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国务院农业、林业行政主管部门分别主管全国农作物种子和林木种子工作；县级以上地方人民政府农业、林业行政主管部门分别主管本行政区域内农作物种子和林木种子工作。
国务院农业行政主管部门是指农业部。县级以上地方人民政府农业行政主管部门，在省、自治区、直辖市是指省级人民政府设置的农业行政主管部门（即省农业厅），在市、县级人民政府中，如果设置了独立的农业行政主管部门的，管理农作物种子工作的部门是指农业行政主管部门（即市、县农业局），没有独立设置农业行政主管部门的，是指负责管理种子工作的部门。
国务院林业行政主管部门是指国家林业局。县级以上地方人民政府设置的林业行政主管部门，在省、自治区、直辖市是指省级人民政府设置的林业行政主管部门（即省林业厅），在市、县级人民政府中，如果设置了独立的林业行政主管部门的，管理林木种子工作的部门是指林业行政主管部门（即市、县林业局），没有独立设置林业行政主管部门的，是指负责管理林木种子工作的部门。
依据：《种子法》第三条。