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西方列强要把中国变为他们的商品市场和原料产地，这件事已经蓄谋已久。但是，由于当时中国的自给自足的自然经济，以及清政府实行闭关政策，中国民众对外来的商品具有顽强的抵抗力，所以在正当的中外贸易中，中国一直处于出超的地位。为了扭转贸易逆差，打开中国的大门，赚取高额利润，英国资产阶级开始丧心病狂向中国大量地贩卖鸦片。清政府虽然三令五申，一再宣布禁止这种毒品的进口，可是鸦片贩子不惜采用贿赂，走私等不法手段以扩大鸦片输入量。到了19世纪30年代末，贩运到中国的鸦片已经激增至每年35500余箱（每箱约100厅或120斤），这些鸦片不仅严重地毒害了中国人民，而且使中国的白银大量外流，更加重了民穷财尽的危机。每一个有血性的中国人无不对之深恶痛绝，坚决主张加以严厉禁止。林则徐早在1823年任江苏按察使时，即曾把“开设烟馆”者列为“游手好闲之民”，对其为首者加以“密访严拿”。此后，随着鸦片危害的日益彰显，林则徐子1833年奏请严禁鸦片、查拿烟贩。于1838年先向朝廷陈述了“禁烟六策”，后又提出“重治吸食”的禁烟办法，并查缴了烟土、烟膏24000余两、烟枪数千杆。
此次受命之后，林则徐毅然于1839年1月8日离京赴粤，并发出“传牌”，严禁沿途官员花费供应及随从的肆意需索。林则徐受命查禁鸦片的消息传到广东后，当地包庇走私和贪受贿赂的官吏无不惊惶万分，而与鸦片贩子素有勾结的洋行商人等也都惶惶不安。
3月10日，林则徐抵达广州，驻扎于越华书院。第二天就发出了告示：为慎密关防，不允许随意打扰，并将择期收受有关鸦片问题的禀呈。并且严禁所有随从人员替任何人托人情，更不许招摇撞骗，否则立即严办。为了深入了解世界的局势以及鸦片的走私情况，林则徐聘用了一些懂英文的人，着手翻译《澳门新闻纸》（即英国商人主办的英文版《广州周报》），借此来了解国外的民情。他多方设法接近社会下层人员，以调查鸦片走私情况，并请越华书院监院梁廷均帮助他绘制了海防地图，拟定了禁烟斗争计划。通过调查研究，林则徐在掌握了一些基本情况后，于3月18日传见了由清政府批准专门从事对外贸易的行商们，斥责他们帮助鸦片贩子蒙骗朝廷，助长了鸦片的泛滥。
林则徐发出的谕帖命人转交外国商人，责令他们限期呈缴所有的鸦片，并出具甘结（即保证书），保证：“嗣后来船永不敢夹带鸦片，如有带来，一经查出，货尽没官，人即正法，情甘服罪”。他庄严地表示：“若鸦片一日本绝，本大臣一日不回，誓与此事相始终！”他限令所有外国商人必须于三日内作出答复。可是三天过后，外国的烟贩只是向商行表示：他们尚须详加考虑，以便早日作出答复。过去，广东的历任官员上任之初，也曾经有人表示要查禁鸦片，但最终还是因为经不起外国烟贩的贿赂和腐蚀，还是为鸦片走私开了方便之门。现在外国烟贩仍用老眼光来看待这次禁烟运动，准备照样采用老办法来对付林则徐。但是，这一次他们显然是错误地估计了形势。谕帖发出的第四天，林则徐就下令逮捕了英国大烟贩颠地，鸦片贩子们这才惊慌起来。躲在幕后的英国驻华商务监督义律也感到了事态的严重，觉得自己不出面已不行了。
