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自康熙八年（公元1669年）五月十六日，康熙帝玄烨捉拿处置了鳌拜、收回治国大权起，一连串的难题就摆在了他的面前。历经了明末清初长达几十年的战乱后，大量人丁或死或迁，致使土地荒废，诸业萧条，灾荒频繁，国、民俱贫。到了顺治末年，岁饷缺额竟达四百多万两。然而当时最让康熙帝困扰的难题，则是如何将三藩之事处理妥当。
三藩即明朝末年农民革命时期，投靠清政府的汉族大官僚构成的地方割据集团。他们联合清政府共同镇压了农民起义，由此被清政府分封为藩王，成为地方割据势力。吴三桂受封平西王，以云南为封地；耿仲明受封靖南王，以福建为封地，耿仲明父子接连去世后，耿仲明之孙耿精忠承袭了藩王爵位；尚可喜受封平南王，以广东为封地。三藩皆是倚仗镇压农民革命之功而起家的刽子手，也是清朝初年破坏国家统一的三方割据势力。
三藩之中最为穷凶极恶的一支势力当属吴三桂。明朝末年农民起义时，他为了避开农民起义的惩处，曾经向多尔衮写信求降“乞师”。于求降书中他提出了与清政府共同镇压农民革命的要求，并且愿意将“金帛子女”及“裂地以酬”作为交换条件。吴三桂受封藩王之后，凭借手里握有的权势，肆无忌惮地进行了一系列分裂割据活动。于政治及军事方面，他手握官吏的任免权，“吏、兵二部不得掣肘”（选用文武官吏，本是吏部和兵部的职权）。他借藩府的名义，指任“某为某守令，某为某参游”，即使吏部和兵部已经择定的人选，亦须遵照藩府指令重新选用。吴三桂推举指派的官员，称为“西选”，那个时候“西选之官，遍天下”。在水陆要地他也“遍植死党”，“各省提镇”亦“多其心腹”。其子吴应熊，乃清朝额驸（满语即公主的丈夫，也就是驸马的意思），也是他留在京城的线人。吴应熊“素凭势位”，“蓄养亡命”，“党羽甚多”，一旦朝廷中发生了重大事件，就“日夕飞报”传达给吴三桂。吴三桂藩属共有五十三位佐领，一万两千余名绿旗兵，及数万丁口。他招纳归降、叛乱之人，秘密培养死党，还“日练士马，利器械”，日夜操练叛乱军队。吴三桂“善持两端”，经常谎报军情。他谎称遭到蒙古入侵，待“朝廷调兵往”，又说“寇遁”，以此来试探清朝军队的实力。于经济方面，他握有独立的财政大权，“用财户部不得稽迟”（朝廷的财政大权本来该由户部掌管），每年只俸饷这一项，就达到了九百多万两白银。他借修筑河城之名，“广征关市、榷盐井、开矿鼓铸、潜积硝磺诸禁物”。还私自铸造钱币，从而进行经济上的掠夺，以加强自身割据势力的经济力量及增加为造反储备的军需物资。他还将南明桂王修建于五华山的旧帝宫作为自己的藩府，并且进行了扩建，“千门万户，极土木之盛”。在海中建造了一座名为近华浦的亭子，在西郊建了一座名为安阜园的园子，可谓穷奢极欲。吴三桂还附庸风雅，于安阜园中建了一座书屋，命名为“万卷楼”，诸家典籍“无一不备”。并且自夸说：“藩下子弟彬彬多文学之才”。他利用从百姓身上搜括来的钱财，拉拢文人，“善财结士”，“士人有一长，即收录无弃”，以此来“利诱士心”，让一些恬不知耻的文人甘愿为其奴仆，“人人得其死力”，为他的封建割据充当吹鼓手。于民族关系方面，吴三桂“构衅苗蛮”，压迫西南地区的少数民族，同时“强征各土司兵”来增强他的势力；又“重敛土司金帛”，“每年勒助饷金银，以皮盔为量”，挑起民族纷争，危害民族团结。吴三桂还和西藏地区互通茶、马，每年可以获得成千上万匹来自西域、蒙古的良马，用来装备他的叛乱武装。
吴三桂还到处树立为明尽忠的形象。南明的永历帝原本是被吴三桂勒死的，然而他又“使人伪为献骨”，替永历帝“卜地营陵”，还给永历帝之母修建陵寝。借助已逝亡灵，美化、促进他的封建割据。尤其是在直接由他掌控的地区更是竭力维持没落的奴隶制，对广大百姓实行残酷的压榨及剥削。他不仅“尽括沐氏旧庄七百顷为藩庄”，还将云南府辖下诸州县卫所的土地圈为己有。一些百姓被“驱往别境”谋求生路，一些则成了佃户。当时“平西勖庄綦布，管庄员役，尽属豺狼，杀人夺货，毫无畏忌”。他们常常“勒平民为余丁，不从，则曰：‘是我逃人也’”。同时还“诱人称贷，责重息，稍有毫发负”，或者“以逃人诬之”。吴三桂豢养的大小爪牙，全都“嗜利无耻，其术百出”。他们平日“冲道而行，甚且跳跃旋舞，故作狂态”，地方官也“俱不敢问”。吴三桂还利用各种途径增强个人的权势，他自己雕刻了所谓的“平蛮功绩”，同时“塑像于报国寺”，“期垂永久”。还将自己比作“金刚”。时人讥讽将自己比做泥塑金刚的吴三桂道：“金刚本是一团泥，张拳鼓掌把人欺。你说你是硬汉子，你敢同我洗澡去！”在统治云南的十几年中，吴三桂“位尊权重，收召人才，树立党羽”。一些官员对他的种种罪行早就心存不满了，比如御使郝浴、杨素蕴和庆阳知府傅宏烈等人都曾经上疏，纠劾吴三桂的罪行。但是因为当时政权还被鳌拜集团掌控着，他们非但没有查吴三桂的罪行，反而采取“怀之以德”的方法，将其加封为亲王，加速了吴三桂叛乱势力的成长。
剩下的两位藩王，也在不断壮大他们的割据势力。被封为平南王的尚可喜，由于年老体衰，素多疾病，大权便落在了长子尚之信的手里。尚之信不仅“私设盐商，据津口，立总店”，进行经济上的掠夺，“藩下所属私市私税，每税所获银两，不下数百万”；而且他“以酗虚横于粤”，其人凶残暴虐，嗜酒好杀，曾经毫无因由就用佩刀将侍从刺死解闷，还曾割取路人的肉用来喂狗。而靖南王耿精忠则“以税敛暴于闽”，处处“横征盐课”、“勒索银米”，百姓深受其扰。他的同党四处散播谣言：“天子分身火耳”，耿字拆开即火耳，它的意思就是说耿精忠应该做皇帝。
三位藩王“皆握重兵，渐制一方，累形跋扈”，并且“天下财富半耗于三藩”。藩王割据集团，严重威胁到了清王朝的统一。围绕该消灭或者维持三藩的割据势力，清政府内部发生了激烈的争论。
不愿意受尚之信挟持的尚可喜，于康熙十二年（公元1637年）三月，上奏朝廷自请回辽东“养老”，将他的儿子留下驻守广东。当时康熙已经亲政很多年了，并且扳倒了鳌拜集团。由于各个朝代藩镇得失的前车之鉴及三藩危害的经验教训，康熙帝早就做好了撤藩的决定。所以，当康熙帝阅毕尚可喜的奏疏，心中自然十分畅快。他当即批示，除了对尚可喜“自航海归诚，效力累朝，镇守粤东，宣劳岁久”的汗马功劳进行表彰外，尤其称赞了他回辽东养老的奏疏“情词恳切，具见恭谨，能知大体，朕心深为喜悦”。然而广东已经平定，其藩下所属官军眷属究竟作何安排，还应该经过议政王大臣和户部、兵部“确议后再定”。并让吏部按照“藩王见存，子无承袭”的条例，拒绝了尚可喜奏疏中让长子尚之信承爵的请求。议政王大臣等人则凭借尚之信留守广东，会导致其藩下官军父子兄弟及宗族不能团聚的理由，决议“粤省已经安定，似应将该藩家属兵丁，均应议迁。惟广东左右两营绿旗官兵，仍留该省，作何归并之处，交兵部另议”。之后，兵部做出了平南王尚可喜及其子迁移之后，其藩下旧有的绿旗官兵，依旧驻守广州府，由广东提督统领，所属官员升迁调任也遵照各省绿旗官员的规则进行办理的决定。这些决议和康熙帝的旨意完全相符，康熙帝欣然应允。随即他命尚可喜率领所有儿子及家眷和藩下所属十五佐领官兵，迁往辽东海城。路上所用钱粮等费用皆由户部提供。康熙帝又特意派遣了两名侍卫专门去广东宣读了圣旨，并且赏赐了貂皮帽、天马裘及四团龙挂腰带给尚可喜。
