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国内学术界曾经有相当部分学者提出以县为支点整合农业投资，并且推动了政策层面的整合试点。应当承认，支农资金整合是一项有益的尝试和探索，在集中财力办大事、防止重复建设等方面取得了一定的经验和效果。实际调研资料也显示，支农资金在县级政府层面上整合，可以一定程度上在县级层面实现统筹使用，缓解资金分散等问题，尤其是经济条件相对较好的地区整合效果更为明显。但总体而言，我们认为以县为单位的农业投资整合效率是缺乏制度保障的。
首先，以县为单位整合政府支农投资无法回避投资运行的低效率陷阱和投资方向的变相离农。
地方政府代表的是地方利益并更容易产生自己独立的利益（尤其在分税制以后），县级政府更是如此。在强大的地方利益面前，地方政府投资于农业尤其是农业基础设施的积极性不高，因为相比能够迅速带来GDP增长的第二、三产业等非农产业而言，投资农业的收益太少、回报率太低、周期太漫长。更何况当前政绩考核与评价体系主要是以经济增长目标为核心的，因此，无论从独立的地方利益还是地方领导的升迁利益等角度来看，地方政府都不可能把对农业的投资作为重点。由于同样的理由，我们相信，当把整合中央财政支农投资的权限交给县级地方政府时，在强大的地方利益面前，它们有足够的理由和技巧，通过投资方向变相离农等各种手段和方法使中央财政支农投资陷入低效率陷阱。关于财政分权对农业增长和支农服务的影响，2007年中国人民大学课题组进行了系统的实证研究。课题组对1978～2006年全国省级面板数据的计量经济分析显示，地方政府财权的扩大并不能激励它们增加支农投资，同样，县级财权的扩大也很难保证其对普惠的农业与农村基础建设投资的有效增长。
其次，在目前的行政体制下，以县为单位整合多渠道来源的支农投资难以操作。
来源于各个渠道的农业投资都有其特定的用途、规划、时限、目标和验收标准。在县一级层面上整合，既保证支农资金的高效率运转，又保证各项投资政策目标按计划实现是难以操作的。不仅因为工作量大，而且因为存在投资项目管理权限调整以后的利益再分配问题。仅就支农投资项目验收而言，不同来源渠道的投资项目验收的方式、标准和要求不一样，项目完成后，以什么标准验收以及怎么验收等都是在操作过程中要面临的实际问题。尽管各种渠道的支农投资最终都落实到县里去组织实施，但任何农业投资管理政策都会明确规定地方各级政府无权自行变更或调整中央支农投资项目及内容。如果允许地方政府自行整合中央支农投资项目，那么不仅将削弱中央支农投资审批的权威性，而且与国务院投资体制改革决定中关于严格管理政府投资的规定相抵触。
最后，政策资源的混合和政策行为的重叠使得各项支农投资政策评估无法进行。
政策评估是政策过程的一个重要环节。只有通过政策评估，人们才能够判断一项政策是否收到了预期效果，从而决定这项政策是应该继续、调整还是终结；同时，通过政策评估，还可以总结政策执行的经验教训。政策资源的混合和政策行为的重叠是政策评估最大的障碍。政策资源的混合指的是投入不同政策的资源彼此纠结在一起，分不清某项资源的支出究竟是哪一个政策，或者某项政策的总投入到底是多少。政策资源的混合使政策的成本难以核定，而其“纯效果”更是无从测定。政策行为的重叠指的是针对相同的或相似的政策问题和政策目标群体，不同的机构和部门都制定并执行各自的政策。各种不同的政策效果混杂在一起，很难将某项政策的实际效果从总体效果中区分出来。以县为单位的农业投资整合本质上就是人为政策资源的混合，其必然会产生政策行为和效果的重叠。因此，从政策科学的角度来看，以县为单位的农业投资整合，尤其是中央财政支农资金的整合最多也只能是权宜之计。
此外，县级整合资金的做法多是选择一个或几个大项目或区域，围绕这些项目和区域进行整合。而在将各种渠道的政府支农投资集中投向某些项目或区域时，虽然解决了投资分散问题，但往往又不可避免地存在受益辐射面太窄，大多数人并不能从中受益的现象，这在本质上加大了县域范围内的区域差距，有失公平。
因此，我们认为，以县域为单位进行的财政农业投资整合难以从根本上解决当前财政农业投资的深层矛盾和问题。