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我国创新创业教育起步较晚。2002年，教育部将清华大学、中国人民大学、北京航空航天大学等9所院校确定为开展创业教育的试点院校，这标志着我国高校创新创业教育正式启动。十几年来，国内高校不断创新人才培养模式，对创新创业教育的理论和实践进行纵深的研究探索。党的十八大对创新创业人才培养作出重要部署，习近平总书记多次作出重要指示，要求加快教育体制改革，注重培养学生创新精神，造就规模宏大、富有创新精神、敢于承担风险的创新创业人才队伍；李克强总理多次强调，大众创业、万众创新的核心在于激发人的创造力，尤其在于激发青年的创造力。2015年，国务院办公厅下发《关于深化高等学校创新创业教育改革的实施意见》，从国家层面对高等学校创新创业教育作出系统设计、全面部署。
在政府相关政策推动下，国内各高校都把深化创新创业教育改革作为学校重点任务，推动高校创新创业教育的深化改革，并投入大量经费支持创新创业教育改革。有数据显示，仅2015年全国高校设立的创新创业资金以及吸引的校外资金已逾20亿元，虽然取得了显著的成效，但距离党中央、国务院的要求，还有一定差距。正如刘延东副总理于2015年10月20日在深入推进高校创新创业教育改革座谈会上讲到：“创新创业教育存在问题：一是思想认识还没完全到位。有些地方和高校认为高校创新创业教育改革是部分学生、少数教师参与的小范围改革，是应对当前经济下行压力加大、高校毕业生就业难的权宜之计，因而深化改革的内生动力不足。二是政策措施还不完善。一些地方和高校调研没有抓住症结和关键，制定的政策不具体，缺乏针对性、实效性。三是推动力度不够。一些地方和高校还只是停留在会议、文件和口头上，没有真正落实到教学观念、培养模式等教育教学的关键环节中，尚未落实到教师、学生的教学和实践上。”
针对上述问题，各高校根据学校自身的实际情况不断深入探索，坚持以适应经济社会转型发展需求为导向，逐渐形成各具优势和特色的创新创业教育模式。然而，透视当前国内高校创新创业教育的现状，在推进创新创业教育改革过程中依然存在许多瓶颈问题，不同程度地制约着国内高校创新创业教育的改革与发展。
（一）创新创业教育理念不新
一些地方和高校对创新创业教育概念内容认识模糊，狭隘地认为创新创业教育等同于“企业家教育”“教育创业”，将其简单看作“就业指导”“职业规划”，以促使学生成功创业和满足以解决生存为目的的就业培训等为主要目的，单向度地突出创新创业教育在引领创业、带动就业等方面的作用。这种功利性的思维窄化了创新创业教育的内涵，缺乏对创新创业教育本质性的认知，片面强调狭义的创业取向，重视就业培训的短期效应，而忽视了对学生创新思维、创业意识和实践能力等方面的培养，忽视了教育育人的全面性、长效性。多数大学生未能将创新创业作为自己应当承担的一种社会责任感，认为只是少数学生的事情，而将自己置于创新创业教育之外，缺乏主体意识。
（二）创新创业教育资源疏离
目前国内高校的创新创业教育仍然存在着实践环节薄弱，缺乏与政府、产业的整体联动，资金平台缺乏等现实不足，未能突破高校创新创业资源分散疏离的瓶颈。一是校内资源整合不够，学生创新创业教育尚未全员化，部门配合不协调、整合不力的现象依然存在。二是校际资源共享平台搭建不力，省域、区域校际创新创业联盟尚未形成，师资、实训基地、孵化基地等资源共享不足。三是学校与企业、社会的深度合作机制尚未形成，缺乏与社会各类创业教育、服务机构的合作，区域化合作创业服务平台构建滞后，缺乏为学生创业企业提供政策咨询、扶持资金申请、企业登记注册以及融资等方面的“一站式”服务。四是由政府、风险投资公司和校友搭建的创业项目与基金支持合作平台建设滞后，实习实践、评估项目、项目资助等资源相对贫乏。五是创意对接平台建设不力，高校与创客空间、创客工厂、创业园区等创新创业项目孵化基地缺乏有效联动，导致“挑战杯”等创新创业大赛的部分项目由于缺乏资金和孵化基地等相关资源支持，仍停留在计划项目层面，难以付诸实施。
（三）创新创业教育体系欠缺
以往高校的创新创业教育和专业教育都是分散在多个部门进行，相互独立、互相脱节，没有统一的教育体系，创新创业教育如何融入专业教育的问题有待解决。
1. 教育模式缺乏系统性
部分高校创新创业教育的培养目标缺乏明确定位，创新创业教育没有上升到理论学科层面，没有形成科学体系，难以发挥合力。主要依托不同学科的师资和教学条件展开创新创业教育，从而受到传统教学模式刚性的影响较大，导致创新创业教育模式缺乏独立性、针对性和系统性。
2. 课程设置未成体系