起先，他认为必须以武力威胁实行恫吓的办法，用强硬的态度迫使林则徐动摇，用英国的战舰和大炮迫使林则徐屈服。于是，他通知所有在中国海面的英国船只，挂上英国国旗开往香港，并且用战舰保护和调度这些船只，企图以此来压服林则徐，破坏他的缴烟命令。24日傍晚，义律又偷偷地跑到广州商馆，亲自指挥外国烟贩抗拒缴烟，掩护颠地潜逃，可是被当地民众发觉，堵截了回来。针对义律的破坏活动，林则徐按照违抗政府命令实行封舱的惯例，断然宣布将停泊在黄埔港的外国船先行封舱，不准装卸货物。同时，派兵包围商馆，下令撤出广州商馆里的全部中国雇员，要求两广总督邓廷帧于三天之内让英国人离开广州，但是遭到了拒绝。3月25日义律传令所有的外国商人一律缴出所有的鸦片，并保证他们所受的损失将由英国政府负责赔偿，他这样做显然是为了扩大事态，挑起侵略中国的战争。
当时在中国海面停留的装有鸦片的商船总共22只，贮存的鸦片竟然达2万余箱。如果在缴烟过程中出现任何疏漏，就有可能导致严重的后果。4月4日，林则徐亲自制定了收缴货船烟箱的章程，将每只货船的鸦片烟箱依次编号，并且加盖印章，以防偷盗。4月11日，林则徐与邓廷帧一起亲到虎门会同水师提督关天培监督缴烟。至5月25日，才将所有鸦片收缴完毕，共收缴鸦片19187箱另一袋。6月3日，林则徐下令在虎门将收缴的鸦片销毁。林则徐在湖广总督任上是用火烧的方法销毁鸦片的，当时他就发现，鸦片在焚烧的过程中，会有部分烟膏渗入土中，事后掘土煎熬，仍可获得不少残膏余沥。后来经过广泛的调查，他了解到鸦片最怕盐卤，于是便令人在虎门海滩上挖了两个边长为15丈的正方形的销烟池，底部铺上石板，四壁钉上木板，以防渗漏。销烟时，先用水车由地后的水沟把海水灌入池里，撒入食盐使之成卤，然后将整块的鸦片切开，投入池中浸泡半日，再抛入生石灰，倾刻间地内一片沸腾，这时又令夫役站在跳板上用铁耙来回翻搅，务使鸦片完全融化，待退潮时开启池前的涵洞，让鸦片卤水流入大海，复以清水冲洗池底，不使涓滴残留。直至6月25日，销烟工作方告结束。除留下8箱作为样品送往北京外，其余的鸦片全部销毁，经逐箱逐袋过秤，共销毁鸦片2376254斤。销烟过程中，林则徐曾通知外国人前往观看，美国传教上种治文事后记载道：“我们已反复检查销化过程的每一个环节，他们在整个工作进行时的细心和忠实的程度，远远超过我们的预料，我不能想象再有任何事情会比执行这项任务更加忠实的了”。虎门销烟标志着林则徐领导的禁烟运动取得了胜利，这一事件大大打击了西方浸略者的嚣张气焰，鼓舞了全国人民的斗志，表明了中国人民维护民族尊严，反抗外来侵略的坚定立场和决心。
销毁鸦片之后，林则徐令外国商人出具甘结后，即可进港贸易。但是义律又多方阻挠英国商人具结，并不断挑起武装冲突。林则徐深知侵略者是不会善罢甘休的。
为了防范和抵御敌人的侵犯，他会同邓廷侦、关天培等认真加强战备，为反侵略作好充分的准备。在水陆交通要道，林则徐都严密地加以布防，务使敌人无隙可乘。地处珠江的虎门，是广州的门户，地理位置十分重要。林则徐亲自前往进行实地勘查后，从虎门到广州布置了三道防线，并增派清军以加强防守力量。又新建了一座靖远炮台，安放了60门大炮。同时下令在官涌山上修营垒，挖濠沟，构筑防御工事，林则徐增调了200名官兵和6门比较新式的大炮到官涌。此外林则徐还购买了外国战舰“甘米力治”号，供水师演习攻首尾、跃中舱等战斗方式，从实战技术上提高水师的战斗力。
7月7日，英国水手在尖沙嘴打死当地居民林维喜，林则徐要义律交出凶犯，义律竟然置之不理。9月4日，义律率领一艘英舰和四艘武装商船在九龙山口海面无故向中国水师船开炮，进行武装挑衅。中国水师官兵和守卫附近炮台的清军奋勇还击，经过数小时的激战，一艘英国双桅飞船被击翻了，其余的英船被打退。11月2日，义律率领两艘军舰在穿鼻涕面再次向中国水师开炮，广东水师提督关天培令水师开炮还击，再一次挫败了侵略者的挑衅。自问月4日至13目的10天中，英国侵略军连续6次向官涌清军营垒发起进攻，都被中国驻军击退。