藩王的爵位被撤销，尚可喜不仅丢掉了手中的军权，而且失去了藩王的根基，原本想要个人退隐把藩地及爵位传给长子尚之信的谋算都落空了。这是尚可喜始料未及的。然而木已成舟，尚可喜也没有办法了。
尚可喜回辽东养老及康熙帝撤藩的决定在朝野上下迅速传开了，吴三桂、耿精忠接到消息之后，每日惶惶不安。他们两个从未有过尚可喜那样功成身退的打算。但是，严峻的现实已经出现在了他们的面前，应不应该和尚可喜一样奏请撤藩？如果不，清政府是绝不允许藩王维持下去的，等到清政府下了撤藩令，自己反倒被动了；如若自己上疏奏请撤藩，万一清廷应允，手中权力就将全部失去，这又是自己所不愿看到的，却也别无他法。最终靖南王耿精忠本着走一步看一步的想法。率先上奏自请撤藩，道：“臣袭爵二载，心恋帝阙，祗以海氛叵测，未敢遽议罢兵。近见平南王尚可喜乞归一疏，已奉谕旨，伏念臣部下官兵，南征二十余年，仰恳皇仁，撤回安插”。
吴三桂之子吴应熊在听到平南王尚可喜自请归老辽东时，就已经遣人向其父报信，此刻又听说耿精忠上疏奏请撤藩，急忙写信催促道：朝廷早已对藩王存有疑虑，现在尚可喜、耿精忠两藩都已经上了请求撤藩的奏疏，唯独平西王没有，这会加深朝廷的怀疑，请平西王紧急遣使持奏疏来京，或许能够打消朝廷对平西王的怀疑。吴三桂再三思忖后，觉得自己是云贵地区边防的“长城”，势力庞大，忖度清政府还不敢和他反目。如果自己上疏奏请撤藩或许能像其子吴应熊说的那样，打消朝廷对他的怀疑。然而他一直想要“世守藩封”，就像明朝的沐氏一样，“永踞滇中”。以前云、贵地区都是明朝的黔国公沐氏世代守护的旧地。从洪武十五年（公元1385年）开始，沐氏先祖沐英就被派往云南镇边。在沐英的治理之下，云贵地区一向太平，朱元璋非常信任沐英。在洪武二十五年（公元13955年），沐英去世之后，明朝廷将他追封为黔宁王，并且先后让其子沐春、沐晟承袭爵位，直到永乐三年（公元1405年）沐晟袭爵时，才被降为黔国公，自此之后，沐氏后人世世代代袭国公之爵，驻守云南，一直到永历帝时期的沐天波，总共延续了十二代。直到南明消亡，才终结了沐氏世代承爵、镇守云南的历史。清朝军队平定云贵地区后，时任经略的洪承畴也曾向清政府进言：“岩疆难靖，援明黔国公沐英世镇例，请（吴三桂）移藩久镇”，得到了清政府的应允。从此之后，吴三桂心心念念的就是成为清朝的“黔国公”，寄望于“朝廷挽留，如明沐英世守云南故事”。他让幕僚刘玄初写自请撤藩的奏疏时发生了一席生动的谈话。刘玄初道：“上思调王，特难启口，王疏朝上而夕调矣。彼二王辞者自辞，王永镇云南，胡为效之耶！不可。”吴三桂听到后，大怒道：“予疏即上，上必不敢调予，具疏所以释其疑也。”因此吴三桂怀着试探及侥幸之心，在康熙十二年七月三日，将请求撤藩的奏疏递给了康熙帝，他在奏疏中说：“臣驻镇滇省，臣下官兵家口，于康熙元年迁移，至康熙三年（1664年）迁完。虽家口到滇九岁，而臣身在岩疆，已十六年，念臣世受天恩，捐靡难保，惟期尽瘁藩篱，安敢遽请息肩。今闻平南王尚可喜有陈情之疏，已蒙恩鉴，准撤全藩，仰恃鸿慈，冒干天听，请撤安插。”此外，他还提出增赐土地“较世祖时所给锦州、宁远诸处倍广，俾安辑得所”。
吴三桂和耿精忠的上疏大同小异。一个道：“臣身在岩疆，已十六年”，为答“天恩”，惟望“尽瘁藩篱”，因而不敢“遽请息肩”。另一个道：“臣袭爵二载，心恋帝阙”，而且“臣部官兵，南征二十多年”，只因为“海氛叵测”，因此亦不敢“遽议罢兵”。他们上疏自请撤藩，皆是因为平南王尚可喜东归奏疏获得了康熙帝批准并被撤消全藩的事实。很明显，两位藩王的奏疏都表明了自己忠心护国，守卫疆土的“一片忠心”，不仅暗示了自请撤藩并非心甘情愿，而且对自己未能及早引退做出了解释，可谓煞费苦心。
吴三桂和耿精忠自请撤藩的奏疏，为康熙帝提供了彻底解决三藩问题的方法。康熙想要利用尽可能多的人力和物力，迅速、妥帖地将三藩安插好，以便早日将三藩手里掌握的兵权收归己有，从而实现撤藩的目标。
然而，当康熙帝把吴三桂请撤安插的奏疏交付大臣商议时，朝堂之上随即爆发了一场激烈的争论。以图海为首的多数官员主张，“滇、黔苗蛮反侧，若徙藩必遣禁旅驻防，劳费，不如勿徙”。只有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛和苏拜、塞克德等少数几位大臣主张，苗蛮之地既然已经平定，吴三桂若仍然驻守云南就不适宜了，应当应允他的奏疏，“力主徙藩”。康熙又让议政王、贝勒和大臣们商议，议政王大臣诸会议依旧分成了两种意见：一些人主张平西王吴三桂自请撤藩，应该把平西王及其所属官军家眷，皆迁到山海关之外，斟酌安排；云南地区有土司苗蛮混居的地方，不能有一时一刻放松防御，应该调满洲官军前往暂时戍守，等戍守官军到了，该藩才可以动身；另一些人则主张自吴三桂驻守云南地区以来，局势安定，并无乱事，如果把他迁走，就必须派兵戍守，军队往返和平西王迁徙，途经之地，官驿百姓皆受苦累，而且前往戍守的官兵，只是暂住，许会扰乱地方，也未可知。应该依旧让吴三桂驻守云南。康熙早就想要撤藩了，他担心“三藩俱握兵柄，日久滋蔓，驯致不测”；而且“三桂子、精忠诸弟皆宿卫京师，谅无能为变”。因此才果断下达撤藩令。至于议政王大臣会议，他作了以下批复：“吴三桂请撤安插，所奏情词恳切。著王率领所属官兵家口，俱行搬移前来，其满洲官兵不必遣发，如有用满兵之处，该藩于起行时，另行奏请，然后遣发。俟官兵到后，王来亦不至迟误。余依议”。随即康熙帝就开始安排迁藩诸事。他先后向兵部、吏部和户部下达指令，督促他们处理好三藩搬移的善后事宜。他向兵部下达了谕令：只要是和迁藩有关的地方应行事务和兵马机宜，“必筹划周详”。此外，“应各遣大臣一员前往，会同该藩及总督、巡抚、提督商榷，究竟作何布置官兵防守地方，如何照管该藩起行，以及应差官员职名等，均应一一开列具奏”。又向吏部和兵部下达谕令：云南地处边远，撤消藩王之后，应该专门设立一位云南总督，一位提督，令其专门处理云南诸事，吏部和兵部应“速议具奏”。并向户部下达指令：凡是三藩和所属官军家眷安插的地方，“所需房屋田地等项，应预为料理，务令到日，即有宁居，以副朕体恤迁移至意”。然后，康熙帝派户部侍郎达都前去，和盛京户部侍郎及奉天府府尹等人一同勘察安插三藩之地，并且下达了以下旨意：凡是贫穷百姓及劳苦之人开恳的田地和修建的房屋、当地驻守官军所属土地及房屋一律禁止察看。除了这些之外，只要是开垦的田地、皇庄、马厂、诸王及大臣、侍卫等所属田庄屋舍、闲置之地，都要彻底勘查。以上所述房屋田地，经过勘察后，若是不足以安插三藩，可以从邻近地区，直到山海关九门边墙以里，自行斟酌勘察，还不足，应该到别处边墙之外勘察。勘察后，应该及早向他奏报结果。
同时，康熙特意派遣礼部左侍郎管右侍郎事折尔肯和翰林院学士兼礼部侍郎傅达礼前往云南；户部尚书梁清标前往广东；吏部右侍郎陈一炳前往福建，料理三藩迁移诸事。他差侍卫向福建总督范承谟传达谕令：“福建边疆重地，海氛未靖，尔其益加勉励，副朕委任”。并且在惯常的赏赐之外，额外赏赐了衣帽和一匹内厩鞍马，以此表达自己对范承谟的信任及对福建地区的看重。又特意差侍卫把自己佩带的一口宝刀和良马各一匹送给前去云南处理撤藩事宜的折尔肯、傅达礼，表明自己对他们寄托的厚望，令二人携带他的亲笔手诏，前往吴三桂处传达谕令。
