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李秀成因解救镇江围军和帮洪仁发部返京，威信大增，洪秀全对他奉诏听命，发挥出大智大勇也刮目以待。李秀成虽睥睨洪仁发、洪仁达，但此次仍能奋不顾身，解救洪仁发于危难之中，平安归来。人非草木，至少此后有段时期洪仁发不会恩将仇报在天王处多发李秀成的谗言。
洪秀全器重李秀成。
天王陛下首次与李秀成有了面对面的个人接触、交谈。大概就在这次会见时，洪秀全把李秀成原来的名字“寿成”改为“秀成”。天王赐臣下名字罕有，过去因陈玉成立功，把他本名“丕成”改为“玉成”。这次改名为“秀成”是非常出格的。太平天国很讲究名字避讳，臣下名字凡与诸王、即所谓上帝诸子婿名字有讳者，一律改换，如秦日昌改名“日纲”，李开芳一度亦改名“来芳”。这次竟在李寿成名字里送了一个“秀”字，简直与前期杨秀清并列，足证洪秀全对他青睐有加了。
洪秀全赏识李秀成，留在天京辅政。有如李秀成所说：“斯时朝政悉归我一人提理，那时主信我专，令法得严，故稳固也。出令各不敢有违，俱各愿从，听我调度。”
可是天国政局不容乐观。李秀成也说：
那时朝中无将，国内无人，翼王将天朝之兵尽行带去。杨辅清已在福建，韦志俊避逼林泉，林绍璋因在湘潭失军，革职闲居，林启容被困于九江，黄文金在湖口有清军制困，张朝爵、陈得才孤守皖省无兵，陈玉成那时虽旺而官亦小，斯时在小孤山、华阳镇一带。那时国内纷张乱政，独有蒙得恩、李春发二人不能为事，有安、福王押制不能，此八年之间。
对于当前形势和格局，李秀成如数家珍。
太平天国仍处在四面楚歌中，四郊多垒，处处是在守势，遭到强大的各路敌军胁逼，如再不主动出击，龟宿在天京城，那更会挨打、受欺。
天王洪秀全像（呤咧画）
此情此景，李秀成后来供词写了很多文字，罗列了给曾国藩看，表示出自己复杂的心理：在太平天国危难之际，中流砥柱，力撑危局，舍我其谁。显示自己是个有非常才干非常睿智的人，以此抬高自我。
毕竟是年代久远，记忆恍惚。李秀成所写的有出入，某些甚至是编造。就拿石达开出走，把“天王之兵，尽行带去”，那就有悖史实。此处“天王之兵”，当亦包括“天京之兵”。天王在天京本无直隶的精兵强将，从后来随石达开出走内地的天京高级干部，见于记载的也只有天王府新设处理日常事务的夏官丞相蔡子贤。当时太平天国官员因取消男女分营、并有婚配，已多有家庭，罕见有再弃妻抛子了的；在京外，石达开在安徽也多未有兵将随行。石达开出走天京的告示“或随本主将，亦一样立勋”，乃是指天京和天京附近的太平兵将，至于他在江西各处的直隶人马，当不在此例，如翼贵丈、卫天侯黄玉昆以及石氏家族诸人。
当然也有事实佐证。东王宗杨辅清部由江西转战福建，后参加入闽的石达开大部队，旋又脱离，进入江西；林启容在九江孤城，抵御湘军主力李续宾围攻；黄文金守湖口；张朝爵、陈得才留守安庆。
也有不实处。如此时的陈玉成不在皖南，而正与韦志俊、韩秀峰联手，围攻河南固始。陈玉成在围攻六十天后方折回，徒劳无功。
天京的危险，仍来自江南大营和江北大营。
在镇江放弃后，江南大营虎视眈眈，又侵占了东阳、龙潭，向天京远郊逼近。
和春决定乘胜全力包围天京。他分军两路：东北路，由副将张玉良、周天培、冯子材领军，进扎尧化门、仙鹤门；东南路是主攻，由傅振邦、虎坤元自湖墅、龙都进军，李若珠由土镇、淳化镇进军，目标是先陷秣陵关，后占雨花台。
敌焰滚滚，气势汹汹。这是江南大营复燃后首次疯狂地向天京进攻。
李秀成出类拔萃，身负重任，首次主持了天京城防。他敏锐地看准了江南大营进犯的火力重点就是秣陵关，在调拨天京各城门防军后，将机动兵力，包括由和州过江前来的本部人马万余人，布防至秣陵关里外。
和春采取进攻镇江的战术，步步为营，扼其要冲，断其接济，会同来自江北的德兴阿大营，合围天京。
李秀成所率的后备部队也陆续至京，继续强化秣陵关一线防务。
双方重兵都相持在秣陵关。
虎坤元是虎嵩林之子，父子两人都是江南大营的虎将。虎坤元时年二十七岁，尤为好斗，悍勇善战，和他并肩的副将刘季三，自太平军金田起义时，就以地方团练头目参军，追随向荣围困天京，也是一名能耐的将帅。
