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关于佛教对儒学的影响问题，以往学界谈得不少，应该说，这些研究对于人们认识佛教与中国古代传统文化的相互关系是很有助益的。但是，笔者近几年来在接触这一问题时，始终有一个感觉，即以往学界之谈论佛教对于儒学的影响，经常着眼于某些具体的问题，如儒家的哪一个说法受到佛教的影响，哪一个术语来源于佛教，或者说某某儒者“出入于佛老”凡数十年，等等。不能否认，这种研究有其合理性，因为任何研究总是从具体问题开始的；但是，正如任何研究都有一个不断深入、不断发展的过程一样，对于佛教与儒学相互关系的探讨，似不宜老是停留于某些表面的现象，而应该在搞清楚这些现象的基础上，进一步去探讨其更深层、更根本的东西。笔者认为，这个更深层、更根本的东西之一，就是思维模式，或者更具体地说，就是“本体论”的思维模式问题。
为什么这么说呢？先看看儒家学说在思维模式上的历史演变。
一如本章第二节所言，儒家自孔子起其学说就一直建立在“天人合一”的思维模式基础上，但是到了宋儒，这种情况开始发生了变化。宋儒之学，虽然所谈仍不离“天”、“人”，但此时之“天”与“人”，已不是“合”，而是“天人本无二”、“天人一体”。宋儒虽然也说“天命”、“天道”、“天理”，但宋儒所说的“天理”，意蕴已与以前儒家所说的“天道”颇多异趣。如果说以前儒家所说的“天命”、“天道”更带有人伦道德之“立法者”的色彩，那么，宋儒之“天理”则在相当程度上是“心性”、“道心”之异称——二者体一而名二。也就是说，宋儒之学，虽然也主要是一种政治、伦理学说，但它所依据的哲学基础，已经不是“天人合一”，而是“本体论”的思维模式。这一点，我们可以从宋儒之伦理哲学自身得到证明。
在中国哲学史上，对哲学理论之建树，张载可以说是一位值得大书特书的重要思想家。所以这么说，并非因为张载是一位唯物主义思想家，更重要的还在于，张载所建立的“元气本体论”在中国古代哲学史上是一个重要的里程碑。诚然，早在魏晋时期，王弼、何晏就已不同程度地接触到本体论问题；但是，客观地说，魏晋玄学之本体论在相当程度上还只是一个雏形（而且就魏晋玄学说，其本身也受到佛教的影响）。中国古代的本体论，如果就表述之明确，思想之一贯，理论之系统说，当首推张载。张载之本体论，绝不像王弼那样，只停留在一句“以无为本”上，其“太虚无形，气之本体”（《正蒙·太和》）的思想贯彻在他的整个学说之中，特别是他的“天地之性”、“气质之性”理论，他的“乾坤父母”、“民胞物与”说，更是具体而系统地体现了他的本体理论。关于张载的“天地之性”、“气质之性”说对中国古代人性理论的贡献，我们将在下一章中加以讨论，这里仅想指出其“天地之性”的本体性格。
张载之外，宋儒之中，二程、朱子、陆九渊等大家，思维方法也都带有明显的本体论特点。例如，二程的“体用一源，显微无间”（《易传序》）说，朱子的“圣人与天地同体”（《中庸章句》）说，陆九渊的“宇宙便是吾心，吾心便是宇宙”（《杂说》）说，都是一种本体论的思维模式或以本体论为依托的政治、伦理哲学。尽管这些理学家们在阐发他们的政治、伦理思想时运用了许多传统的范畴，如“天道”、“人道”、“天理”、“心性”等等，但此时之“天道”、“天理”，已不同于传统儒学之作为社会政治、道德立法者的“天”，而在相当程度上是一个带有本体色彩的哲学、伦理范畴。如果说，传统儒学在“天”、“天道”与“人性”、“心性”的关系上，主要是在“天人合一”的大框架中谈“天”如何为“人”立法，“人性”如何根源于“天道”，人们应该如何“修心养性”以合于“天道”；那么，“新儒学”的思维方式则更倾向于“天人本无二，更不必言合”，亦即“天道”、“心性”本是一体，都是“理”（或“心”）的体现，在“天”曰“天理”，在“人”为“心性”。二者在思维方式上的区别，一是“天人合一”论，一是“本体论”。“天人合一”论的立足点，是“道之大原出于天”，“人道”是由“天道”派生的；本体论的基本思想，是“天”、“人”本是一体，不论是“天道”还是“心性”，都是作为本体的“理”（程朱一系）或“心”（陆王一系）的体现，不存在谁产生谁、谁派生谁的问题。虽然从总体上说，宋明理学还没有完全抛弃“天”，但其时之“天理”，已与传统儒学作为世间万物之主宰和人伦道德之立法者的“天道”不尽相同，它同“理”、“心性”名异而实同，都是世间万物乃至人伦道德的本体。如果从人类理论思维发展史的角度说，前者较接近于“本源论”或“宇宙生成论”，后者则属现代哲学所说的“本体论”范畴。