诏书中赞扬吴三桂：“夙笃忠贞，克摅猷略，宣劳戮力，镇守岩疆，释朕南顾之忧，其功懋焉！”对吴三桂的功劳及忠诚给予了高度评价。诏书也体现了康熙撤消藩王的旨意及措施，并指明：自古以来君王平定天下，没有不是依仗军队及武将之力的，一旦四海平定，“必振旅班师，休息士卒”，让封疆重臣，能够“优游颐养，赏延奕世，宠固山河”，这是各代朝廷的“盛典”。现在平西王“年齿已高，师徒暴露，久驻遐荒，眷怀良切”，再加上云贵地区也已经平定，平西王又上奏恳请“搬移安插”，因此特意加以皇恩，“允王所请”。最后向平西王下达谕令命其率领藩下官军，“趣装北来”。如此一来，不仅能够“慰朕眷注，庶几旦夕觐止，君臣偕乐”，也可以让平西王的荣誉及爵位世代沿袭下去，“永葆无疆之休。”至于撤藩迁移诸事，已经命令有关的地方政府妥善安排，以确保平西王抵达时，“必有宁宇”。
之后，康熙帝又特意派遣户部郎中席兰泰、兵部郎中党务礼和户部员外郎萨穆哈，前去贵州处理撤藩迁移需要的夫役、船只、人马及粮草等相关事宜。通令相关地方，只要是藩王迁移所经水路，必须随时提供船只，不得拖延迟误。并向相关各处下达了告令，令其在迁移时，不许扰民。
康熙对撤藩事宜的部署称得上细致周详。他的确做出了在撤藩搬迁中最大限度地供应人力、物力的准备，竭力满足三藩的生活要求。面对吴三桂在“赐拨安插地方”上提出的比顺治帝“所拨关外至锦州一带区处更加增廓”的要求，康熙当即批准：“王所属官兵家口，迁移远来，自应安插得所，俾有宁居，以副朕怀，此所请增偿地方，著速议具奏”。而三藩迁移需要的人力和物力都是非常庞大的。例如福建总督范承谟安排耿藩迁移，在《闽中纪略》中有记载，靖南王上奏报称迁移人口大约达十三万五千人，经过核查削减，将虚报或冒称的人以及不愿随之北迁的闽人都去掉后，还剩下十一万多人。迁移需要的载人载货的船只，翻越山岭所需兜桥，和扛抬夫役等，所需达至四、五十万。如此庞大的人力、物力以及巨额花费，不只相关地方没办法在一时之间筹措，而且沿途经过的地方，如果想要暂停休息，也找不到足以容纳所有人、物的场所。不难想象，彼时单单藩王迁移的搬运工作就非常艰难而繁重了。因此范承谟从到任福建总督开始，就着手处理迁藩工作。他每天都忙于咨报邻省、檄行下属，千方百计筹集水陆搬运所需费用，除了公函，还有私信。然而随吴三桂迁移的官军及家眷的人数远比耿藩多得多，耗费的人力、物力也更加庞大。
私底下，相关省份的都督、巡抚还担忧迁藩会导致变故。湖广总督蔡毓荣很早就给范承谟发过公文，告诉他平西王打算在春初开始搬迁，日夜筹谋，忖度三藩众人，会在仪扬两地之间会合，到那时地方上必定会有变故。
正在清政府忙于迁藩之事时，吴、耿两位藩王尤其是吴三桂正在密谋叛乱，一场耗时长久的三藩之乱终究还是无法避免了。
康熙帝刚一下达撤藩令，“全藩震动”，平西王吴三桂则“愕然气阻”，立刻瘫倒在座，目瞪口呆。他以为仗着自己的卓越功绩以及雄厚的武装力量，只要他自己上报奏请“撤藩安插”，向清廷展示一下为国尽忠、并无二心的形象，就能够打消清政府对自己的怀疑，博得康熙帝的信赖，让他永远镇守云南，世代承袭爵位和封地。他未想到，康熙帝竟然会批准他的奏疏，导致最终弄巧成拙。
吴三桂从极度的悲愤及无措中渐渐恢复过来，他深刻地感受到了自己已经到了生死关头，残酷的事实让他不得不立即给出答复：或者遵从康熙帝的旨意，撤藩迁徙；或者抗旨叛乱，决一死战。他清楚，兵权和军队是他所有权势、地位、荣誉及财富的支撑。他一生从军作战，奋杀疆场，靠着紧握兵权及率领劲旅，消灭农民起义军及桂王没落政权，才爬上藩王的尊位，才能有云贵这块藩王封地。他为了避免落得“藏弓烹狗”的结局，想尽办法，利用各种手段，进行自我保护，同时从政治、经济、军事及文化等各个方面，来使自己的王国更加稳固，保障自己已经得到的利益。撤消藩王实际上就剥夺了他的军权，夺走了他苦心经营的云南这一封地上的所有。他更加担心如果失去了全部权力，他将不得不听任清政府的摆布，前途未明。这条道路吴三桂是无论如何都不愿意选择的。拥兵谋反虽然有风险，不过他“自负才武不世出”；而且云南之地的形势，“南扼黔粤，西控秦陇，财用富饶，兵革坚利”；他麾下的亲兵和西迤的强将健卒，皆是自孙可望、李定国及张献忠等部归降的久经沙场的精锐部队，他们对自己忠心不二，而且“素得其死力”；平日里，自己更是“治军整严，号令肃然，屯守攻战之宜，无不毕具”。他培植的党羽遍及各个省份，比如云南十镇大帅、时任贵州提督的李本深、时任四川总兵的吴之茂、时任陕西提督的王辅臣等人，都是他信重之人，只要他反叛清政府，其麾下皆会附从。清政府呢？开国的老将军大多相继离世，康熙帝尚且年轻，区区黄口小儿，不足为虑。其子吴应熊虽然在京城，不过他“自恃角距已成”，吴应熊又和公主成婚不久，“朝廷必不杀，以为之招”。他越想越认为自己稳操胜券，因此走上了叛乱之路。
吴三桂身边的重要人物，比如时任左都统的吴应麒、时任右都统的吴国贵、时任副都统的高得捷、女婿夏国相及胡国柱等，亦皆心怀愤懑。他们跟在吴三桂身边，人人都拥有了权力、地位、田地、房舍、家仆以及一大群家眷，现在如果撤消了藩号，从云南这一安乐之地，搬到偏僻的辽东，去重建家园，可不是一件容易的事！他们都对三桂说：“王威望兵势举世第一，戎衣一举，天下震动”。只要想办法让世子吴应熊、世孙吴世霖离开京城、返回云南，就可以和清朝“划地讲和”，此即“汉高祖（刘邦）分羹之计也”。一旦迁到辽东，“它日朝廷吹毛求疵”，我们将不得不“引颈受戮！不如举兵，父子可保全。”这些话正合吴三桂的心意。
即便这样，吴三桂还是有些犹疑不决。他向谋士方光琛请教。方光琛擅长下棋、作诗，好游说，富有谋略，他将自己比作管仲和诸葛亮，是吴三桂的世交好友。其父是吴三桂在总督蓟辽时的老上司，当时被吴三桂聘为他的孙子吴世璠的老师。平日里二人经常谈文论武，议论世事，两人交情很深。吴三桂对他非常看重。吴三桂第一天登门拜访方光琛时，稍稍对方光琛透露了自己想要谋逆的想法，方光琛没有说话。第二天吴三桂再次登门向方光琛表明了谋逆的打算，向方光琛征求意见，方光琛还是一言不发。第三天，天刚亮，吴三桂就到了方府，方光琛还未起床，吴三桂在其床边坐下，压低声音又非常焦急地向他提及谋逆之事，方光琛知道吴三桂已经下定了谋逆的决心，于是起床谈论当下形势，告诉吴三桂自己的意见，点明“闽、粤、楚、豫、秦、蜀，传谕可定状，余战胜攻取，如指之掌”，“三桂跃然”。接下来吴三桂封方光琛做了学士中书，专门负责出谋划策。
然后吴三桂遣亲信把守云南各个关隘。只要是过往的车马和行人，只可以进，不可以出，严密封锁以防走漏消息。他明着听从圣旨，让人带着二迤勋庄的庄民于归化寺前迎接清廷使臣折尔肯一众，还假装向折尔肯一众请示动身的日期，同时让云南知府高显辰前往交水置办搬迁需要的人夫车马及刍粮。私底下却挑唆藩下让庄民们请求折尔肯，让自己接着驻守此地，并且凭着各种借口一而再再而三地推迟出行日期。
