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在上一章中我们指出佛教从小乘发展到大乘后，发生了一个重要变化，即大乘佛教的“佛”已不像小乘佛教那样是一个接近于现实的“圣人”，而是在相当程度上被“本体”化了。加之，由于成佛是佛教最终的目的和最核心的问题，因此，当“佛”被本体化之后，佛教的整个思维方法也随之发生了根本性的变化。
考诸印度佛教史，随着大乘佛教的出现，般若学在扫一切相的同时，大谈诸法“实相”，把“实相”作为一切诸法的本原。此时之“实相”，实际上已是一个穿上佛教服装的“本体”。大乘佛教的进一步发展，出现了佛性理论。佛性理论又在般若实相的基础上大谈“如来藏”、“佛性我”。此“佛性我”、“如来藏”在印度佛教中具有“佛之体性”与“诸法本体”的意义。例如，大乘佛教对“如来”的解释，即“乘如实道，来成正觉，来化群生”。此“如”显然是指诸佛、众生的本体。实际上，大乘经论对“真如”是诸法本体有许多十分明确的论述。例如，《唯识论》曰：“真谓真实，显非虚妄；如谓如常，表无变易。谓此真实于一切法，常如其性，故曰真如。”（《唯识论》，卷二）此谓诸法之体性离虚妄而真实故谓之真，常住而不变不改故谓之如，说得明白点，乃本体真实不变之谓。《往生论注》也说：“真如是诸法正体”（《往生论注》，下）。另外，大乘佛教中所说的“法性”、“法界”、“如来藏自性清净心”等，其实都是本体之异名。例如，《唯识述记》曰：“性者体义，一切法体故名法性。”（《唯识述记》，卷二）《大乘义章》也说：“法之体性，故名法性。”（《大乘义章》，卷一）总之，在大乘佛教中，那个作为一切诸法乃至诸佛众生本体的所谓“真如”、“实相”、“佛性”、“法界”、“法性”、“如来藏自性清净心”等等，尽管佛经里用了许多诸如“即有即无”、“非有非无”、“超相绝言”、“忘言绝虑”等字眼来形容、表述之，但丝毫不能排除它是一个本体，而且整个大乘佛教都是建立在这个既抽象又无所不在的本体基础之上的。
当然，正如一切思想理论的发展都有一个过程一样，大乘佛教的本体理论也有一个不断发展的过程。确实，在释迦牟尼时代，释氏自身对诸如世界的本原、本体等问题非但不感兴趣，而且持明确的反对态度，原始佛教的缘起理论在相当程度上就是用以反对传统婆罗门教的“大梵本体”思想的。但是，佛教在其往后的发展过程中，由于受到印度传统文化、传统思维模式的影响，被原始佛教从前门赶出去的“大梵本体”，到后来又悄悄地从后门跑了进来。例如，到了小乘佛教后期，为了克服业报轮回与没有轮回报应主体的矛盾，就出现了“补特伽罗”说。此“补特伽罗”作为轮回报应、前后相续的主体，实际上已是一种变相的实体。此实体虽不是一种严格意义上的“本体”，但已孕育着“本体”的雏形。后来，随着大乘佛教把“真如”、“实相”、“如来藏”、“佛性我”本体化，本体论的思维方法逐渐成为大乘佛教一种最基本的思维方法。
佛教之传入中国，一开始是大、小二乘并传的，如汉魏时期由安世高、康僧会等人传入的禅数学则属小乘佛教。但是，由于种种原因，小乘佛教在中国历史上始终没有得到发展，特别是到魏晋南北朝，大乘般若学与玉柄尘尾之玄风相激扬而蔚为大宗之后，小乘佛教在中国佛教界虽还不能说销声匿迹，但至少已不成气候。与此相反，大乘佛教则迅速发展，在中国佛教界一直占有绝对的统治地位。因此，中国佛教就思维方法说，主要是大乘佛教的思维方法，亦即本体论的思维方法。这种本体论的思维方法突出地表现在把某个抽象的本体作为整个佛教的出发点和落足点。
造成这种局面的原因很简单，由于佛教的出发点和落足点都是“佛”，而此时之“佛”已被本体化，因此，抽象的本体就成为中国佛教始终环绕的核心。对此，我们不妨看看中国佛教史上的思想实际。
