的定义尚未达成一致。在神创论占绝对统治地位的时代，物种被认为是上帝一次独立创造行为产生的基元。试问，有谁知道上帝是按照什么规则进行创造的？这个定义显然什么都没说。
实际上，在确定一种形态应该被归入物种还是物种之下的变种这个问题上，分类学家的意见经常相左，所以才有争议形态。达尔文认为，其实物种与变种并没有本质上的不同，变种是新物种形成的前期准备，条件成熟后，一个物种的变种就会衍变成另一个新的物种。如果物种曾经作为变种存在，并且是由变种形成的，我们就能理解两者的类似；但如果每个物种是被独立创造出来的，我们就完全无法理解这种类似了。