为了能使谋逆活动顺利展开，吴三桂多方面挑拨藩下官兵。他特意摆下宴席，宴请各位将军。等到酒过三巡，三桂缓缓站起来，环视四周，深深叹了一口气，接着含悲带怒地说道：“老夫和各位并肩作战已经快三十年了，现在海晏河清，我们这些人都没有用了。眼下皇帝决定让我们迁到远处，今天当和各位喝个尽兴，好好叙一叙，不知道他日还有没有见面的机会！”说完后，泪如雨下。前来赴宴的都统及佐领官员都已经跟随吴三桂很久了，皆是他视作臂膀、心腹的亲信之人。他们和吴三桂一同，已经在云南这一封地上扎下了根，吴三桂的权力和地位与他们自身的利益息息相关，可谓一荣俱荣、一损俱损。自从撤藩令下达后，他们也是惴惴不安，惶恐失措。这时看到这样的情景，不由得泪流满面，宴席上一片寂静，只有一阵泣声。一时间诸人满怀悲愤，突然起身，向吴三桂说道：愿意听从吴王的旨令，约下日期一同造反。吴三桂心中喜不自胜。
用何名义举兵造反呢？吴三桂的一位谋士刘茂暇提出：离明朝灭亡还没有多长时间，人们心里念旧，适合拥立明朝皇室后人，以他的名号进行东征，这样一来，旧朝的文臣武将，人人皆愿充当前驱。然而精明老练的方光琛却觉得之前吴三桂因为兵力不够充足，去关外求援，人们还可以加以谅解，之后明朝永历帝逃入缅甸，吴三桂穷追不舍，最后捉到并杀了他，这就难以让天下之人理解、原谅了。当下以吴三桂的兵力来说，复立明朝廷是轻而易举的事，但是却不知道吴三桂果能否和超凡脱俗的赤松子一样，功成身退，遨游天下？或者由于情势所迫，吴三桂难以善始善终遵守臣子的本分，于蓖子坡上勒杀永历帝之事，只能做一次，难不成还要做第二次吗？吴三桂听毕，胆战心惊。他遵从了方光琛的主张，决意以自己的名号举兵谋反。
但是吴三桂非常清楚，他要反了清政府，就必须打着复明的大旗，以此激起汉族官军及广大汉族百姓中潜藏的民族感情，将他们拉到反对满清统治者的运动中。在宴请过众位将领后，吴三桂亲自去了教场，在众位将领面前，用非常悲愤的口气，极具煽动性的言辞，说道：“动身的日期紧迫，我们是免不了要受到朝廷的严谴了。这几日钦差多次催促逼迫，让各位立刻搬迁，否则，各位难逃钦差的侮辱。”刚一说完，众位将军愤慨地回应道：“迁移就迁移！为什么一定要催逼？”吴三桂加紧挑动道：“朝廷之令，的确不能延期的，各位都已经在云南安家立业，有了安富尊荣的立身之地，望各位仔细想一想，这些都是怎么得来的？”众位将领不约而同道：“皆是吴王的洪福！”吴三桂连忙摇了摇手，果断说道：“并非如此！”众位将领随之改口：“皆是皇帝的恩德。”吴三桂非常严肃而狡滑地回应说：“对！但是也并非完全如此。从前我受前朝（即明朝）的无上恩德，于东疆待罪，正好赶上李闯王叛乱，为了护卫京师，难以两全，不得不向满清求援，好为君父报仇，接着平定云南，才得以在这里栖身。眼下的富贵皆是明朝恩德的余荫啊！先帝（即永历帝）的陵寝还在，如果我们迁走，难道能不和先帝告别吗？”因此占卜吉日拜谒先帝陵，提前约好日期再次会集众将，并且叮嘱他们在动身之前，于永历帝的陵墓前举行向永历帝告别的仪式。在结尾时，他朝着众位将领，摆出一副前朝遗臣的忠心耿耿的姿态，用手指向自己的头，然后问：“我前朝可有如此的帽吗？”又指向身上穿着的衣服问：“我前朝可有如此的衣服吗？”紧接着他宣布，前朝的老臣们一定会穿着前朝的衣服、戴着前朝的帽子，来祭拜先帝，各位也必须做好改变装束的准备，应该穿戴着前朝的衣服和帽子相见。众位将领同声答应。然后传令三军，定于十一月十八日动身，同时通知清廷使臣让他们先出发。
等到了启程的这一日，众将都穿着汉族官服，集合在永历帝陵前。吴三桂改穿方巾、素服，以酒浇地高呼三声，拜了两拜，一时之间悲从中来。他心中暗想，自从自己投靠清政府后平定内乱，在缅甸追捕擒拿永历帝，征战一生，功绩卓越，一心希望能够永远镇守云南，最后却被撤消藩爵勒令迁移，手中权、利尽皆失去，同时自己却再也摆脱不了汉奸的身份，全家三、四十口人又都死于农民起义军之手。颁布了撤藩令后，使臣巡抚倚仗谕令的威权，多次催促，逼迫自己离开云南动身东迁，甚至巡抚朱国治还当着他的面大声斥责，说：“不想搬迁，三大人自己回去复旨”，言语盛气凌人。当下，他手中还握着藩权，就受到下属官员这样的侮辱，如果没有了权力，到了北京，被廷尉所获，还如何会有生路？他越是这样想便越是悲愤，不由得痛哭失声，伏在地上不能起身。三军一同哭泣，声音响如雷霆。如此，在三军之中，不自觉地涌起了一阵反对清政府的情绪。
即将启程时，吴三桂向麾下将士下达命令，于郊外进行阅兵仪式。突然间，鼓角齐鸣，队伍整肃，军容凛然。吴三桂披上盔甲翻身上马，高扬马鞭驰骋于军中，接连射出三箭，每一箭都射中了靶心。两旁罗列着长枪、短戈、利剑、宝戟。吴三桂每骑马驰骋一回，就从马上接取一件兵器，接连舞弄，风驰电掣，展现自己老而益壮，武功体力都不逊当年的气势，借此振奋军心。
到了十一月二十一日这一天，吴三桂下令前队先动身前行，自己带领大军后行。这一日阳光晦暗，刺骨的寒风卷起了一层层的尘土。吴三桂的女婿吴国柱带领藩府的兵弁，“裹甲露刀，矢在弦，马塞道”，充满杀气的恐怖气氛笼罩了整个云南省城的上空。忽然，吴国柱发布紧急命令让藩兵迅速包围巡抚的官署，巡抚朱国治措手不及，被藩兵抓了个正着。吴国柱当即于市上将他剐了，带着他的首级去拜见吴三桂。吴三桂装出十分难过的样子，用头碰地，十分着急地说：“你们杀我！你们杀我！我三百口人至死不回头！你们也必定遭受灭族之罪！”众将听毕高声喊道：“反了！反了！”到了此时吴三桂心中暗喜。吴三桂的妻子张氏听说变故，一边哭一边骂女婿和侄子等人：“朝廷哪里对不起你们了？你们竟然做出这样谋反的举动！”吴三桂赶紧让郭壮图把张氏扶到帐中。
实际上，在吴三桂还未拥兵造反之前，云南府的同知刘昆就已经从一个姓毕的清军厅吏之子铸工那里，知道了吴三桂已经在铸造“天下都讨兵马大元帅”之印的消息。刘昆随即把这一消息传达给了朱国治，向朱国治建议道：“事情紧急，快和折宗伯（即折尔肯）商量，马上上奏朝廷请求宽限启行日期，好争取吴三桂谋反的缓冲时间；同时马上派遣重兵把守川西、镇远及常德等地，把吴三桂的兵压挤到山里，让他们不能出谷。羁押猛虎即使会有无法预测的祸事，却也不难制服。”然而朱国治不听他的计谋，最终被残忍杀害。
接下来，吴三桂一边派人软禁了折尔肯及萨达礼两位使臣，并速派飞骑赶赴交水，迅速俘获了当时正负责筹集迁藩所用物资的高显辰。一边让兵将留起头发，更换衣帽，并将旗帜全部换成白色，步兵和骑兵也全部用白毡做帽，又用朱国治的首级祭过旗纛，他将自己称为“天下都讨兵马大元帅”。底下分设金吾前、后、左、右四将军，再往下按顺序设置了左右、两翼将军、骁骑前、后及左、右将军，还有奋威、从威、亲威、建威、广武及勇略等将军，连同各路总管征朔、讨朔、复朔、灭朔、殄朔、破朔、剿朔、靖朔等八大将军。将郭壮图封为留守云南路总管将军，负责查点及管理云南府所属印信，并催征银两以充军饷，将胡国柱封为金吾左将军，夏国相封为金吾右将军，吴国贵封为金吾前将军，吴应麒封为金吾后将军，马宝封为铁骑总管将军。又命令剩下的四镇十营总兵高起隆、刘之复、张足法、王会及王屏藩等人皆挂将军印随军出征。另外，又将方光琛封为吏曹、来度封为户曹、钱点封为礼曹、韩大任封为兵曹、冯鋟封为刑曹、吕腇子封为工曹、郭昌封为云南巡抚。又派人携带信札前往黔、蜀、楚及秦等地，暗中联合同党和旧部，并且分别给耿精忠、尚之信及台湾的郑成功写信，想要策反他们。紧接着，又下发了一道伐清檄文，呼吁天下各路人马起兵回应，檄文的内容是：