江南大营自秣陵关，经朝阳门、太平门等，直至长江乌龙江面，贴近天京围成了一个弧形的半圆圈。
江南大营各路人马猛攻秣陵关，从本年二月中旬起，几乎无日不战。李秀成指挥关内外各军竭力抵抗，3月14日，还在东关击毙恃勇猛追的虎坤元。后因关外营垒全失，难再固守，为保存有生兵力，3月28日，李秀成撤出全军。
秣陵关失陷。
秣陵关之战，是李秀成主持天京的一次战略防御。它虽非胜利的记录，但李秀成所采取的集中兵力、积极防御、内外配合，主动出击，始终注意防护补给线，使江南大营多时处于被动格局。
战争锻炼了李秀成，为他日后领导天京防御战积累了经验，但更重要的，也使洪秀全和大小朝臣亲目共睹李秀成的坚韧不拔、指挥战争的智慧和才能。他是一位可以信赖的军事统帅。
秣陵关之战是一次相当持久、相当激烈的战斗，双方都有几万人马在沙场搏斗。李秀成应该是记忆犹新的，但在他日后写的供词，却一笔带过、只字未提。它并非与湘军无关，而是因为此战不足为曾国藩处夸耀自己的军事才能。
它毕竟是一次不成功的战役。
李秀成对整个太平天国战局还是很清楚的。他有一定的文化知识，能从全盘考虑战略方针，更能从长期的战争实践中提高认识，此时的李秀成确实出类拔萃，他的识见高于多名太平将帅之上。
李秀成向天王建议主动出击，先攻江北大营，以解京都北面之围。
事无巨细，咸决于亮。当时的天王还是亲聆朝政的，并非如若干史学家，或如戏剧《忠王李秀成》描绘，他已沦落为不问朝政，整日花天酒地在后宫与女人寻欢作乐的昏君、庸君，饱食终日，无所用心。天王也坐金龙殿，接见大臣前来觐见，甚至还在后花园石舫上商谈国事。天王府前还设置了议政鼓，听凭击鼓奏事。过去天王只允许杨秀清、韦昌辉、石达开三人坐殿、进见，后来虽又加了一个秦日纲，也仅此而已，以至如提供避难花洲山人村的胡以晃，也不得有此恩遇。
国中无人。洪秀全要朝臣和李秀成推荐。
朝臣推荐李世贤，说他勇猛刚强。李世贤当时在安徽芜湖湾让、黄池等地与江南军提督邓绍良对仗，屡摧敌锋，阻止其向天京上游进逼。
李秀成向天王保举林绍璋和韦志俊。林绍璋很快召回，留京辅政。此人勤劳、耐苦，不偷懒、因人成事，与总理国务大臣蒙得恩和李春发很能合作。
韦志俊正与陈玉成联手出河南。韦志俊因东王北王被杀，他的提督国宗名号，亦就是职位没有了，弄得无职无名。洪秀全迁怒韦志俊，李秀成为之解脱。后来他对曾国藩说：“那时韦志俊与陈玉成同进固始、商城等处，天王欲治韦志俊之罪，又经我在天王驾前力保，后封其为定天福之职，即同陈玉成合队矣。今韦志俊生命投入清朝而得回家之乐，性命实我保全。其回家乐也，我之难，无门而死，亦可叹也。”
李秀成在曾国藩处奢讲韦志俊，表示了对后来叛变、又做上清军副将的韦志俊同情和艳羡，也是被俘后所呈现的一种扭曲心理行为。
其实洪秀全不搞罗织，他也不能搞罗织。此时此刻他在天京高高在上，鞭长莫及，不易号令全军。太平天国基本队伍，很多是举族举家参加，如搞一人犯罪，株连九族，那是行不通的，因此诛杀秦日纲、陈承控，也就不牵涉秦的兄弟秦日南、秦日来、秦日庆，他们后来甚至还都各自封了王带了兵，陈承塔的家族陈得才、陈得风和陈玉成等人仍统兵作战。
李秀成把朝政安排定当，交由蒙得恩、李春发和林绍璋主持，就向天王提出要离京出征。
洪秀全起先不答应，因为身边确实缺乏像李秀成那样的能人，舍不得他远行。经过李秀成几次要求，说明理由，洪秀全终于同意了，放他出京。
进京容易出京难。李秀成在日后回忆说：
那时观势不同，外无调度之将，不得已，先与朝臣计议，我欲出京以为外调救解等议，众朝臣苦留，那时从头至尾，一一算筹，各方心愿，肯我出京。复而奏王，主又不从。然后又从头至尾，一一奏明。主上不肯，斯时无计，当即退朝。又过数日，复而鸣钟击鼓，朝堂传奏，见事实实不能，故而强奏，击钟鼓之后，主即坐殿，尽而力奏。斯时朝不当绝，劫未满登，人心有醒，主而复明，故而准奏。
这个时候，洪秀全还是头脑清醒的、权衡利害，终于允许李秀成出京。