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据相关史料记载，《史记》是在公元600年至公元604年之间由第一批遣隋使带回日本的，至今已1400多年。《史记》的名称最早见于日本文献，是在日本文武天皇大宝元年（701年）颁布的《大宝律令》中。《大宝律令》对大学的体制有明确规定，《史记》与《汉书》、《后汉书》、《文选》、《尔雅》等被列入大学的课程中。日本朝廷培养传生，专攻《史记》、《汉书》、《后汉书》“三史”，《史记》作为“三史”之首，是传生们重点研究的对象。这些传生大都成为日本政府较高层的官员，《史记》中有关治乱兴废的记载为他们处理政事提供了借鉴。在很多日本文献中，都有将《史记》下赐府库，供政府官员研习的记载。
进入日本平安朝（794—1185）后，《史记》在日本流传更广，成为天皇和朝廷大臣的学习用书。《日本三代实录》中有大量关于天皇阅读、学习《史记》的记载，如日本贞观
十七年（874）四月载“廿八日庚辰，卯时，白彗见东北……是日，帝始读《史记》，参议从三位行左卫门督兼近江权守大江朝臣音人侍读。”
日本天皇都如此重视《史记》，《史记》在当时宫廷教育中所处地位之高也就不言而喻了。据《日本汉学年表》
，日本镰仓时代（1185—1333）在天皇御汤殿举行的天皇读书仪式上，讲读《史记》共十四次，讲读的篇目包括《五帝本纪》、《夏本纪》等篇。很多朝廷官员也研读《史记》，《孝文本纪》、《秦始皇本纪》、《留侯世家》、《孔子世家》等是供朝廷大臣讲读和研习的篇目。这一传统一直延续到江户时代。《史记》对日本的政治、教育、史学、文学等方面都产生了很大影响。
在印刷术发明之前，中国隋唐时期的汉籍抄本通过各种渠道传到日本。这些汉籍古抄本在中国保存下来的很少，在日本却得到了较好的保存。海保元备在《经籍访古志序》中讲：“盖我邦所传古抄本，具存隋唐之旧，真为宋元人所不能睹，而岿然独为灵光之存，此为绝佳之种，皆出宋元诸本之上。而向之诸老先生者，亦皆竭力搜讨，能获之于兵火风霜之余，盖不下数十百种。他至于宋元板及朝鲜刊本，亦往往为明清诸家所不及睹。”
日本所藏《史记》古钞本残卷共计十四种：其中中国六朝抄本两种：石山寺藏《张丞相列传》第三十六，《郦生陆贾列传》第三十七；中国唐代抄本六种：高山寺旧藏东洋文库藏《夏本纪》第二，高山寺藏《殷本纪》第三，高山寺藏《周本纪》第四，高山寺旧藏东洋文库藏《秦本纪》第五，神田文库藏《河渠书》第七，宫内厅书陵部藏《高祖本纪》第八；另有日本平安、镰仓时代日人抄本残卷六种：宫内厅书陵部藏清原家点本《五帝本纪》第一；宫内厅书陵部藏《范雎蔡泽列传》第十九；毛利家藏延久抄本《吕后本纪》第九；东北大学图书馆藏延久抄本《孝文本纪》第十；野村氏久原文库旧藏大东急记念文库藏延久抄本《孝景本纪》第十一；山岸德平氏藏大治抄本《孝景本纪》第十一。
和刻本《史记》出现得较晚，中国的《史记》刻本传入日本后，日本学者以这些宋元刻本为底本抄写《史记》，在保存至今的室町时代以来的《史记》抄本中，最著名的是室町时代三条西实隆亲笔摹写的元彭寅翁本《史记》130卷。
三条西实隆原为朝廷大臣，也是当时的和歌巨擘。永正十二年（1515）辞官回家专心教授生徒，要求子弟誊写六经及《史记》、《汉书》等汉籍经典。他本人从永正七年（1510）开始摹写元彭寅翁本《史记》，至永正十五年（1518）全部摹写完成之后，他将摹写的全书与《英房史记抄》及南宋黄善夫本《史记》做了对校，校正文字的同时补入了彭寅翁本删掉的《史记》三家注的内容，其中以对《史记正义》的补录最多。三条西实隆对全书的校勘和注释工作一直持续到天文元年（1532）。元彭寅翁本《史记》中国已无完本，在日本还有三个全本保存。此摹写本不仅保存了彭寅翁本原貌，还保存了丰富的校勘资料，十分珍贵。此本被大岛挚川称为“三条本”，四十三册全本（其中“十表”只有序）现藏日本宫内厅书陵部。
日本的南北朝和室町时代，主要靠五山僧侣来倡导和传播汉学
。当时日本学习中国南宋的官寺制度，五山僧侣得到当政者的大力支持，享受着优厚的待遇，他们通过禅宗接触到中国文化和文学，并开设讲堂传授汉学。他们以当时通行的日语口语来解释汉籍，这是以前没有过的新的注释形式，对日本人来说容易理解，利于汉学被日本人接受。记录讲课内容的口语体笔录，称为“俚谚抄”、“俚谚解”，后来逐步发展成“国字解”，成为日本人学习汉籍的一种主要形式。自南北朝至江户时代出现的这些汉学讲义或听课笔记中保存了大量日本学者汉籍研究的第一手资料。其内容有繁有简，有讲述者亲笔所写，也有听课人抄录的。书写者求快、求方便的书写方式容易造成字形的不易辨认及俗字、简笔字、错字较多的情况，而代代相传的过录及传抄，以及汉字与日文平假名容易混淆，使得其中形近而讹的错字较多，一些文字难以辨识的情况更加突出。日本南北朝至室町时代流传下来《史记》讲义主要有《英房史记抄》、《桃源史记抄》、《幻云史记抄》几种。