原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大师兴明讨虏大将军吴，檄告天下文武官吏军民人等知悉：
本镇叨明朝世爵，统镇山海关。一时李逆倡乱，聚贼百万，横行天下。旋寇京师，痛哉毅皇烈后之崩摧，惨矣！东宫定藩之颠踣，文武瓦解，六宫恣乱，宗庙瞬息丘墟，生灵流离涂炭，臣民侧目，莫可谁何。普天之下，竟无仗义兴师，勤王讨贼，伤哉！国运夫曷可言？
本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声，不得已歃血订盟，许虏藩封，暂借夷兵十万，身为前驱，斩将入关，李贼逃遁，痛心君父，重仇冤不共戴，誓必亲擒贼帅，斩首太庙，以谢先帝之灵。幸而贼遁兵消，渠魁授首，正欲择立嗣君，更承宗社封藩，割地以谢夷人，不意狡虏遂再逆天背盟，乘我内虚雄踞燕都，窃我先朝神器，变我中国冠裳，方知拒虎进狼之非，莫挽抱薪救火之误，本镇刺心呕血，追悔无及。将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周、田二皇亲，密令太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，寄命托孤，宗社是赖。故饮泣隐忍，未敢轻举，以故避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听漏，束马瞻星，磨砺竞惕者，盖三十年矣！
兹彼夷君无道，奸邪高涨，道义之儒，悉处下僚，斗筲之辈，咸居显职。君昏臣暗，吏酷官贪，水惨山悲，妇号子泣。以至彗星流陨，天怨于上；山崩土震，地怨于下；鬻官卖爵，仕怨于朝；苟政横征，民怨于乡；关税重征，商怨于涂；徭役频兴，工怨于肆。
本镇仰观俯察，正当伐暴救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共勷义举，卜取甲寅年正月元旦寅刻，推奉三太子，郊天祭地，恭登大宝，建元周启，檄示布闻，告庙兴师，刻期进发，移会总统兵马上将耿（精忠）、招讨大将军总统世子郑（经），调集水陆官兵三百六十万员直捣燕山。长驱潞水，出铜驼于荆棘，奠玉灼于金汤。义旗一举，响应万方，大快臣民之心，共雪天人之愤。振我神武、剪彼嚣氛，宏启中兴之略，踊跃风雷，建划万全之策，啸歌雨露。倘能洞悉时宜，望风归顺，则草木不损，鸡犬无惊；敢有背顺从逆，恋目前之私恩，忘中原之故主，据险扼隘，抗我王师，即督铁骑，亲征蹈巢覆穴，老稚不留，男女皆诛；若有生儒精谙兵法，奋拔岩谷，不妨献策军前，以佐股肱，自当量材优擢，无靳高爵厚封；其各省官员，果有洁己爱民、清廉素著者，仍单仕；所催征粮谷，封贮仓库，印信册籍，赉解军前。其有未尽事，宜另须条约，各宜禀遵告诫，毋致血染刀头，本镇幸甚！天下幸甚！
显而易见，檄文意在为引清军入关的吴三桂开脱罪名，竭力强调他在“李逆倡乱”，明朝已经土崩瓦解，“普天之下，竟无仗义兴师、勤王讨‘贼’”，而他又身处“矢尽兵穷”的困境之下，不得不向清廷求援，最后取得“‘贼’遁兵消”、“渠魁授首”、替明朝皇帝报仇雪恨的功绩。通过这些来表明吴三桂引清军入关是万般无奈之举。
檄文着重指出之所以会出现清兵占据燕京，称帝中原的局面，皆是因为清廷“逆天背盟”。其实吴三桂曾经以裂土分封这一条件和清兵结成同盟，一起对抗李“逆”。在消灭李“逆”后，吴三桂正要分割土地来酬谢清兵，清兵却趁虚而入，窃获了明朝的政权。以此证明清朝皇帝乃窃国之贼，相反，吴三桂仅仅只是犯了“拒虎迎狼，抱薪救火”的错。
为了挑起百姓对清政府的敌对情绪，檄文竭力渲染清廷统治失道，导致天怨、地怨、仕怨、民怨、商怨、工怨，进而宣称他反抗清政府乃是“伐暴救民”、“顺天应人”、为百姓讨回正义的举动。檄文中更是胡诌“推奉先皇三太子恭登大位”，建立年号为周启，并将“剪彼嚣氛”、“宏启中兴”做为宗旨，用这些欺骗的手段来获取广大汉族百姓的信任。
虽然檄文穷尽含蓄、慷慨之辞，竭力宣扬吴三桂对明朝廷的忠心耿耿，然而，是“留发不留头”还是“留头不留发”，是那个时候反清还是降清最显著的标志。吴三桂答应剃去头发更换服装，担任了清廷马前卒的角色，在最终消灭农民起义军及平定南方反清复明势力的过程中，不遗余力，所以在他的平西王的贵冠之上，闪耀着的不是民族英雄的光芒，而是农民革命军及汉族百姓的斑斑血迹。无可置疑，吴三桂背叛明朝廷谋反清政府的一系列行为，已经给广大汉族百姓留下了深刻的印象，无论是何谎言都难以磨灭这已有的印象。即使檄文上杜撰了吴三桂躬奉实际上并不存在的“先皇三太子”作为倡导反清复明的旗帜，他力图登上帝位的所有谋划，最后都白费了的。以本质上来看，檄文毫无力度。
但是，檄文在挑动满汉两族之间的矛盾上仍旧有着一定的影响。特别是国内时局尚未稳定、清政府又毫无防备的情景下，吴三桂反清的消息一经传出，“天下骚动，伪檄一传，万方响应”。
吴三桂谋反之后，各个地方的党羽相继响应。短短几月，谋反势力“掠地陷城，连山接海”，六省尽皆失陷。其余两位藩王也先后造反，谋反的气焰非常嚣张。地方上告叛变的消息，纷纷被送到京城，清朝廷上下俱惊。一些大臣心惊胆战，“一闻变乱，即遣妻子回原籍”，打算逃跑。一些大臣则趁机“占人田土，受人贿赂”，浑水摸鱼。朝中不赞同撤藩的大臣，更是趁机“退而非毁，谓因迁移所致”，建议“诛诸臣之建议撤藩者”，“以谢叛逆”。将导致谋反的罪责全部推到了赞同撤藩的各位大臣身上。一时之间朝堂内外乱成一团，各方势力大显其能，严重威胁到了康熙帝一统天下的意旨。这个时候，不过弱冠之年的康熙帝，处变不惊，坚持道：“朕自少时，见三藩势焰日炽，不可不撤。”三藩之乱是“吏治不能剔厘所致”，并非偶然之事。所以，无论如何也“不蹈汉诛晁错之辙”，把罪责推到赞同撤藩的朝臣身上。若是“有错误，朕亦自任”。同时指出，三藩之乱，乃“撤亦反，不撤亦反”，做出了遣兵平叛的决定。康熙帝坚定的态度，击退了主张维持三藩的朝臣们的奋力反攻。之后在以哪种方式或者派何种军队前去征缴的问题上，主张维持三藩的人又寻隙钻营，理学家魏像枢主张，三藩之乱，仅仅是“乌合之众，何须发兵”，以“文德”“抚之自定”。又提出，如果逆贼攻来，到时再出兵反击，能够“以逸待劳”。也有一些人将“军需浩繁”做为借口，建议“宜就近调兵御守”，无需遣兵征缴。这些建议表面来看是因为盲目轻敌，其实，是想继续维持三藩割据集团，阻碍对叛军的征缴。少数主张撤藩的朝臣依仗康熙帝的支持，一边继续和主张维持三藩的朝臣做斗争，一边仔细估算了叛军的力量，主张：“贼势猖獗，非绿旗兵所能制”，应该以“八旗劲旅会剿”。“军需内外协济，足支十年，可无他虑”。这些建议，使康熙帝平定叛乱的决心更加坚定了。