1840年1月5日，道光皇帝任命林则徐为两广总督，同时命令他与英国断绝贸易来往。林则徐虽然不赞同这种做法，却又被迫不得不地执行皇上的命令。为了防御英国发动大规模的侵略战争。他在广东招募渔民和船民，组成了一支5000人的水勇，并对他们加以严格的训练，使之成为一支重要的反侵略力量。经过调查，林则徐得知敌人最怕火攻，于是就专门与关天培研究了火攻的技巧与策略，用柴草、油料、松香等易燃物装备了百余只火攻船，并特地训练水勇，使他们掌握了一套驾驶和燃放火攻船的本领。同时，他还进一步加强战争的准备，在最险要的虎门增修了炮台，为之配备了远攻大炮，使虎门各炮台的大炮增至300余门，守军增至3000余名。向澳门派驻兵勇1300余名。在尖沙嘴一带新建两座炮台，购买了56门大炮安设其上，又在附近的山梁上增派了800余名驻兵。还通知沿海的福建、浙江、江苏、山东、直隶等省官员“严查海口，协力筹防”。
为了能够做到知己知彼，林则徐利用一切机会“仔细地搜集外国人用中文编印的每一种出版物，摘录有关外国的说明，为此目的，他利用了好多种传教小册子，中文月报、商务指南、美国和英国介绍以及世界地理”。他让人将“澳门新闻纸”译成中文后，编为《澳门月报》，共分为“论中国”、“论茶叶”、“论禁烟”、“论用兵”、“论各国夷情”五个部分；将外国人对中国的有关看法和意见译成中文，编为《华事夷言》。请美籍医师派克代译了瑞土人瓦特尔编写的《各国律例》（或译作《万国公法》）的部分内容，从而了解西方国家的法律，以便于与外国人进行交涉。为了学习西方国家的先进军事技术，他让人翻译了大炮瞄准法等有关武器制造与运用的书籍，并认真研究西方战船的式样，绘成图说，准备仿造。他还请人将英国人慕瑞的《地理大全》一书翻译成中文，亲自加以润色，编辑整理为《四洲志》，这本书记述了世界五大洲30余个国家的地理和历史，是为中国第一部较为系统的世界地理译著。通过各种渠道，林则徐“所得夷情，实为不少”。不但其反侵略的“制驭准备之方，多由此出”，而且明确地表达了学习西方以求富强的意愿。所以有人将他称为中国近代开眼看世界的第一人。
英国政府接到了有关中国禁烟的报告后，决定发动一场侵华战争，打算用坚船利炮重新打开中国的大门。英国于1840年2月任命原印度总督义律为侵华英军总司令，义律率领48艘舰船、4000名士兵来华。6月，英国侵略军陆续到达广东海面，鸦片战争正式爆发。面对英国侵略者的战争讹诈，林则徐毫不畏惧，命令在所有“夷舶可人之海口，皆驻重兵”，“鼓励水陆官兵，静则严防，动则进剿，总不稍示柔弱”。积极提倡“由民间自行团练，以保村庄，或由府县雇觅壮丁，以资捍卫”。公开号召民众：“如英夷兵船一进内河，许以人人持刀痛杀。”由于人民群众的广泛参与，大大增强了抵御侵略者的力量。
在林则徐于广东采取的严密的防范措施，英国侵略军不敢贸然向广东发动进攻，遂留下四艘战船封锁广州海口，大队主力按原定计划驶往北方，于7月5日攻占了浙江定海，8月下旬驶抵天津白河口。道光皇帝派直隶总督琦善与英军谈判。琦善以林则徐在广东禁烟“办理不善”，保证要“重治其罪”，将英军哄回了广东。道光帝于9月中旬任命传善为钦差大臣，赴广东办理中英交涉，同时将林则徐、邓廷帧革职查办。
林则徐敢于对外人说“不”，这本质就是“勇”的体现。尤其是维护国家利益，不畏强者，将个人利益置之度外的公心，依法办事，这种大无畏精神至今仍然令人钦佩。他领导的禁烟运动对我国近代史有着深远的影响，至今人们一提到1840年的鸦片战争，人民就自然地怀念起林则徐。