《英房史记抄》，日本南北朝时期藤原英房著，是现存最早的日本学者用汉文注解《史记》的本子。作者藤原英房生卒年不可确考，其祖先曾任遣唐使及朝廷重臣。水泽利忠先生推断其抄写时期大约在正平三年（1347）英房55岁时
。现存三册，藏于日本龙谷大学图书馆。
现存《英房史记抄》第一册先是分条介绍与《史记》相关的知识，如“六书”、“史”、“太史令”、“史记成文”、“司马迁”、“褚先生补欠”、“国语”、“史记所引用”等。其后梳理了《史记》传入日本后，自后醍醐天皇一直到日本镰仓末期和日本南北朝时期学者对《史记》的研读和学习的情况，从中可勾勒出《史记》传入日本并被日本社会接受的轨迹。第二册和第三册是对《史记》本纪及八书的详细注释。体例为抄录《史记》正文，正文下摘抄三家注，并征引他书文献及各家之说来疏解文意。对日本菅原家、大江家、藤原家、日野家等博士家旧说多有引用，并将此类内容以“师说”来标示，后代相延，使“师说”成为对博士家说的固定称谓。对苏东坡、吕祖谦等中国宋代学者的观点也频繁引用。最后为英房的按断，以“私云”、“私案”、“案”来标示。现存的三册中有五十余条英房的按语，其按语多为对三家注的补充和纠谬，对各家之说正误的判断，以及对元彭寅翁本与几种《史记》古钞本文字异同的比较。据此可了解英房注释《史记》的特点及其对《史记》的认识。
《英房史记抄》是日本学者用汉文注释《史记》的开端。他用汉文注解的方式，对他书文献的选择和抄录，对中日各家之说的广泛征引，对三家注的补充和纠谬，对各本文字异同的比较等都具有很高的学术价值。此书对日本《史记》研究发展的走向和方式方法都产生了很大影响。室町时代后期出现的《桃源史记抄》、《幻云史记抄》等都深受其影响。
《桃源史记抄》19卷，日本室町时代僧瑞仙著。僧瑞仙（1431—1489），号桃源，室町时期京都相国寺名僧。此书用通俗的日语来解说《史记》，保存了室町时代丰富的语言资料。
卷首为《史记源流》、《集解序》、《补史记序》，《索隐序》，《正义序》，《三皇本纪》，其后为《史记》一百三十卷目录。正文中没有收录十表和八书。本书对《史记》的解释非常详细且通俗易懂，将《史记》与《左传》、《国语》、《战国策》、《汉书》、《资治通鉴》比较参照，考订《史记》史实，指出《索隐》的错误，揭示《史记》中所蕴含的思想。
《桃源史记抄》是在五山僧侣推广汉学的大背景下出现的，此书在注解中广泛征引禅林诸先哲及博士家说，在某种程度上体现了当时日本《史记》研究的最高成就。桃源瑞仙打破了此前日本《史记》与《汉书》的研究分为“史记家”和“汉书家”分别进行的模式，将《史记》、《汉书》相互对照参考，这一做法被后代学者继承。
《桃源史记抄》真迹二十册本原藏东京帝国大学图书馆，大正十二年（1923）关东大地震时被烧毁。现足利学校、京都大学等处藏有抄本。刻本原有宽永三年（1626）活字本，昭和十二年（1937）三ケ尻浩又以宽永三年的古活字本为底本，与抄本比对，订正文字后将其影印出版。
《幻云史记抄》20卷，室町时代僧寿桂著。僧寿桂（1460—1523），字月舟、幻云。僧寿桂经常到桃源的讲堂听课并记录其讲义，在整理僧瑞仙讲义的基础上，加上自己的注解完成《幻云史记抄》。本书全部用汉文写成，重点参考了前代日本学者在“南化本”《史记》上所作的批注
，其中包括大量《史记正义》佚文，为泷川资言完成《史记会注考证》提供了重要参考。僧寿桂引用中日古医书三十余种对《扁鹊仓公列传》一篇作了非常详细的注解，开江户时代医学考证派之先河。
五山僧侣对汉籍的注释和讲解对当时日本汉学的发展及后代汉学的传播和普及都产生了很大影响。正如明治时期东京大学教授重野成斋在论及日本汉学的特征时讲：“五山时代前后的名僧，兼修佛书与汉籍，并以之授徒，且以口义体来解释汉籍，而形成国字解的汉籍。汉学遂同化于我国民之间。于德川时代，非但林罗山的《贞观政要谚解》，至于山崎癆斋、浅见纲斋、三宅尚斋、佐藤直方等人亦承袭此风，流行所谓的笔记体，而诸种的俚谚抄盛行。故汉学普及于国民，平民亦有汉学的兴趣。”
日本接受外来文化都有经过接受、反省、批判，最终转化为有本土特色的文化并流传后世的过程，日本汉学的流衍也是如此。五山僧侣对汉籍及汉文化的传播和推广，江户时代古文辞派回归经典本身的努力，以及后代汉籍国字解的大量出现，都是日本汉学本土文化意识自觉下的产物，这也是日本汉学的特征之所在。同样，《英房史记抄》、《桃源史记抄》、《幻云史记抄》也对日本《史记》学的形成、发展及其研究方法产生了重大影响。