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沙俄自从1640年清太宗时期，就开始组织远征军，不断的向黑龙江渗透。到了康熙九年(1670)曾经先后四次进行骚扰。在此同时，沙皇还派遣了另一支哥萨克远征军，从贝加尔湖地区向黑龙江上游进攻，建立了巴尔津察堡，占领我石勒喀河上的重镇尼布楚，构筑了涅尔琴斯克城堡。其后又不断向南渗透，深入喀尔喀蒙古的土谢图汗，在我国的色楞格河下游建立了色楞格斯克堡。
康熙十四年(1675)，沙俄正式派出使节到北京递交国书，国书中要求中国派使团携带珠宝到莫斯科向沙皇朝拜称臣，并且要求开展贸易等。与此同时还变本加厉地加紧对我国东北边疆的侵略。沙俄军队很快控制了外兴安岭以南黑龙江上下游的我国广大地区，并且不断地与当地清军发生冲突。
面对沙皇咄咄逼人的疯狂侵略，康熙一面积极着手加强东北边疆的防务建设，一面抓紧平定三藩，加快统一西南边疆的进程。康熙为了铲除沙皇匪军侵略东北的大本营，决定首先荡平雅克萨，并为此做了非常完备的准备工作。为了加强东北军事、防务建设，康熙在黑龙江的瑷珲以木为城建成城堡，驻大军屯田自给，生产粮食，生产战船大炮，建立驿站。康熙二十二年(1683)正式在黑龙江设立将军，任命萨布素为首任黑龙江将军。任命礼部侍郎溢岱、工部给事中雅齐纳为副都统。经过以上部署，基本完成了抗击沙俄匪军的全部准备工作。
康熙二十四年初(1685)，康熙会同全体大臣制订了详细的作战计划，命令黑龙江将军萨布索、都统彭春，副都统郎谈、班达沙尔等统率大军万余人；分别从水陆两路进攻雅克萨。经过数天的激战，清军大败沙俄匪军。至此，被沙俄侵占二十余年的雅克萨始告收复。但萨布素收复雅克萨后，并未在此驻兵设防，只是放一把火将城堡烧毁，大军仍撤回瑷珲屯驻。
沙俄匪军并不死心，于康熙二十五年(1686)二月，重占雅克萨，康熙知道后非常气愤，立即降旨部署第二次雅克萨保卫战，五月上旬，再由萨布素统率大军2000余人，由瑷珲出发，月底抵达雅克萨城下，俄军闭关不出。六月初清军开始从南北两个方向攻城，敌军负隅顽抗，双方打得十分激烈。清军久攻不下，于是采取长围坐困的办法，孤立守敌，同时部署重兵打击敌援军。夏去秋来，城内俄军饥饿痛毙，死亡甚重。眼看孤城危悬，不日可下。忽然传来撤销包围的命令。这到底是怎么回事呢？原来康熙帝在处理中俄关系问题上，一向主张通过和平谈判解决边界争端，加上这时噶尔丹叛匪正值嚣张时期，更促使他下决心尽快跟俄国人谈判，解决争端，以便全力以赴对付噶尔丹。
康熙二十五年冬(1687年1月)，俄国政府任命戈洛文为全权大使，于第二年八月到达贝加尔湖东岸乌丁斯克。康熙为了向俄使表示诚意，下令将围困雅克萨的清军，全部撤回瑷珲，但是康熙的宽厚仁义之举，却被狡猾的戈洛文所欺。当他得知清国已从雅克萨撤退后，反而不急于跟清政府谈判了。相反，却利用当时的噶尔丹叛乱，与其勾结，加强对喀尔喀蒙古的进攻掠夺。一直拖到康熙二十七年(1688)春，仍无意跟清政府接触。经康熙遣使一再抗议敦促，戈洛文才遣使到北京安排谈判事宜。双方商定谈判地点先设在钯楞格斯克，康熙接受了俄方要求，立即组成以索额图，佟国纲等为首的使团，北上谈判。
七月初八，双方使臣举行第一轮会谈。戈洛文提出黑龙江左岸划归俄国，右岩属中国。索额图当即严正的指出：“黑龙江流域自古属中国领土。中国在此一直设有地方官，有证可查。贝加尔湖东南广大地区，也一直为臣属中国的蒙古族所领有，贵方有何理由和证据，定要索要如此广大地区？”戈洛文理亏，根本提不出任何证据，但他却会无理取闹，节外生枝，双方辩论一天，没有结果。
次日举行第二轮会谈，由于双方事先都已有作出让步的打算，故几经较量，最后达成六条协议，史称《尼布楚条约》。条约明确规定中俄东段边界以外兴安岭格尔必齐河为界，以北属俄，以南属中国，俄军撤出雅克萨。外兴安岭与乌第河之间的小块地区尚有争议，以后待定。
《尼布楚条约》的签订，俄国获得了额尔齐斯河以西原属中国的大片领土。但清政府第一次从外交上确定了东北方的中俄边界，收回了长期被俄方占领的雅克萨，保卫了黑龙江两岸的广大领土免遭侵犯。同时，为进一步平定噶尔凡叛乱，完成国内统一创造了条件。