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在生态文明建设中，必须自觉地把握人与自然的系统关联、人与自然和谐发展的规律。对此，习近平提出，“山水林田湖是一个生命共同体，人的命脉在田，田的命脉在水，水的命脉在山，山的命脉在土，土的命脉在树”
。这样，“山水林田湖是一个生命共同体”的论断（简称为“生命共同体论”）就为社会主义生态文明奠定了科学的世界观和方法论基础。
“生命共同体”思想有其厚实的科学依据。
马克思主义系统自然观的继承和发展。在揭示自然界的客观性和实在性的基础上，马克思主义前瞻性地揭示了自然界及其运动规律的整体性和系统性，形成了系统自然观。在宇宙中，“我们所接触到的整个自然界构成一个体系，即各种物体相联系的总体，而我们在这里所理解的物体，是指所有的物质存在”，“这些物体处于某种联系之中，这就包含了这样的意思：它们是相互作用着的，而它们的相互作用就是运动”
。在此基础上，以人类劳动为基础和中介，人与自然也构成了一个复杂系统——“人—自然”系统。显然，系统自然观是马克思主义自然观的重要维度和显著特征，彻底终结了机械自然观。
生态科学的生态系统概念的概括和升华。科学技术生态化是新科技革命的重要趋势和特征。20世纪30年代，具有目的论倾向的“生态演替”概念成为生态学中占主导地位的思想，危害至深。针对这一错误倾向，1935年，英国生物学家坦斯莱从唯物主义立场出发提出了“生态系统”的概念。在他看来，有机体不能与其环境分开，而是与其环境形成一个自然系统。现代生态学揭示出，通过与外界环境保持物质、能量和信息等变换，生物有机体与其环境形成了一个系统。在此基础上，生态系统成为重要的科学思想和方法，促进了整个科学技术范式的变革。现在，系统科学和工程的发展，进一步证明了系统自然观与生态系统概念的科学性和有效性。可见，“生命共同体”思想是科学的系统思维在生态文明领域的集中体现和创造性发展。
显然，“生命共同体”思想概括和提升了马克思主义哲学与现代生态科学发展的成果。
“生命共同体”思想有其科学而复杂的含义，实现了唯物论和辩证法的统一。
人对自然的高度物质依赖。人以食为天。只有在满足这一物质需要的前提下，人才能从事其他社会活动。尽管人是唯一能自己生产食物的物种，具有明显的主体能动性，但是，人的这种生产不是无中生有，而是从土中刨食，具有明显的物质依赖性。只有始终保持与土地的物质变换，人才能生存和发展。人的生命、生存、生产，一刻也离不开大地、土壤、农田。大地、土壤、农田就是人的慈母，养育了人。因此，人的命脉在田。这一判断，深刻地揭示了自然在人的生成过程中不可或缺的前提性和条件性，深刻地揭示了人对自然依赖的内在性和有机性。显然，“生命共同体”思想，在坚持辩证唯物论的基础上将之发展成生态唯物论。生态唯物论确认了人对自然的物质依赖性以及这种依赖的有机性，是生态文明问题上的唯物论。
人与自然的系统关联。在现实世界中，人的生息离不开田，必须保持与田的物质变换；田的持续性离不开水的滋润，必须保持与水的物质变换；水的持续性依赖于山的涵养，必须保持与山的物质变换；山的持续性依赖于土壤保持，必须保持与土的物质变换；土的持续性依赖于树木茂盛，必须保证与树的物质变换；树的持续性依赖于生态系统安全和人的呵护，必须依赖于植树造林等人的可持续行为。这样，由于田、水、山、土、树等自然要素参与了人的生命的生成和生活的延续，人也参与了自然的生成，所以可以把主体要素和自然要素之间、自然要素相互之间的物质变换关系称为命脉（食物链），将其共同构成和共同参与的系统称为生命共同体（生态系统）。命脉和生命共同体反映的是这种关系与系统的内在性和有机性。显然，“生命共同体”思想，在坚持唯物辩证法的基础上将之发展成生态辩证法。生态辩证法确认了人与自然的系统关联及其有机特征，是生态文明问题上的唯物辩证法。
在总体上，“生命共同体”思想要求我们既要看到自然对人的前提性和条件性，又要看到人与自然关系的系统性和有机性，因此，它是生态唯物论和生态辩证法的高度的、有机的统一。
正是基于上述哲学考虑，习近平不仅将山水林田湖看作一个生命共同体，而且提出要按照这一科学理念进行生态环境治理，推动社会主义生态文明建设。
必须对生态系统进行系统监管。山水林田湖是一个生命共同体，因此，不能将护山、治水、种树、护田、护湖等生态监管和生态建设工作割裂开来，不能顾此失彼，而必须对整个生态系统进行系统监管，这样，才能维护生态系统的整体性、多样性和稳定性。例如，在流域治理中，必须按照生态系统的整体性、系统性及内在规律，将整个流域作为管理单元，按流域设置生态监管和行政执法机构，优化流域生态监管和行政执法职能配置，实现流域生态保护统一规划、标准、环境影响评估、监测、执法，提高生态保护的整体成效。
必须将环境治理作为系统工程。环境污染涉及自然、社会等方面的一系列因素，因此，必须按照系统工程的方式，切实抓好生态文明建设重点任务的落实，切实把能源资源保障好，把环境污染治理好，把生态环境建设好，为人民群众创造良好的生产生活环境。例如，建设节约型社会是一项复杂的系统工程，涉及很多工作和很多方面，因此，我们既要从点滴抓起，从身边做起，发挥节约的累积效应和长期效应，但也不能“只见树木，不见森林”，要注重从整体入手，从宏观入手，牢牢抓住结构调整和增长方式转变这个建设节约型社会的根本。为此，要形成绿色化的产业结构、消费模式和城乡建设模式。再如，对于像北京这样的特大城市来说，大气污染防治是北京发展面临的一个最突出的问题，必须将其作为重大民生实事紧紧抓在手上，大力推进环境治理系统工程。为此，必须坚持标本兼治和专项治理并重、常态治理和应急减排协调、本地治污和区域协调相互促进。只有多策并举，多地联动，全社会共同行动，北京的环境治理才能达到预期效果。最后，必须把推进生态文明领域的国家治理体系和治理能力的现代化作为一项社会系统工程，从总体上谋划、设计、推进和落实。
总之，我们必须树立“山水林田湖是一个生命共同体”的理念，按照生态系统的整体性、系统性及内在规律来推进生态环境治理。
综上，习近平不仅提出了“生命共同体”的思想，而且在此基础上进一步提出了“环境治理是一个系统工程”的思想，这样，不仅坚持与发展了马克思主义的系统自然观和系统方法论，而且奠定了生态文明尤其是社会主义生态文明的世界观和方法论的基础。