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学科分类在带给人类学习科学知识、科学研究、知识管理和政府制定科技政策等极大方便的同时，也会带来一系列严重的负面问题。学科分类强调了学科的相对独立性，但科学的知识，尤其科学方法事实上是有相当大共性的，过度强调分科不仅可能会使相同的知识内容在不同学科里被重复研究，可能仅仅是在不同学科里改个名字，形成很大的知识冗余，而且会使重要的科学研究成果难以快速地在整个科学领域尽最大可能地推广应用。它有可能制造学科之间的壁垒，使得很多逻辑上很自然地涉及多种因素的研究活动，因变得需要“跨学科”而人为制造出巨大困难。以上交叉学科数量已经占到总量的接近一半，由此可见跨学科的研究在全部科学中的地位已经重要到什么程度了。
尽管很多学者强调跨学科研究的重要性，但事实上因为缺少专业的跨学科研究规范和管理方法，使得跨学科研究不仅带有一定的偶然性，甚至专业的学科研究体系会形成对跨学科研究的重大障碍。从严格的学术上来说，一个新的科学研究成果应当在专业的学术刊物等出口上发表才是严肃的，当所研究的问题仅仅局限于学科专业范围内时，毫无疑问应当如此。但当遇到全新的跨学科问题研究结果时，问题会变得很麻烦，因为研究者可能很难选择论文是对应哪个专业的刊物。另外，专业课题设置直接对应了科研资源经费的分配，跨学科研究马上会遇到相应课题的科研经费到底该拨给谁的复杂问题。
以人口问题为例，中国的计划生育政策是一个规模非常宏大的社会工程，它在全球范围都是影响巨大的，这一政策所依据的科学原理是人口数量与资源之间的根本矛盾。按照最经典的马尔萨斯《人口原理》，这个资源的主要限制就是粮食生产能力，这也是人口学术界一致公认的。但2009年版国标规定了与计划生育相关的人口学专业学科主要只是以下几个，如表1-1所示：
表1-1 与计划生育相关的学科
人口学的核心学科是以人口统计学工具为基础的。显然，这些分析工具不可能解决中国粮食产量未来会有多少的根本问题。能解决这个问题的专业是什么呢？逻辑上极其清楚和简单，是农学和地球科学两个专业。前一个解决单位土地的农作物产出能力（且不说为提高农业生产效率，减少农业生产劳动人口可能还需要机械电子专业的深厚知识），后一个解决到底有多少可用的耕地，而它们几乎与人口学的传统内容，尤其核心的人口统计学专业都完全无关。但是，我们查询了中国主要高校官网上招生和专业设置目录，人口学专业里根本就没有农学和地球科学专业，所有农学和地球科学专业的高校里也没有人口学专业。直到计划生育作为国策搞了几十年后的今天，中国政府也没弄清楚这个极为简单和基本的逻辑关系。只是中国科学院地理科学与资源研究所陈百明、封志明等在20世纪90年代做过中国土地人口承载力的系统研究，但解决这个问题最关键的显然是农学和相应技术的发展，农业学界的专家却几乎从未介入过相关科学问题的研究。计生委本来应当划归在农业部下面，被撤销后却归到了卫生部。当遇到要研究人口政策的需求时，原来的计生委和今天的卫计委本能地就只去找人口学家给出答案。但是，能对“中国到底该有多少人口？”“未来应该采取什么样的人口政策？”等关键问题给出真正科学答案的，主要不是依靠人口学家（其实是人口统计学家，千万不要被“人口学”这个名称误导了），而必须是农业学家为主，地球科学家和人口学家为辅一起工作才有可能。这个看似很奇怪，却在逻辑上是非常自然的道理，至今中国政府和整个学术界（包括全球的学术界）却都还没想明白。
为了在完全缺乏农业学专业支撑、仅在人口学专业内独立地获得粮食产量的数据，人口学专业发展出了逻辑斯蒂方程、土地人口承载力、生态足迹等研究体系的数学模型。但想通过一些如此简单的数学模型就替代那么庞大的农业学专业的学科体系，去得出一个国家甚至整个地球的粮食产量结论，这怎么可能？但是，卫计委和农业部是两个并行的行政部门，这就意味着这个问题逻辑上看似非常简单清楚，但实际上在专业学科和体制内几乎无法解决。如果是写一个粮食产量与人口关系问题的论文，到底该发到哪个刊物上呢？如果是发给人口学的专业刊物，所有编辑人员全都看不懂，因为专业内容基本上全是农业学的知识。但如果发到农业学的专业刊物上，要解决的完全是人口的问题，与农业学完全无关，也不是农业部关心的问题。花了自己学科专业和相关行政部门的资源，完全是去解决别人学科专业和行政部门的问题，而弄不好还可能让别人觉得自己手伸得太长，吃力不讨好。
像这样“解决一个学科核心问题所需要的专业资源，主要是依赖于相距甚远的其他专业学科”的例子，在今天的科学发展阶段远远不止是一两个。如果一项研究已经稳定地变成交叉学科，事情还好办，因为这已经把跨学科的问题又变成了单一学科的问题，但很多问题的解决本身必须依靠跨学科的专业知识，但却不足以形成一个交叉学科，这样事情就很难办了。
这就是为什么到今天中国计划生育本来为人类发展事业做出了巨大的贡献，应当成为中国当今最重要国际软实力成果之一，却在科学上难以给出令人信服答案的原因所在。面对一群近年来出现的貌似“人口学家”，依然只是限于人口统计学专业知识范围内，却想去否定粮食极限的反计划生育者进行的外行攻击，无论政府还是人口学家们却都表现得束手无策。可以说，只有本书作者2015年出版的《生态社会人口论》厘清了这些基本关系。
当不能真正以研究对象本身的逻辑去研究问题时，专业的分科就只能导致荒谬的不专业。