创业课程脱离实践，创业教育缺乏足够的实践平台（基地），多数高校创新创业教育仍以“课堂教学”为核心，通过校内讲座、选修课等形式设置创新创业课程，但对自主创新创业教育课程的开发与设计处于零散状态，缺乏专业教育的深度融合，使得创新创业课程仅仅作为专业教育的一种补充而游离于第一课堂之外，无法适应创新创业教育可持续发展和不同专业、年级学生差异化的需求。
3. 运行机制未统一
各高校结合自身实际，从不同模式的创新创业教育探索过程中，逐步形成以下三种不同类型的运行机制，导致在国家层面没有统一制度的情况下，各高校对创新创业教育的认知程度和执行力度缺乏相应标准：一是“独立式”运行机制，设立专门的教育管理机构，由专职人员负责学校创新创业教育的开展，主要以黑龙江大学、大连理工大学等高校为代表；二是“嵌入式”运行机制，依托工商管理学院、商学院，成立了相关教学管理机构，多由兼职教师负责相关工作的开展，以中山大学等高校为代表；三是“联动式”运行机制，由学校领导牵头，协调教务、团委、学生、就业、科技创业园区等机构成立了工作指导委员会，各部门协同负责，以清华大学、北京航空航天大学、广东工业大学为代表。
4. 评价体系尚未完善
创新创业教育是一个相对复杂的教育过程，包括意识激发、理论传授、模拟演练、实操实践等多个核心环节，同时，它又是一个教育效果呈现周期较长的工程。因此，科学评价教育的效果，就成为指引创新创业教育工作发展的风向标。目前，国内高校对创新创业教育效果的评价标准在认识上存在一定争议，大致有三种观点
：一是数据指向，将创业率作为衡量创新创业教育的标准；二是锦标指向，将学生参加各级各类创新创业竞赛的成绩作为学生创新创业能力的体现；三是能力指向，认为内化的素质和外化的行为是衡量教育效果的标准。这些都是教育效果的客观呈现，但对于兼具复杂性和长期性的创新创业教育工作来说，又都是极为片面的。
5. 创新创业教育师资匮乏
创新创业教育是一门综合性学科，教师不仅需要具有较高的理论素养、讲授技能，更需要拥有创新创业实践经验和指导能力。适应创新创业教育供给侧改革的需求，我国各高校创新创业师资队伍建设面临严峻的考验，高素质创业教育师资的短缺已经成为制约创新创业教育快速发展的瓶颈。
一是教师总体数量有限。作为新兴发展的学科和课程，多数高校近年来对创新创业教育的师资培养还不能满足实际教学的需求，尤其是缺乏相关专业背景的教师。二是兼职多、专职少，缺乏实践指导能力。部分高校把创新创业教育作为就业指导的一部分，创新创业教师多数由团委、就业指导中心等学工队伍的老师兼任，缺乏企业锻炼和创业经历，教学以理论讲解和案例教学为主，讲授的就业指导课程基本集中于政策法规讲解、就业信息获取渠道和简历制作、面试技巧等方面。三是校内多，校外少。高校往往受编制、专业结构等硬性条件限制，难以大量引进、聘任校外企业具有丰富经验和操作能力的企业家或者创业“大咖”，即便聘请了少数企业家或创业人士担任客座教师，但有限的几次讲座缺乏系统性，由于缺乏系统的教学技能培训，部分创业者或企业家缺乏相应的教学经验，教学效果有时不尽如人意。
（四）创新创业教育生态失衡
1. 高校创新创业文化氛围的缺失
第一，高校对创业教育的认识存在偏差，认为创业教育就是教学生如何创办企业，并且认为创业只是少数掌握各种资本者的事情，而缺乏各种资本和经验的学生很难创业成功。第二，高校缺乏创新创业文化的积淀，创业教育游离于高校人才培养模式之外，创新创业指标并没有真正纳入对高校和学校领导的考核，许多高校对于学生创业的态度都是“说起来重要，做起来次要，忙起来不要”。第三，当前高等教育领域普遍存在“重学轻术，重普轻职”现象，重视理论学习而轻视实践锻炼，这显然与创新创业活动需要学生具备极强动手实践能力的要求背道而驰，无形中扼杀了创新创业的文化基因。第四，高校尚未形成开放、多元、包容的创业观念。“敢为人先，宽容失败”的创业氛围不浓，对学生的创业热情和需求缺乏包容与引导，全员支持创新创业的理念尚未形成。
2. 创业实践政策保障不完善
虽然近年来国家和地方政府相继出台鼓励大学生创业的政策，如对大学生创业贷款放宽标准，允许大学生休学保留学籍创业，对大学生创业减免税收等诸多方面的优惠政策，但是高校创新创业教育的相关配套保障政策发展不均衡，尚未形成完善的保障措施及相关资源的引导政策和支持体系，缺乏创新创业教育多主体高度融合、协调联动的服务机制，无法保障学生个性化、多样化的教育选择权利，导致国家政策对高校创新创业教育实效的影响非常有限。
3. 创新创业实践扶持资金短缺
当前大学生创新创业资金主要是由政府和高校提供，创业资金来源渠道狭窄，给高校创新创业教育专项资金和配套资金投入不足，同时，社会、社区企业、校友资助资金少且没有专门部门有效地整合使用于大学生创业创新教育，导致高校创新创业教育的资金缺乏。