康熙帝决心遣重兵平叛，并采用以叛军之首吴三桂为重要打击对象的战略。他点明：“贼巨乃三桂也，三桂灭，则诸贼自散。”那个时候，吴三桂所率叛军主要有两条进攻路线：一、攻打长沙，劫掠湖广、江西等地，和另外两位藩王的势力连为一体，占领江南。二、攻打四川、陕西侵逼京城。参考这样的情形，康熙帝亲自调派军将，进行战略部署。并且点明，“荆州（今湖北江陵）乃咽喉要地，关系最重”。所以，先遣前锋统领硕岱率领大军驻守荆州，“以固军民之心”，之后再进一步占领常德（即现在的湖南常德市）“以遏贼势”。令都统珠满率领大军镇守岳州（即现在的湖南岳阳），准备抵挡还击向东劫掠湖广地区的叛军。之后遣兵驻守江西，以阻断三藩合军之路。令西安将军瓦尔喀率领骑兵疾速赶赴四川，把自云南进入四川的“险隘之地，俱行监守”，阻断叛军进入四川的道路。同时配合平叛大军的需要伺机进攻征剿。令都统席卜臣任镇西将军率领大军驻守西安，以便“接应进川大兵”，阻断叛军入侵西北之路。康熙帝又点明，山东兖州临近江南、江西及湖广，山西太原临近陕西及四川，这两个地方都是东西要道，所以遣重兵“秣马以待”。一旦川、楚两地有变，就“即时调遣”进行增援。另外，比如汉中（即现在的陕西汉中市）、安庆（即现在的安徽安庆市）、郧阳（即现在的湖北郧县）、汝宁（即现在的河南汝南）和南昌（即现在的江西南昌市）等各处要冲，一律遣重兵驻扎镇守，随时准备增援在前线征战的部队。若是湖北危急，就由安庆派兵支援，令河南的驻兵驻守安庆，然后调遣他处兵马驻守河南；若是四川危急，就由西安遣兵支援，令太原之兵驻守西安，然后调遣他处兵马驻守西安；若是福建危急，就由江宁（即现在的南京市）、江西两地出兵支援，令兖州之兵驻守江宁，然后调遣他处军队驻守兖州。康熙帝封顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统领众将，率领大军从湖南出发进兵征剿云贵地区的叛军。康熙于调遣军将的同时，还严令三军：命众位领兵的将领，应当“恩威公溥，无间亲疏，严饬哨探，申明法纪，速成破贼之功”。并且点明，“行军之道，惟得民心为要”，沿途各地“严禁军士侵扰百姓”，“兵丁扰民者罪之”。康熙帝还赋予了征剿大军的指挥官一定的权力，他说道：军队“在千里之外，军事曲折，岂可逆料”，难以非常详细地“遥为一一指示”。身为指挥官，应该“集众议”，“相机以行”。各方大军应当“互相关白”，良好配合。以便充分发挥诸将平叛的积极性及主动性。另外，康熙帝还向兵部下达谕令，沿路每四百里设一站，以传递军情。所以，平叛前线的情况，康熙帝皆能很快知道。康熙帝在京城，每天接收“军报三、四百疏”，都是“手批口谕”，坐镇京师运筹帷幄。在平叛一事上，康熙帝除了使用武力镇压外，还采取了积极有效的政治措施，从而分裂叛军，使少数的顽固分子变得孤立。他在发布的征讨吴三桂檄文中，率先罗列其罪名：“中怀狙诈，宠极生骄，阴图不规”，“横行凶逆，涂炭生灵，理法难容”。然后宣布剥夺吴三桂的所有官职和爵位，遣大军征剿捉捕，“务尽根株”，将谋反势力消灭殆尽。至于随吴三桂一同谋反的各位文官武吏，则在檄文内点明，一些“迫于不得已而附从”的人，或者“为奸计讹言摇惑，无知而附从者”，这些人若是“能自悔前罪，或献城池、或率兵卒、或斩逆贼头目”归降者，“俱行免罪，给以原官”。至于叛军里“愚顽武弁，执迷不悟，助恶不悛”之顽固分子，“其部下之士”，“或擒斩逆渠、或约献城池、或率领党类来投，俱从优议叙，受官给赏”。并且下令，“有能擒斩吴三桂投献军前者，即以其爵爵之”。至于叛军在京城担任官职或者居住的亲戚家属，亦根据各自情况，加以不同待遇。至于吴三桂之子吴应熊和同他一起留在京城的人，暂时拘禁起来（吴应熊后来被杀）。至于吴藩所属文官武将诸人，在京城和各个省担任官职或者闲居的人，即使有父亲、兄弟、子侄等人身在云南，却“不知逆情”，“亦概不株连治罪，自今以后，各宜安心守职，毋怀疑虑”。并且，普通的地方官“身在贼境，或被贼驱迫，而怀疑畏罪者”，应当安守本分以自保，切勿听从叛军的威逼利诱。“即或误从贼党，但能悔罪归诚，悉赦已往，不复究治”。康熙帝令清兵于征剿途中，应当实行区别对待的措施。他言明：“若大兵所至，概行诛戮”，令被蒙骗之人“无由自新”，只会让“狡贼反得藉以煽诱”。所以，于征剿中，除了各地方“持械拒敌及窃踞城池、山寨，不即迎降者，仍行诛戮”之外，“其余概从宽免”。同时下令“贼营妇女，多系掳掠胁从，破贼之后，凡所掳难民子女，许民间认领，不得一概妄收”。康熙帝一连串的正确方针，被贯彻执行后，给叛军造成了沉重的打击，达到了离间分裂叛军的目的。
此时，“在明亡明，事清叛清”，为人们所不齿的贼首吴三桂，为了达到麻痹清兵及趁机增强谋反势力的目的，一边趁康熙帝下达招降政策之机，将前往云南督促撤藩令执行的折尔肯及傅达礼放回了京城，并且让他们两个带着吴三桂写给康熙帝的奏疏到了位于武昌的前敌指挥部。一边秘密亲至湖南常（德）、沣（州）前线监督作战。康熙帝获悉吴三桂上呈奏疏之事后，马上向前线指挥官勒尔锦等人下达了指令：“吴三桂素多狡诈，此中疑有诡计”。要是吴三桂认罪乞降，“王和诸将等仍议招致之”；若是吴三桂的确“束身归命，王等但以礼受降”。不过“益加警惕，毋堕计谋”，“对其官属当益加严防，不可分散兵力，急于前进，务相机以行”。命各军时刻保持警惕之心、严阵以待。因为康熙帝的严密安排，让吴三桂意图扩大叛乱规模的谋划，最终落空了。康熙帝一连串的军事安排、下达的军令以及面对叛军所实行的种种方针政策，在削弱吴三桂的叛乱势力，防止叛乱规模扩大，稳定民心，扭转叛乱初期清廷的被动局面，和促进平叛之战的胜利上，都发挥了积极的作用。
康熙帝发动的用武力征剿三藩叛乱的战争，并没有想象中那样顺利。各方拥护三藩割据的势力，对遭受的失败心有不甘，继续阻挠康熙帝的平叛之战，意图抵挡平叛之战的胜利发展。康熙帝于刚发动平叛战争时，曾经向西藏五世达赖喇嘛传达命令让其遣兵分几路前去讨伐吴三桂。并且指明，“若吴三桂势蹙投降”，喇嘛应该马上把吴三桂“执送”京城。那时达赖喇嘛于呈递给康熙帝的奏疏中装作诚恳地表示，吴三桂之谋逆，乃“人皆恶之，不来则已，来即缚之以献”，并且言明自己已经遣兵驻守各地，做好了攻打吴三桂的准备。但是当局势变得对吴三桂不利时，他又充当吴三桂的说客，道：“若吴三桂词穷”，可以“免其死罪”，“万一鸱张，莫若裂土罢兵”。替吴三桂“划江而治”的分裂意图出力。对于达赖喇嘛的这些胡言乱语，康熙帝“严斥不许”。并且严厉地说明：吴三桂“抅衅残民，天人共愤”，身为整个天下唯一的主人，“岂容裂土罢兵”。并且命“达赖喇嘛，宜各守前言，令其统辖部属，毋得生事扰民”。阻挠平叛之战的中坚力量，主要是清政府内部的满族及勋贵朝臣，尤其是一些征剿叛军的前线指挥官，这些人贪图享受、爱生恶死，不肯相互支援，屡次错失战胜叛军的良机，并且谎报战绩，蒙蔽康熙帝。因此将平叛之战的获胜时间推迟了整整八年。康熙帝在对抗叛军的过程里，为了促进平叛之战的胜利，严厉处置了那些打不了胜仗，又爱财惜命的指挥官们。于西北的战场之上，康熙帝曾经命莫洛带领绿营兵率先出发，然后贝子洞鄂再带领满洲骑兵进发。因为洞鄂所率军队前进速度过于缓慢，导致莫洛没能接到后继部队的支援，势单力薄。这个时候，时任提督的王辅臣“阴生异志”，趁机“唆其众”共两千人谋逆，并且打败了莫洛统领的军队，莫洛战亡。