就以最能体现中国佛教特色的隋唐佛教诸宗为例：天台宗是中国佛教史上第一个统一的佛教宗派，其学说的最大特点是“实相论”，或者更具体点说，是“性具实相论”。但不管如何称谓，“实相”是天台学中最核心的一个概念，也是整个天台学的出发点和落足点。在天台宗的学说中，“实相”既是一切诸法的本原，学佛的最终归趣也在于体证“实相”。此“实相”，慧思用《法华经》的“十如是”（即如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等）表述之，也就是说，所谓“实相”，具体地就体现于相、性、体、力、作、因、缘、果、报、本末究竟等十个方面。天台智者大师则发挥《涅槃经》“无相不相，名为实相”（《大般涅槃经》，卷四十）的思想，指出：“其一法者，所谓实相。实相之相，无相不相。”（《大正藏》，卷三十三，783页）认为“实相”自身虽无形无相，但它却是一切诸法之本原。智！还把“实相”与“如如”、“妙有”、“佛性”、“如来藏”等联系起来，认为这些概念名称虽异，但它们都指诸法乃至一切众生、诸佛之本体。
至九祖荆溪湛然，实相是诸法本体之思想就被表述得更加明确了。湛然学说的一个最基本的观点是“当体即实相”，认为世间一切诸法、三千大千世界每一微尘，无不当体即实相。用湛然自己的话说：“一切诸法皆是法界，无非实相，则诸法皆体。”（《法华玄义释签》，卷二；《大正藏》，卷三十三，828页）也就是说，世间一切诸法，都是作为“本体”的“实相”的体现，诸法并非在“实相”之外别有其体，其体就是“实相”，诸法与“实相”唯有一体。
在华严宗的学说中，一切诸法包括一切众生、诸佛唯有一体的思想表现得更加突出和明显。所不同的是，在华严宗中，此一诸法之本体，不叫“实相”，而称为“法界”、“一真法界”，或曰“如来藏自性清净心”。华严宗的最基本思想之一，是“法界缘起”论。所谓“法界”，法藏在《华严经义海百门》中说：
入法界者，即一小尘缘起，是法；法随智现，用有差别，是界。此法以无性故，则无分齐，融无二相，同于真际，与虚空界等，遍通一切，随处显现，无不明了。……若性相不存，则为理法界；不碍事相宛然，是事法界。合理事无二，无二即二，是为法界也。
澄观在《大华严经略策》中则说：
法界者，是总相也；包理包事及无障碍，皆可轨持，具于性分；缘起者，称体之大用也。
这两段话的意思是说，随缘显现的事物是法，诸法功用各各殊别，是界。从根本上说，一切诸法是无自性的，它情同虚空、真际，没有形体、性相的差别。就性相不存说，这就是“理法界”；但从随缘显现的事物说，它又事相宛然，这就是“事法界”。性相不存的“理法界”与事相宛然的“事法界”又是二而不二的。此一包理包事、理事融通之总相，就是“法界”。尽管两段话的表述都比较晦涩，但其意思还是明确的，亦即所谓“法界”，它虽然是无形无相的，但却是一切诸法之本原、之本体。世间森罗万象，都是此“法界”缘起之产物，都是此“法界”的“称体起用”。
此外，华严宗还赋“法界”以特别的规定性，亦即认此“法界”是一至纯至净之本体。用华严宗人的话说，叫“一真法界”、“清净佛智”或“如来藏自性清净心”。由此“清净心”缘起一切众生乃至一切诸佛，这就是华严宗自具特色的“性起”理论。
“性起”理论的一个最基本的观点，就是主一切诸法乃至众生诸佛，都是以此“清净心”为体，都是此“清净心”“称性而起”的结果。这正如法藏所说的：此清净心乃是“一切诸佛声闻缘觉，乃至六道众生等体”（《华严五十要问答》，卷下）；“诸众生无别自体，揽如来藏以成众生。然此如来藏即是佛智证为自体，是故众生举体总在佛智心中”（《华严经探玄记》，卷一）。基于这个基本思想，华严宗人认为，一切众生之学佛修行及最终之证成佛果，其“本”都是不改不变的，差别仅在于，一个虚妄，一个真实；一个是迷，一个是悟。所以，澄观说：
夫真源莫二，妙旨常均，特由迷悟不同，遂有众生及佛。迷真起妄，假号众生；体妄即真，故称为佛。（《大华严经略策》）
