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如前所述，美国社会早就不是一个农业社会了，但美国最大的联邦政府部门，除了五角大楼国防部就是农业部，美国掌控和打击全世界的武器也根本不是核武器，而是农产品。“谁控制了石油谁就控制了所有的国家，谁控制了食物谁就控制了全人类”，这不仅是认识的高度，而且是一种战略思维。这种思维对于一定要把饭碗端在自己手上的大国来讲，更是必须的。
从“全食物链”的角度进行农业与食物管理的顶层设计，是发达国家共有的经验。所谓“全食物链”，是强调从田间地头到餐桌的全链条管理，而且不仅局限于粮食安全，更强调食物安全。在当前复杂的国内外环境下实现食物安全，需要在保障粮食供给的前提下，建立针对各类食物的供求调控体系。但是，当前我国农业与食物管理的顶层设计实际上是以粮食为链条的部门割裂与分治，农业及食物的管理职能被分散到了若干非农部门。这一体制的形成，有其历史原因，但是我们改革的步伐越慢，我们在错误的道路上走得就越远。近年来，农业投资效率持续低下就是对顶层农业与食物的管理职能割裂的最典型背书。如上所述，当前我们国家对于农业的重视，实际可以解读为“重视农业政策、轻视农业部门；重视支农资金、轻视投资效率”。如果农业投资效率始终不高，那么即使年度支农资金有大幅度增长，又有什么意义呢？发达国家的经验告诉我们，农业是一个行业属性极强的产业，其职能不适合分散于其他各个非农业部门。因此，农业的大部制改革，才是解决包括粮食安全、食品安全、农业增效、农民增收等问题在内的所有中国发展问题的根本。
1．过渡性政策建议
承认现实、强化协调，在保持稳定发展的基础上积极推进农业投资管理体制改革是我们当前最现实的政策目标选择。目前财政部、发改委、科技部、农业主管部门（农林水气等部门）都负有政府农业财政资金的管理职能，这是历史形成的，客观的态度就是承认现实，并适当加以改进。在现行行政体制框架下，农业投资管理应当坚持投资效率第一、兼顾部门公平的原则。各个部门之间是否需要协调以及怎样协调的问题应当以投资效率为基本的判断标准。在当前农业投资管理体制改革过程中，应当充分发挥科研咨询机构及审计监督等第三方力量的作用，尤其在当前部门利益矛盾比较突出的现实背景下，第三方力量的作用是农业投资效率的重要保证。
要改革财政涉农预算分配管理方式，统一预算内与预算外资金，科学划分财政涉农预算科目，把人员机构经费与建设发展支出严格分开。将人员机构经费等日常支出纳入财政统一管理，逐步将财政建设性资金纳入政府固定资产投资范畴统筹安排。按照“减少交叉、权责一致、强化协调、增强服务”的原则，调整和归并部门职能分工，切实改变目前支农投资多头管理的局面。
要尽快理顺农业投资管理的部门间职能和关系。要明确投资管理部门、财政管理部门、农业行业管理部门在涉农投资管理上的职责分工。发展和改革部门主要负责政府投资宏观管理，衔接行业间发展建设规划，提出政府年度投资总规模、结构和资金来源，编制年度财政性建设资金安排方案并报同级人民政府审批后组织实施，按照权限审批重大政府投资建设项目。农业部门主要是依据法律法规拟定行业发展规划和专项建设规划并监督实施。按规定权限承办农业投资项目建议书、可行性报告以及初步设计审批，负责农业固定资产投资计划管理以及农业固定资产投资财务管理工作，负责农业建设项目建设管理、竣工验收、后评价工作。财政部门主要按照固定资产投资计划办理各级投资项目的财政拨款，拟定基本建设财务管理制度，对投资项目的财政拨款使用效益进行分析、评价。
总之，要逐步形成两个层次的财政涉农投资管理的职能部门层面是当前最现实的政策调整目标。第一层次，即资金总的分配、管理原则及制度由财政部门和发改委部门负责。这样便于财政和发改委部门代表政府对涉农投资进行统一管理和统筹安排。第二层次，政府财政涉农资金的使用、安排、后续管理等分别由各行业主管部门负责。如果暂时做不到这一点，那么可以考虑设立一个政府农业和农村发展的协调议事机构，由政府领导担任协调人，负责协调包括资金安排使用在内的各项农业和农村发展事务。但这只能是临时的，需要逐步地向规范的方向迈进。
2．战略性改革方向与目标
行政管理体制改革是农业投资管理体制改革的前提和基础，非均衡的行政管理资源布局是当前包括农业投资管理等在内的诸多行业投资管理体制与体系混乱的根本原因。因此，从长远来看，加快行政管理体制改革，理顺中央与地方的关系，强调中央在农业投资事权与财权上的职能和执行力以及行业投资向大部委整合等则是政策选择的战略性改革方向和趋势。
第一，行政管理体制改革应当首先从中央与地方的范围和关系的调整入手，逐步建立新型、高效的中央与地方的关系模式。当前，中央与地方的关系主要是指中央与省的关系。但是，无论从人口意义还是从疆域意义上讲，我国的省都不是提供地方性公共物品和服务的最适当、最经济的规模单位。1994年的分税制改革并不彻底，它只是解决了财权划分，并未解决事权的合理划分问题，从而使县乡财政陷入了前所未有的困境，其根本原因就在于它是中央与以省为代表的地方进行的分税改革。因此，我们强调，行政体制改革应当首先从中央与地方的关系入手，中央政府应逐步强化各部委的垂直管理职能，同时虚化省的实体地位，实现省级政府的中央化，省的性质不是也不应该是纯粹的地方，它的性质是双重的，既是中央的分支或分块，又是地理范围最大的地方行政区。在农业投资及财税体制方面，要逐步实现中央和省重新合灶，建立中央、省与以县、市为代表的地方之间的新的中央与地方的关系模式。
第二，在中央和地方的农业投资事权和财权划分上，应当强调投资主体的职能和执行力，即要逐步形成垂直管理的农业行政管理体制。要逐步确立“谁投资、谁执行、谁负责”的事权、财权统一的农业投资管理体制。各级政府的财政农业投资要尽量由其垂直的部门执行和落实。当然，这是以行政管理体制改革为前提的。在以上研究的基础上，我们认为，以垂直管理为主的行政管理体制是确保农业投资管理责、权、利对等的根本所在。所以，根本上讲，国家农业部门垂直管理体制的确立才是理顺农业投资管理体制的关键。中央财政农业投资应当由中央农业行政主管部门的垂直管理体系具体执行、落实和负责，而不需要由地方政府代理执行，因为地方政府的自身利益必然产生过高的代理成本，甚至会使中央政策扭曲。
第三，逐步推进农业“大部制”改革，重构农业投资管理体制。“大部门体制”的提法源于党的十七大报告。报告称，加大机构整合力度，探索实行职能有机统一的“大部门体制”是行政体制改革和调整的方向。从形式上看，大部委制的实行似乎只是将职能相关的机构和部门合并，但它并不是简单的合并，而是将职能相近、业务雷同的部门整合在一起，使它们更好地对社会进行宏观管理，减少对经济的微观干预。它的实质是按照决策、执行、监督这三者相互协调、相互制约的原则来构建政府的组织结构。因此，在“大农业部”体制下获得新生的支农投资管理体制就可以有效避免当前的诸多矛盾和弊端，有利于形成透明的责权利对等体系。所以，中央各部门之间的农业投资权限应当逐步向大农业行业主管部门整合，这是提高农业投资效率的重要保障，也是改革的方向和目标所在。