王辅臣的谋逆之举并没有得到部属的拥护，所以，他“所部兵，逃散过半”，王辅臣只带着几百个人朝秦州（即现在的甘肃天水市）方向逃亡。这个时候，洞鄂本来应该带领部队跟踪追剿逃窜的叛敌，然而他却带兵回了西安，结果让王辅臣占领了平凉（即现在的甘肃平凉市）。这个时候，吴三桂也趁机出兵，和王辅臣相互响应。面对危急的局势，康熙帝命令西安驻军，遣兵分路前往兰州及延安诸要地，阻挡攻击叛军。然而洞鄂等人留驻西安，不肯听从调遣，结果导致秦州、兰州（即现在的甘肃兰州市）、绥德（即现在的陕西绥德）、临洮（即现在的甘肃临洮）及延安等地接连失陷。康熙帝为了改变被动的战争局势，将西北战场上多次立下战功的张勇封为“靖逆将军”，并给予了他“便宜行事”的权力。又遣当时的天津总兵赵良栋带领部队自京城疾速前往宁夏，阻挡攻击叛军。接下来又将图海封为定远大将军，命其总领西线的各方人马，让自贝子洞鄂之下“咸受节制”。图海带领部队重点攻打在平凉驻守的王辅臣，王辅臣迫于无奈只得归降（后来畏罪自尽），失地被一一收复，由此破坏了吴三桂意图自秦蜀入侵的计划。西北战场上的战局有所好转后，康熙帝命图海留驻陕西，令众位将领暂时不要进兵四川，“但守要塞，以分贼势”，转攻为守。又从西北战场调派一部分兵力前往位于湖南的中南战场，攻打敌军主力。康熙帝严厉处罚了洞鄂“失机于陕西”的罪责。那个时候于中南战场上，总管三军的顺承郡王勒尔锦等人，不肯按照康熙帝的军事部署行动，使平叛之战遭受了严重的损失。勒尔锦抵达荆州之后，不趁着叛军“远来马疲，守备未固之时，渡江扼险，挫其锋锐”，结果让叛军“据湖南，守要害，犯我夷陵（即现在的湖北宜昌市附近）、江西，分我兵力”，让清兵在战局中陷入了被动应战的地位。在危急的形势下，康熙帝只得重新安排兵力。令水军攻打岳州（即现在的湖南岳阳），令江西驻军进击长沙，以此让“贼势穷蹙”，化解了湖南战场的危局。勒尔锦兴师动众长达数年，“无尺寸功”，驻守荆州时不能维持地方秩序，却只知道“敛取督府司道等官财富”，贪图一己之利。对于勒尔锦的种种错误行径，康熙帝曾经多次进行严厉申斥，然而勒尔锦“竟置不闻，安坐军中”。康熙帝命勒尔锦带领部队进攻重庆，他又不肯出兵，“中道径返荆州”。在这件事上，康熙帝明确表示勒尔锦“贻误国事，疲敝兵马，困苦民生”，“致失大计”，对平叛之战的整体部署造成了严重破坏，“一切罪犯，孰有重于此者乎！”于是，收回了勒尔锦手中的军权同时剥夺了他贝勒的爵位，并将其羁押在大牢中。另外身处平叛前线的将领中，一些以“舟楫未具，风涛不测”为借口，不肯出兵。一些“退缩不前”，不仅没有疾速渡江攻破叛军，反而听任叛军攻占据守要地，乃至于“贼空营，冒为己功”，蒙蔽朝廷。一些“推诿巧饰，执意退缩”，却“纵兵骚扰”地方，乃至“诈病回京”。还有一些弃“总理荆州大兵粮饷”的重任于不顾，亦“擅遁回京”。以上行径严重妨碍了平叛之战的顺利展开。当这些将领的错误行径被举报后，康熙帝决定给予严厉惩罚。然而朝中大权在握的议政王大臣等人，却极力袒护这些将领的罪责，道：“从前未经战阵”，“未经领军”，缺少实战经验，所以，他们认为处置这些将领时，应该“概从轻典”，从轻处罚。对于这些错误的意见，康熙帝给予了严厉的反驳，并且指出，这些贵族朝臣“误国病民”，“罪情重大”，让原本统一的“疆宇几不可问”。虽然这些有罪的郡王及贝勒们，皆是自己的亲戚，然而由于“贻误国家大事，罪实难逭”，所以，“决不容姑贷”。“在他人尚不可原，况王、贝勒等国家休戚之人乎？”康熙帝点明：“凡为将帅者，倘皆如此肆行欺罔，军法何以得申？”最终，按照康熙帝的意旨，这些有罪的满清勋贵大臣，按照他们罪行的大小，“皆削爵籍产，拘禁有差”，依据法律予以严惩。康熙帝还下达命令，对地方官员向统率部队的众位将领“逢迎馈献”的错误行径，亦要“一并严惩”。如果各地方都督、巡抚、提镇等官员，没有及时纠正不良风气，乃至于“自违禁条”，更须“加倍究治”。康熙帝为了达到严肃法纪、促进平叛之战顺利展开的目的，公元1679年（即康熙十八年）下令废除了“死罪重犯”，“论功免死之例”，从今往后要“照其应得之罪”处置。康熙的一系列举措沉重打击了阻挠平叛之战的勋贵朝臣。康熙帝在平叛之战的过程中，还不断自军中低级官吏中，提拔才能之士，担当要职。比如征战陕西的张勇、赵良栋等人，征战湖南的蔡毓荣、征战福建的施琅、征战广东的傅宏烈、征战浙江的李之芳等人。虽然他们皆非“开国宿将”，作战经验也不丰富，却能“群策群力，敌忾同仇”，英勇杀敌，很好地完成平叛任务，逐渐成长为了康熙帝统一战争中的中坚力量。
康熙于平叛之战的过程中，按照“罚先行于亲贵”的准则，对意图阻挠统一的满族勋贵大臣进行了严厉的处置，并且废除了“论功免死之例”，同时驳了达赖喇嘛“裂土罢兵”的分裂建议等等。并且，在战争的过程中，还提拔了一些骁勇出色、善于作战的将领。以上种种措施，在促进平叛之战的胜利上，产生了积极的影响。
康熙帝为了消灭割据势力，实现国家统一而展开的平叛之战，是和社会发展进步的客观规律及全国百姓的共同心愿相一致的。所以，全国百姓的拥护和支持，是平叛之战能够获胜的根本原因。在三藩之乱中，不仅一些地方官员直接和叛军抗争，同时于全国各地也掀起了抗击叛乱拥护统一的浪潮。比如北方“察哈尔、科尔沁诸蒙古，各请出兵马，从征讨贼”。南方地区的江西，一些地方官吏自发“率领兵民奋击”叛敌。西北地区的平凉，清兵进剿平凉叛军王辅臣时，城中百姓率先打开城门迎接大军。起先王辅臣据守平凉之时，吴三桂曾经威逼利诱数万彝族人，前往平凉帮助叛敌。清兵收回平凉之后，这些彝人“归顺”清政府，那个时候“诸大臣欲杀之”，康熙帝坚决不肯，并且“加恩宥，发回原籍”。之后，清军行兵到了四川保宁（即现在的四川阆中），叛军又想要威逼利诱彝族人当他们的炮灰，马上遭受到彝族人坚定的拒绝，并且“登山去”。当叛军败后，彝族人“方下山引导我军（清军），极其效力”。西南地区的贵州，叛军烧毁了盘江之上的铁索桥，想要阻挠清兵前行。当地的土司龙天及沙起龙等人带领众人“剿败贼众，造盘江浮桥，以济大军”，帮助清兵顺利进军。
为了能够提供充足的军需物资，康熙帝还主张“裁减浮费，改折漕贡，量增盐课杂税”，并“稽查隐漏地亩，核减田赋税额”等。那个时候，除了少数叛乱地区之外，清廷掌控了全国局势，“各边虽乱，而江淮晏然，得以转输财富，佐军兴之急”。所以，康熙帝能在平叛之战的过程中，为后备、人力等各个方面，源源不断地提供补充，进而让清兵的战斗力愈来愈强。
与之不同的是，三藩之乱，是妄图破坏统一的严重罪行，是和历史趋势及百姓心愿相悖逆的。其少数的分裂势力即使猖獗一时，却处处受到广大百姓的抵抗，不久就迎来了失败。