也就是说，众生与佛，其“源”其“本”非二，只是由于“迷”与“悟”的不同，才有众生与佛的差别。基于这一思想，华严宗的修行理论几可以用四个字加以概括，即“离妄还源”。用通俗、明白一点的语言说，也就是返归、体证清净本体，与清净本体合一——这就是学佛之最终目标。
再看看隋唐佛教另一个重要的宗派禅宗。禅宗的一个最基本的观点是“本心本体本来是佛”。基于这种“心本体”的思维方法，禅宗反对在“心本体”之外去东寻西觅、趋声逐响。慧能云：
听吾说法，汝等诸人，自心是佛，更莫狐疑，外无一物而能建立，皆是本心生万种法。故经云：“心生种种法生，心灭种种法灭。”（《坛经》）
临济宗创始人义玄的老师黄蘗断际禅师希运则说：
即心即佛，上至诸佛，下至蠢动含灵，皆有佛性，同一心体。所以达磨从西天来，唯传一心法，直指一切人生本来是佛，不假修行。（《黄蘗断际禅师宛陵录》）
如果说，中国禅宗的思想大要可以用“即心即佛、顿悟见性”八个字加以概括的话，那么，不论是“即心即佛”，还是“顿悟见性”，都是以“本体论”的思维模式为其最后根据的。
最后，我们再看看以弘传大乘有宗之法相唯识学为特色的唯识宗。法相唯识宗在中国佛教史上亦称“相宗”，它在思想内容、思维特点上与天台、华严之“性宗”有很多区别
，但在思维模式上则与性宗无大差别，同样是一种本体论的思维模式——当然，“相宗”与“性宗”的“本体”是不尽相同的。
如果说，作为天台、华严之“本体”的“实相”、“法界”都是“真如”之别名，那么，作为法相唯识学的“本体”，则不仅仅是“真如”，而且还有被称为万法之种子的“阿赖耶识”——这是法相唯识学的一个独特之处，亦即有两个“本体”，带有二元论的色彩。
“相宗”不否认“真如”是万法之“本体”，亦认为“真如”是“恒常遍在”的，是一切诸法之最终本原；但“相宗”否认“真如”与诸法有直接的联系，反对万法是“真如”随缘的产物。在“相宗”看来，与万法直接发生联系的，是“阿赖耶识”。“阿赖耶识”通过第七识“末那识”和前六识（眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识）辗转相生，“如是如是变”，变现出世间诸法，包括诸出世间法，也是“转识成智”的结果。而“相宗”的学说中，“阿赖耶识”之具有“本体”之性质，则是毋庸置疑的。
“阿赖耶识”译名“藏识”或“种子识”等，意指该识是蕴涵一切诸法之“种子”。《大乘密严经》称：“依止赖耶识，一切诸种子，心如境界现，是为说世间。”（《大正藏》，卷十六，740页）这是说，世间诸法及一切种子都是由“阿赖耶识”派生的；甚至连出世间诸法，也是靠“阿赖耶识”才能证得，此诚如《成唯识论》所说：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，得涅槃证得。”（《成唯识论》，卷三；《大正藏》，卷三十一，140页）这些记述都清楚表明，“阿赖耶识”在法相唯识学中同样具有诸法本原、本体之意义。
通常，人们总觉得佛学高深莫测，此中之原因也许很多，但若从最根本处立言，则是其“本体论”的思维模式。“本体论”概念，即使在“纯哲学”里面，也是最深层的一个理论范畴。由于它十分抽象，人们往往很难准确地理解和把握它。但是，正如学哲学不能不懂得“本体论”一样，举凡有意于窥探佛学之奥秘者，特别对于那些有意于探讨佛教哲学者来说，佛教的“本体论”不可不知——因为它是贯穿于一切佛教学说（特别是大乘佛教理论）的一个最基本的思维模式。此外，在佛教与中国古代传统学术、文化相互关系方面，佛教的“本体论”也占有十分重要的地位，以往学术界对这个问题未能给予充分的注意和重视，不能不说是一大缺憾——因为，佛教影响中国传统学术思想之最大者，乃是其“本体论”的思维模式，这一点，我们将在本章的第三节进行较深入的探讨。