儒学发展到明代之王阳明，又进入了一个新的阶段，或者说进入了一种新的境界。王学一个最突出的特点，就是把“心”、“性”、“理”乃至天地万物融为一体，而此“体”，用王阳明的话说，就是“良知”。
在王阳明的学说中，“良知”是一个生天生地、造化万物的宇宙本体。正如他在《传习录》中所说的：“良知是造化的精灵，这些精灵，生天生地，成鬼成帝，皆从此出，真是与物无对。”（《传习录》下）“天地万物，俱在我良知的发用流行中，何尝又有一物超于良知之外。”（同上）王阳明的这两段话有两句可视为点睛之笔，即“良知”既“与物无对”，又无一物能超出其外。也就是说，“良知”既不是具体的事物，但天下万物又都是它的体现，用现代哲学的语言说，也就是“本体”。实际上，王阳明自己就屡屡使用“本体”二字：
良知者，心之本体，即前所谓恒照者也。（《答陆原静书》）
这心之本体，原只是个理。（《传习录》上）
我这里接人，原有此二种，利根之人，直从本原上悟入，人心本体，原是明莹无滞的，原是个未发之中，利根之人，一悟本体，即是功夫，人己内外，一齐俱透了。（《传习录》下）
良知即是未发之中，即是廓然大公，寂然不动之本体。（《传习录》中）
王阳明在这里所说的“本体”，与现代哲学所说的“本体”含义是很接近的，区别仅在于，王学中的“本体”不但是宇宙万物之本原，而且是人伦道德之本根。王学之深刻、细密，在相当程度上即植根于他的本体理论。
如果说宋明新儒家的政治、伦理学说的哲学基础主要是一种“本体论”的思维模式，或者至少带有浓厚的“本体论”的倾向，那么，现在的问题是，这种“本体论”的思维模式是如何形成的？
要弄清楚这个问题，有必要看看隋唐佛教理论的一些特点以及它与传统儒学的相互关系。
正如本章第一节所说，佛教注重抽象本体。但是佛教之本体，不管称为“真如”，还是叫“实相”、“法界”，都与中国传统文化中的有关术语及蕴涵不尽相同，这种“本体”较难为中国古代的文人学者直接接受。到了隋唐，受中国传统思想文化的影响，东传之佛教在思想内容及所用术语上都有了较大的变化，其中以用中国传统的“人性”、“心性”去谈佛性最为突出。但是，佛教谈论“人性”、“心性”时，并没有放弃其原有的思维模式，即其固有的本体论方法，而是用本体论的方法来谈“人性”、“心性”。这就出现了一种现象，即隋唐佛教的佛性理论变成了一种“人性”理论，或者“心性”理论，但这种“人性”、“心性”又与中国传统的“人性”、“心性”不同，而是一种本体化了的“人性”和“心性”（这一点我们将在下一章做具体的剖析和论述），此其一。
其二，隋唐时期，特别是李唐一代，由于政治的开明和国力的强盛，在思想文化上采取一种开放的政策，对儒、释、道三教采取兼收并蓄的态度，这为各种思想文化系统之间的相互交融、吸收创造了十分有利的条件。佛教并不以吸收儒家或道家的思想为耻，而儒家虽然没有放松对于佛、道二教的攻击，但暗地里甚至公开地吸取了佛教的许多思想。加之，由于隋唐佛教的佛性理论在相当程度上已被儒学化，这更为儒学吸收佛教的思想提供了方便。
其三，从理论思维的发展规律看，“本体论”的思维方法，在理论思辨上，较“本源论”或者“天人合一”的思维方法为高。吸收较高层次的理论思辨来丰富和提高自身，这乃是思想理论发展的一般规律。从这个意义上说，儒家之吸收佛教的“本体论”的思维模式，乃是合乎思想理论的发展规律的。
其四，从具体的思想内容说，宋明新儒学亦称“心性义理之学”。此“心性”不是传统儒学的作为具体人的现实具体之心性，这在宋明新儒学中表现是十分明显的。例如，不管是张载的“天地之性”，还是程朱的“天理”，不管是陆九渊的“心”，还是王阳明的“良知”，在相当程度上都具有本体的性质，与佛教的“佛性”、“心性”没有什么本质的区别。
因此，要回答宋明新儒学本体论的思维模式是怎么形成的问题，答案只有一个，即受佛教的影响！受佛教本体论思维模式的影响！