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明末清初由于长时间的战争动乱，河道年久失修、堤坝崩坏，加上一些地方官民只从本地利益出发以邻为壑，洪水季节，常常出现人为地破坏堤坝泄洪，以减轻本地水灾的情况，这更加剧了水灾的严重程度，顺治帝在位18年黄河决口20余次，从康熙元年至十五年黄河决口45次。因此康熙下决心要“一劳永逸”，治理三河，化水害为水利。
由于治理河务之事，涉及范围广，劳动量极大，非常耗费钱财。此时康熙刚亲政，由于战争，国家财力已经空虚，他派员到黄河地区视察，将一些最危险的地段先治理抢修。康熙十五年(1676)正值黄淮再次发生大水灾，洪水不能入海、全部南下，有的注入运河，整个江苏北部地区，一片汪洋。此时康熙下定决心撤查原来贪污渎职、不负责任的河道总督王光裕，调任原安徽巡抚靳辅为新河道总督。
靳辅上任后，按照工程缓急，首先着手的第一项工程为导黄入海。他调动民工数万，挑浚河道，所挖泥土，加高两岸河堤，从清江浦(今淮阴)至东海边云梯约300余里，采取“筑堤束水，以水攻沙”的办法，将这段水道清理打通。
以后几年的工程是改善清口闸、修筑高家堰大堤、治理清水潭工程、修筑归仁堤、开通皂河。经过五、六年努力，以上各项工程在康熙的过问与督促下，一个个的都完成了，防堵黄淮诸水的主要大坝得以修复巩固，湖水得到控制，对防止黄淮泛滥起了一定的节制。但整个黄河、洪泽、高邮等低洼地区的水灾问题仍未解决。加之当时朝廷一部分人弹劾靳辅治河，白白浪费钱财，要求从重治罪。因此康熙决定南巡，一方面验看河工，一方面察访民间疾苦，经过南巡，康熙深刻的感到要解决下河的水灾问题还必须疏浚海口以去水势，才能彻底解除苏北的水灾，但以靳辅为首的有经验大臣均持反对态度。康熙下令九部大臣及有关治河官员审议，许多大臣阿谀奉承皇上意见反对靳辅。可靳辅从实际出发坚持认为不能开海口，康熙心中十分不快，加之当时所筑工程由于材料落后，一些刚修好的地方，大水一冲又垮了。这给靳辅的反对派提供了把柄，最后康熙不得不于康熙二十七年三月将靳辅撤职，任王新命为治河总督。
靳辅撤职以后，康熙很快发现王新命对河务一窍不通，根本提不出治理下河问题的合理方案，反而一系列的上奏都反映出靳辅治河克尽职守，成绩卓著，康熙内心感到十分歉疚。为进一步察看靳辅的治河工程，了解下河的情况，制订下河的合理治理方案，康熙于二十八年正月初八又第二次南巡。
这次南巡，加深了康熙对靳辅的认识和对王新命等人的了解。他也在一次的为自己主观武断听信小人之言，将靳辅革职而深感不安，不久北方边境发生淮噶尔叛乱，康熙不得不暂时放下治理下河的事，全力应付北方边事。二十九年、三十年，黄淮连续大水，河道总督王新命不但不悉心治水，相反趁机勒索库银，贪污渎职，康熙于是复任靳辅为河道总督。然而此时的靳辅，历经坎坷，已年迈力衰，上任不到两年就因疲劳过度，病逝于河南荣泽任上。
康熙三十六年(1697)五月，康熙在胜利结束北方战事以后，决心亲理河务，全力解决下河水利问题。为此他在三十八年进行了第三次南巡，通过南巡总结靳辅治河的经验，吸取几位后任河总的教训，终于形成他自己一套比较科学合理的治理下河的方案。具体有以下一些工程：深浚黄河下游河道、迁移清口，改变黄淮汇合方式、折毁拦黄大坝、引水归江。在整个各项工程进行的过程中，康熙又三次南巡，视察工程进度，检查工程质量。
四十二年正月第四次南巡，主要目的是检验张鹏翮三年所建淮河黄河裁弯取直工程进度。
四十四年第五次南巡。一为视察四十二年山东大水灾后，民生恢复的情况，二为检阅中河南口的改进工程。
第六次南巡为四十六年正月，这次南巡主要是应张鹏翮的邀请视察整治洪泽湖的溜淮套工程，参加开工典礼，这也是治河的最后一项工程。
康熙一生，由关心民生疾苦而十分关心治理水利，他不仅为治河六次南巡，而且亲自钻研治河要诀，变成一个精通水利的专家皇帝，这不仅创造了清代的奇迹，而且在整个中国历史上也是少有的。