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正当清王朝削平三藩，收复宝岛，四海归一之际，在大西北地区，又爆发了蒙古族准噶尔部的叛乱。
在17世纪80年代，噶尔丹不仅控制了厄鲁特四部西北广大地区，而且还想要趁沙俄觊觎喀尔喀蒙古之机频频对喀尔喀蒙古发动进攻，妄图把漠北蒙古以及漠南蒙古都置于自己的统治之下。
康熙二十七年(1688)，当一支沙俄远征军正在肆掠喀尔喀蒙古时，噶尔丹率领精锐骑兵三万余人，翻越杭爱山与沙俄联合进攻土谢图，双方在特穆尔交战。由于土军腹背受敌，不久全线崩溃，望风东逃。后来，土谢图汗联合三部民众抵抗噶尔丹新的猛攻，结果全军败溃。于是沙俄趁机诱降喀尔喀各部。三部王公举行特别会议，义正词严的拒绝沙俄的威胁利诱，并且一致要求清政府予以保护援助。康熙立即遣使阿拉尼，前往归化宣抚接待，将逃来的部众安排在科尔泌草原水草丰盛地区，同时令阿拉尼前往噶尔丹部强行要求噶尔丹撤兵。但噶尔丹阳奉阴违，陈兵不退。同时遣使跟沙俄勾结，伺机再度发动进攻。
康熙二十九年(1890)六月，北京紫禁城内一片惊慌。康熙和大臣几天来一直在乾清门紧急磋商北方的战事问题。原来噶尔丹与沙俄互相勾结，并且得到沙俄的默许和支持，正在率领数万精骑，直接南下侵入内蒙，矛头已经指向京城了，清军初战失利，阵地被突破，而且损失极为严重，叛军趁势进抵乌兰布通附近，威胁京师。
康熙制订了详细的作战方案来平定这次叛乱：他首先决定分兵三路，分别迎战叛军，左路由抚远大将军康熙之兄裕亲王福全统领，由古北口北上。右路由安北将军恭亲王常宁统领，由喜峰口北上。康熙亲自统领中路，御驾亲征。七月初大军出发，月底抵乌兰布通，与叛军隔河安营扎寨。战斗打响后，双方损失都很大，但清军最后终于打败噶尔丹。但由于清军损失较大，福全有点惧战，让“卑词乞和”的噶尔丹率残部仓惶逃去。
为了更好的解决喀尔喀蒙古各部之间矛盾，协调各部之间的良好关系，宣扬天朝的声威，第二年即康熙三十年(1891)四月，康熙决定亲自到内蒙古多伦诺尔，会见内外蒙古各部领袖。通过这次会盟，康熙的名声威震大漠，内外蒙古各部，都接受了清政府的封号，各赐以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公的爵位。从此眼清王朝中央的关系更加密切，边疆暂时获得巩固，同时也是对沙俄妄图利用各部之间矛盾，浑水摸鱼，想侵占外蒙的野心是一个沉重的打击，有力地捍卫了大清朝的统一。
可是噶尔丹还不死心，自乌兰布通大败后，率领残部溃逃至科布多河流域方才停止。他一面整顿军队，一面遣使去莫斯科乞援。结果竟然还能得到沙俄的支持，并且拨给他车装大炮多门和鸟铳千余枝，准备继续发动叛乱。康熙三十四年(1695)，噶尔丹自恃羽翼丰满，又有沙俄为后盾，于是不顾清廷中央的多次劝慰，悍然再次发动叛乱。康熙于十一月立即着手准备，制订了平叛方略，康熙此次亲自随军出征，士气高昂。噶尔丹闻之，立即下令迅速逃跑，逃匪在昭莫多与西路军相遇。经过殊死的搏斗，最后噶尔丹全军覆没，仅引数骑遁去，逃向漠西本部。
噶尔丹逃走后四处漂泊，拒不接受清廷中央的招抚，依然想继续勾结沙俄，进行分裂祖国的叛乱活动。康熙三十六年(1697)春，康熙再次御驾亲征，远赴宁夏。他不顾旅途劳顿，立即召集各军统帅商议作战方略，命费扬古带领一支兵马从左路突进，命马思喀率大军从右路包抄。此时噶尔丹身边只剩下五六百人，食尽粮绝，最后窜至俄罗斯边境，由于沙俄看他已派不了用场，严厉拒绝他入境，噶尔丹在后有大军进逼，前无活路可逃，军心涣散、纷纷潜逃情况下，自知末日来临，饮毒自杀，余部或逃或降。自此，大漠东西，广袤的5000余里的北方边疆获得了一个短暂的休养生息时期。