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1856年9月初，天京发生了内讧。
据秦日纲麾下外国人肯能说，秦日纲从金坛回到天京，在城门外，遇见从江西赶来的韦昌辉。韦昌辉和他讲了奉洪秀全命赶回，他们在北王府聆听洪大驸马钟万信宣读的杀杨秀清密诏。
于是当夜，即9月2日深夜，两人带领人马杀进东王府，杀死东王杨秀清。
天京内讧爆发了，它延续了两个月，其中包括石达开返京，韦昌辉杀石达开不成害其全家，洪秀全杀韦昌辉、秦日纲和陈承控，石达开再次返京，因遭洪秀全猜忌出走安庆。
秦日纲站在韦昌辉一边，追随韦昌辉，还奉韦昌辉命带领人马追赶逃出天京的石达开。
可是，秦日纲带的人马是韦昌辉部队，他没有从句容丁角村调动原统率的李秀成、陈玉成等部人马。当然，他也调动、指挥不了这支太平军。
所有太平军，都是属于太平天国东王杨秀清指挥的。
秦日纲不仅无权调动、指挥，而且凭他那点儿德性，只能依附韦昌辉，为虎作低。追赶石达开，要置石达开于死地，那都是属于见不得人的丑事。由此即使参与杀杨秀清的佐天侯时为天京卫戍司令官的陈承控，也没有能要得句容丁村前线的陈玉成和陈仕章前来声援。须知陈玉成是亲侄，是他带同前来投奔金田起义的，陈仕章也是陈承控的本家兄弟。
太平天国领导集团的主要成员都先后参与了天京内讧，扮演了相互猜忌、残害的角色。
韦昌辉、秦日纲杀杨秀清，以及韦昌辉飞扬跋扈，一度控制太平朝时期，李秀成和陈玉成等仍在句容丁村，与丹阳江南大营残部和春、张国棵相持，都没有参与内讧。
李秀成后来在供词里写的，多是道听途说，只是因来自高层，也许还包括洪秀全的自圆其说，再凭自己所理解，糅合成篇：
东王自己威风张扬，不知所忌，一朝之大，是首一人。韦昌辉与石达开、秦日昌是大齐一心，在家计议起首共事之人，后东王威逼太过，此三人积怒于心，口顺而心不息。少怒积多，聚成患害，积怒仇深，东、北、冀三人不和。北、翼二人同心，一怒于东，后被北王将东王杀害。
原是北王与翼王二人密议，独杀东王一人，因东王天王实信，权托太重过度，要逼天王封其万岁。那时权柄皆在东王一人手上，不得不封，逼天王亲到东王府封其万岁。北、翼两王不服，君臣不别，东欲专尊，后北与翼计杀东王。翼与北王密议，单杀东一人，杀其兄弟三人，原清、辅清而已，除此以外，俱不得多杀。后北王杀东王之后，尽将东王统下亲戚属员文武大小男妇尽行杀净，是以翼王义怒之。
后翼王在湖北洪山，知道京城害杀许多之人，在湖北洪山营中，带同曾锦谦、张遂谋狼狈赶回京都，计及免杀之事，不意北王顿起他心，又要将翼王杀害。后翼王得悉此事，吊城由小南门而出，走上安省，计议报仇。此时北王将翼王全家杀了。后移洪山之军下救宁国。
北王在朝，不分清白、乱杀文武大小男女，势逼太甚，各众内外，并合朝同心将北王杀之，人心乃定。后将北王首级解至宁国，翼王亲看视果是不差。
供词洋洋数百言，把天京内讧说得有头有尾，来龙去脉，极为清晰。至今学者多以此为本加以描述。
但李秀成没有提及天京内讧的导演和第一主角，始作俑者的天王陛下洪秀全。李秀成对洪秀全很多所作所为是不满的，在供词里历历可见，唯独此段天京内讧，杀东王，杀北王，独无一字提到洪秀全。
洪秀全这位内讧的策划人和主谋者竟然在此时此刻乃是桃花源中人，不知魏晋。
李秀成应该清楚洪秀全在内讧里的定位，但他却一字未提。
李秀成始终认定杨秀清之死于太平天国盛衰大有关系。他在供词里不止一处提到杨秀清“法律严，故癸丑年间，上下战功利，民心服”；“东王令严，军民畏”。
他认为杨秀清之死是太平天国的一大损失。
因而后来在总结太平天国失败之因，所开列的“天朝十误”中就有：
误因东王、北王两家相杀，此是大误。