由于清兵的沉重打击，不仅吴三桂率领的叛军入侵陕西的计划被破坏，身处广东的尚之信以及身处福建的耿精忠两位藩王，也先后无奈归降，切断了吴三桂左右两翼的主要援助。到了公元1678年（即康熙十七年），吴三桂所率叛军占领的地区，除了云南和贵州之外，只剩下了湖南、广西及四川的部分区域。由于清兵的征剿，叛军“疆宇日蹙”，其掌控的区域日渐缩小，让他们“军兴调发”陷入了“财用耗竭”的窘境。已是强弩之末的吴三桂，为维持自己的首领地位，避免成为孤家寡人，依旧在做最后的挣扎，居然在公元1678年（即康熙十七年）的三月，于衡州（即现在的湖南衡阳市）谮越称帝。那个时候没有多余的时间来修建宫殿，便“抅芦舍万间为朝房”，没有多余的时间更换殿瓦，便以黄漆涂抹。“自念日暮”的吴三桂，在少数叛党的喧嚷声里，仓促登基。吴三桂做了皇帝后，以周为国号，将年号改为昭武。将其妻张氏立为皇后，其孙世琮立为太孙，其它的叛军将领一一加封官爵。又仓促地“举云南乡试”，一共网罗了七十三名举人，来壮大自己的声势。吴三桂谮越称帝的举动，推倒了“为民请命”的“复明”大旗，换上了周朝天子的招牌，将其丑恶嘴脸暴露无遗。吴三桂建立的叛军政权，不但没能挽回他败亡的命途，反而因为他的罪行愈加彰显，结果加快了其败亡的速度。由于清兵的沉重打击，吴三桂节节败退，每天惶惶不可终日，于当年八月，患上了“中风噎嗝”的病症，“下痢”亡故。之后，有人讥讽吴三桂这个明朝和清朝两朝百姓共同敌人的结局是“永夜角声悲不寐”，“青史难宽白发人”。正像康熙帝说的，吴三桂“为一时之叛首，实万世之罪魁”。
康熙帝获悉吴三桂病逝的消息之后，马上传令，“扰乱疆宇”，“罪大恶极”之“元凶”既然已经身亡，“凡在贼中文武官员，兵民人等”，多数皆非自愿“甘心从逆”之人，所以，关于“胁从”之人，应该“宜施宽典”，若是能够“幡然悔悟，争先来归，朕必优加恩赉，论功叙录”。同时督令部队乘胜追击，希望能取得“早奏荡平”的功绩。
吴三桂“境蹙身死”之后，因为清廷平定叛乱“大兵四合”，再配合康熙帝的分化敌军的方针政策，让叛军愈加惊慌失措，“贼谋日乱”，“不知所出”。几个死党，提出了放弃云南的建议，“北向以争天下”，“剜中原之腹心，断东南之漕运”，应当“宁进死，勿退生，拼死决战”，纵然难以大获全胜，也得占领黄河之南的地区，做最后的挣扎。然而大部分叛将，已经被清兵打击得六神无主，皆不情愿丢开云南的老巢，他们觉得清军“南北俱已戒严”，叛军已经被全面包围了，难以向前再进半步。“纵冒死冲突，无能为也”。因为得不到这些将领的同意，这些亡命之徒不得不放弃自己的狂妄计划。由于内部分歧严重，众心不一，他们全都各自盘算起来。吴三桂之孙吴世琮，于“阴风疾起，灯烛俱灭”的夜晚，惴惴不安地登上了皇位。他意欲网罗几个心腹将领“辅政”给自己壮胆，然而官员们“皆托故不行”，有的人即使被派到了吴世琮的身边，却又“潜谋归正”，筹谋起义归降。吴世琮等人察觉之后，曾经屡次屠杀内部将领，却依然无法阻挡叛军将士不断归降清政府的大势。吴三桂建立的政权无论在政治方面，还是军事方面都已经落入了土崩瓦解的境地。原本，吴三桂的叛军，便是“以一隅敌天下”，到了现在更是“地日蹙，援日寡”，他们从云、贵等地搜刮的赋税，“不足以充军饷”，“每有调发，往往以饷绌掣肘”。叛军常常陷入“饷匮财竭”、“粮尽军饥”的窘境。叛军将领郭壮图下达命令，“敛民户钱给军需，按户加征”，加以丧心病狂的劫掠。“酷刑拷索，怨声载道”，更加引发了百姓的反击。
公元1680年（即康熙十九年），清兵按照康熙帝的统一安排，兵分三路包围云南，开始了最终的平叛战役。第一路部队，命定远平寇大将军章泰带领湖南驻军，自平越（即现在的贵州福泉）进军贵阳，将吴世琮等人限制在云南地区，清军尾随他们前进。次年（即康熙二十年），贵州地区的叛军驻兵平远（即现在的贵州织金）西南山，同时分出兵力占领盘江西坡天险，又令像队阻挠攻击清兵，清兵将领蔡毓荣手中拿着红旗亲自到前线监督作战，历经艰难的战斗，令叛军被迫“弃险西走”，进而将贵州省全部收回。第二路部队，命征南大将军赖塔带领广西驻军进击云南。于曲靖（即现在的云南曲靖）和第一路部队会合，同时分出兵力进攻昆明。叛军首领郭壮图带领数万大军出于昆明，“列像阵，迎战三十里外”，那个时候章泰所领部队位于左翼，赖塔所领部队位于右翼，左右夹击，战况非常激烈，让叛军五次进击五次退兵。最终，将叛军逼至城东的归化寺，清军趁机合围昆明，“长围数十里”。谮帝吴世琮“尽移诸将家口于五华山宫城”，并且“分门守御，誓必死”，“负固抗拒”，期待四川的叛军能够前来支援为其解围。并且，又将“割地”做为条件，遣使执书信向达赖喇嘛乞援，妄图维持割据的局面。战争的双方进入了僵持的状态。第三路部队，命云贵总督赵良栋带领驻军自四川朝云南进军。于行兵途中，全歼四川叛军，令叛军“或死、或降溃，无一援兵得至滇城（昆明）者”。另外，清兵拦截了叛军派遣的使者以及写给达赖喇嘛的求援信。赵良栋的大军，自四川进了云南之境，和另外两路部队在昆明城下会合。这个时候贝子章泰带领部队在昆明四十里开外安营扎寨，同时也并未于湖中设置防卫，所以，并未给驻守的叛军造成致命的威胁。叛军凭借依山傍湖的地形优势，以湖水为通道自外地往驻扎之地运粮米。赵良栋建议“就近速战”，不然“日久粮米不继”，部队“何以存立”？但是章泰却道：“皇上豢养之满洲，岂可轻进，委之于敌”？并且劝说赵良栋所领将士“宜休养，何可令其伤损？”赵良栋不肯听从，“自率标兵，前往力战”，并且“连瑜三濠，夺三桥，直薄其城”。这个时候，赵良栋的大军已经疲惫至极，章泰再次劝说赵良栋“应暂撤回”，可以让其他军队“率兵看守”，赵良栋依旧不肯听从，继续征战。这个时候，章泰也不得不进兵围攻城池。各路大军兵临城下，“围之数重”，“又于昆明池内，横筏拖楼橹”，从而切断叛军的水路供给。并且“四面逼城”，进击负隅顽抗的叛军。最终，城内“食尽援绝”。守卫南城门的叛军，率先打开城门迎接归降。吴世琮穿上皇帝的衣服、戴上皇帝的帽子自尽了，郭壮图亦放火烧死了自己。少数违背历史趋势的叛乱分子，落得了可耻的结局。历史证明，大一统的历史趋势，没有哪种反动势力可以抵挡。
当京城接到平叛之战大获全胜的消息之后，各处都为这个重大胜利欢欣鼓舞。时年刚二十七岁的康熙帝更加是心潮澎湃，题了一首名为《滇平》的诗，借此抒发己怀，诗里是这样写的：
洱海昆池道路难，
捷书夜半到长安。
未矜干羽三苗格，
乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，
军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，
此日方同万国欢。
消灭据守在云南的叛乱势力，尽管历经千辛万苦，却获得了最终决定性的胜利。回首最初平叛时，并未赞同以“文德”感召叛军的错误言论，反而坚定不移地进行武力平叛战争，方才赢得了最后的胜利！
自公元1673年（即康熙十二年）到公元1681年（即康熙二十年），这场跨越了整整八年时间，波及了十个省的三藩之乱，终于在全国百姓的拥护和支持下被消灭了。三藩之乱被消灭后，康熙帝马上施行了一系列举措，冲刷三藩遗存的残渣余孽。率先在三藩掌控的地区派遣八旗兵驻守防卫，并把藩王的全部财物，抄检充公，当作军饷。至于三藩在各个地方征收的繁重赋税“悉革除之”。并且下令，吴藩所属官兵强占的田地，须“查出给还小民”。这一系列举措进一步巩固了清朝的统一，为社会及经济的发展进步提供了条件。比如吴三桂发动的叛乱，令云南、贵州、广西及四川等西南地区的各个省，“地方残坏，田亩抛荒不堪”。三藩之乱被平定之后，以上地区“人民渐增，开垦无遣”，到了公元1712年（即康熙五十一年），已呈现出了“山谷崎岖之地已无弃土，尽皆耕种”的场面。